가. 청구법인은 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)으로부터 보세구역 내에서 해상유를 공급받고 2019.1.31. 공급가액 합계 OOO의 (영세율)전자세금계산서 4매(이하 “당초영세율세금계산서”라 한다)를 교부받았다가, 쟁점법인이 2019.3.11. 당초영세율세금계산서에 대하여 감액하여 동일한 공급가액의 수정(일반)전자세금계산서 4매(이하 “수정일반세금계산서”라 한다)를 발행하여 이를 교부받았고, 2019년 제1기 예정신고기간에 대한 부가가치세 신고시 상기 수정일반세금계산서상 매입세액 상당액을 공제하여 OOO의 환급을 신청하였다.

나. 처분청은 상기 수정일반세금계산서의 발급은 OOO세무서장이 2019.2.26.～3.13. 쟁점법인에 대한 현지확인(전자세금계산서 조기경보 현장확인)을 실시하여 ‘보세구역 내에서 해상유를 공급한 것은 영세율 적용대상이 아닌 것으로 확인하고 과세자료를 작성한 것’에 따른 것으로, 「부가가치세법 시행령」제70조 제1항 제9호에 따라 수정세금계산서의 발급이 인정되지 아니하는 ‘세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우’에 해당한다고 보아 2019.5.13. 청구법인이 환급신청한 2019년 제1기 부가가치세 OOO중 수정일반세금계산서의 매입세액 상당액 OOO과 가산세 OOO을 차감한 OOO을 환급하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.5.17. 이의신청을 거쳐 2019.7.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 쟁점법인으로부터 2019년 1월 보세구역 내에서 해상유를 공급받았고, 쟁점법인은 이를 영세율 대상으로 착각하여 청구법인에게 당초영세율세금계산서를 교부하였다가, 2019.2.20.경 OOO세무서장으로부터 실제매출 여부와 관련한 현지확인을 받으면서 정상매출에 해당하나 수정세금계산서 발행대상이라고 지도받아 2019.3.11. 수정일반세금계산서를 청구법인에게 수정발급한 것이다.

이에 처분청은 수정일반세금계산서가 「부가가치세법 시행령」제70조 제1항 제9호에 해당하는 ‘과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우’로 보아 그 매입세액상당액을 환급할 세액에 포함하지 아니하였으나, 「국세기본법」제22조에 비추어 납세의무의 확정이란 ‘이미 성립한 납세의무에 대하여 과세요건사실을 파악하고 세법을 적용하여 과세표준과 세액을 계산하는 등 그 내용을 구체적으로 확인하는 절차’라 할 것인데, 신고세목인 부가가치세의 경우 납세의무자가 과세표준과 세액을 정부에 신고하였을 때 확정되고, 납세의무자가 과세표준과 세액을 신고하지 않거나 신고한 과세표준과 세액이 세법이 정하는 바에 맞지 않는 경우에는 정부가 그 과세표준과 세액을 결정하거나 경정하는 때에 그 결정 또는 경정에 따라 확정되는 것으로 ‘결정’이란 최초로 납세의무를 확정하는 처분, ‘경정’이란 이미 확정된 납세의무의 내용을 변경하는 처분을 말하는 것이다.

이와 같이, 청구법인의 수정일반세금계산서와 관련된 부가가치세는 청구법인이 2019.4.25. 이를 처분청에 신고하였을 때 확정되고, 확정된 이후에야 경정처분이 이루어진다고 할 것인데, 그러한 부가가치세 신고기한 이전에 이루어진 수정일반세금계산서의 수취를 ‘과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우’에 해당한다고 보는 것은 너무나 가혹한 처분이다.

나. 처분청 의견

「부가가치세법 시행령」제70조 제1항 제9호는 세율을 잘못 적용하여 세금계산서를 발급한 경우 수정세금계산서를 발행할 수 있으나 ‘같은 항 제5호 각목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 및 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다’고 규정하고 있는데, OOO세무서장의 쟁점법인에 대한 ‘전자세금계산서 조기경보 현장확인’은 같은 항 제5호 나목의 ‘세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우’에 해당한다고 할 것이다.

OOO세무서장이 당초영세율세금계산서에 대하여 작성한 현장확인보고서를 보면 ‘영세율로 작성된 세금계산서를 검토한바, 보세구역 내 국내사업자간 거래는 과세거래로 현재 과세기간 미경과하여 세금계산서 수정발급 여부 및 가산세 관련자료를 생성하여 담당자에게 인계하고자 함’으로 기재되어 있는 점에 비추어, 당초영세율세금계산서를 잘못 발급된 사실에 대하여 과세기간이 경과하면 경정할 것으로 보여지고, 쟁점법인도 현장확인 당시 당초영세율세금계산서가 잘못 발급된 사실을 알고 그 이후인 2019.3.11. 수정일반세금계산서를 발급하였다.

또한 「부가가치세법 시행령」제70조 제1항 제5호 나목의 ‘세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우’를 적용함에 있어, 현지출장 착수 등이 과세기간 내인지 과세기간 후인지 관계없이 착수한 사실만으로 ‘제5호 각목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우’에 해당한다고 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

수정일반세금계산서의 발행이 현장확인 이후에 이루어진 것으로 「부가가치세법 시행령」제70조 제1항 제9호에 따른 수정세금계산서 발급사유에 해당하지 않는 것으로 보아 그 매입세액을 불공제하여 환급을 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점법인은 2018.5.25. 개업한 법인으로 개업 이후 매출은 청구법인에 대한 매출이 전부인바, 2019년 제1기 예정신고기간 중인 2019.2.1. 당초영세율세금계산서(작성일자 : 2019.1.31.)를 발급하였다가, 2019.3.11. 당초영세율세금계산서를 감액하고 수정일반세금계산서(작성일자 : 2019.1.31.)를 발급한 내역은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 쟁점법인의 당초영세율세금계산서와 수정일반세금계산서 발행내역

(단위 : 원)

(2) OOO세무서장은 2019.2.26.～3.13. 자료상 조기경보시스템에서 ‘매입대비 매출과다 신규사업자’ 유형으로 당초영세율세금계산서에 대한 현장확인을 실시하였는데, OOO세무서장이 현장확인 결과 작성한 ‘현장확인 보고서’에는 아래 ＜표2＞와 같이 기재되어 있다.

＜표2＞ 쟁점법인에 대한 OOO세무서장의 현장확인 결과 중 ‘3. 확인사항’

(3) 처분청은 청구법인이 매출(영세율)에서 수정일반세금계산서상 관련매입세액 등을 공제하여 환급신청한 것에 대하여 수정일반세금계산서의 매입세액 상당액 OOO과 가산세 OOO차감한 OOO을 환급하였는데, 매입세금계산서와 관련하여 처분청이 검토하면서 작성한 ‘부가가치세 환급결정 보충조서’ 중 상기 OOO세무서장의 현지확인과 관련한 것을 제외한 것은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 처분청의 ‘부가가치세 환급결정 보충조서’ 중 일부

(4) 처분청은 청구법인의 이의신청이 있은 후인 2019.5.29. 국세청장(법령해석과)에 법령해석자문신청을 하였고, 국세청장이 2019.6.19. 그에 대하여 회신한 내용은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 이 건 환급처분과 관련한 국세청장의 법령해석에 대한 회신