처분청은 청구인이 ○○○○주식회사(이하 ○○○○ 이라 한다)의 주식 6,050,646주 중 2,618,356주(43.27%)를 소유하고 있는 상태에서 1998.12.31. 청구 외 이종만의 소유 주식 1,014,174주(16.76%)를 명의신탁해지로 취득함에 따라 과점주주 소유지분이 61.03%[특수관계인 ○○실업(주) 주식 60,000주(1%)포함]로 증가하여 구 지방세법 제105조 제6항 규정에 의한 과점주주에 해당되었다는 사유로 ○○○○이 소유하고 있는 처분청 취득세 과세대상물건의 장부금액에 청구인의 주식소유비율(60.03%)을 곱한 금액(1,124,035,306원)을 과세표준으로 지방세법 제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 22,480,700원, 농어촌특별세 2,248,070원, 합계 24,728,770원(이하 제1처분 이라 한다)을 1999.1.30. 신고납부하자 같은 날 이를 수납하여 징수결정 하였다.

그 후 청구인과 청구 외 ○○○이 1998.12.31. 현재 지방세법시행령 제6조 제1항 제9호 규정에 의한 사용인 기타 고용관계에 있다는 이유로 2001.11.5. 청구인이 취득신고 겸 자진납부 세액계산서를 제출함에 따라 이를 근거로 ○○○○이 소유하고 있는 처분청 취득세 과세대상물건의 장부금액에 청구 외 ○○○의 소유주식비율(0.08%)을 곱한 금액(1,473,420원)을 과세표준으로 지방세법 제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 35,350원, 농어촌특별세 3,230원, 합계 38,580원(이하 제2처분 이라 한다)을 2001.12.10.부과 고지하였으나 ○○○○의 주식을 소유하고 있는 청구 외 ○○○이 과점주주가 아니라는 사실이 확인되어 2002.4.17. 지방세법 제25조의2 규정에 의하여 직권취소를 결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 당초의 처분에 있어서 과세표준과 세액에 탈루 또는 오류를 발견하여 증액경정 처분된 경우 당초처분은 증액경정 처분에 흡수되어 독립된 존재가치를 상실하여 소멸하고 오직 증액경정처분만이 볼복의 대상이 되는 것이므로 증액경정 처분에 대한 불복시 증액경정 처분에 대한 부분만이 아니라 당초의 처분에 대하여도 그 위법여부를 다툴 수 있다는 대법원 판결(1986.12.23. 86누199)을 제시하면서 제2처분은 제1처분을 포함한 전체의 처분으로서 불복의 대상이 된다고 주장하면서 ○○○○은 1991년부터 증권거래소 상장이나 코스닥 등록을 추진하면서 상장요건 중의 하나인 대주주 지분요건(50% 미만)을 충족시키기 위하여 부득이 유상증자분 중 일부의 주식에 대하여 청구 외 ○○○에게 명의신탁 하였던 것을 실소유자인 청구인 명의로 전환한 것으로서 상속세법및증여세법(1996.12.30. 개정된 것) 제43조 제1항 제2호의 시행일 이전에 신탁약정에 의하여 타인명의로 주주명부 또는 사원명부에 등재되어 있는 주식을 1998.12.31.까지 실소유자 명의로 전환한 경우에는 과점주주에 대한 취득세를 부과하지 아니한다는 행정자치부 지침(2001.10.4. 세정13430-392)과 명의신탁해지를 원인으로 과점주주가 된 경우에는 실질주주가 주주명부상의 명의를 회복한 것에 불과하여 취득세 과세대상이 되는 주식의 취득으로 볼 수 없다는 대법원 판결(1999.12.28. 98두 7619참조)에 따라 이 사건 제1처분과 제2처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 제1처분에 대한 심사청구가 적법하게 제출되었는지 여부와 제2처분이 심사청구의 대상에 해당되는지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제72조 제1항에서 이 법에 의한 처분(신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다. 이하 이 조에서 같다)으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 절의 규정에 의한 이의신청 및 심사청구를 제기할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제73조 제1항 및 제74조 제1항에서 이의신청을 하고자 할 때에는 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 경우에는 그 통지를 받은 날)로부터 90일 이내에 불복의 사유를 구비하여 도세에 있어서는 도지사에게 이의신청을 하여야 하고, 심사청구를 하고자 할 때에는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 행정자치부장관에게 심사청구를 하여야 한다고 규정하고 있으며, 지방세법 제77조 제1항에서 제73조 및 제74조의 규정에 의한 이의신청 또는 심사청구를 받은 지방자치단체의 장 또는 행정자치부장관은 그 신청·청구를 받은 날부터 60일 이내에 지방세심의위원회의 의결에 따라 다음 각호의 1에 해당하는 결정을 하고 신청인 또는 청구인에게 이유를 함께 기재한 결정서를 송달하여야 한다고 규정한 다음 그 제1호에서 신청·청구기간이 경과하였거나 보정기간내에 필요한 보정을 하지 아니한 때는 그 신청·청구를 각하하는 결정이라고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1999.1.30. 제1처분에 대한 취득세 등을 신고납부한 후 그 날부터 90일 이내에 처분청에 이의신청절차를 거치지 아니하고 1,018일(2년 288일)이 지난 2002.2.14. 이의신청을 제기하였으므로 이 사건 심사청구는 이의신청기간을 경과하여 제출된 심사청구로서 본안 심의대상이 될 수 없는 것이라 하겠으며, 2001.12.10. 부과 고지한 제2처분은 2002.4.17. ○○○○의 주식을 소유하고 있던 청구 외 ○○○이 과점주주가 아니라는 사실이 확인되어 처분청에서 지방세법 제25조의2 규정에 의하여 직권취소 결정하였으므로 본안 심사대상이 될 수 없는 것이라 하겠다.

따라서 청구인의 심사청구는 본안 심사를 거치지 아니하고 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2002. 8. 26.

행 정 자 치 부 장 관