가.청구법인은 기성복 제조업을 영위하는 내국법인으로, 2008사업연도 법인세 신고시 상시 사용하는 종업원의 수를 95.4명으로 보아 산출세액(1,722,787,342원)의 20%인 OOO을 중소기업에 대한 특별감면세액으로 하였다.

나. 국세청장은 2009.11.24.부터 2010.1.6.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시하여, 청구법인이 2008사업연도 중 상시 사용한 종업원의 수가 106명이므로,「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제7조제1항 제2호 나목 및 같은 법 시행령 제6조 제5항 제1호 소정의 요건을구비하지 못하였다는 내용 등의 감사결과를 처분청에게 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2010.12.8. 청구법인에게 중소기업에 대한 세액의 특별감면을 부인하는 등의 사유로 2008사업연도 법인세 OOO경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.3.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청은 당초 감사지적 및 과세당시 상시 사용 종업원수가 106명이라고 보았으나 심판청구에 대한 답변 당시 114.3명(= 1,372개월 / 12)이라고 변경하였는데, 이는 「조세특례제한법 시행규칙」제2조 제2항 전문에 의하면 상시 사용 종업원수를 산정함에 있어 “주주인 임원, 기업부설연구소의 연구전담요원을 제외”하여야 한다고 규정하였음에도 불구하고, 주주인 임원, 전담요원 중 일부를 제외하지 아니하고 계산한 것으로, 처분청이 오류로 포함시킨 주주인 임원 3명(32개월),OOO(처분청이 재직하였다고 본 근무기간을 합하면 65개월로 이하 “쟁점전담요원”이라 한다)의 2008사업연도 중 근무기간인 97개월(8.08명)을 수정하기만 해도 상시 사용한 종업원수가 106.25명{= (1,372개월 - 97개월) / 12}으로 되는 점, 처분청은 2008사업연도 중도에 입사한 직원 11명(이하 “쟁점중도입사자”라 한다)의 입사일을 2008.1.1.로 잘못 계산하였고, 2008.1.18. 퇴직한OOO 근무기간을 10개월로 산정하는 등 98개월을 잘못 계산하였는바, 이러한 단순 착오만을 시정하여도 상시 사용한 종업원의 수는 98.08명{= (1,372개월 - 97개월 - 98개월) / 12}에 불과하게 되는 점, 또한 처분청은 프리랜서 3인(22개월)에 대하여 원천징수하였던 기간과 권고사직으로 해고된 직원 4명에게 퇴직후 수당을 지급한 기간(25개월)을 상시 사용 종업원수 산정시 포함하였는바, 동 직원들의 근무기간까지 제외하게 되면 94.16명{= (1,372개월 - 97개월 - 98개월 - 22개월 - 25개월) / 12}이 되는 점 등을 종합하였을 때, 청구법인이 2008사업연도 중 상시 사용한 종업원수는 100명 미만이라고 보아야 하므로 중소기업에 대한 특별세액의 감면을 인정하여야 한다.

나. 처분청 의견

2008사업연도 당시 제출된 청구법인의 근로소득연말정산 자료, 법인등기부등본, 법인별 주주현황에 의하여 상시 사용하는 종업원수를 재계산하여 보면 114.33명으로 나타나는 점,상시 종업원수에서 제외하여야 한다고 주장하는 직원 8명 중 OOO은 상시 종업원에서 제외되는 일용 근로자에 해당한다고 보이지만, 나머지 직원들(OOO)의 경우 근무기간 중 다른 사업 및 소득발생내역이 없고 확인서 내지 사직원 외에 다른 증빙이 없는 점, 청구법인이 프리랜서 및 권고사직자로서 상시 종업원수에서 제외하여야 한다고 주장하는 직원들(7명)에 대한 상시 종업원수 5.25명(= 63개월 /12)을 모두 제외하더라도 청구법인은 소기업의 기준(100명 미만)을 충족시키지 못하는 점, 청구법인은 자진해서 원천징수 의무를 이행하고 지급명세서를 제출하였음에도, 이후 소기업에 해당하는지 여부가 문제되자 이러한 직원들이 프리랜서 내지 실질적으로 퇴사하였다는 이유로 상시 종업원의 수에서 제외하여 달라고 주장하는바 이는 통상적이고 합리적이라고 볼 수 없는 점등을 종합하였을 때, 2008사업연도 당시 청구법인이 상시 사용한 종업원의 수가 100명 미만인 경우에 해당하지 아니하므로, 중소기업에 대한 특별세액의 감면을 인정하여서는 아니된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 2008사업연도 중 상시 사용한 종업원수를 100명 미만으로 보아, 조특법 제7조 소정의 중소기업에 대한 특별세액감면을 인정할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제7조【중소기업에 대한 특별세액감면】① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2008년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권 안에 소재하는 경우에는 모든 사업장이 수도권 안에 소재하는 것으로 보아 제2호에서 규정하는 감면비율을 적용한다.

1. 감면업종

가. 제조업

2. 감면비율

가.대통령령이 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다)이 도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업 및 관광산업(이하 이 조에서 “도매업등”이라 한다)을 영위하는 사업장 : 100분의 10

나.소기업이 수도권안에서 제1호의 규정에 의한 감면업종 중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는 사업장 :100분의 20

(2) 조세특례제한법 시행령 제6조【중소기업에 대한 특별세액감면】⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 “대통령령이 정하는 소기업”이라 함은 중소기업 중제2조 제1항 제1호의 규정에 의한 상시 사용하는 종업원수가 다음 각호의 요건을 충족하는 기업을 말한다.

1. 제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는100명 미만일 것

제2조【중소기업의 범위】①「조세특례제한법」(이하 “법”이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 재정경제부령이 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 광업, 건설업, 제5조 제6항의 규정에 의한 엔지니어링사업, 제5조 제8항의 규정에 의한 물류산업,「해운법」에 의한 선박관리업, 운수업중 여객운송업, 어업, 도매업, 소매업，전기통신업, 연구 및 개발업, 방송업, 정보처리 및 기타 컴퓨터운영 관련업, 제54조 제1항의 규정에 의한 자동차정비공장을 운영하는 사업,「의료법」에 의한 의료기관을 운영하는 사업, 폐기물처리업(「폐기물관리법」에 의한 폐기물처리업 및「건설폐기물의 재활용촉진에 관한 법률」에 의한 건설폐기물처리업을 말하되, 「폐기물관리법」제46조의 규정에 의하여 신고를 하고 폐기물을 재활용하는 경우를 포함한다.이하 같다),「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」에 따른 폐수처리업(이하 "폐수처리업" 이라 한다),「하수도법」에 따른 분뇨수집ㆍ운반업 및 개인하수처리시설관리업,「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」에 따른 가축분뇨수집ㆍ운반업, 가축분뇨처리업 및 가축분뇨시설관리업, 작물재배업, 축산업, 과학 및 기술서비스업，포장 및 충전업, 영화산업(영화 및 비디오 제작업, 영화 및 비디오 제작관련 서비스업, 영화 배급업에 한하며, 이하 “영화산업”이라 한다)，공연산업, 전문디자인업, 뉴스제공업, 광고업,「무역거래기반 조성에 관한 법률」에 의한무역전시산업，제6조 제3항의 규정에 따른 직업기술분야 학원,「관광진흥법」에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업을 제외한다),「노인복지법」에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업 및 제6조 제4항의 규정에 따른 토양정화업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상，자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1.상시 사용하는 종업원수ㆍ자본금 또는 매출액이 업종별로「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준" 이라 한다)이내일 것

(3) 조세특레제한법 시행규칙 제2조【중소기업의 범위】② 영 제2조 제1항 각호외의 부분 단서 및 동항 제1호에서 "상시 사용하는 종업원수" 라 함은 당해 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자(주주인 임원, 「소득세법 시행령」제20조의 규정에 의한 일용근로자 및 「기술개발촉진법 시행령」제15조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소의 연구전담요원을 제외한다)수로 한다. 이 경우 종업원수는 당해 과세연도의 매월 말일 현재의 인원을 합하여 해당 월수로 나눈 인원을 기준으로 하여 계산한다.

(4) 중소기업기본법 시행령 제5조【상시 근로자】① 제3조 제1항 제1호에 따른 상시 근로자는 「근로기준법」제2조 제1항 제1호에 따른 근로자 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한 자를 말한다.

1.임원및 「 소득세법 시행령」 제20조에 따른일용근로자

2.3개월 이내의 기간을 정하여 근로하는 자

3.「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조 제1항 제2호에 따른 기업부설연구소 및 연구개발전담부서의 연구전담요원

4. 「근로기준법」제2조 제1항 제8호에 따른 단시간근로자(이하 "단시간근로자"라 한다)로서 1개월 동안의 소정(所定)근로시간이 60시간 미만인 자

② 제1항에 따른 상시 근로자 수는 다음 각 호의 방법에 따라 산정한다. 이 경우단시간근로자로서 1개월 동안의 소정근로시간이 60시간 이상인 근로자는 1명을 0.5명으로 산정한다.

1. 직전 사업연도의 사업기간이 12개월 이상인 기업 : 직전 사업연도의 매월 말일 현재의 상시 근로자수를 합하여 12로 나눈 인원

【별표 1】중소기업의 업종별상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모기준(제3조 제1호 관련)

(5) 소득세법 시행령 제20조【일용근로자의 범위】법 제14조 제3항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 일용근로자"란 근로를 제공한 날 또는 시간에 따라 근로대가를 계산하거나 근로를 제공한 날 또는 시간의 근로성과에 따라급여를 계산하여 받는 사람으로서 다음 각 호에 규정된 사람을 말한다.

3. 제1호 또는 제2호 외의 업무에 종사하는 자로서 근로계약에 따라동일한 고용주에게 3월이상 계속하여 고용되어 있지 아니한 자

(6) 법인세법 시행령 제43조【상여금 등의 손금불산입】⑥ 제1항 내지 제5항의 규정에 의한 임원(이하 “임원”이라 한다)은 다음 각호의 1에 규정하는 직무에 종사하는 자로 한다.

1. 법인의 회장ㆍ사장ㆍ부사장ㆍ이사장ㆍ대표이사ㆍ전무이사ㆍ상무이사 등 이사회의 구성원 전원과 청산인

2. 합명회사ㆍ합자회사 및 유한회사의 업무집행사원 또는 이사

3. 감사

4. 기타 제1호 내지 제3호에 준하는 직무에 종사하는 자

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 당초 2008사업연도 법인세 신고 당시 상시 사용 종업원 수를95.4명{=124.5명(총인원)-8명(주주임원)-13.6명(전담요원)-7.5명(일용직)}으로 하여, 조특법 제7조 소정의 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하였다.

(2) 국세청장의 처분청에 대한 감사지적(법인세 감면요건 검토소홀로 법인세 부족징수)에 의하면 “처분청이 청구법인에 대한 2008사업연도 법인세를 경정함에 있어,청구법인이 신고한 2008사업연도 상용근로자는 128명이고 조 특법 시행규칙 제2조에 의하여 상시 사용하는 종업원수 계산시 제외하는 주주임원과 기업부설연구소 전담요원은 각각 8명과 14명으로 상시 사용하는 종업원수가 106명이 된다”고 나타나는 반면에, 심판청구 이후에 처분청은청구법인의 근로소득연말정산 자료, 법인등기부등본, 법인별 주주현황을 종합하여 재산정한 상시 사용하는 종업원수는 114.33명(1,372개월)이라고 답변하였다.

(3) 이에 대하여청구법인은상시 사용한 종업원수를 계산함에 있어 ① 처분청이 상시 사용하는 종업원수로 본 인원(114.33명)에서 실제 주주임원과 전담요원에 해당하나, 종업원수에 잘못 산입된 인원을 제외하면 106.5명이 되고, ② 중간 입사자의 입사일을 잘못 산정하고퇴사자 중 재직기간을 잘못 계산한 오류만을 수정하여도 98.3명이며, ③ 직원들 중실질적으로 근무하지 아니한 7명의 근무기간을 제외하면 94.33명이라고 주장하므로, 이에 대하여 살펴보기로 한다.

(4) 우선 OOO를 주주인 임원으로 그 근무기간을 상시 사용한 종업원수에서 제외할 수 있는지에 대하여 본다.

(가) 청구법인이 제출한 2008.12.31. 기준 주주명부(총발행주식 : OOO 주식 등 변동상황명세서에 의하면 OOO의 지분을 각각 보유하고 있다고 나타난다.

(나)청구법인의 2007.1.9.자 기안지에 의하면 “2007.1.2. 입사한OOOO 총괄이사로 채용함(부서명 : 임원)”이라고,청구법인의 2005.4.1.자 기안지에 의하면 OOO관리이사로 승진발령함”이라고,청구법인의 2008.4.28.자 기안지에 의하면 “2008.5.1.자로이정희를 이사로 승진발령함”이라고 각각 나타나고, 청구법인은 임원승진 내역에 대하여 “OOO은 청구법인의 설립자 OOO의 장녀이고, OOO는 3녀이며OOO은 1992.2.6. 입사한 장기근무자로 이사 임용당시 부장직급에 있었다”고 소명하였다.

(다) 법인의 임원이란 그 직책에 관계없이 법인의 회장ㆍ사장ㆍ부사장ㆍ이사장ㆍ대표이사ㆍ전무이사ㆍ상무이사 등 이사회의 구성원 전원과 청산인 및 이에 준하는 직무에 종사하는 자 등「법인세법 시행령」(2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것) 제43조 제6항 각호의 1에 규정하는 직무에 종사하는 자를 말한다 할 것이다.

(라) 위와 같은 사실관계 및 관련 법리를 종합하여 살피건대, OOO은 2008사업연도에 청구법인의 주주에 해당한다고 보이고,OOO입사일(2007.1.2.) 직후인 2007.1.9.부터 총괄이사로, OOO은2005.4.1.부터 관리이사로, 신규사업부 부장으로 근무하던 OOO는 2008.5.1.부터 이사로 근무한 것으로 보이는바, 2008사업연도 중 OOO의 근무기간(24개월) 및 OOO2008.5.1.이후 근무기간(8개월) 합계 32개월(2.67명)은 상시 사용 종업원수 계산시 제외되어야 한다고 보인다.

(5) 다음으로, 쟁점전담요원의 근무기간을 상시 사용 종업원수 계산시 포함하여야 하는지에 대하여 살펴보기로 한다.

(가) 청구법인이 제출한 기업부설연구소 인정서에 의하면 청구법인은 1999.5.24.(신고연월일 : 1999.4.28.) OOO로 하여 전담부서를 인정받은 것으로 나타난다.

(나) 청구법인이 제출한전담부서 변경신고서(2007.11.30.자),전담부서 직원현황(2008.12.31. 출력), 쟁점전담요원에 대한 인사기록카드, 근로소득 원천징수내역 등의 증빙자료에 의하면, 아래 <표2>와 같이 쟁점전담요원 중 OOO 2007.11.30. 당시에는 전담부서에 근무하지 아니하였으나 2008사업연도 중에 입사하면서 전담부서에서 근무하였고, 나머지OOO외 6인은 2007.11.30. 현재 전담부서에 근무하다가 2008사업연도 중 퇴사한 것으로 나타난다.

OOOOOOOOOO OOOOOOO OOOO OOOOOOOO OOOO (OO : OO)

(다) 쟁점전담요원 중 전담부서 직원현황(2008.12.31. 출력)상 2008사업연도말 현재 전담부서에 근무하고 있다고 나타나는 OOO 입사일 이후부터 청구법인의 연구전담부서에 근무하였다고 봄이 합리적인 점, 2007.11.30.현재 연구전담부서에 근무하다가 2008사업연도에 중도 퇴직한OOO외 6인의 경우 전공 등을 감안하였을때 퇴사시점까지 연구전담부서에 근무하였다고 봄이 합리적인 점 등을 종합하였을때, 처분청이 쟁점전담요원이 근무하였다고 본 기간(65개월, 5.417명)은 상시 사용한 종업원수에서 제외됨이 합리적이라 할 것이다.

(6) 다음으로, 중간입사자의 근무개시일 및 중도퇴직자 중 최원배의 근무기간 산정에 오류가 있는지 여부에 대하여 본다.

(가) 처분청이 제출한 상시 사용한 종업원수 산정내역에 의하면 아래 <표3>과 같이 처분청은 2008사업연도 중 쟁점중도입사자 11명의 근무개시일을 모두 2008.1.1.로 보았고 중도퇴직한OOO의 근무기간을 10개월로 보았으나, 청구법인이 제출한 소득자별원천징수부, 인사기록카드 등의 증빙에 의하면 쟁점중도입사자들은 2008.1.1.이 아니라 위 <표3>과 같이 2008사업연도 도중에 청구법인에 입사한 것으로 나타난다.

OOOOOOOOOOOOOO OOOOO OOOO OOOO OOO OO (OO : OO)

OOOOOOOOOOOOOOO기준(최원배는 퇴사일,나머지는 입사일)

**처분청은종료일을 2008.1.18.로 보면서도근무기간을 10개월로 계산함

(나) 살피건대,처분청은 근무기간을 산정함에 있어 2008.1.18. 퇴사한 OOO의 근무기간을 10개월로 산정한 것은 명백한 계산오류로 보이는 점, 또한 처분청은 2008사업연도 도중에 청구법인에 입사한 쟁점중도입사자들의 근무개시일을 모두 2008.1.1. 12개월로 보았는데, 청구법인이 제출한 인사기록카드·원천징수명세서 등의 증빙에 비추어 보았을 때, 쟁점중도입사자들은 위 <표3>중 청구법인의 주장란과 같이 2008사업연도 도중에 입사한 것으로 봄이 합리적인 점 등을 종합하였을 때, OOO의 근무기간산정 오류일수(10일) 및 실제 입사일을 기준으로 산정한 근무기간과의 차이(88개월)를 합한 기간(98개월, 8.17명)을 상시 사용한 종업원수에서 제외하여야 한다고 보인다.

(7) 이와 같이 볼 경우 청구법인이 2008사업연도 중 상시 사용한 종업원수를 산정함에 있어 기초가 되는 상시 사용한 종업원들의 총근무기간은 O,OOOOOOOO,OOOOO(OOO OO) - OOOO(OOOO) - OOOO(OOOOOO) - OOOO(OOOOO OO)OO OO, OO OOOOO OOOO OOOOOO(O,OOOOO O OO)OO OOOO 미만이 되는바, 프리랜서 3인과 권고사직자 4인의 근무기간을 제외할지 여부를 논외로 하더라도, 2008사업연도 법인세 세액 계산시 청구법인은 「조세특례제한법」제7조 소정의 중소기업에 대한 특별세액감면 대상에 해당한다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기 본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.