2. 나머지 심판청구는 이를 기각합니다.

청구법인은 부동산 관리업을 영위하는 사업자로 2005.3.18. 주식회사OOOOO로부터 OOOOO OOO OOO OOO지구 재개발 사업시행권(이하 “쟁점사업시행권”이라 한다)을 150억원에 양수하기로 사업약정서를 체결한 후 계약금 및 1차 중도금에 대한 공급가액 43억원의 세금계산서(2005.4.21. 계약금 12억원, 2005.5.3. 1차 중도금 31억원, 이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 교부받아 2005년 제1기 부가가치세 신고시 매입세액으로 공제받았으며, 2005.3.7. 쟁점사업시행권을 주식회사 금호피에프브이원(당초 계약자는 OOOO주식회사였으나 OOOO주식회사 외 6개 법인으로 변경한 후 2005.4.18. 주식회사 OOOOOOOO으로 변경)에게 170억원에 양도하면서 계약금 17억원을 2005.3.22. 지급받았으나 이에 대한 세금계산서(이하 “쟁점매출세금계산서”라 한다)는 2005.4.16.자로 교부하여 부가가치세 신고를 하였다.

처분청은 위 쟁점사업시행권의 양도자가 주식회사 OOOOO가 아닌OOOOOO주식회사로 보고 쟁점매입세금계산서를 실물거래가 없는 가공매입으로 보아 매입세액을 불공제하고, 쟁점매출세금계산서는 공급시기가 다른 세금계산서로 보아 매출처별세금계산서합계표불성실가산세를 가산하여 2005.12.5. 청구법인에게 2005년 제1기분 부가가치세 672,968,920원을 경정하여 고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2006.3.2. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점매입세금계산서는 쟁점사업시행권을 2004.8.10. 청구법인이 OOOOOO주식회사로부터 150억원에 양수하기로 계약하였으나2005.1.20. OOOOOO주식회사의 요청에 의하여 계약을 해지하였으며, 이에 따라 당초 쟁점사업시행권을 가지고 있었던 주식회사 OO이 2005.3.18. 주식회사 OOOOO에게 양도함에 따라 쟁점사업시행권을 주식회사 OOOOO로부터 양수하였으며, 쟁점사업시행권의 양도계약일(2005.3.7)이 양수계약일(2005.3.18)보다 빠른 것은 재개발사업의 특성상 사업시행권을 취득하기 위해서는 건축물 권리자 25명의 동의 등이 필수조건이므로 이 필수요건을 충족한 경우에는 관례상 사업시행권을 가지고 있는 것으로 보아 쟁점사업시행권을 양수하기 전에양도계약을 체결한 것으로 쟁점사업시행권의 양수에 관하여 사업약정서체결 및 대금을 지급한 사실이 확인됨에도 불구하고 쟁점매입세금계산서를 실물거래없는 가공자료로 보아 매입세액을 불공제하는 것은 부당하다.

쟁점매출세금계산서의 경우는 2005.3.7. 쟁점사업시행권을 당초 OOOO주식회사에 양도하였으나 OOOO주식회사의 사정에 의하여 2005.4.18. 양수자를 OOOOOOOO주식회사로 변경하였으며, 이에따라 2005.3.22. OOOO주식회사로부터 받은 17억원은 계약금으로 받은 것이 아니라 양수자 변경에 따른 계약유지를 담보하기 위한 보관금을받은 것이며, 그 후 2005.4.16. 계약금으로 대체하면서 쟁점매출세금계산서를 교부하였으므로 매출처별세금계산서합계표불성실가산세를부과하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인이 쟁점사업시행권을 주식회사 OOOOO로부터 양수한 날(2005.3.18)보다 OOOOOOOO주식회사에게 양도한 날(2005.3.7)이 더 빠른 사실 등으로 보아 주식회사 OOOOO가 쟁점사업시행권을 보유하고 있지 않은 것으로 보여지므로 쟁점매입세금계산서를 실물거래없는 가공자료로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

쟁점사업시행권을 OOOOOOOO주식회사에 양도한 사실은 인정되나, 사업약정서상 대금지급조건은 중간지급조건부거래로 청구법인이 2005.3.22. 계약금 17억원을 수령하였음에도 불구하고 쟁점매출세금계산서는 2005.4.16. 교부하였으므로 이에 대하여 매출처별세금계산서합계표불성실가산세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

재개발지역 사업시행권의 양도양수에 따라 주고받은 세금계산서에 대하여 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제 및 매출처별세금계산서합계표불성실가산세를 부과한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2006.3.24. 법률 제7876호로 개정되기 전의 것)

제9조 【거래시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

④ 제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성연월일

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

③ ∼ ⑤ (생 략)

제17조 【납부세액】

① (생 략)

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. (생 략)

1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. ∼ 5. (생 략)

③ ∼ ⑥ (생 략)

제22조 【가산세】

① ∼ ② (생 략)

③ 사업자가 제1호 및 제2호에 해당하는 경우에는 제출하지 아니하였거나 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 분의 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을, 제3호에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 1천분의 5에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우(제20조 제2항의 규정에 의하여 제출하는 경우를 제외한다)로서 대통령령이 정하는 바에 따라거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매출처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 때

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

3. (생 략)

④ ∼ ⑧ (생 략)

(2) 부가가치세법시행령(2005.12.30. 대통령령 제19215호로 개정되기 전의 것)

제21조 【재화의 공급시기】

① 법 제9조 제1항에 규정하는 재화의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 현금판매ㆍ외상판매 또는 할부판매의 경우에는 재화가 인도되거나 이용가능하게 되는 때

2. 장기할부판매의 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 반환조건부판매ㆍ동의조건부판매 기타 조건부 및 기한부판매의경우에는 그 조건이 성취되거나 기한이 경과되어 판매가 확정되는 때

4. 완성도기준지급 또는 중간지급조건부로 재화를 공급하거나 전력 기타 공급단위를 구획할 수 없는 재화를 계속적으로 공급하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때

5. 재화의 공급으로 보는 가공의 경우에는 가공된 재화를 인도하는 때

6. ∼ 12. (생 략)

② ∼ ⑤ (생 략)

(3) 도시 및 주거환경정비법(2006.9.27, 법률 제8014호로 개정되기 전의 것)

제28조 (사업시행인가)

① 사업시행자(제8조제1항 내지 제3항의 규정에 의한 공동시행의 경우를 포함하되, 사업시행자가 시장·군수인 경우를 제외한다)는 정비사업을 시행하고자 하는 경우에는 제30조의 규정에 의한 사업시행계획서(이하 "사업시행계획서"라 한다)에 정관등과 그 밖에 건설교통부령이 정하는 서류를 첨부하여 시장·군수에게 제출하고 사업시행인가를 받아야 한다. 인가받은 내용을 변경하거나 정비사업을 중지 또는 폐지하고자 하는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 때에는 시장·군수에게 이를 신고하여야 한다.

② (생 략)

③ 시장·군수는 제1항의 규정에 의한 사업시행인가(시장·군수가 사업시행계획서를 작성한 경우를 포함한다)를 하거나 그 정비사업을 변경·중지 또는 폐지하는 경우에는 건설교통부령이 정하는 방법 및 절차에 의하여 그 내용을 당해 지방자치단체의 공보에 고시하여야 한다. 다만, 제1항 단서의 규정에 의한 경미한 사항을 변경하고자 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

④사업시행자(시장·군수 또는 주택공사등을 제외한다)는 사업시행인가를 신청(인가받은 내용을 변경하거나 정비사업을 중지 또는 폐지하고자 하는 경우를 포함한다)하기 전에 미리 정관등이 정하는 바에 따라 토지등소유자(주택재건축사업인 경우에는 조합원을 말하며, 이하 이 항에서 같다)의 동의를 얻어야 한다. 다만, 사업시행자가 지정개발자인 경우에는 정비구역 안의 토지면적 50퍼센트 이상 토지소유자의 동의와 토지등소유자 과반수의 동의를 각각 얻어야 한다.

⑤ (생 략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점매입세금계산서에 대하여 살펴본다.

(가)청구법인은 쟁점매입세금계산서는 주식회사 OOOOO로부터 쟁점사업시행권을 양수하면서 계약금 및 1차 중도금을 지급하면서 교부받은 정상거래분임에도 불구하고 실물거래없는 가공자료로 보아 매입세액을 불공제하는 것은 부당하다고 주장하면서, 쟁점사업시행권 사업약정서 및 영수증, OOOOOO주식회사와의 사업약정서 및 시몬산업개발주식회사의 계약해지 통보서, 주식회사 OOOOO와 주식회사 OO과의 사업약정서 등을 증빙서류로 제출하고 있다.

주식회사 OOOOO와의 쟁점사업시행권 사업약정서 내용을 살펴보면,2005.3.18. 청구법인이 주식회사 OOOOO로부터 쟁점사업시행권인 서울특별시 OO구 신문로 2-3지구 재개발사업 시행권을 150억원(부가가치세 별도)에 양수하기로 하고, 양수대금중 계약금 12억원은 재개발사업지구내의OOOO 소유토지 등을 매수자가 매수계약을 체결할 때, 1차중도금 31억원은 사업시행인가 접수일에, 2차 중도금 73억원은 사업시행인가 통보일에, 잔금 34억원은 재개발사업 지구 내 잔여토지 및 건축물 매입이 완료된 때 각각 지급하는 것으로 되어 있으며, 영수증에는 계약금 12억원은 2005.3.22.에, 1차 중도금 34억원은 2005.5.3.에 각각 지급한 것으로 되어 있다.

청구법인과OOOOOO주식회사와의 사업약정서 및 OOOOOO주식회사의 계약해지 통보서 등을 살펴보면, 2004.8.10. 청구법인이 OOOOOO주식회사로부터 쟁점사업시행권을 150억원에 양수하기로 계약한 후 2005.1.20. OOOOOO주식회사는 동 계약을 해지한다고 청구법인에게 통보하였고, OOOOOO주식회사에 양도한 OOOO주식회사는 당초 쟁점사업시행권 소유자였던 주식회사 OO의 해지통보에 따라 2005.1.18. OOOOOO주식회사에 쟁점사업시행권 양도를 해지한 것으로되어 있으며, 이에 따라 주식회사 OOOOO와 주식회사 OO과의 사업약정서에는 2005.3.18. 주식회사 OOOOO가 주식회사 OO으로부터 쟁점사업시행권을 150억원에 양수한 것으로 되어 있다.

(나) 한편, 청구법인의 쟁점사업시행권 양수에 따른 처분청의 조사내용을 살펴보면, 청구법인이 쟁점사업시행권을 양수한 후 OOOOOOOO주식회사에 양도한 것은 정상거래분으로 인정하고 있고, 청구법인이 주식회사 OOOOO로부터 계약금 12억원 및 1차 중도금 31억원, 2차 중도금 73억원(2005.7.29. 지급)에 대한 세금계산서를 각각 교부받아 부가가치세 신고시 제출한 매입세금계산서중 계약금 12억원 및 1차 중도금31억원에 대한 쟁점매입세금계산서는 실물거래없는 가공자료로 보아 매입세액을 불공제한 반면, 2차 중도금에 대한 매입세금계산서는 정상거래분으로 보아 매입세액을 공제하였으며, 주식회사 OOOOO의 관할세무서장인 OO세무서장은 주식회사 OOOOO를 정상적인 사업자로보아 쟁점매입세금계산서(주식회사 OOOOO는 매출세금계산서) 및 2차 중도금 매출세금계산서에 대한 일부 무납부 세액에 대하여 추가고지를 한 사실이 확인된다.

(다) 이상과 같은 사실관계를 종합하여 볼 때, 청구법인이 쟁점사업시행권을 양수한 날보다 양도한 날이 더 빠른 것은 사업시행권을 취득하기 위해서는 사전에 재개발사업 지구 내의 토지소유자 등의 동의를 받아야 하는 필수조건 등에 따른 것으로 보여지고, 처분청이 주식회사 OOOOO가 쟁점사업시행권을 소유한 사실이 없는 것으로 본다면 계약금 및 1차 중도금에 대한 쟁점매입세금계산서 뿐만 아니라 2차 중도금에 대한 매입세금계산서도 가공자료로 보아야 함에도 불구하고 2차 중도금에 대한 매입세금계산서는 정상거래분으로 보아 매입세액을 공제한 것은 모순이 있으며, 주식회사 OOOOO의 관할세무서장인 OO세무서장이 주식회사 OOOOO의 실체를 인정하고 있을 뿐만 아니라 쟁점매입세금계산서를 정상거래분으로 보아 무납부 세액에 대하여 고지처분을 한 사실 등으로 보아 쟁점매입세금계산서도 정상거래분으로 판단된다.

따라서, 처분청이 쟁점매입세금계산서를 실물거래없는 가공자료로 보아 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다 하겠다.

(2) 쟁점매출세금계산서에 대하여 살펴본다.

(가)청구법인이 2005.3.7. 쟁점사업시행권을 OOOOOOOO주식회사에 양도하면서 2005.3.22. OOOO주식회사로부터 17억원을 받은 사실과 2005.4.16. 쟁점매출세금계산서를 교부한 사실, 2005.3.17. OOOO주식회사와 OOOO주식회사가 재개발사업 지구 내의 토지취득 계약을 체결한 사실 및 쟁점사업시행권의 공급시기가 중간지급조건부에 해당하는 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(나) 청구법인은 2005.3.22. OOOO주식회사로부터 받은 17억원은 계약금으로 받은 것이 아니라 양수자가 OOOO주식회사에서 OOOOOOOO주식회사로 변경됨에 따라 계약유지를 담보하기 위한 보관금으로 받은 것임에도 불구하고 이를 공급시기로 보아 쟁점매출세금계산서에 대하여 매출처별세금계산서합계표불성실가산세를 부과하는 것은 부당하다고 주장하고 있다.

(다) 청구법인과 OOOOOOOO주식회사간에 체결한 사업약정서 내용을 살펴보면, 쟁점매출세금계산서에 해당하는 계약금 17억원의 지급조건은 동 사업약정서 제7조에 “OOOO주식회사 소유 토지 및 그 지상 미완성 구조물에 대하여 ”을“(OOOO주식회사)이 매수인으로 OOOO과 매매계약을 체결하는 경우 그와 동시에 지급한다”라고 규정되어 있다.

(라) 이상과 같은 사실관계를 종합하여 볼 때, 쟁점사업시행권의 당초 양수자인 OOOO주식회사가 2005.3.17. 재개발사업 지구 내의 토지소유자인 OOOO주식회사와 토지취득 계약을 체결한 사실과 이에 따라 청구법인이 2005.3.22. OOOO주식회사로부터 계약금 17억원을 받은 사실이 확인되므로 중간지급조건부의 경우 대금지급여부에 관계없이 지급조건이 성립되어 대가의 각부분을 받기로 한 때를 공급시기로 보아야 한다는 부가가치세법 제9조 및 같은 법 시행령 제21조의 규정에 따라 계약금 17억원의 공급시기는 OOOO주식회사와 OOOO주식회사간에 토지매매계약을 체결한 날인 2005.3.17.로 보는 것이 타당한 것으로 판단된다.

따라서, 처분청이 쟁점매출세금계산서에 대하여 매출처별세금계산서합계표불성실가산세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없다 하겠다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006년 12 월 1 일

주심국세심판관 이 도 호

배심국세심판관 주 영 섭

김 완 석

장 인 태