청구인은 서울특별시 강남구 OO동 OOO에 거주하는 자로 84.5.21 강남구 OO동 OOOO외1필지 대지 358.18평방미터(이는 청구인의 가족 5인공유로 이하 “쟁점대지”라 한다)를 양도하고 84.6.30 자산양도차익예정신고납부를 이행하였고(산출세액 6,385,630원에서 예정신고납부세액공제 638,OOO원을 차감한 5,747,667원) 쟁점토지는 구 조세감면규제법 제63조의 규정에 의한 건축용토지를 양도한 것으로 처분청은 85.12.28 양도소득세 50%를 감면한 사실이 있으며, 또한 청구인의 행정소송결과 대법원판결에 의하여 처분청이 양도가액과 취득가액을 기준시가로 경정함에 있어(산출세액 1,851,098원에서 예정신고납부세액공제 185,109원을 차감한 1,665,989원을 양도소득세로 경정) 건축용지에 대한 50% 양도소득세액의 감면세액을 자진납부세액(1,665,989원)에 대한 50%로 계산하여 환급세액을 결정통지하자 청구인은 이에 불복 89.1.30 심사청구를 거쳐 89.3.24 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장

구 조세감면규제법 제63조 제1항에서 규정한 건축용토지에 대한 감면세액계산(양도소득세의 50%)에 있어서 “양도소득세”라 함은 산출세액을 말하는 것일뿐만아니라 자산양도차익 예정신고납부세액공제는 납세자가 법의 규정에 의하여 받은 은전이므로 감면세액(환급세액) 계산시 동 공제액부분을 배제하고 환급세액을 계산한 당초처분은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견

청구인의 주장과 같이 자산양도차익 예정신고납부세액공제를 배제한 금액의 전액을 환급한다면 자진납부세액(산출세액의 90%)을 초과한 금액으로 환급하게되어 납부한 금액에 한하여 환급하는 국세기본법 제51조 제1항의 규정에 위배된다 할 것이므로 양도소득세산출세액에서 자산양도차익 예정신고납부세액공제를 차감하여 납부한 세액의 100분의 50을 구 조세감면규제법 제63조 제1항의 건축용토지에 대한 양도소득세의 감면세액으로 계산한 당초처분은 정당하다는 의견이다.

4. 쟁점

이 건 심판청구의 다툼은 구 조세감면규제법 제63조의 규정에 의한 50% 양도소득세 환급세액을 계산함에 있어 산출세액의 50%로 할 것인지 아니면 결정세액(산출세액-예정신고납부세액공제)의 50%로 할 것인지의 여부를 가리는데 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단

구 조세감면규제법 제63조 제1항에서 “내국인이 대통령령이 정하는 건축물의 건축용지로 토지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)를 양도하는 경우에 이를 취득한 자(이하 이조에서 “실수요자”라 한다)가 대통령령이 정하는 기한내에 그 건축물을 건축한 때에는 당해토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 금액을 그 토지를 양도한 자에게 환급한다. 다만, 대통령령이 정하는 실수요자에게 양도하는 경우에는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 면제한다”라고 규정하고 있는바, 이 경우 양도소득세 또는 특별부가세가 무엇을 의미하는 것인지 본문에서는 명확하지 않으나, 동법시행규칙 제20조 제1항에서 토지를 양도한 자가 거주자인 경우에 법 제62조 및 제63조의 규정에 의한 환급금을 계산함에 있어서 환급금의 신청일 또는 그 권리의 양도일 현재 양도소득결정세액이 확정되어 있지 아니한 때에는 소득세법 제99조의 규정에 의하여 결정한 세액을 양도소득결정세액으로 보아 그 환급금을 계산하도록 규정하고 있는 것으로 보아 이는 양도소득결정세액을 의미한다고 해석된다.

이때 양도소득결정세액이란 양도소득금액에 세율을 적용한 산출세액에서 각종세액공제액을 차감한 것을 의미하는데, 세액공제에 관하여는 소득세과세표준계산에 관한 통칙 규정인 “ 소득세법 제16조 제2호”에서 각종세액공제를 열거하고 있는데 동조 동호에는 소득세법 제98조의 자산양도차익예정신고납부세액 공제가 열거되지 아니하고 있으나, 동 제16조 본문에서 “이법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는....”이라 규정하고 있는 점으로 보아 동조가 세액공제에 관한 모든 규정을 나열하고 있는 것이 아니라 할 것이며, 소득세법 제98조의 자산양도차익예정신고납부세액공제라는 것이 거주자가 자산양도차익예정신고와 함께 자진납부할 때 그 산출세액의 100분의10에 상당하는 금액을 공제하는 것이라는 면에서 보면 위 자산양도차익예정신고 납부세액공제 또한 세액공제의 일종이라 할 것이다.

그러므로 양도소득산출세액에서 자산양도차익예정신고 납부세액공제액을 차감한 세액이 양도소득결정세액이 된다 하겠다.

한편, 거주자가 납부한 세액을 환급함으로써 조세감면혜택을 주는 경우도 환급이란 납세의무자가 기납부한 세액을 환부하는 것을 의미하므로 납세의무자가 납부하지도 아니한 세액은 환급되지 아니한다 할 것인데, 이러한 관점에서 볼 때에도 자산양도차익예정신고 납부세액공제는 납세의무자가 납부한 세액이 아니므로 환급되지 아니한다 할 것이므로 환급세액을 계산함에 있어서는 자산양도차익예정신고 납부세액공제액을 차감한 금액을 기준으로 이에 대한 100분의 50이 환급되어야 할 것이다.

위와같은 점에서 볼 때 처분청이 환급세액을 계산함에 있어서 산출세액에서 자산양도차익 예정신고납부세액공제액을 차감한 금액인 결정세액의 100분의50을 환급세액으로 계산한 당초처분은 적법 정당한 것으로 판단된다.

(86.8.18 국심 86서782도 같은 취지임)

6. 결론

이 건 심판청구 심리결과 청구인의 주장은 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.