1.검찰의 공소장 및 법원판결문에 기재된 외주비 횡령범죄금액 OOO원을부가가치세 및 법인세의 각 과세기간(사업연도)별 과세표준 산정의 기준으로 하되(주식회사 OOO에 대한 매출관련 누락액을 OOO원으로 조정하는 것을 포함), 각 사업연도별 법인소득금액 계산에 있어 면허대여 기술자 지급수수료 OOO원과 청구법인의 직원급여(공동도급현장 근무) OOO원은 해당 사업연도별 손금에 산입하고, 지출한 것으로 인정은 되나 각종 수동증빙서류의 총괄 명세표상 금액(OOO원)과 이 건 심판청구시 제출한 부외처리 법인운용자금 사용내역서상 지출금액(OOO원)에 차이가 있는 부외경비는 처분청이 이를 재조사하여 각 사업연도별 손금산입 금액을 산정하고 이에 따라 각 사업연도별 과세표준 및 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

가. 처분청은 인천지방검찰청에서 통보한 공문(특수수사부-2394, 2010.10.27.)에 의거 2010.11.4.～2010.11.8. 기간 중 청구법인에 대한 조세범칙조사를 실시하여 청구법인이 2005년 제2기 부가가치세 과세기간부터 2010년 제1기 부가가치세 과세기간까지 검찰이 수사한 내용과 동일하게 매출누락(2009년 제1기분 공급대가 OOO원) 및 외주비 허위계상(조사대상 과세기간 중 총 OOO원의 허위세금계산서 등 수취), 인건비 허위계상(조사대상 과세기간 중 총 OOO원으로 2010년 귀속분 등 OOO원을 제외하면 OOO원)을 통해 조세를 포탈하였다 하여 2011.1.7. 청구법인에게 아래 <표1>과 같이 부가가치세 및 법인세를 경정·고지하였다(각 사업연도 소득금액 계산상 익금에 산입하고 공동대표이사인 주영동과 곽창우에 대한 상여로 소득처분한 OOO원은 소득금액변동통지함).

OOO

나. 청구법인은 이에 불복하여 2011.2.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 검찰이 당초 처분청에 통보한 횡령범죄일람표 기재내역이 처분청의 조사당시 내용과는 다르게 변경되어 공소장이 작성되었고, 1심 법원의 판결도 공소장 내용과 동일하므로 검찰의 공소장 내용과 1심 판결문에 있는 횡령범죄금액이 과세표준 결정의 근거가 되어야 한다.

(2)주식회사 OOO건설(이하 “OOO건설”이라 한다)은 청구법인과 OOO시립도서관 OOO사업의 공동수급체(OOO건설 지분율 23%)로서, OOO건설이 청구법인 관련자의 계좌에 입금한 것으로 검찰이 공소장에 기재한 횡령범죄금액 OOO원(검찰의 당초 처분청 통보금액은 OOO원)은 공동도급사간 공사원가 정산과 관련된 금액으로 당초부터 부가가치세 과세대상이 아니므로 해당 과세기간의 부가가치세 및 법인세 과세표준에서 차감하여야 한다.

(3) 횡령범죄 인건비로 보아 검찰이 가공경비로 공소제기한 OOO원 중 청구법인이 실제로 지급한 지급수수료 OOO원과 청구법인의 직원급여 OOO원의 합계 OOO원, 부외처리한 현장경비나 직원특별상여금, 회의비 및 복리후생비, 임직원 및 거래처 경조사비, 전도금 정산액 중 부외처리분 등 합계 OOO원은 법인의 업무와 관련하여 실제 지급된 사실이 증빙에 의해 입증되므로해당 사업연도의 손금에 산입하여 과세표준 및 세액을 결정하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 과세표준 결정의 근거가 된 검찰의 횡령범죄일람표(당초 처분청 통보분) 금액이 공소장 작성시 변경되었고 법원에서 이를 인정하였으므로 과세표준도 이에 따라 결정하여야 한다는 주장이나, 항소심 재판이 진행중인 상황에서 1심 법원의 판결내용에 따라 과세표준을 경정할 수는 없고 법원의 최종적인 판결결과에 따라야 하므로 청구주장은 이유 없다.

(2) 청구법인은 OOO건설로부터 청구법인 관련자의 계좌로 수령하여 현금출금한 OOO원이 공동수급자간 공사원가 정산과 관련된 것이므로 과세표준에서 제외하여야 한다는 주장이나, OOO건설의 부사장 황OOO이 OOO시립도서관 신축공사시 공동수급체 중 대표사인 청구법인이 전체시공을 하였고, 공사기간 중 세금계산서 발행은 정상적으로 하였으나, 2009.2.2. 준공금 정산시 당초 발행하기로 한 세금계산서 금액(93%) 중 90%만 세금계산서를 발행하고 3% 정도는 세금계산서 발행없이 되돌려 달라고 하여 청구법인 관련자의 계좌에 해당금액을 송금하였다고 진술한바 있어 청구주장을 인정하기는 어렵다.

(3) 외주비 허위계상 및 인건비 허위 계상분에 대한 처분청의 과세는 검찰이 횡령으로 판단하여 통보한데 대한 사항으로 법원에서 사실여부를 가려 그 최종판결을 근거로 처분할 수 있을 뿐이지, 청구인의 주장처럼 횡령여부와 상관없이 실제 경비라고 해도 비용으로 처리할 수는 없는 것이므로 청구주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

ⓛ 검찰의 공소장 내용 및 법원 판결문에 기재된 횡령범죄금액이 부가가치세 및 법인세 과세표준 결정의 기준이 되어야 한다는 청구주장의 당부

② OOO건설이 청구법인 관련자의 계좌에 입금한 것으로 검찰이 공소장에 기재한 횡령범죄금액 OOO원은 공동도급사간 공사원가 정산과 관련된 것으로 부가가치세 및 법인세 과세대상이 아니라는 청구주장의 당부

③처분청이가공급여로 본 금액 중 실제인건비와 부외처리한 현장경비등 실제로 법인업무와 관련하여 지출된 비용은 손금으로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

<쟁점 ⓛ>

(1) 국세기본법 제14조【실질과세】② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

제16조【근거과세】① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

<쟁점 ②>

(1) 부가가치세법 제16조【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항

(2) 부가가치세법 시행규칙 제18조【공동매입등에 대한 세금계산서 발급】①「전기사업법」에 의한 전기사업자가 전력을 공급함에 있어서 전력을 공급받는 명의자와 전력을 실지로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 당해 전기사업자가 전력을 공급받는 명의자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하고 당해 명의자는 그 발급받은 세금계산서에 기재된 공급가액의 범위안에서 전력을 실지로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한 때(제17조 제2호의 규정에 의하여 세금계산서의 발급이 면제된 경우에 이를 발급한 때를 포함한다)에는 당해 전기사업자가 전력을 실지로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한 것으로 본다.

② 제1항의 규정은 동업자가 조직한 조합 또는 이에 유사한 단체가 그 조합원 기타 구성원을 위하여 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 경우와 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」에 의한 그 공동도급계약에 의하여 용역을 공급하고 그 공동수급체의 대표자가 그 대가를 지급받는 경우 및 「도시가스사업법」에 의한 도시가스사업자가 도시가스를 공급함에 있어서 도시가스를 공급받는 명의자와 도시가스를 실지로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 이를 준용한다.

<쟁점 ③>

(1) 법인세법 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 「조세특례제한법」 제100조의 18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 제1항의 손금으로 본다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령 제19조【손비의 범위】법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

1의2. 판매한 상품 또는 제품의 보관료, 포장비, 운반비, 판매장려금 및 판매수당 등 판매와 관련된 부대비용

3. 인건비

20. 그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 부가가치세 및 법인세의 부과처분 경위는 다음과 같다.

(가) 처분청은 2010.10.27. 인천지방검찰청 특수수사부로부터 청구법인의 조세포탈 관련 수사자료를 수보(특수수사부-2394, 2010.10.27.)한 후, 2010.11.4.부터 2010.11.8.까지 청구법인에 대한 조세범칙조사를 실시하여 2011.1.7. 청구법인에게 <표1>과 같이 부가가치세 2005년 제2기～2010년 제1기분 합계 OOO원 및 법인세 2005～2009사업연도분 합계 OOO원을 경정·고지하였고, 청구법인의 각 사업연도별 익금에 산입하고 청구법인의 공동대표이사인 주영동과 곽창우에 대한 상여로 소득처분한 OOO원에 대해 소득금액변동통지한 것으로 조사관련 서류 및 경정·결의서에 나타난다.

(나) 청구법인은 2011.1.26. 위 소득금액변동통지 사항에 대하여 법인원천징수분 근로소득세 합계 OOO원을 수정신고·납부OOO하였고, 2011.2.24. 위 부가가치세 및 법인세 부과처분에 대해 심판청구를 제기하였으며, 2011년 8월경, 위 법인원천징수분 근로소득세 수정신고분에 대해 경정청구를 제기OOO하였고, 처분청은 2011.10.6. 경정청구 거부통지하였으며, 청구법인은 2011.11.14. 동 거부통지에 대해 심판청구를 제기한 것으로 신고서 및 관련 공문 등에 나타난다.

(2)처분청 담당공무원의 조세범칙조사 종결복명서(2010년 11월 작성)의 주요 내용은 다음과 같다.

(가)인천지방검찰청의 통보 공문(특수수사부-2394, 2010.10.27.)에 의거 청구법인이 사기 기타 부정한 방법으로 2005년 제2기～2010년 제1기 부가가치세 과세기간에 법인세 및 부가가치세 합계 13억원 상당의 조세를 포탈한 혐의를 포착하여 고발의뢰를 하고, 포탈혐의 금액이 조세범칙 회부기준에 부합되어 조세범칙심의위원회의 심의를 거쳐 조세범칙조사를 실시하였다고 하고 있다.

(나) 법인등기부등본을 확인한 바에 의하면 주OOO은 2000.2.25. 이전부터 현재까지 계속하여 청구법인의 대표로 근무하고 있고, 곽OOO는 2006.1.20. 이후 현재까지 대표자로 근무하고 있으며, 국세통합시스템 조회자료에 의하면 1994년 개업한 이래 현재까지 주OOO은 청구법인 지분의 70%를 보유하고 있고, 곽OOO는 20%를 보유하고 있음이 확인되며, 근로소득지급명세서에 의하면 주OOO은 2005.1.1. 이후부터 2009.12.31. 현재까지, 곽OOO는 2006.1.1. 이후부터 2009.12.31. 현재까지 근무하였음이 확인된다고 조사하였다.

(다) 매출누락과 관련하여 OOO건설의 부사장 황규진은 검찰진술에서 인천시립도서관 신축공사시 청구법인 외 4개사가 공동도급으로 공사를 수주하여 전체시공은 청구법인이 하였고, 공사기간 중 세금계산서 발행은 정상적으로 하였으나, 2009.2.2. 준공금 정산시 당초 지급하기로 한 93%에 해당하는 세금계산서를 청구법인이 발행하여야 하나 90% 정도만 발행하고 3%정도는 세금계산서 발행없이 되돌려 달라하여 청구법인 계좌가 아닌 주OOO, 곽OOO, 최OOO, 김OOO, 김OOO, 정OOO, 양OOO의 계좌에 도급금액의 3%에 해당하는 OOO원(공급대가)을 송금하여 주었다고 진술한 것으로 확인하였다.

(라) 외주비 허위 계상과 관련한 검찰 수사결과에 의하면 청구법인 사무실에서 하청업체인 주식회사 OOO 대표 김OOO으로부터 공사대금 중 OOO원을 주영동 명의의 기업은행 계좌(계좌번호 119-006541-***)로 돌려받는 등 주OOO과 곽OOO는 김OOO, 강OOO 등과 공모하여 2006.1.5.부터 2010.8.11.까지 같은 방법으로 총 229회에 걸쳐 OOO원의 가짜 계산서 및 세금계산서를 수취하여 외주비로 계상하였음이 확인된 것으로 조사하였다.

(마)인건비 허위 계상과 관련한 검찰 수사결과에 의하면 2006.1.2. 청구법인 사무실에서 실제 급여를 지급하지 않은 고OOO에게 급여를 지급한 것처럼 가장하여 청구법인이 관리하는 고OOO 명의의 차명계좌(번호 327-12-******)로 OOO원을 송금하는 등 같은 방법으로 구OOO, 김OOO, 임OOO, 홍OOO의 차명계좌에 가공인건비를 송금하여 현금으로 인출하거나 다른 개인계좌나 차명계좌로 이체하여 총 463회 합계 OOO원의 가공인건비를 계상하였음이 확인된 것으로 조사하였다.

(바) 위의 내용과 같이 주OOO과 곽OOO는 청구법인을 운영하면서 공사와 관련하여 이중계약서 작성, 가짜 계산서 및 세금계산서 수취, 차명계좌를 이용하여 가공인건비를 고의적으로 계상하여 비자금을 조성하고 부가가치세 및 법인세 OOO원을 포탈하였으므로 부가가치세 및 법인세를 경정·결정하고, 「조세범처벌법」제9조 제1항과 같은 법 제11조의2 제4항 및「특정범죄가중처벌 등에 관한 법률」제8조에 따라 관할 검찰청에 고발하는 것으로 조사를 마무리 하였다.

(3) 처분청이 당초 검찰로부터 통보받아 작성한 조세범죄일람표 및 부가가치세 및 법인세 경정·결의내역은 아래 <표2>, <표3>, <표4>와 같은바, 조세범죄일람표의 2009년 제1기 OOO건설 관련분 OOO원은 공동도급사간 재화공급 관련 매출누락분으로 보았고, 이를 제외하면 실제 가공경비 총계는 OOO원이 되는 것으로(실제 가공외주비 합계는 OOO원임) 나타난다.

OOO

(4) 당초 검찰이 처분청에 자료통보한 내용과 검찰 공소장 및 법원판결문에 나타난 횡령범죄금액을 비교하여 보면, 2010.10.27. 검찰은 구속영장청구서상 횡령범죄일람표(1)에 외주비 허위계상금액으로 총 OOO원(총 229회, OOO건설분 9회 OOO원 포함)과 횡령범죄일람표(2)에 인건비 허위계상금액으로 총 OOO원(총 691회로 이 중 청구법인 관련분은 총 463회 합계 OOO원임)을 기재하였고, 검찰 공소장(2010.11.12.) 및 법원의 확정판결문(서울고등법원 2011.8.12. 선고 2011노101 판결)에는 횡령범죄일람표(1)에 외주비 허위계상금액으로 총 OOO원(총 201회, OOO건설분 8회 OOO원 포함)과 횡령범죄일람표(2)에 인건비 허위계상금액으로 총 OOO원(총 691회로 이 중 청구법인 관련분은 총 463회 합계 OOO원임)이 기재된 것으로 나타난다.

(5) 이 건 심판청구와 관련한 청구법인의 주요 세부주장 및 주장의 근거로 제시한 관련 증빙은 다음과 같다.

(가) 검찰은 2010.11.12. 인천지방법원에 공소장을 제출하면서 외주비 가공계상금액과 관련하여 당초 처분청에 통보한 횡령범죄일람표(1)의 내용을 변경하여 첨부하였는바, 처분청은 이 건 부가가치세 및 법인세를 경정·결정할 당시 범죄금액이 확정되기 이전에 작성한 구속영장청구서상 횡령범죄일람표(1)의 내용이 아닌 범죄금액을 확정한 공소장에 입각하여 조세포탈금액을 산정하여야 하였음에도 이를 간과하였으므로, 공소장에 첨부된 횡령범죄일람표(1)을 기준으로 아래 <표5>의 내용과 같이 조세범죄일람표 금액을 재작성하여 이를 과세기준으로 삼았어야 한다고 주장하며, 검찰 공소장 및 법원 확정판결문 사본을 제출하고 있다.

OOO

(검찰의 당초 처분청 통보금액은 OOO원)은 공동도급사간 공사원가 정산과 관련된 금액으로 당초부터 부가가치세 과세대상이 아니므로 해당 과세기간의 부가가치세 및 법인세 과세표준에서 차감하여야 하고 상여처분에서도 제외하여야 한다고 주장하면서, 인천시립도서관 민간투자시설사업 공사도급계약서(2007년 6월 작성) 및 제1차, 제2차 변경계약서를 제출하고 있는바, 인천시립도서관 민간투자시설사업 공사도급계약서(2007.6.13.작성)에 의하면 공사명은 인천시립도서관 민간투자시설사업 설계 및 시공으로 발주처(사업시행자)는 인천지식정보센터 주식회사, 시공관련 계약상대자(시공자)는 청구법인(시공비율 27%), OOO건설(23%), 대상종합건설(20%), 제이에스건설(20%), 한동건설(10%)로 되어 있고, 공동수급체 각 구성원은 연대하여 계약상의 의무이행을 완수할 것을 각각 확약한다고 되어 있으며, 도급금액은 금 OOO원(순공사비는 OOO원임)으로 되어 있고, 2007년 11월 중 1차 변경계약(도급계약 금액 중 제세공과금 조정)후, 2008.12.12. 순 공사금액을 OOO원으로 변경하는 2차 변경계약을 체결한 것으로 나타난다.

(다) 청구법인은 검찰이 가공 인건비로 조사하여 처분청이 청구법인의 2005～2009사업연도 소득금액에 가산하고 상여처분한 금액은 OOO원인데, 이 중 청구법인이 실제 지급하고 정당하게 법인경비로 처리한 금액은 면허대여 기술자 지급수수료 OOO원과, 청구법인의 직원급여(공동도급현장 근무) OOO원의 합계 OOO원이므로 이를 손금인정하고 상여처분에서 제외하여야 한다고 주장하며 “별지1”의 실제경비 지급명세서를 제출하고 있다.

(라) 청구법인이 법인 장부와는 별개로 부외처리한 금액 중 금융자료 등 객관적으로 입증가능한 금액은 OOO제외금액으로 총액은 OOO원임)이고, 그 내역은 현장근무 수당, 직원 특별상여금, 회의비 및 복리후생비, 전도금 정산액 중 법인경비 누락, 임원 전도금 정산액 중 법인경비 누락 등으로 이를 각 사업연도별 손금에 산입하여야 한다고 주장하며, “별지2”의 부외처리 법인운용자금 사용내역서를 추가로 제출하였는바, 청구법인이 수동증빙(전도금사용내역서, 통장송금거래내역, 직원자필확인서, 현장수당 규정표, 수표발행내역, 특별상여지급명세서, 식당장부, 카드명세서, 영수증, 업체청구서, 회사규정, 확인서, 비용사용명세서, 시재정산명세서 등)과 더불어 당초 제출한 2006년～2009년 회사운영자금 사용내역 명세서에는 경비총계가 OOO원으로 법인장부계상액 OOO원, 법인장부 미계상액 OOO원으로 되어 있으며, 법인장부 미계상액 OOO원 중 2010년분 OOO원을 제외한 금액은 OOO원인 것으로 나타난다.

(6) 이 건 관련 법원판결문을 보면 1심인 인천지방법원 판결(인천지방법원 2010.12.23. 선고 2010고합758 판결)에서는 검찰의 공소사실을 모두 인정하여 횡령 및 조세포탈에 대해 유죄(징역형 및 벌금)를 선고하였고, 서울고등법원의 항소심 판결(서울고등법원 2011.8.12. 선고 2011노101 판결)에서는 조세포탈죄의 고의가 없다고 하여 조세범처벌법 위반에 대해서는 무죄를 선고(벌금형 배제)하였으며, 당사자의 상고가 없어 항소심 판결이 확정된 것으로 나타난다.

(7) 위 사실관계 등을 종합하여 먼저 쟁점ⓛ에 대하여 살펴보면, 처분청이 이 건 부가가치세 및 법인세 과세표준을 경정함에 있어 검찰 공소장에 기재된 횡령범죄일람표(1)의 외주비 허위계상금액에 의한 것이 아니라, 당초 초동수사 단계에서 작성하여 처분청에 통보한 횡령범죄일람표(1)을 기준으로 단순히 검찰조사내용에 따라 과세표준을 산정한 점, 법원의 확정판결에 있어 공소장 기재금액이 변경된 사실이 없는 점 등에서 외주비 허위계상과 관련한 각 과세기간(사업연도)의 과세표준 산정은 검찰의 공소장이나 법원판결문에 기재된 금액인 OOO원을 기준으로 하는 것이 근거과세원칙에 비추어 타당하다고 판단된다(조심2010서0990, 2011.9.8. 같은 뜻임).

쟁점②에 대해 살펴보면, 공동도급공사의 공동수급체가 발주처로부터 건설공사를 공동으로 수주받아 각자의 책임과 계산하에 건설용역을 제공함에 있어 공동수급체의 대표자가 동 공사에 소요되는 재화 또는 용역을 구성원에게 공급하는 경우에 당해 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 공동수급체의 대표자가 구성원에게 세금계산서를 교부하여야 하나, 동 공사에 소요되는 재화 또는 용역을 다른 사업자로부터 공급받고 공동수급체의 대표자가 세금계산서 또는 영수증을 교부받은 경우에는 당해 대표자가 「부가가치세법 시행규칙」 제18조의 규정에 의하여 세금계산서를 교부받은 분은 그 교부받은 세금계산서에 기재된 공급가액의 범위 안에서 세금계산서를, 영수증을 교부받은 분은 같은 방법으로 영수증을 각각의 지분비율에 따라 공동수급체의 구성원에게 교부할 수 있다 할 것인바, 공사도급계약서상 OOO건설이 시공비율이 23%인 공동수급체로 확인되는 점, 「부가가치세법 시행규칙」제18조 제1항 및 제2항에서 공동도급계약에 의하여 공동수급체의 대표사가 하도급업자 등으로부터 교부받은 매입세금계산서에 대해 공동수급체 구성원에게 세금계산서를 교부할 수 있게 되어 있는 점에서 청구법인이 과소발행한 OOO원(공급대가)은 청구법인의 매출누락으로 보는 것이 타당하다고 판단된다(처분청이 당초 OOO원을 매출누락으로 보아 과세하였으나, 쟁점ⓛ이 인용되었으므로 매출누락금액은 OOO원으로 자동 조정됨)

쟁점③에 대해 살펴보면, 처분청이 가공 인건비 관련 손금불산입액 OOO원을 구체적인 조사없이 단순히 검찰 수사내용에 따라 확정한 점, 청구법인이 일부 가공경비의 실제지급 사실과 부외경비 지출사실을 각종 수동증빙을 첨부하여 입증하고 있는 점에서 청구법인이 주장하는면허대여 기술자 지급수수료 OOO원과 청구법인의 직원급여(공동도급현장 근무) OOO원, 부외경비 주장금액 OOO원이 법인업무와 관련하여 실제 지출된 것으로 보여지나, 다만, 부외경비 주장금액의 경우 청구법인이 수동증빙으로 제출한 각종 증빙서류의 총괄 명세표상 지출금액은 OOO원으로 이 건 심리과정에서 추가로 제출한 부외처리 법인운용자금 사용내역서상 지출금액인 OOO원과는 차이가 있으므로 처분청이 관련 수동증빙 등 사실관계를 재조사하여 각 사업연도별 손금산입 금액을 산정하고 이에 따라 각 사업연도별 과세표준 및 세액을 경정을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 재3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.