가. 청구법인은 2011.8.16. 설립되어 OOO(이하 “OOO”이라 한다)이 생산한 반도체 공정용 레이저 장비 등을 OOO주식회사, OOO 주식회사 등 국내 반도체 업체에 공급하는 서비스업을 영위하는 사업자로 2014.12.19. OOO세관장의 청구법인에 대한 관세조사(대상 기간: 2011.1.1.∼2014.2.28.) 결과에 따라 부가가치세 합계 OOO원(수정수입세금계산서를 발급받지 못하여 매입세액 불공제한 금액으로 이하 “쟁점금액”이라 한다) 등을 납부하고, 2015.6.8. 2014사업연도(2014.4.1.∼2015.3.31.) 법인세 신고 시 쟁점금액을 손금불산입하였다.

나. 청구법인은 2020.6.26. 쟁점금액을 손금산입하여 2014사업연도 법인세 OOO원을 환급하여야 한다는 취지의 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2020.8.27. 「법인세법」 제21조 등에 따르면 세금계산서를 제출하지 아니함으로써 공제받지 못한 부가가치세 매입세액은 손금 산입대상이 아니라는 이유로 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.11.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점금액은 양도한 자산의 양도 당시 장부가액에 해당하므로 손금으로 인정되어야 한다.

(가) OOO세관장은 2014년경 청구법인에 대한 관세조사(대상 기간 : 2011.1.1.∼2014.2.28.) 결과, 청구법인이 OOO으로부터 수입하여 OOO주식회사 등 고객사에 공급한 부품이 사용 후 교환되어 본사로 반환될 때의 해당 부품의 잔존가치를 과세가격에 추가로 반영하여 매입세액과 부가가치세를 경정한바 청구법인은 이에 따라 쟁점금액을 추가로 납부하였으나 OOO세관장으로부터 수정수입세금계산서를 교부받지 못하여 이를 손금에 불산입하여 과세표준이 과다 계산되었다. 청구법인이 부담하게 된 쟁점금액은 「법인세법」 제41조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제72조 제2항 제1호에 따른 부품의 취득부대비용 성격으로 그 취득가액에 해당하고, 같은 법 시행령 제19조 제2호에서는 법인이 재고자산을 매입 후 이를 양도하는 경우 양도한 자산의 장부가액을 손금으로 규정하고 있다.

(나) 「법인세법」상 손금의 정의에 부합함에도 불구하고 손금에서 제외하기 위해서는 그 지출 자체가 사회질서에 반하는 것이어야 하나OOO, 쟁점금액은 청구법인이 관세조사 결과에 따라 모회사에 반환하는 부품의 잔존가치를 과세가격에 추가로 반영하여 부담하게 된 비용으로 사회질서에 반하는 지출로 보기 어렵다.

(2) 매출세액에서 공제받지 못한 매입세액은 법인의 순자산을 감소시키므로 「법인세법」상 손금에 해당한다.

(가) 「법인세법」 제21조 제1호에서는 원칙적으로 부가가치세 매입세액을 손금불산입 대상으로 규정하고 있는데, 이는 사업자가 매입세액을 매출세액에서 공제받으므로 매입세액만큼 순자산이 감소했다고 보기 어렵기 때문이나, 이 사건과 같이 매입세액을 공제받지 못한 경우에는 회사의 순자산이 감소하게 되는바, 「법인세법」 제21조 제1호 및 같은 법 시행령 제22조 제1항, 같은 법 시행규칙 제11조에서는 부가가치세가 면제되는 경우의 매입세액 등 사업자가 자신의 귀책사유 없이 매입세액 공제가 불가하게 되어 비용을 부담한 경우를 손금 대상이 되는 부가가치세로 인정하고 있다.

(나) 상기 조항들에서 규정한 ‘손금으로 인정되는 부가가치세’는 예시적 열거사항으로 이와 유사한 성격의 부가가치세는 비록 열거되어 있지 않더라도 손금으로 인정되어야 하고, 대법원도 열거되지 아니한 ‘폐업 시 잔존재화에 대해 부담한 매출세액’을 자산 취득 시 소요되는 기타 부대비용으로서 취득가액에 포함하여야 한다OOO고 판시하였다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점금액이 양도당시 장부가액에 해당되므로 손금이라는 주장은 아래와 같이 이유 없다.

(가) 「법인세법」 제19조에서는 “손금은 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비”라고 규정하고 있고, 같은 법 제21조 제1호에서는 “부가가치세의 매입세액은 손금에 산입하지 아니한다”고 규정하고 있으며, 법인세법 기본통칙 21-0…1에서는 “세금계산서를 제출 하지 아니함으로써 공제받지 못한 부가가치세 매입세액은 손금에 산입하지 아니한다”고 규정하고 있는바, 상기 규정 등에 의하여 쟁점금액을 손금에 산입하지 아니한 처분은 적법하다.

(나) 또한, 「법인세법 시행령」 제19조 제2호에서 손비의 범위로 규정한 “양도하는 자산의 양도당시의 장부가액”이란 같은 령 제11조 제2호에서 수익의 범위로 규정한 “자산의 양도금액”에 대응하는 손금에 대한 규정으로서 재고자산을 제외한 유형자산 등 자산의 양도당시의 장부가액을 의미하므로, 수입상품에 대한 부가가치세 납부금액인 쟁점금액이 양도한 자산의 양도당시의 장부가액에 해당된다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(2) 손금으로 인정되는 부가가치세는 예시적 열거사항이라는 주장에 대하여

「법인세법」 제21조는 손금으로 인정되지 않는 부가가치세를 규정하면서 손금으로 인정되는 부가가치세는 같은 법 시행령 제22조 및 같은 법 시행규칙 제11조에 위임한 것으로, 위임규정에 열거되어 있지 않더라도 이와 성격이 유사하다면 손금으로 인정하여야 한다는 청구주장은 조세법률주의에 위배되는 주장이고, 청구법인이 제시한 대법원 판례OOO는 구 「소득세법」 제97조 제1항의 ‘양도차익 계산시 양도가액에서 공제할 필요경비’에 대한 판례로 이 사건에 직접 적용하기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점금액을 손금에 산입할 수 있는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 법인세법

제19조【손금의 범위】 ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③「조세특례제한법」제100조의18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 제1항의 손금으로 본다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제21조【세금과 공과금의 손금불산입】 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 각 사업연도에 납부하였거나 납부할 법인세(제57조에 따른 외국 법인세액을 포함한다) 또는 법인지방소득세와 각 세법에 규정된 의무 불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액(가산세를 포함한다) 및 부가가치세의 매입세액(부가가치세가 면제되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우의 세액은 제외한다)

(2) 법인세법 시행령

제19조【손비의 범위】 법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

1의2. 판매한 상품 또는 제품의 보관료, 포장비, 운반비, 판매장려금 및 판매수당 등 판매와 관련된 부대비용(판매장려금 및 판매수당의 경우 사전약정 없이 지급하는 경우를 포함한다)

2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액

(이하 생략)

제22조【부가가치세 매입세액의 손금산입 등】 ① 법 제21조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 경우의 세액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1.「부가가치세법」제39조 제1항 제5호에 따른 매입세액(제31조 제2항의 규정에 의한 자본적 지출에 해당하는 것을 제외한다)

2.「부가가치세법」제39조 제1항 제6호에 따른 매입세액

3. 기타 당해 법인이 부담한 사실이 확인되는 매입세액으로서 기획재정부령이 정하는 것

(3) 법인세법 시행규칙

제11조【부가가치세 매입세액의 손금산입】 영 제22조 제1항 제3호의 규정에 의하여 손금에 산입할 수 있는 매입세액은 다음 각호의 것으로 한다.

1.「부가가치세법」제36조 제1항부터 제3항까지의 규정에 의한 영수증을 교부받은 거래분에 포함된 매입세액으로서 매입세액공제대상이 아닌 금액

2. 부동산 임차인이 부담한 전세금 및 임차보증금에 대한 매입세액

(4) 부가가치세법

제39조【공제하지 아니하는 매입세액】 ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(5) 부가가치세법 시행령

제72조(수입세금계산서) ① 법 제35조 제1항에 따른 수입세금계산서는 법 제32조 제1항에 따른 세금계산서 발급에 관한 규정을 준용하여 발급한다.

② 세관장은 「관세법」에 따라 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 같은 법 제28조 제2항, 제38조의2 제1항ㆍ제2항, 제38조의3 제1항부터 제3항까지, 제38조의4 제1항, 제46조, 제47조 및 제106조에 따라 부가가치세를 납부받거나 징수 또는 환급하는 경우에는 법 제35조 제2항에 따라 수입자에게 수정한 수입세금계산서를 발급하여야 한다. 다만, 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 「관세법」 제38조의3 제1항에 따른 수정신고를 하는 경우에는 법 제35조 제2항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당할 때에만 수정한 수입세금계산서를 발급한다.

③ 법 제35조 제2항 제2호 각 목 외의 부분에서 “세관공무원의 관세 조사 등 대통령령으로 정하는 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다.

1. 관세 조사 또는 관세 범칙사건에 대한 조사를 통지하는 행위

2. 세관공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수하는 행위

3. 그 밖에 제1호 또는 제2호와 유사한 행위

※ (참고) 법인세법 기본통칙

21-0…1【 법인세등의 손금불산입 】다음 각 호에 게기하는 손비는 각 사업연도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입 하지 아니한다.

4. 세금계산서를 제출하지 아니함으로써 공제받지 못한 부가가치세 매입세액

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료에서 다음의 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2011.8.16. OOO의 100% 출자로 설립된 사업자로 주요 매출은 서비스 매출, 용역 매출, 수수료 매출이고, 이 건 경정청구와 관련한 서비스 매출은 청구법인이 모회사 OOO이 생산한 레이저 장비(반도체 공정용)를 OOO주식회사나 OOO 주식회사 등 반도체 생산 업체에 공급하고 해당 장비에 들어가는 부품의 교체가 필요한 경우 이를 OOO으로부터 수입하여 교환한 후 교환된 부품은 기술보호 등을 위하여 고객사로부터 회수하여 OOO에 반환하는 구조로 이루어 진다.

(나) OOO세관장은 2014년경 청구법인에 대한 정기 법인심사(대상 기간 : 2011.1.1.∼2014.2.28.)를 실시한 결과, 수입한 부품이 반환될 때의 재활용 가치가 거래가격에 포함되어 있지 않아 이를 포함한 과세가격으로 결정하여 관세 OOO원, 부가가치세 OOO원 등을 청구법인에게 경정·고지하였고, 청구법인은 이에 따라 2014.12.19. 쟁점금액 등을 납부하였으나 OOO세관장으로부터 수정수입세금계산서를 발급받지 못하여 쟁점금액을 매출세액에서 공제받지 못하였다.

(다) 청구법인은 2020.6.26. 쟁점금액이 「법인세법」상 손금대상임에도 누락되어 2014.4.1.∼2015.3.3.1. 사업연도 법인세가 과다하게 신고·납부되었다는 이유로 해당 사업연도의 법인세 641,240,620원을 환급하여야 한다는 취지의 경정청구(상세내역 아래 ＜표1＞ 기재)를 하였으나 처분청은 2020.8.27. 이를 거부하였다.

OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 세금계산서를 제출하지 아니함으로써 공제받지 못한 매입세액 상당액인 쟁점금액을 「법인세법」상 손금으로 인정하여야 한다고 주장하나,

세금계산서 등의 증빙을 제출하지 아니함으로써 공제받지 못한 부가가치세 매입세액 상당액은 손금불산입 대상이고, 설령 이를 제출하지 못하여 매입세액을 공제받지 못한 경우에도 이는 청구법인의 과실에 의한 것이므로 손금산입 할 수 없다OOO 할 것인바,

이 사건의 경우 OOO세관장의 관세조사결과에 따라 청구법인에 대한 부가가치세가 경정되어 수정수입세금계산서를 발급받지 못한 것으로 확인되므로 그 매입세액을 공제받지 못한 것은 그 귀책사유가 청구법인에게 있는 점, 쟁점금액은 청구법인이 수입한 부품의 매입대금 중 부가가치세액 상당액으로 「법인세법 시행령」 제19조 제2호에서 손금대상으로 규정한 양도한 자산의 장부가액에 해당하는 것으로 보기 어려운 점, 이 외에 달리 쟁점금액이 「법인세법 시행령」 제22조 제1항 제3호의 예외규정에 해당된다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점금액을 손금불산입 대상으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.