가. 청구인은 OOO를 1994.2.16. 취득하여 보유하다가 재건축사업이 진행되어 조합원 자격으로 1999.11.3. OOO(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 취득하였으며, 이후 2006.4.27. 쟁점아파트를 OOO에 양도하고, 2007년 5월 양도소득세 신고시 산출세액 OOO에 대하여 「조세특례제한법」제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례, 이하 “쟁점특례규정”이라 한다)을 적용하여 동 세액 전액을 감면세액으로 신고하고 농어촌특별세 OOO을 납부하였다.

나. 처분청은 양도소득세 과세자료 처리시 본 건과 같이 신축주택이 재건축·재개발아파트인 경우 종전주택의 보유기간에 대해서는 쟁점특례규정이 적용되지 아니한다고 보아 쟁점아파트 취득일(1999.11.3.)부터 양도일까지의 양도소득금액에 대해서만 쟁점특례규정을 적용하여 2012.5.10. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점특례규정에 의하면 거주자가 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 감면한다고 규정하고 있고, 과세관청도 예규OOO에서 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 산식을 적용함에 있어 분모 및 분자의 기준시가는 신축주택의 취득일의 기준시가를 말하는 것으로 해석하여, 재건축 및 재개발아파트의 경우 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득에 대하여 양도소득세를 전액 감면하여 왔음에도, 처분청이 그동안의 해석관행을 뒤집어 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여 감면적용을 배제하는 것은 신의성실 및 소급과세금지의 원칙에 위배되는 것이다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점특례규정을 적용함에 있어 처분청이 그동안 종전주택의 보유기간을 포함한 전체 양도차익을 감면대상 소득으로 보아왔던 관행을 뒤집는 것이라고 주장하고 있으나, 이는 근거없는 주장으로 이를 뒷받침할만한 그동안의 해석이나 법률 규정은 없으며, 오히려 쟁점특례규정에서 그 적용대상을 “신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날(5년 이내에 양도하는 경우에는 양도일)까지의 양도소득금액”으로 분명히 규정하고 있고, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상소득에 해당하지 아니한다는 다수의 판례, 심판결정례, 국세청 해석 등이 있었으므로 청구주장은 자의적인 것에 불과하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

재건축사업에 의하여 종전주택을 멸실하여 신축주택을 취득하고 그 취득일로부터 5년 이내 양도한 경우, 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액에 대하여 「조세특례제한법」제99조의3(신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례)을 적용할 수 있는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 국세청 예규OOO를 보면, “ 「조세특례제한법」제99조 제1항 및 동법 시행령 제99조 제1항의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 ‘당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액’이라 함은 동법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 ‘취득당시’ 또는 ‘취득일’이란 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 소득세법 시행령 제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것입니다”라고 회신하고 있다.

(2) 살피건대, 「조세특례제한법」제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 신축주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화에 그 입법취지가 있으며, 동조 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등을 감안할 때, 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면에 있어 감면대상은 신축주택을 취득하여 5년 이내 양도함으로써 발생하는 소득에 한정되는 것으로 보아야 할 것이지, 종전주택 취득시부터 신축주택 양도시까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석할 수 없다고 할 것이어서 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

또한, 과세관청이 납세자에게 신축주택을 취득하기 전에 발생한 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 나타나지 아니하므로, 처분청이 신의성실 원칙 또는 소급과세금지 원칙을 위배하였다고 볼 수는 없는 것이며, 따라서 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여 「조세특례제한법」제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용을 배제하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다OOO.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.