청구인은 서울특별시 서초구 OO동 OOOO 소재 OOOOO OOO OOOO 대지 128.35㎡ 및 아파트건물 140.13㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 1981.1.22 취득하여 1997.12.27 양도하였다.

처분청은 쟁점주택의 양도일 현재 청구인과 동일세대원인 청구인의 배우자 OOO이 공부상 주택(서울특별시 성동구 OOO가 OOOOOO 및 동소 OOOOOOO 소재 공장용지 3,146.1㎡의 지상건축물 5개동 건물연면적 3,046.29㎡ 중 제5동건물 229.45㎡의 2층 주택 91.50㎡ 및 지하 주택 19.17㎡ 합계 110.67㎡ 중 OOO의 지분은 1/3이며, 이하 “쟁점외건물”이라 한다)를 1989.7.18 취득하여 소유하고 있다는 이유로 청구인을 1세대2주택자로 보아 1999.1.11 청구인에게 1997년 귀속분 양도소득세 123,194,850원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 1999.3.10 심사청구를 거쳐 1999.8.6 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구인 주장

쟁점외건물은 공부상으로만 주택일 뿐이지 실제로는 청구인의 배우자 OOO이 취득한 1989.7.18 이후 1992.3.31까지는 청구외 OO산업사가 공장으로 사용하였고, 그 후, 1995.6.30까지는 임차인 OOO가 OO상사라는 상호로 의류제조공장을 운영하다가 공가형태로 비어 있는 등 쟁점외건물의 실제용도가 공장임이 확인되는 데도 이를 주택으로 보아 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대1주택의 비과세를 배제하고 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

쟁점외건물은 1965.12.15 신축 당시부터 주택용도로 지었고, 설사 공장으로 사용하였다 하더라도 그 본래의 용도가 주택이며, 수차례 용도변경과 일부멸실 등 공장정리시에도 계속하여 주택으로 남아 있다가 처분청이 이 건 결정전통지시에 용도를 공장으로 변경하였을 뿐만 아니라, OOO가 1995.6.30까지 임차하여 사용한 것은 사실이나, 그 용도가 공장인지 여부도 확인되지 아니하므로 쟁점주택외에 동일세대원인 배우자 OOO에게 또 다른 주택이 있는 것으로 보아 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대1주택의 비과세를 배제하고 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점외건물을 주택이외의 건물로 볼 수 있는지를 가리는데 있다.

나. 관련법령

쟁점주택 양도당시(1997.12.27) 소득세법 제89조(비과세양도소득)에 의하면, 『다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 부과하지 아니한다』고 규정하면서 그 제3호에는 “대통령령으로 정하는 1세대1주택(대통령령이 정하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득”이라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제154조(1세대1주택의 범위) 제1항에 의하면,『법 제89조 제3호에서 “1세대1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년이상인 것을 말한다.(단서생략)』고 규정하고 있으며, 같은법기본통칙 89-3(공부상 주택이나 사실상 영업용 건물인 경우 비과세여부)에 의하면, “소유하고 있던 공부상 주택인 1세대 1주택을 거주용이 아닌 영업용 건물(점포·사무소 등)로 사용하다가 양도하는 때에는 영 제154조 제1항에 규정하는 1세대 1주택으로 보지 아니한다”고 규정하고 있다.

한편, 국세기본법 제14조(실질과세) 제1항에 의하면, “과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다”고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1981.1.22 쟁점주택을 취득하여 1997.12.27 양도하여 쟁점주택의 보유기간이 3년이상인 사실과 청구인이 쟁점주택외에 또 다른 주택을 소유하고 있지 아니하다는 사실에는 다툼이 없다.

다만, 청구인과 동일세대원인 배우자 OOO이 공부상주택인 쟁점외 건물을 소유하고 있다는 이유로 쟁점주택 양도당시 청구인을 1세대2주택자로 본 반면, 청구인은 쟁점외건물의 사실상의용도가 공장이라고 주장하고 있으므로 이를 살펴본다.

(2) OOO은 1992.4.1 ～ 1995.6.30 기간 중 OO상사 OOO에게 임대보증금 6,000,000원, 월임대료 350,000원에 임대하였음이 OOO과 OOO 사이에 체결된 임대차계약서 및 위 각 과세기간의 부가가치세신고시 OOO이 위 동 계약서에 정한바 대로 임대료수입을 누락없이 신고·납부한 부가가치세 신고서 등에 의하여 확인된다.

(3) 또한, 동 임대차계약서 제8조에 의하면, “공장용 이외의 목적에 사용하지 못한다”고 용도를 제한하여 임대하는 것으로 기재되어 있고, OOO이 각과세기간의 부가가치세 신고시 함께 첨부하여 제출한 임대공급가액명세서, 매출처별세금계산서합계표 및 동 세금계산서 등에 의하면, OO상사 OOO는 쟁점외건물에서 의류제조업을 영위하는 것으로 기재되어 있는데, 우리심판소가 사업장(쟁점외건물)소재지 관할 성동세무서장에게 조회한 결과 사실임이 확인되며, OO상사 OOO의 사업자등록증(OOO-OO-OOOOO)에 의하면, 1986.9.24 쟁점외건물에서 의류부자재(섬유, 부직포 등) 제조업을 개시한 것으로 확인된다.

(4) 쟁점외건물이 소재한 제5동 1층에서는 OO정밀 OOO이 임차하여 1988.5.1부터 쟁점주택 양도당시(1997.12.27)까지 “금속절삭기 가공기계 제조공장”을 운영하고 있음이 OOO의 사업자등록증(OOO-OO-OOOOO)에 의하여 확인되는 바, 같은 건물 1층에 금속절삭기 가공기계 제조공장이 있어 소음공해가 심하므로 2층을 주거용으로 사용하기란 사실상 어렵다는 청구주장은 설득력이 있다 할 것이다.

(5) 한편, OOO 등 소유자 3인은 쟁점외건물이 소재한 부속토지에 아파트 및 상가를 건축하여 분양할 목적으로 1995.2.9 OOOO(주)와 공사약정을 체결하였으나, 당해 토지 및 건물에 설정된 근저당 등의 해지와 임차인들의 퇴거가 지체되어 이 건 심판청구일 현재까지도 일부 임차인들이 영업중에 있는 바, 이들 임차인들이 확인한 바에 의하면, 쟁점외건물은 1995.6.30까지 임차인 OOO가 OO상사라는 상호로 의류제조공장을 운영하다가 서울특별시 광진구 OOO동 OOOOO로 이전하였고, 그 후로는 건설업자와 아파트건축이 추진된 관계로 비어 있다고 진술하였으며, 청구인이 제시한 쟁점외건물의 사진 등으로 종합하여 볼 때, 쟁점외건물은 OOO이 보유한 기간중 공장(사업장)으로 사용되었다는 청구주장은 신빙성이 있다고 보아야 할 것이다.

(6) 어느 건물이 주택인지 여부의 판정은 건물공부상의 용도구분이나, 당국의 구조변경허가 여부에 관계없이 사실상 주거에 공하는지 여부를 기준으로 판단하는 것이므로 건축물관리대장 등 공부상 주택으로 되어 있는 경우에도 그 건물의 실제용도가 공장으로 사용되는 때에는 당해 건물을 공장으로 보아야 하는 것이다. (대법원 87누584, 1987.9.8 등 다수, 국심 98서2918, 1999.8.17 등 다수 같은 뜻임)

위의 사실 및 정황으로 볼 때, 쟁점외건물의 사실상의 용도는 공장이었다고 보아야 할 것이며, 그렇다면 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 1주택의 비과세를 적용함이 타당할 것으로 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구인 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.