가. 청구인은 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 양도하고 2015년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다가, OOO 처분청에 장기보유특별공제를 적용하여 위 양도소득세 중 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.

나. 처분청은 청구인의 쟁점토지 보유기간이 3년 미만이어서 장기보유특별공제를 적용할 수 없다고 보아 OOO 경정청구를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인과 OOO(이하 “조합”이라 한다)이 체결한 OOO 토지(전용면적 1,031.90㎡로 쟁점토지 분할되기 전 토지임, 이하 “쟁점분양토지”라 한다)의 분양계약서에 잔금청산일이 OOO로 기재되어 있으며, 분양금액 OOO원 중 대부분의 대금을 이미 지급하고 OOO원만 OOO 지급하였으므로 쟁점분양토지 취득일은 OOO이다. 특히, 매매계약서 제7조에서 중도금 등의 미지급금과 선급금에 대하여 연체료 OOO의 이자를 수급한다고 약정하여 OOO 금전소비대차로 전환되었으므로 금전소비대차로 전환된 날을 취득일로 보아야 한다.

(2) 청구인은 잔금지급일인 OOO 쟁점분양토지를 취득하였으나, 잔금지급일부터 소송이 발생하여 권리행사(건축 등)를 하지 못하였는바, 소송기간은 비사업용 토지로 보는 기간에서 제외하여야 하고 이럴 경우 비사업용 제외기간OOO이전체보유기간OOO에 해당하여 장기보유특별공제 적용대상에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1) OOO법원 제5민사부 조정조서OOO에 따라 청구인과 조합이 OOO 쟁점분양토지의 잔금청산 및 체비지대장 등재를 서로 이행하였으므로 쟁점분양토지 취득일은 OOO로 보아야 하고, 이 경우 보유기간이 3년 미만이어서 장기보유특별공제의 적용대상이 아니다.

(2) 청구인은 쟁점분양토지를 취득한 후 소송 등으로 소유권행사가 불가능하였다고 주장하나, 청구인은 쟁점분양토지를 취득하기 전에 조합을 상대로 토지구획정리사업 미이행에 따른 손해배상청구소송을 한 것이지 쟁점분양토지를 취득한 후에 소송이 제기된 것이 아니어서 비사업용 제외기간에 해당하지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지 보유기간이 3년 미만에 해당한다고 보아 장기보유특별공제의 적용을 배제한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인·청구외 OOO(이하 “청구인등”이라 한다)과OOO 주식회사가 OOO 체결한쟁점분양토지 분양계약서 주요내용은 아래와 같다.

(가) 제3조에서 청구인등은 쟁점분양토지를 OOO원에 분양받고, 분양대금을 아래 <표1>과 같이 납부하며, 다만, 잔금납부일은 개별필지 조성공사 준공 및 필지 분할완료일OOO 이후로 하되 일주일 전에 조합이 청구인등에게 이를 통지하여야 한다(단지조성이 완료되지 않은 경우)고 약정하였다.

<표1> 분양대금 납입일정

(나) 제7조에서 청구인등이 중도금 및 잔금을 납부일자 내에 납부하지 못하였을 때에는 그 연체일수에 대하여 연 OOO의 이율을 적용하여 산정한 연체료를 가산하여 조합에 납부하여야 한다고 약정하였다.

(다) 제10조에서 청구인등은 분양대금 및 기타 납부금의 완납일까지 소유권이전에 필요한 서류를 제출하여야 하고 30일 이내에 청구인등의 비용으로 소유권 이전등기를 경료하여야 하며, 소유권 등기이전은 단지준공(필지분할 완료 포함) 후에 하기로 약정하였다.

(2) OOO법원 제5민사부 조정조서OOO의 주요내용은 아래와 같다.

(가) 조정조항에는, 청구인등은 조합으로부터 OOO까지 아래 <표2>의 토지(이하 “전체분양토지”라 한다)에 관하여 체비지대장에 공유로 등재받고, 전체분양토지를 인도받음과 동시에 조합에게 OOO원을 지급한다는 내용이 기재되어 있다.

<표2> 전체분양토지 내역

(나) 청구원인에서, 청구인등은 조합으로부터 전체분양토지를 공동으로 분양받아 아래 <표3>와 같이 매매대금을 지급하기로 약정하였고, OOO까지 제1·2체비지에 대한 매매대금으로 합계 OOO원을 납입(OOO원 초과 납입 = 매매대금 OOO원 - 납입 매매대금 OOO원)하였으며, 청구인은 OOO까지 제3·4토지에 대한 매매대금 OOO원 중 OOO원을 납입하지 못하였으나,

<표3> 전체분양토지 매매대금 약정내역

OOO이 매매대금을 납부하는 과정에서 선납할인료(OOO원)가 발생하였고 제1·2체비지에 대한 매매대금이 모두 납입되었음에도 조합이 체비지 대장에 등재하는 등의 이행을 제공하지 아니하여 지체상금(OOO원)이 발생하였고, 제3·4체비지에 대한 미납 매매대금 OOO원에 제1·2체비지에 대한 지체상금 등 합계 OOO원을 상계하면 결국 제3·4체비지에 대한 미납 매매대금은 OOO원에 불과하고, 이를 배분하면 제3체비지는 OOO원, 제4체비지는 OOO원을 미납한 것이므로,

조합은 매매대금이 모두 납입된 제1·2체비지를 청구인등에게 인도하고, 청구인등으로부터 제3체비지는 OOO원(OOO원이하 올림), 제4체비지는 OOO원을 수령함과 동시에 인도하여야 할 의무가 있다고 주장하였다.

(3) 쟁점분양토지의 체비지대장에는, 청구인과 OOO 각각 OOO원에 쟁점분양토지를 공동으로 취득한 사실이 기재되어 있다.

(4) 청구인은 쟁점분양토지를 취득한 후 소송이 제기되어 쟁점분양토지 사용이 제한되었다는 증빙으로, 청구인이 OOO 주식회사 OOO(조합측)에 보낸 내용증명 우편물, 조합이 OOO 청구인에게 보낸 내용증명 우편물, 민사소송 수임계약서 및 소송비용 영수증OOO, 착수금 지급 관련 세금계산서OOO, 위 조정조서 등을 제시하였는바, 청구인이 OOO 주식회사 OOO(조합측)에 보낸 내용증명 우편물은 조합에서 택지조성을 지연하여 청구인이 OOO부터 손해를 입고 있으니 빠른 시일 내에 택지조성을 하라는 내용이고, 조합이 OOO 청구인에게 보낸 내용증명 우편물은 전체분양토지 분양계약과 관련하여 청구인이 계속적으로 손해배상금을 언급하면서 민사소송을 제기하고 잔금납부를 지연하고 있으므로 토지분양계약을 계속할 의사가 없는 것으로 판단하여 계약해지를 통보한 내용이다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점분양토지 분양계약서상 약정된 잔금지급일이 OOO이고 분양대금 OOO원 중 대부분을 이미 지급하고 OOO원만 OOO 지급하였으므로 쟁점분양토지의 취득일은 OOO이라고 주장하나, OOO법원의 OOO 조정조서의 조정사항에는 청구인등은 조합으로부터 OOO까지 전체분양토지를 체비지대장에 공유로 등재받고 인도받음과 동시에 조합에게 OOO원을 지급한다는 내용이 있으므로 법원의 조정 당시까지 청구인이 쟁점분양토지의 대금을 완납하였다고 보기 어려운 점, 청구인은 법원의 조정 당시 쟁점분양토지 미납대금이 OOO원이라고 주장하나 이는 청구인등이 선납할인료 및 지체상금을 계산하여 미납 매매대금과 상계한 것이지 실제 정확한 미납대금이라고 보기 어려운 점, 설령, 쟁점분양토지 미납대금이 OOO원이라고 하더라도 OOO 조정 당시 소송이 진행 중이었으므로 분양계약서상의 잔금지급일에 실질적으로 잔금이 청산되어 소유권을 취득하였다고 보기 어려운 점, 청구인이 쟁점분양토지를 OOO 취득한 것으로 체비지대장에 등재되어 있는 점 등에 비추어 청구인은 쟁점토지를 OOO 취득한 것으로 봄이 타당하다 하겠다.

따라서, 청구인은 쟁점토지를 OOO 취득하고 OOO 양도하여 그 보유기간이 3년 미만에 해당하므로 처분청이 「소득세법」 제95조 제2항에 따라 쟁점토지 양도소득금액 계산시 장기보유특별공제의 적용을 배제하여 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1) 소득세법 제95조[양도소득금액] ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서"장기보유 특별공제액"이란제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서보유기간이 3년 이상인 것및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.(이하 생략)

(2) 소득세법 시행령 제168조의14[부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등] ① 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후 「문화재보호법」에 따라 지정된 보호구역 안의 토지 : 보호구역으로 지정된 기간

3. 제1호 및 제2호에 해당되는 토지로서 상속받은 토지 : 상속개시일부터 제1호 및 제2호에 따라 계산한 기간

4. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령으로 정하는 기간