가. 청구인은 2006.12.22. OOOOO OOO OOO OOOOO번지 소재 공장용지 1,633㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 동 지상의 공장건물 457.84㎡를 공장이전을 위하여 양도하고, 2007.2.28. 취득 및 양도당시의 기준시가에 의하여 양도소득 과세표준 예정신고를 하면서 양도소득세 104,018,420원을 납부하였다가, 청구인이 취득당시의 토지 등급가액을 잘못 적용하여 쟁점토지의 취득가액이 과소계상되었음을 이유로 2007.4.5. 처분청에 ‘청구인이 납부한 세액 중 13,620,350원을 환급하여야 한다’는 취지의 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 소득세법 제97조 제1항 소정의 취득가액 산정에 필요한 지방세법상 시가표준액이란 시장·군수·구청장이 토지의 지목·품위 또는 상황에 따라 설정하여 토지대장·임야대장 및 과세대장 등에 등재한 토지의 등급가액을 말하는 것이므로 청구인이 쟁점토지 취득당시 쟁점토지의 토지대장에 기재된 토지 등급가액을 적용하여 쟁점토지의 취득가액을 계산한 것은 잘못이 없다 하여 2007.4.13. 청구인에게 ‘경정할 이유가 없다’는 뜻을 통지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2007.7.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점토지는 OO광역시에서 공장용지로 조성하여 분양한 것으로 분양받을 당시의 토지대장에 기재된 토지등급이 없어 청구인은 부득이 등록전환전 토지인 임야의 토지등급(66등급)가액에 의하여 쟁점토지의 취득가액을 계산하였으나, 쟁점토지는 토지구획정리사업으로 토지의 지목·품위 또는 정황이 종전과 현저하게 달라졌음에도 구청장이 잠정등급을 설정하지 아니하여 종전에 설정된 토지등급가액을 적용하는 것이 불합리한 경우에 해당되므로 쟁점토지의 취득가액은 등록전환후 최초로 설정된 공장용지의 토지등급(146등급)가액이나 인근 유사토지의 토지등급(172등급)가액을 적용하여 다시 계산하여야 한다.

나. 처분청 의견

소득세법 제97조 제1항 및 같은법 시행령 제164조 제10항의 규정에 의하여 기준시가로 보는 지방세법상 과세시가표준액이라 함은 시장·군수·구청장이 토지의 지목·품위 또는 정황에 따라 등급을 설정하고 이를 토지대장·임야대장 및 과세대장에 등재한 토지등급가액을 말하는 것인데, 쟁점토지는 취득당시의 토지등급이 엄연히 존재하고 있으므로 취득당시의 토지등급 가액에 의하여 쟁점토지의 취득가액을 계산한 당초 신고내용이 타당하다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지 취득당시의 토지등급이 없는 것으로 보아 인근 유사토지의 토지등급가액 등을 적용하여 취득가액을 다시 산정하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법(2006.12.30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】 ① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득 당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

제99조 【기준시가의 산정】 ① 제96조 제2항, 제97조 제1항 제1호 가목 단서, 제100조 및 제114조 제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.

1. 제94조 제1항 제1호의 규정에 의한 토지 또는 건물

가. 토지

「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.

(2) 소득세법시행령(2007.2.28. 대통령령 제19890호로 개정되기 전의 것) 제164조 【토지·건물의 기준시가 산정】 ① 법 제99조 제1항 제1호 가목 단서에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 개별공시지가가 없는 토지와 지목 및 이용상황등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」 제9조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장(납세지 관할세무서장과 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지 관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장)이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 「지방세법」제111조 제2항 제1호 단서의 규정에 따라 시장·군수가 산정한 가액을 평가한 가액으로 하거나 2 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 당해 토지에 대한 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있다.

1. 「지적법」에 의한 신규등록토지

2. 「지적법」에 의하여 분할 또는 합병된 토지

3. 토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여 「지적법」상의 지목이 변경된 토지

4. 개별공시지가의 결정·고시가 누락된 토지(국·공유지를 포함한다)

④「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의하여 1990년 8월 30일 개별공시지가가 고시되기 전에 취득한 토지의 취득당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 계산한 가액으로 한다. 이 경우 다음 산식중 시가표준액은 법률 제4995호로 개정되기 전의 「지방세법」상 시가표준액을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1987.5.13. 쟁점토지에 공장건물을 신축하여 ‘제조, 제재업’을 영위하다가 공장이전을 위하여 2006.12.22. 공장부지인 쟁점토지와 동 지상의 공장건물을 양도하고, 2007.2.28. 취득 및 양도당시의 기준시가에 의하여 양도소득 과세표준 예정신고를 하였는 바, 동 신고서상 쟁점토지의 취득일자는 1987.3.24.로, 동 지상건물의 취득일자는 1987.5.13.로 기재되어 있다.

(2) 쟁점토지는 OO광역시에서 공장용지로 조성하여 분양한 OOOOO OO산업단지내 공장용지로 OOOO산업단지관리공단이사장이 교부한 「OO공단 공장용지 분양관리대장」에 의하면, 쟁점토지의 분양위치가 ‘OO공단 OOO OO’로, 분양면적이 ‘494평’으로, 분양일자가 ‘1986.9.10.’로 기재되어 있고, 쟁점토지상의 공장건물에 대한 건축물관리대장과 건물 등기부등본에 의하면, 청구인은 1987.3.24. 동 공장건물에 대한 건축허가를 받고, 1987.5.13. 공장건물 신축을 완료하여 동일자로 사용승인을 받았으며, 1987.8.18.자로 소유권 보존등기를 한 사실이 확인된다.

(3) 청구인은 이와 같이 1986.9.10.에 공장용지를 분양받고, 일정기간이 경과한 1987.3.24.에 공장 건축허가를 받은 이유 및 건축허가를 받은 날을 쟁점토지의 취득시기로 신고한 이유에 대하여 쟁점토지에 대한 계약금 이외에 첫회 부불금을 지급한 다음에 건축허가에 필요한 동의를 받을 수 있었기 때문이라고 소명하고 있는 바, 분양대금 완납일자가 1989.7.4.로 확인되는 점으로 보아 청구인은 1999.12.31. 대통령령 제16664호로 개정되기 전의 소득세법시행령 제162조 제1항 제3호의 규정에 의한 장기할부조건(자산의 양도대금을 3회이상 분할하여 수입하고, 첫회 부불금지급일의 다음날부터 최종의 부불금지급일까지의 기간이 1년 이상인 경우)으로 공장용지를 취득한 것으로 보이므로 청구인의 공장용지 취득시기는 청구인이 당초 신고한 바와 같이 청구인이 쟁점토지를 분양받고 첫회 부불금을 납입한 날인 1987.3.24.로 보는 것이 타당하다고 보인다.

(4) 또한, 쟁점토지의 토지대장 및 토지 등기부등본에 의하면, 쟁점토지는 당초 OOOOO OOO OOO OOOOO번지 소재 임야로서 1984.7.1.자 토지등급이 66등급으로 부여되어 있었으나, 공장용지로 조성하는 과정에서 시장·군수·구청장이 종전의 토지와 달라진 품위와 정황 등을 반영한 잠정등급을 설정한 사실이 없고, 1988.6.14.자로 OO광역시의 명의로 소유권 이전등기가 접수되었으며, 1988.10.28.자로 등록전환되어 지번과 지목이 OOOOOO OOO OOO OOOOOO 및 ‘공장용지’로 변경됨과 동시에 새로운 토지등급이 146등급으로 부여되었고, 1988.11.9.자로 토지등급이 177등급으로 수정된 후, 1989.7.12. 청구인의 명의로 소유권 이전등기가 접수되었는 바, 등기원인은 ‘1989.7.4.자 매매’라고 기재되어 있다.

(5) 이상의 사실에 기초하여 청구인은 쟁점토지 취득후 공장용지로서 최초로 등급이 설정된 1988.10.29.자 토지등급인 146등급을 적용하거나, 인근 유사토지인 같은곳 OOOOOO번지의 토지등급(1986.7.14. 공장용지로 수정된 최초등급 172등급) 또는 같은곳 OOOOOO번지의 토지등급(1987.8.1 공장용지로 수정된 최초등급 176등급) 등을 적용하여 쟁점토지의 취득가액을 다시 계산하여야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(가)기준시가에 의하여 양도차익을 계산함에 있어서 환지예정지로 지정된 토지를 취득하여 환지후 양도한 경우, 취득일 현재의 토지등급은 토지구획정리사업 시행으로 달라진 지목·품위 및 정황을 반영한 토지등급을 적용함이 타당하고, 토지구획정리사업지구내 토지로서 환지예정지의 지정으로 토지의 지목·품위 또는 정황이 현저히 달라졌음에도 시장 군수가 잠정등급을 설정하지 아니하여 종전에 설정된 토지등급가액을 적용하는 것이 불합리한 경우에는 당해 토지와 지목·품위 및 정황이 유사한 인근토지의 등급가액을 적용하거나 환지예정지 지정일로부터 최초 잠정등급 설정일까지 지가변동이 없었다고 인정되는 경우에는 비록 취득일 이후에 장점등급이 설정되었다 하더라도 최초로 설정된 잠정등급가액을 적용하는 것이 타당하다고 할 것이다(국심 OOOOOOO, 2004.7.21. 참조).

(나) 그런데, 위에서 살펴본 바와 같이 쟁점토지는 1987.3.24. ‘공장용지’로 취득되었고, 1988.10.28 환지되어 공장용지로 등록전환된 사실이 확인되어 취득당시에는 환지예정지로서 환지전과는 달라진 지목·품의 및 정황에 의하여 분양되었다고 보이나, OOOOO OO구청장이 이를 반영하여 설정한 잠정등급이 없었던 것으로 확인되고, 청구인이 제시한 인근토지가 쟁점토지와 지목 및 이용상황등 지가형성요인이 유사한지 여부도 확인되지 아니하므로 쟁점토지의 취득가액은 소득세법시행령 제164조 제1항의 규정을 적용하여 쟁점토지와 지목 이용상황등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 하여 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」 제9조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장이 평가한 가액으로 하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

5. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.