가. 청구법인은 2006.12.12. 설립되어 선박급유 및 운송업을 영위하는 사업자로서, 폐유 정제업을 영위하는 주식회사 OOO(이하 OOO”이라 한다)에 부산항에 정박한 외항선박으로부터 남는 유류(재생연료에 해당하나 ‘폐유’라고 통칭하며, 이하 “폐유”라고 한다)을 수집하여 납품하거나 운반하는 용역을 제공하였다.

나. OOO세무서장(이하 “조사관서”라 한다)은 2010년 11월 OOO에 대한 세무조사결과, OOO이 외국선박으로부터 폐유를 구입하고 청구법인은 이를 운반하고 거래대금의 전달만 한 것으로 장부기장하였으나,실제로는 청구법인이 2007년부터 2008년까지 폐유 OOO(부가가치세 포함된 금액으로, 이하 “쟁점매출금액”이라 한다)을 OOO에게 공급하고 부가가치세 및 법인세를 신고누락한 것으로 보아 처분청에 과세자료로 통보하였고, 처분청은 이에 따라 청구법인에게 2011.8.12.부가가치세 2007년 제1기 OOO, 2007년 제2기 OOO, 2008년 제1기 OOO, 합계 OOO을 경정·고지하였으며, 청구법인은 이에 불복하여 2011.10.28. 심판청구하였으나 2012.3.30. 기각결정을 받았다.

다. 처분청은 이후 쟁점매출금액 OOO을 법인세 과세연도의 익금에 산입하여 2012.3.2. 법인세를 경정·고지하였으나 청구법인이 납세고지서를 받지 못하였다고 고충청구하자 이를 취소하고 2012.11.14. 청구법인에게 법인세 2007사업연도분 OOO, 2008사업연도분 OOO을 각각 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2013.1.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 2007사업년도 귀속 법인세신고서시 신고한 매출원가 중유류원가로 기재한 금액은 허위증빙에 의한 것으로 법인소득금액을 계산함에 있어서 증빙서류가 허위인 경우에 해당하므로 청구법인의 소득금액을 실지조사방법이 아닌 추계로 결정하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인의 쟁점매출금액에 대하여 익금산입하여 법인세를 과세하였는바, 청구법인이 폐유매출누락에 대한 대응원가로 제시한 폐유매입증빙(CERTIFICATE OF RECEIPT, 수취증명서)은 경찰의 수사결과 허위로 사후작성된 서류임이 확인된바 있으며, 매출누락분이외에 당초 신고는 정당한 신고로 추계결정사유에 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

매출누락금액을 익금산입하여 법인세를 경정·고지한 처분에 대하여당초 신고한 매출원가가 허위이므로 소득금액을 추계로 결정하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법 제66조 [결정 및 경정] ② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

(2) 법인세법 시행령 제104조 [추계결정 및 경정] ① 법 제66조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

② 법 제66조 제3항 단서의 규정에 의한 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 1의 방법에 의한다.

1. 사업수입금액에서 다음 각 목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

가. 매입비용(사업용 고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)와 사업용 고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액

나. 대표자 및 임원 또는 사용인의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액

다. 사업수입금액에 「소득세법 시행령」제145조의 규정에 의한 기준경비율(이하 “기준경비율”이라 한다)을 곱하여 계산한 금액

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 과세자료처리복명서 등 심리자료에 의하면,처분청은 조사관서가 OOO에 대한 조세범칙조사 실시결과 통보한 과세자료(2007년 제1기부터 2008년 제1기 부가가치세 과세기간에 세금계산서 수취분 이외에 OOO이 청구법인으로부터 폐유 OOO을 공급받았다는 내용)에 대하여 청구법인의 소명을 받은 뒤, 청구법인이 OOO에게 세금계산서 교부없이 폐유 OOO(쟁점매출금액)을 현금매출하고 부가가치세 및 법인세를 신고누락한 것으로 확정하여 2011.8.12. 부가가치세를 경정·고지하였고, 이에 청구법인은 실매출자가 아니라며 2011.10.28. 우리 원에 심판청구하였으나 기각되었고, 이후 처분청은 쟁점매출금액(2007사업연도 귀속 OOO, 2008사업연도 귀속 OOO)을 각 사업연도의 익금에 산입하고 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 2012.11.14. 청구법인에게 이 건 법인세를 경정·고지한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인은 신고누락된 2007사업연도 귀속분 쟁점매출금액을 처분청이 익금에 산입하여 경정한 결과, 결정소득율이 34.99%로 추계방법으로 인한 소득율(9.8%)과 많은 차이가 발생하고, 또한 2007사업연도 귀속분에 대한 법인세 신고시 허위증빙에 의하여 매출원가를 계상한 것이므로 소득금액을 추계결정할 것을 주장한다.

(3) 그러나, 청구법인은 이미 경찰수사결과 사실이 아닌 것으로 밝혀진 수취증명서(CERTIFICATE OF RECEIPT)를 신고누락한 쟁점매출금액에 대한 매출원가에 대한 증빙이라고 제시한 것 이외에 별도 비용에 대한 입증을 하지 못하였고, 2007사업연도 귀속분에 대한 법인세 신고시 허위증빙에 의하여 매출원가를 계상하여 「법인세법 시행령」제104조 제1항 제1호에 규정한 장부의 중요한 부분에 하자가 있는 경우에 해당된다고 주장하면서 이에 대한 입증자료는 제시하지 못하고 있다.

(4) 살피건대, 법인세의 과세표준과 세액을 결정·경정함에 있어 「법인세법」제66조 제3항 단서 및 같은 법 시행령 제104조 제1항의 규정에 의한 추계결정은 과세표준과 세액결정의 근거가 되는 납세자의 장부와 증빙서류 등이 없거나 그 내용이 미비 또는 허위여서 근거과세의 방법으로 사용할 수 없는 경우에 예외적으로 인정되는 것이므로 실지조사가 불가능하여 추계의 방법에 의할 수 밖에 없는 경우에 한하여 추계조사결정을 허용하는 것으로 볼 수 있는바(국심 2007중4956, 2008.11.28. 같은 뜻), 실지조사에 의한 부과처분이 결과적으로 추계과세에 의한 부과처분보다 불리하다거나 납세자 스스로 추계의 방법에 의한 조사를 원하고 있다는 사유만으로는 추계과세요건이 갖추어진 것이라고 볼 수 없다 할 것이다(대법원 1997.9.26. 선고 96누8192 판결 참조).

또한, 납세자가 법인세의 과세표준 등 신고에 있어 신고누락한 매출액 등의 수입이 발견되면 과세관청으로서는 그 누락된 수입을 익금에 산입할 수 있고, 만약 납세자가 과세표준 등 신고에 있어 익금에 산입될 수입의 신고만을 누락한 것이 아니라 손금에 산입될 비용에 관하여도 신고를 누락한 사실이 있는 경우에는 그와 같이 비용을 신고누락하였다는 사실에 관하여는 그 비용의 손금산입을 주장하는 자의 입증에 의해 비용의 존재와 비용액을 가려야 할 것이며, 그와 같은 입증이 없는 이상 사실상 그와 같은 별도비용은 없다고 할 수 있을 것이다(대법원 1999.11.12. 선고 99두4556 판결 참조).

그렇다면, 처분청이 청구법인의 소명을 거쳐 쟁점매출금액이 법인세 신고시 신고누락된 것으로 확인하여 이를 익금산입하여 이 건 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없어 보이는 반면, 청구법인은 쟁점매출금액만 신고누락한 것이 아니라 손금에 산입될 비용도 신고누락하였다는 사실을 입증하지 못하였고, 처분청이 산정한 소득금액이 잘못되었음에 대하여 아무런 입증을 하지 아니한 채 단지 결정소득율이 추계방법에 의한 소득율과 차이가 있다는 사실 및 구체적인 입증이 없이 당초 신고한 매출원가가 허위라는 주장만을 하고 있으므로 추계조사결정의 요건이 갖추어진 것으로 볼 수 없다.

(5) 따라서, 청구법인이 신고누락한 쟁점매출금액을 처분청이 익금산입하여 법인세를 경정·고지한 처분에 대하여 당초 신고한 매출원가가 허위이므로 소득금액을 추계로 결정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.