처분청은 비영리학교법인인 청구인이 1994.9.29.ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지 토지 49,978.5㎡(부산광역시에 수용된 토지 및 도로부지 2,802㎡제외, 이하 “이건 토지”라 한다)를 수익사업에 사용할 목적으로 취득한 후 일반세율에 의한 취득세 등을 신고 납부하였으나, 취득후 3년간 연평균 임대 수입금액이 이건 토지가액의 100분의 3이상이 되어야 법인의 비업무용 토지에서 제외됨에도 1995.9.15. 청구외 (주)ㅇㅇ에 이건 토지의 일부(47,558㎡)를 축구장으로 임대차하여 수입된 금액이 내부거래로서 이를 인정할 수 없으므로 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 그 취득가액(11,994,840,000원)에 구지방세법(1994.12.22 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제2항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 1,871,195,040원, 농어촌특별세 171,526,220원, 합계 2,042,721,260원(가산세 포함)을 1998.1.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 1994.9.29. 이건 토지를 취득한 후 고유업무 수행에 필요한 경비를 마련할 목적으로 임대하고 있고, 취득후 3년간 연평균 임대 수입금액이 100분의 3이상이 되는데도 청구인의 계열회사인 청구외 (주)ㅇㅇ에 임대하여 수입된 금액을 내부거래로 인정하여 임대수입 금액 계산시 이를 제외함으로써 3년간 연평균 임대 수입금액이 이건 토지가액의 100분의 3에 미달하게 되었으나, 부동산 임대 관계에 있어서 그 범위를 제한하는 규정이 없고, 일단 효력이 발생한 임대차계약은 임대인이 목적물을 임차인에게 사용·수익하게 할 수 있도록 이전할 의무만 존재할 뿐, 임대인이 우월한 지위를 이용하여 임차인에게 사용을 강제하거나 간섭할 권리가 없는데도 청구외 (주)ㅇㅇ와의 임대차 관계를 그룹산하 법인간의 내부거래로 보아 임대차계약 내용 자체를 원론적으로 부인하는 것은 법리와 사실관계를 오인한 위법 부당한 처분이라 하겠고,

또한 청구인은 부산광역시의 축구전용구장 건립 요청과 취득 목적에 따라 축구전용구장을 건립하여 동 수입금액으로 고유업무 수행에 필요한 경비를 마련하려고 부단한 노력을 경주하여 왔으나, 이건 토지 소재 지역이 군용항공기지법상 고도제한 구역으로 4m～8m 이상의 건축물은 건축이 불가능하고, 행정관청의 인·허가 등의 제한으로 인하여 축구장 건설공사를 하지 못하고 부득이 현상태로 임대하여 고유업무 수행에 필요한 경비를 마련할 수 밖에 없던 정당한 사유가 있는데도 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과 처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 비영리학교법인이 수익사업에 공할 목적으로 취득한 토지를 임대한 경우 3년간 연평균 임대 수입금액이 당해 토지가액의 100분의 3이상이 되는지 여부와 토지를 취득한 후 축구전용구장 건립을 하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로

가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면

구 지방세법 제112조제2항의 규정에서 “대통령령으로 정하는 법인의 비업무용 토지...을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다...”라고 규정하고, 지방세법시행령 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “법인이 토지를 취득한 날부터 1년(다음 각목에 정하는 토지에 대하여는 당해 각목에 정하는 기간)내에 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지...”라고 규정하고서, 라목에서 “제79조의 규정에 의한 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 토지는 3년”이라고 규정하고 있으며, 지방세법시행령 제84조의4제4항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 토지는 제1항 내지 제3항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용 토지로 보지 아니한다.”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “제79조의 규정에 해당하는 비영리법인이... 고유의 업무를 수행함에 필요한 경비를 마련할 목적으로 제78조의2제1항의 규정에 의한 수익사업을 영위하기 위하여 취득하는 토지로서 내무부령이 정하는 바에 의하여 계산한 수입금액이 취득후 3년간 연평균 당해 토지가액의 100분의 3이상인 토지. 다만, 취득후 1년 이내에 정당한 사유없이 수익사업을 개시하지 아니하는 경우와 당해 수익을 고유업무 수행과 관련이 없는 용도에 사용한 경우에는 그러하지 아니하다.”라고 규정하고, 지방세법시행령 제78조의2제1항에서 “... 수익사업이라 함은 법인세법 제1조의 규정에 의한 수익사업을 말한다”라고 각각 규정하고 있다.

나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면

처분청은 비영리학교법인인 청구인이 수익사업용에 사용할 목적으로 이건 토지를 취득한 후 일반세율에 의한 취득세 등을 신고 납부하였으나, 취득후 3년간 연평균 임대 수입금액이 당해 토지가액의 100분의 3이상이 되어야 법인의 비업무용 토지에서 제외되는데도 청구외 (주) ㅇㅇ에 축구연습장으로 임대차하여 수입된 금액이 내부거래로서 이를 인정할 수 없으므로 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세 등을 중과세한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.

그런데 청구인은 처분청이 청구외 (주) ㅇㅇ와의 임대차계약을 그룹산하 법인간의 내부거래로 보아 임대차계약 내용 자체를 인정하지 않았으나, 부동산 임대관계에 있어 그 범위를 제한하는 규정이 없는데도 이를 부인하는 것은 법리와 사실 관계를 오인한 것으로서 부당하며, 이건 토지 소재지역이 군용항공기지법상 고도 제한구역으로 4m～8m 이상의 건축물은 건축이 불가능하고, 행정관청의 인·허가 등의 제한으로 인하여 축구장 건설공사를 하지 못하고 현상태 대로 임대할 수 밖에 없었던 정당한 사유가 있는데도 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

살피건대, 구 지방세법 제112조제2항, 지방세법시행령 제84조의4제4항제1호 및 제78조의2제1항에서 종교·교육 등을 목적사업으로 하는 비영리법인이 고유의 업무를 수행함에 필요한 경비를 마련한 목적으로 법인세법 제1조의 규정에 의한 수익사업을 영위하기 위하여 취득하는 토지로서 그 수입금액이 취득후 3년간 연평균 당해 토지가액의 100분의 3이상인 토지는 제1항 내지 제3항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용 토지에서 제외하도록 규정하고 있는 바, 동 규정의 입법취지가 비영리법인의 수익사업용 토지에 대하여는 당해 토지가액 대비 일정액 이상의 임대수입이 발생하면 법인의 비업무용 토지에서 제외하도록 규정하여 비영리법인의 고유업무 수행에 필요한 토지가 중과세 되는 것을 방지함은 물론 수익사업용 토지를 방치하지 않고 효율적으로 이용하도록 유도하는 데 그 목적이 있다고 할 것이므로 사실상 수익사업을 개시하여 발생한 수입금액에 대해서만 이를 수입금액으로 인정하여야 할 것인 바, 청구인은 나대지 상태의 이건 토지를 취득하여 일정 유예기간내에 조속히 축구장을 건립하여 이의 운영을 통한 수입금액을 고유업무 수행에 필요한 경비로 사용하여야 함에도 축구장 건립이 여의치 아니하자 이건 토지중 일부 토지를 청구외 (주)ㅇㅇ에 축구연습장 부지로 임대하여 청구외 (주)ㅇㅇ로 부터 매월 일정액의 임대료를 받은 사실이 법인장부에 의해 확인되고 있으나, 제출된 관계 증빙자료(복명서, 현장사진 등)에 의하면 이건 토지가 모래와 자갈(암석) 및 철구조물 등이 적재된 나대지 상태의 토지로서 축구장으로 사용이 전혀 불가능하고, 이건 토지를 청구외 (주)ㅇㅇ에서 전혀 사용하지 아니한 사실이 확인되고 있는 이상, 비록 청구외 (주)ㅇㅇ에서 청구인에게 임대료를 지급하였다고 하더라도 축구장으로 사용이 전혀 불가능한 토지를 임대하여 임대료를 받고 있다는 것은 법인의 비업무용토지의 중과세를 면할 목적으로 서류상 형식적으로 임대차계약을 체결하여 임대료를 받고 있는 것으로 밖에 볼 수 없다고 할 것인 바, 이는 법인의 비업무용토지에 대한 중과 입법 취지와 국세기본법 제14조제2항의 규정에 의한 실질과세원칙에 위배된다 하겠으므로 청구인이 청구외(주) ㅇㅇ로 부터 받은 임대수입금액은 위 시행령 제84조의4제4항제1호 소정의 수입금액으로 인정하기 어렵다 하겠고,

또한 청구인은 이건 토지소재 지역이 군용항공기지법상 고도 제한구역으로 지정되어 있어서 건축이 불가능하였고, 행정관청의 인·허가 제한 등으로 인하여 축구장 건설공사를 하지 못하고 현상태로 임대할 수 밖에 없었다고 주장하나, 지방세법시행령 제84조의4제1항 소정의『정당한 사유』라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함된다 (같은 취지의 대법원 판결 1993.6.23, 92누1773)할 것인 바, 청구인이 이건 토지를 취득하기 이전에 이미 군용항공기지법에 의하여 고도지구제한구역으로 지정되어 있었으므로 청구인이 사전에 이를 충분히 인지할 수 있었고, 토지를 이용목적(축구경기장 건립)대로 사용하지 아니하여 1997.1.17. 부산광역시 토지이용 심사위원회 의결에 따라 국토이용관리법에 의한 유휴지로 결정되었을 뿐만 아니라, 1996.2.16. 고도지구제한이 해제되었는데도 1998.4.17. 현재까지 축구장건설 공사를 착공하지 아니한 이상, 정당한 사유에 해당되지 아니하므로 처분청이 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분은 적법하다 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1998. 4. 29.

행 정 자 치 부 장 관