가. 청구인은 1999.1.1. 설립되어 분양대행 및 일반건축주택공사를 목적사업으로 하는 OOO의 대표이사이자 대주주로서, 2010.8.31. OOO의 경영권을 OOO에 이전하면서 청구인이 보유한 주식 OOO주를 OOO에 양도하고 그 양도가액을 OOO원으로 하여 양도소득세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 신고·납부하였다.

나. OOO은 2012년 12월 OOO, OOO[현, OOO], OOO[현, OOO] 등 3개 법인(주식발행법인, 이하 “쟁점법인들”이라 한다)에 대하여 주식변동조사를 실시한 결과, 청구인이 소유한 주식 OOO주 이외에 청구인이 OOO 주식OOO주를 OOO(OOO주)·OOO(OOO주)·OOO(OOO주)에 각명의신탁하고 이를 OOO에 양도한 것으로 보아 OOO 주식 합계 OOO주의 양도가액을 OOO원으로 하여 경정하고, 또한 청구인이 OOO 주식을 OOO(OOO주)·OOO(OOO주)에, OOO 주식을 OOO(OOO주)·OOO(OOO주)에 각 명의신탁하고 이를 OOO 및 OOO에 각 양도한 것으로 보아 OOO과 OOO 주식 합계 OOO주의 양도가액을 OOO원으로 하여 경정하고 처분청에 과세자료를 통보하였다.

다. 처분청은 이에 따라 청구인이 소유한 쟁점법인들의 주식 OOO주(쟁점법인들 발행주식의 OOO%에 해당하며, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 OOO, OOO 및 OOO(이하 “주식 양수법인들”이라 한다)에 양도하면서 그 양도가액을 총 OOO원으로 하여 양도소득세 OOO원을 2013.2.1. 청구인에게 경정·고지하였다.

라. 청구인은 2013.4.23. 실제 쟁점주식의 양도가액이 OOO원이라 주장하면서 양도소득세 재경정을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 2013.6.18. 처분청은 이를 거부하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2013.9.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점주식의 양도는 사업의 양도와 실질이 같으므로 쟁점주식의 양도가액은 미래현금흐름을 통한 기업의 내재 가치로 산출된 금액에서쟁점법인들의 자산·부채 실사결과로 정산금액을 제외하여야 할 것인바, 쟁점주식의 양도가액은 OOO원이다.

(1) 쟁점주식의 양도는 실질이 사업의 양도와 같으며 따라서 실사결과 산출된 정산금액은 주식가치에서 차감되어야 한다.

(가) 일반적으로 회사 주식 전부의 양도는 「상법」상 영업의 양도보다 회사의 사업내용이나 조직에 더욱 중대한 변화를 초래하는 것으로 보고 있는바, 쟁점주식의 양도는 청구인이 쟁점법인들의 명의신탁 주식을 포함한 소유 주식 전부를 주식 양수법인들에게 양도하는 것으로 여기에는 경영권이 포함되어 있다.

(나) 쟁점주식 양도의 실질은 쟁점법인들의 사업 전부를 주식 양수법인들에게 양도하는 것이므로 쟁점주식의 정확한 양도가액 산정을 위해서는 미래현금흐름을 통하여 산출된 주식의 내재가치에서 현재 쟁점법인들에 대한 실사결과 가공의 자산·부채를 공제하는 방식을 취하는 것이며, 따라서 주식 양수법인들의 쟁점법인들에 대한 회계실사 결과 산출된 정산대상금액은 주식의 내재가치에서 차감되어야 하며, 당사자간 2010.6.29. 합의서에서도 “주식 매도가액은 OOO 한도 내에서 실사결과에 따라” 정산금액을 제외하고 산정하기로 적시되어 있다.

(2) 당사자 간 작성된 합의서 및 정산합의서상 쟁점주식의 양도가액은 OOO원이다.

(가) 쟁점법인들의 쟁점주식 가액 총 OOO원은 쟁점법인들의 미래현금흐름의 추정을 통하여 산출된 주식가치일 뿐이며, 양도대가로 최종적으로 지급되는 금액이라고 할 수 없을 뿐 아니라, 2010.6.29. 작성된 주식 양수법인들 중 OOO와 청구인 사이에 체결된 합의서에도 “주식 매도가액은 OOO원 한도 내에서 실사결과에 따라 정산금액을 제외하고 산정”하기로 적시되어 있다.

(나) 주식 양수법인들이 의뢰하고 OOO이 작성한 쟁점법인들의「자산·부채 실사보고서」에 따라 청구인과 주식 양수법인들은 2010.8.31.자 주식양수도 계약체결과 함께 정산합의서를 작성하였는바, 정산대상금액은 OOO원으로 합의되었고 해당금액을 주식 양도대금에서 차감하고 있다.

(다) 위 합의서 및 정산합의서상 주식 양수법인들은 청구인과 그 주식명의수탁자 7명(이하 “주식 양도인들”이라 한다)으로 하여금 정산금액 OOO원을 직접 쟁점법인들에 납입하기로 하고 있으며 최종적으로 주식 양수법인들로부터 양도대금 잔액 OOO원을 지급받기로 하고 있을 뿐 아니라, 실제 2010.9.14. OOO로부터 주식거래 승인이 통보된 후 2010.9.27.자에 주식가치로 산출된 금액 OOO원이 청구인 계좌로 입금되었으나 같은 날 정산금액 OOO원이 각 쟁점법인들로 출금되었다.

(라) 위와 같이 청구인은 쟁점주식 가액으로 산출된 금액 OOO원을 입금 받은 후 실사결과 정산대상금액 OOO원은 쟁점법인들에게 재입금하였으며 결과적으로 정산대상금액을 제외한 OOO원을 현금으로 지급받고, 거래조건에 따라 추가로 그림을 OOO원에 재매입하게 되는 거래구조이다(정산대상금액 OOO원 중에는 그림가격 OOO원이 포함되어 있음).

(마) 위 내용을 종합하면, 기업의 내재가치로 평가한 쟁점주식 가액 OOO원에서 쟁점법인들에 대한 자산·부채 실사결과 정산대상금액을 OOO원으로 합의하고 최종적으로 상계한 금액인 OOO원을 수령함과 동시에 정산대상금액에 포함되어 있던 OOO원에 상당하는 그림을 청구인이 인수하는 구조인바, 사업을 양도하기 위한 쟁점법인들의 쟁점주식을 거래함에 있어 그 양도대금은 청구인이 최종적으로 수취한 금액이 되어야 하므로 쟁점주식의양도대금은 OOO이다.

특히, 정산 합의금 OOO원은 쟁점법인들에 대한 회계실사 결과 거래 주식가액에서 차감되어야 할 성질의 금액으로서 매수인에게 지급되었어야 할 금액이나 정산합의서 제3항(“위 3개 회사에 대한 미납 정산금을 “주식양도인별 정산금 납입내용”과 같이 우선 대납하고”)에 따라 쟁점법인들에게 대납한 것이므로 해당금액은 전체 주식거래의 대가관계에 포함되어 양도가액을 산정하는데 반영하여야 할 것이다.

나. 처분청 의견

청구인과 그 주식 명의수탁자별 주식양수도계약서상 쟁점주식의 양도가액은 OOO OOO원, OOO OOO원, OOO OOO원, 합계 OOO원으로 확인되고, 2010년 쟁점주식의 양도대금 OOO원이 명의수탁한 각 주주명의 계좌로 입금된 후 청구인 계좌를 통하여 각 주식발행 법인계좌로 청구인이 부담하여야 하는 정산대금으로 입금되었으며, 주식 양수법인들의 이사회 의사록상 확인되는 양수대금이 OOO원인 점 등을 근거로 쟁점주식의 양도가액을 OOO원으로 경정한 당초 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점주식의 양도가액에서 쟁점법인들(쟁점주식 발행법인)에 대한 정산금을 차감하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법 (2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것)

제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등

제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 따른다.

제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

(2) 소득세법 시행령 (2010.11.15. 대통령령 제22493호로 개정되기 전의 것)

제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조에 따른 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우 외에는 해당 자산의 대금(해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 OOO 간에 2010.6.29. 작성된 합의서에 의하면, 아래 [표1]과 같이 쟁점법인들의 주식 중 OOO%(OOO주, 잔여주식 OOO%는 3년 6개월 뒤 양도하기로 하고 의결권은 포기함)를 양도하기로 하고 양도가액을 OOO원의 한도 내에서 회계법인의 실사결과에 따라 결정하며, 실사결과로 산출되는 정산금액은 주식 매각대금에서 정산하기로 합의한 것으로 나타난다.

[표1] 합의서(2010.6.29.)

(2) 주식 양도인들과 주식 양수법인들 간 2010.8.31. 체결된 주식양수도계약서에는 쟁점주식을 총 OOO원을 가액으로 하여 주식 양수법인들에 각각 양도(각 주식 양도인별로 양도대가를 정하여 계약체결)하는 것으로 기재되어 있고,

같은 날 작성된 아래 [표2]의 정산합의서에 의하면, 주식 양수법인들이 의뢰하고 OOO이 작성한 쟁점법인들의 자산·부채 실사보고서에 따라 아래 [표2-2]과 같이 청구인이 쟁점법인들에 대하여 정산하여야 할 채무가 있음을 확인하면서 주식 양도인들이 쟁점주식 양도대금을 수령함과 동시에 아래 [표2-1]과 같이 OOO원을 정산금 명목으로 쟁점법인들에 납입하고 그 잔액 OOO원을 주식 양수법인들로부터 수령하기로 하는 내용이 나타난다.

[표2] 정산합의서(2010.8.31.)

[표2-1] 주식 양도인별 정산금 납입내용

[표2-2] 청평 시행사별 인수합의내용

(3) 청구인은 2010.9.27. 주식 양도인들로부터 쟁점주식의 양도대금 총 OOO원을 수령(계좌이체)함과 동시에 같은 날 쟁점법인들에게 OOO원을 다시 송금(계좌이체)한 사실이 청구인 명의의 통장사본OOO에 나타난다.

(4) 이상의 사실관계와 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구인과 쟁점주식 양수법인들 중 OOO 사이에 2010.6.29. 작성된 합의서와 2010.8.31. 주식 양도인들과 주식 양수법인들 간에 체결된 정산합의서 등에 의하면, 쟁점법인들에 대한 회계실사 결과를 반영하여 주식 매각대금을 정산하기로 하고 이를 토대로 OOO원을 정산대상금액으로 확정한 점, 청구인은 2010.9.27. 주식 양수법인들로부터 주식 양도대금 OOO원을 수령함과 동시에 주식 양도법인들과 사전 약정된 정산금OOO을 주식 양수법인들이 대주주인 쟁점법인들에게 다시 돌려준 것으로 나타나는 점, 청구인이 쟁점법인들로부터 OOO원 상당의 그림을 가져온 점 등에 비추어 쟁점주식의 실지 양도가액은 OOO원(사전 약정된 정산금을 제외한 양도대금 잔액 OOO원 상당의 그림)으로 봄이 타당하다 할 것이어서 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.