청구법인은 부산직할시 사하구 OO동 O OOOO에서 OO상업중·고등학교를 운영하는 학교법인으로서, 청구법인이 소유하고 있는 학교부지(부산직할시 중구 OO동 OOOOO외 5필지 6,477평방미터, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 주식회사 OO주택에 양도하고, 주식회사 OO주택은 그 대가로 부산직할시 사하구 OO동 O OO외 4필지위에 건물 5,468.4평방미터(이하 “신축건물”이라 한다)를 신축하여 주기로 82.4.15 약정하고, 그 약정에 따라 청구법인이 83.3.29 쟁점토지의 소유권을 주식회사 OO주택 앞으로 이전한 사실에 대하여,

처분청이 89.3.17 청구법인에게 특별부가세 133,316,470원 및 동방위세 24,612,270원을 부과하였는 바,

청구법인은 이에 불복하여 89.5.15 심사청구를 거쳐 89.8.28 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장

청구법인은 학교법인으로서 쟁점토지와 신축건물을 상호교환한 것이어서 양도차익이 발생하지 아니하였으므로 이 건 부과처분은 취소하여야 하고, 또한 쟁점토지의 양도시기는 실질적으로 교환한 날인 82.4.15이므로 국세부과의 제척기간이 경과한 후의 처분으로서 취소하여야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견

법인세법 제59조의 2 제1항에서 “특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물과 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다”라고 규정하고 같은조 제2항에서 “제1항에서 양도라 함은 토지등에 대한 등기에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자등으로 인하여 그 토지등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다...”라고 규정하고 같은조 제4항에서 “토지등의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다”라고 규정하고, 동법시행령 제124조의2 제7항에서 “법제59조의 2 제4항의 취득시기 및 양도시기에 관하여는 소득세법시행령 제53조의 규정을 준용한다”라고 규정하고 있으며, 소득세법시행령 제53조 제2항에서 “완성 또는 확정되지 아니한 자산을 양도 또는 취득한 경우에 당해 대금을 청산한 날까지 그 목적물이 완성 또는 확정되지 아니한 경우에는 그 목적물이 완성 또는 확정된 날을 그 양도일 또는 취득일로 본다”라고 규정되어 있는 바,

이건의 경우 청구법인이 이전할 새로운 학교건물이 완성된 1983.3.29자를 취득 및 양도일로 보아서 소유권이 이전한 것은 앞에서 열거한 관련규정에 의한 부동산의 양도에 해당하여서 특별부가세를 부과한 당초처분은 정당한 것으로 보여져 달리 잘못을 발견할 수 없고 청구주장은 관계법규를 오해한 것으로 보여져 받아 들이지 아니하고,

법인세법 제59조의 3 제2항 제3호에서 “사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 기본재산을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득”의 경우는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제하도록 규정하고 동 제3항에서 “제2항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 신청하는 경우에 한하여 이를 적용한다”고 규정하여서, 이 건의 경우 청구법인이 면제규정에 해당한다 하더라도 전시한 법정기한내에 신청사실이 없어서 처분청의 당초처분은 관계법규를 준수하여서 한 정당한 처분으로 보여져서 청구주장은 받아들이지 아니한다는 의견이다.

4. 쟁 점

가. 법인세법 제59조의 3 제2항 제3호의 규정에 “사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 기본재산을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득”은 특별부가세를 면제하도록 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 특별부가세면제대상인지 여부

나. 토지와 건물을 상호 교환할 경우 양도차익이 발생하지 아니하므로 특별부가세 과세대상이 아닌지 여부

다. 청구법인과 주식회사 OO주택이 82.4.15 쟁점토지와 신축건물을 교환하기로 약정하였는 바, 법인세법상 양도시기는 82.4.15이므로 89.3.17 부과한 이 건의 부과처분은 국세부과의 제척기간이 경과한 후의 처분인지 여부

5. 심리 및 판단

청구법인은 82.4.15 주식회사 OO주택과 쟁점토지와 신축건물을 교환하기로 약정하고, 그 약정에 따라 83.3.29 쟁점토지의 소유권을 주식회사 OO주택 앞으로 이전하고, 처분청에 법인세법 제59조의 3 제3항의 규정에 의한 특별부가세 면제신청서를 제출하지 아니한 사실에는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없고, 다툼이있는 사항에 대하여 쟁점별로 살펴보면,

가. 쟁점토지는 학교부지로서 학교법인이 소유하는 기본재산이므로 법인세법 제59조의 3 제2항 제3호의 규정에 의하여 특별부가세가 면제되는지에 대하여 보면,

학교법인의 기본재산을 양도하고 특별부가세 면제신청서를 제출하지 아니한 이 건의 경우, 법인세법 제59조의 3 제2항 제3호, 같은법시행령 제124조의8 제4항 및 같은법 시행규칙 제68조 제11항의 규정에 의한 특별부가세 면제신청서의 제출은 같은법 제59조의 3 제3항의 규정에 비추어 특별부가세의 면제를 받기 위한 필요적 요건이므로, 이러한 면제신청서를 제출하지 아니한 청구법인의 이 건 양도소득에 대하여 위 특별부가세면제규정의 적용대상이 아니라고 본 처분청의 당초처분은 정당하고 위 면제신청서 제출규정이 훈시규정에 불과하다는 청구법인의 의견은 독단적인 견해라고 보여진다.(대법원판결 88누 4652, 89.5.9 같은취지)

나. 토지와 건물을 교환한 이 건의 경우, 특별부가세의 과세대상이 아니라는 청구법인의 주장에 대하여 보면,

법인세법 제59조의2 제1항에서 특별부가세의 과세대상은 “토지, 건물과 부동산에 관한 권리의 양도”라고 규정하고, 같은조 제2항에서 “양도”라 함은 “토지, 건물등에 대한 등기에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자등으로 인하여 그 토지등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다”고 규정하고 있어서, 교환의 경우도 특별부가세의 과세대상이 되는 것이므로 이부분 청구법인의 주장은 이유없다고 판단된다.

다. 쟁점토지의 양도시기가 청구법인과 주식회사 OO주택이 교환계약을 체결한 82.4.15이므로, 처분청의 89.3.17 부과처분은 국세부과의 제척기간이 경과하였다는 주장에 대하여 보면,

법인세법 제59조의 2 제4항과 소득세법 제27조 및 소득세법시행령 제53조의 규정에 의하여, 교환의 경우 양도시기는 교환계약을 체결한 82.4.15이 아니라 이건의 경우 그 교환약정에 따라 쟁점토지의 소유권을 이전한 83.3.29인 것이고, 국세부과의 제척기간의 기산일은 국세기본법 제26조의 2 및 같은법시행령 제12조의2의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액에 대한 신고서제출기한의 다음날인 84.4.30 〔청구법인의 사업년도는 83.3.1-84.2.28이고 법인세의 과세표준과 세액을 신고하지 아니한 이 건의 경우 법인세의 과세표준과 세액을 신고하여야 할 날은 구법인세법(85.12.23 법률 제37945 개정전의 법률) 제26조의 규정에 의하여 84.4.29일임〕 인 것이므로 84.4.30부터 5년이내인 89.3.17 청구법인에게 부과한 이 건 처분은 정당하다고 판단된다.

위와같은 점을 모아 볼 때 처분청의 당초처분은 정당하고 청구법인의 주장은 이유없다고 판단된다.

6. 결 론

이 건 심판청구 심리결과 청구인의 주장은 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.