가.처분청은 청구법인에 대한2003사업연도 법인세 통합조사를 실시한 바, 청구법인이 고물수집상인 부가가치세 일반사업자로부터 세금계산서 등을 수취하지 아니하고 수출상품인 중고모니터를 구입하여 법인결산시 장부상 매출원가로 계상한 사실을 확인하고 법인세법 제21조제1호에 따라 매출원가계상액 중 부가가치세 매입세액 상당액인 2002년 153,369천원, 2003년 243,656천원, 2004년 142,268천원을 손금불산입 기타처분하고 통장에 의해 확인된 2002년 원가과다 계상액 11,440천원 손금불산입, 2004년 원가 과소계상액 173,742천원 손금추인 및 세금계산서 등 증빙미수취 금액에 대한 증빙불비 가산세를 포함하여 2006.6.12. 청구법인에게 법인세 2002사업연도분 78,933천원, 2003사업연도분 120,128천원, 2004사업연도분 27,525천원 계 226,586천원을 결정고지하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2006.9.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 중고모니터를 수집하여 동남아에 수출하는 부가가치세 영세율 적용 업체로 고물수집상으로부터 중고모니터를 구입하고 매입세금계산서를 요구하였으나 고물상인들에게서 매입자료 등을 받을 수 없다는 이유 등으로 세금계산서를 발행하여 주지 않아 은행계좌 등을 통하여 고물수집상에게 지급한 매입대금을 근거로 세금계산서 등의 증빙없이 불가피하게 장부상 매출원가로 계상하였는바, 청구법인은 영세율 적용업체이고 업종(폐전선 및 중고모니터 수출) 특성상 세금계산서를 수취하지 않으면서 부가가치세 등이 포함된 가격으로 거래를 한다는 것은 현실적으로 어려우며 부가가치세가 포함되어 거래되었다는 것에 대하여 합리성이 결여 되어 있으므로 법인세법 시행규칙 제11조제1호의 취지로 보아 매입세액 공제가 불가능한 매입세액 상당액을 손금불산입한 처분은 부당하다.

(2)이에 대하여 증빙불비 가산세와 매입세액 상당액을 손금불산입 하는 것은 이중적 적용으로 너무 부당하고 가혹한 처분이므로 2002년 78,933천원, 2003년 120,128천원의 법인세 부과처분은 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1)재화를 수출하는 영세율 적용 업체라도 구매승인서, 수출하는 재화의 임가공계약서, 내국신용장 개설이 없는 경우 영세율 세금계산서를 발행할 수 없는 것이며, 청구법인의 경우 비록 수출하는 재화의 구입에 해당되나 거래처와 구매승인 및 내국신용장이 개설되지 않아 영세율 매입을 적용 받을 수 없으며, 2002년 및 2003년 수출하는 재화인 중고모니터 매입 거래처 모두가 비사업자 및 간이과세자가 아닌 세금계산서를 발행할 수 있는 일반사업자임에도 세금계산서 등 증빙을 미 수취하였음이 확인되는 바,

세금계산서를 미 수취한 총 구입대금은 부가가치세가 포함된 공급대가이며 부가가치세법 기본통칙 13-48…1에의하면부가가치세가 포함되어 있는지 불분명한 경우에는 거래금액 또는 영수할 금액의 110분의 100에 해당하는 금액이 과세표준이 된다고 규정하고 있으므로 동 과세표준금액(공급가액)을 법인세 결산시 장부상 매출원가로 계상 하여야 하고,

비록 청구법인이 부가가치세의 매입세액으로 공제받지 못하였다 하더라도 법인세법시행령 제22조제1항제3호의 규정에 해당되지 않아 매입세액 상당액을 손금인정 받을 수 없으며 법인세법 기본통칙 21-0…1에도 세금계산서를 제출하지 아니함으로써 공제받지 못한 부가가치세 매입세액은 각사업연도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정되어 있어 손금 인정 할 수 없는 것이다.

청구법인의 중고모니터 구입 거래처는일반사업자로부가가치세 과소신고 금액에 대하여 부가가치세를 추징토록 총 구매가격에 부가가치세가 포함되어 있는 것으로 보아 공급대가(부가가치세 포함 가격)로 사업장 관할세무서에 과세자료 통보하였다.

(2) 또한, 세금계산서 등 미수취에 따른 법인세 증빙불비가산세와 부가가치세 매입세액의 손금불산입과는 별개의 사안으로 증빙불비가산세는 법정증빙 미수취에 대한 의무 불이행에 따른 가산세이며 부가가치세의 매입세액 손금불산입은 제세공과금에 대한 손금불산입규정임에도 청구법인은 이를 이중적으로 적용하여 법인세 등을 부과하는 것이 부당하다는 주장은 받아 들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

세금계산서 등의 증빙을 수취하지 아니하고 구입한 상품의 총매입대금(공급대가) 중 부가가치세 매입세액 상당액을 법인세 각사업연도 소득금액 계산시 손금산입할 수 있는지와 증빙불비가산세 적용이 정당한지

나. 관련 법령

(1) 법인세법 제21조【제세공과금의 손금불산입】다음 각호의 제세공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 각 사업연도에 납부하였거나 납부할 법인세(제57조에 규정하는 외국법 인세액을 포함한다) 또는 소득할주민세와 각 세법에 규정된 의무불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액(가산세를 포함한다) 및부가가치세의 매입세액(부가가치세가 면제되거나 기타 대통령령이 정하는 경우의 세액을 제외한다)

제76조【가산세】⑤ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각호의 1에 규정하는 증빙서류를 수취하지 아니한 경우에는 동항 단서의 규정을 적용받는 경우를 제외하고는 그 수취하지 아니한 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다.

(2) 법인세법시행령 제22조【부가가치세 매입세액의 손금산입 등】① 법 제21조제1호에서 "기타 대통령령이 정하는 경우의 세액"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 부가가치세법 제17조제2항제3호의 규정에 의한 비영업용 소형승용자동차의 유지에 관한 매입세액(제31조제2항의 규정에 의한 자본적 지출에 해당하는 것을 제외한다)

2. 부가가치세법 제17조제2항제3호의2의 규정에 의한 매입세액

3. 기타 당해 법인이 부담한 사실이 확인되는 매입세액으로서 재정경제부령이 정하는 것

(3) 법인세법 시행규칙 제11조【부가가치세 매입세액의 손금산입】영 제22조제1항제3호의 규정에 의하여 손금에 산입할 수 있는 매입세액은 다음 각호의 것으로 한다.

1. 부가가치세법 제32조제1항의 규정에 의한 영수증을 교부받은 거래분에 포함된매입세액으로서 매입세액공제대상이 아닌 금액

(4) 부가가치세법 제17조【납부세액】②다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

3. 비영업용 소형승용자동차의 구입과 유지에 관한 매입세액

3의2. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령이 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 조사한 기록에 의하면, 청구법인은고물수집상인 부가가치세 일반사업자로부터 세금계산서 등을 수취하지 않고 수출상품인 중고모니터를 구입하여 법인결산시 장부상 매출원가로 계상하였고, 처분청은 그 매출원가계상액 중 부가가치세 매입세액 상당액 2002년 153,369천원, 2003년 243,656천원 계 397,025천원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 손금불산입, 기타처분하는 등으로 청구법인에게 이 건 법인세를 과세하였다.

청구법인은 재화를 수출하는 영세율 적용업체이므로 부가가치세 등이 포함된 가격으로 거래를 한다는 것이 현실적으로 어렵다고 주장하나, 부가가치세법 제11조 및 같은 법 시행령 제24조제2항에 의하면,재화를 수출하는 영세율 적용 업체라도 외국환은행의 장이 개설한 내국신용장 또는 구매확인서 등이 없는 경우에는 영세율 세금계산서를 발행할 수 없는 것이고, 청구법인의 경우 비록 수출하는 재화의 구입에 해당되나 거래처와 내국신용장이나 구매확인서 등이 개설되지 아니하여 영세율 매입을 적용 받을 수 없다.

뿐만 아니라, 청구법인은 2002사업연도 및 2003사업연도에 중고모니터의 매입처 모두가 비사업자이거나 간이과세자가 아닌 세금계산서를 발행할 수 있는 일반사업자임에도 세금계산서 등 증빙을 수취하지 아니하였으며, 부가가치세법 제13조제1항에 의하면, 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가의 공급가액이고 이에는 부가가치세는 포함되지 아니하는 것이므로 세금계산서를 미수취한 총 구입대금은 부가가치세가 포함된 공급대가이고 부가가치세가 포함되어 있는지가 불분명한 경우에는 거래금액 또는 영수할 금액의 110분의 100에 해당하는 금액이 공급가액으로서 부가가치세과세표준이 되는 것이다.

(2) 법인세법 제21조제1호에 의하면, 부가가치세의 매입세액(부가가치세가 면제되거나 기타 대통령령이 정하는 경우의 세액을 제외한다)은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정되어 있고, 법인세법시행령 제22조제1항제3호에서 법 제21조제1호에서 “기타 대통령령이 정하는 경우의 세액”이라 함은 “기타 당해 법인이 부담한 사실이 확인되는 매입세액으로서 재정경제부령이 정하는 것”으로 규정하고 법인세법시행규칙 제11조제1호에서 영 제22조제1항제3호의 규정에 의하여 손금에 산입할 수 있는 매입세액은 부가가치세법 제32조제1항의 규정에 의한 영수증을 교부받은 거래분에 포함된 매입세액으로서 매입세액공제대상이 아닌 금액으로 규정되어 있다.

(3) 살피건대, 법인세법 제21조제1호에 따라 부가가치세 매입세액 상당액인 쟁점금액은 손금불산입 대상이고 법인세법시행령 제22조제1항제3호의 예외규정에도 해당되지 아니하여 법인의 각사업연도 소득금액의 계산에 있어서 쟁점금액을 제외한 공급가액만을 매출원가로 계상하는 것이 타당하다.

(4) 한편, 청구법인은 세금계산서 등 미수취에 따른 법인세 증빙불비가산세 적용과 부가가치세 매입세액 상당액의 손금불산입 처분이 이중 적용으로서 부당하다고 주장한다. 그러나, 법인세법 제76조제5항에서 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조제2항 각호의 1에 규정하는 증빙서류를 수취하지 아니한 경우에는 그 수취하지 아니한 금액의 2%의 가산세를 징수하도록 규정하고 있으며, 기록에 의하면, 처분청은세금계산서 등 증빙 미수취한 총 공급대가에서 매입세액 상당액을 차감한 공급가액에 대하여 증빙불비가산세를 적용하였다.

여기서 증빙불비가산세는 법정증빙 미수취에 대한 의무불이행에 따른 가산세이고 부가가치세의 매입세액 손금불산입은 제세공과금에 대한 손금불산입규정으로서 별개의 사안으로서 이를 동일시 볼 수는 없는 것이다. 그렇다면, 쟁점금액의 손금불산입 처분과 세금계산서 미수취 금액에 대한 증빙불비가산세 적용이 이중 적용으로 부당하다는 청구법인의 주장은 이유없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.