가. 청구인은 OOO 외 2필지에서 2005.11.25. OOO이라는 상호로 개업하여 부가가치세 면세사업자로 사업자등록(이하 “쟁점①사업장”이라 한다) 후 양돈축산업을 영위하던 중 OOO외 1필지에 축사 OOO(이하 “쟁점축사”라 한다)를 2018.8.27. 신축하였고, 쟁점축사 신축 관련하여 쟁점①사업장 명의로 아래 ＜표1＞과 같이 매입세금계산서(2매, 이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 수취하였다.

＜표1＞ 쟁점매입세금계산서 수취 내역

OOO나. 이후 청구인은 2018.10.1. 쟁점축사 소재지에 부가가치세 과세사업인 부동산임대사업자로 사업자등록(이하 “쟁점②사업장”이라 한다)하는 한편, 같은 날 자녀 OOO과 쟁점축사 임대차계약을 체결하여 임대사업을 개시하였고, 쟁점축사 신축 관련 매입세액 OOO은 「부가가치세법」제43조에 따라 쟁점②사업장의 공제대상 매입세액에 해당되는 것으로 보아 같은 법 시행령 제85조 규정에 따라 과세사업전환 상각자산 감가율을 감안하여 산정한 OOO(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 공제하여 2019.1.25. 쟁점②사업장의 2018년 제2기 부가가치세 환급세액 OOO을 신고하였다.

다. 처분청은 쟁점축사 관련 매입세액은 「부가가치세법」제43조 규정의 공제대상 매입세액에 해당되지 않는 것으로 보아 쟁점매입세액을 공제대상에서 제외하고, 초과환급가산세를 가산하여 2019.4.18. 청구인에게 쟁점②사업장의 2018년 제2기 부가가치세 OOO을 환급하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2019.5.28. 이의신청을 거쳐 2019.11.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 면세사업에 사용하기 위한 건물을 신축하면서 관련 매입세액을 공제하지 아니하였으나, 당해 재화를 과세사업인 부동산임대업에 사용하거나 소비하는 것으로 변경하는 경우에는 ｢부가가치세법｣ 제43조 및 같은 법 시행령 제85조 규정에 따라 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있는 것(부가가치세과-789, 2014.9.23.)으로 쟁점매입세액은 쟁점②사업장의 2018년 제2기 부가가치세 과세기간에 공제되어야 한다.

처분청은 이 건 과세사업 전환이 동일사업장에서 이루어진 것이 아니므로 쟁점매입세액은 ｢부가가치세법｣ 제43조 규정의 적용대상으로 볼 수 없다는 의견이나,

청구인은 신설사업장의 시설투자 매입분 세금계산서를 기존사업장 명의로 수취하는 것이 가능하므로 쟁점축사 관련 쟁점매입세금계산서를 쟁점①사업장 명의로 수취한 것일 뿐, 건설용역을 공급받은 곳, 즉 쟁점축사 설치 장소와 부동산임대업으로 과세사업 전용하는 사업장이 모두 신설사업장인 쟁점축사에서 이루어졌으므로 동일사업장 내의 과세유형 전환으로 보아야 한다.

(2) 처분청은 쟁점①사업장 명의로 쟁점매입세금계산서를 수취할 당시 쟁점②사업장은 미등록사업장으로 관련 세금계산서를 미수취한 것이므로 쟁점매입세액은 공제대상으로 볼 수 없다는 의견이나, 쟁점②사업장은 쟁점매입세금계산서 수취 당시 사업개시를 하지 않았으므로 미등록사업자가 될 수 없다.

(가) 처분청은 청구인이 면세사업을 위해 기존 쟁점①사업장에서 13㎞ 떨어진 다른 장소에 쟁점축사를 신축하면서 쟁점①사업장을 공급받는 자로 하여 쟁점매입세금계산서를 수취하였고, 청구인이 쟁점축사 소재지에 임대사업 등록을 한 2018.10.1.부터 다른 면세사업자에게 쟁점축사를 임대하였을 뿐, 임대사업 등록 이전에는 미등록사업자로서 사업의 과세유형이 정해지지 않았으므로 쟁점매입세액은 「부가가치세법」제43조 규정 적용대상으로 볼 수 없다는 의견이다.

(나) 그러나, 쟁점②사업장이 미등록사업자가 되기 위해서는 세법상 요건에 따라 ① 사업을 개시하고, ② 사업자등록을 하지 않아야 할 것이라는 요건을 충족하는 경우인데,

「부가가치세법 시행령」제6조에서 사업개시일을 재화 또는 용역의 공급을 시작한 날로 규정하고 있어 축산업의 경우 단순히 축사를 완공한 때가 아니라 실제로 매출이 최초 발생되는 때, 즉 양돈 및 출하사무가 시작되는 때를 의미하는 것으로 보아야 할 것이라서 청구인은 신설사업장에서 축산업을 영위하기 위한 신축공사만 하였을 뿐 실제 축산업 사업을 개시한 사실이 없으므로 쟁점②사업장은 미등록사업장으로 볼 수 없다.

(다) 또한, 「부가가치세법」제8조 제1항 단서에 따라 사업 개시일 전이라도 사업자등록을 하여 쟁점매입세금계산서를 쟁점②사업장 명의로 수취할 수도 있었으나, 기존 관련 예규 등에서 기존사업장에서 신설사업장(쟁점②사업장) 시설투자용 매입세금계산서를 기존사업장(쟁점①사업장) 명의로 수취하는 것이 정당한 것으로 인정되고 있기 때문에 쟁점축사 신축 관련 매입세금계산서를 쟁점①사업장 명의로 수취한 것이다.

(3) 신설사업장 사업개시전 시설투자분 매입세금계산서는 기존 사업장 명의로 수취하는 것이 허용되므로 쟁점매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다.

(가) 처분청은 쟁점②사업장의 신축 축사 관련 쟁점매입세금계산서상 공급받는 자로 쟁점①사업장이 기재되어 있으므로 필요적 기재사항이 사실과 다른 세금계산서로서 매입세액 공제가 되지 않는다는 의견인바, 다수 관련 예규(부가 46015-106, 1996.1.18.)는 사업장을 확장 또는 이전하기 위해 사업자가 기존사업장 외에 별도로 사업장을 건설함에 있어 해당 신설사업장의 건축에 관련된 세금계산서는 건설공사에 대한 계약, 발주, 대금지급 등 거래가 이뤄지는 기존사업장에서 수취하여 공제대상 매입세액인 경우에는 매입세액 공제를 받을 수 있다는 것이 일관된 입장이다.

(나) 또한, 관련 예규(부가 2011-474, 2011.12.26.)상 개인 2명이 2개의 사업장을 각각 임차하여 면세사업인 의료업을 공동으로 영위하다가 그 중 한 사업장을 확장․이전하기 위해 토지를 취득하여 건물을 취득하던 중 의료업은 공동사업자 구성원이 각각 독립적으로 구분하여 운영하고, 새로 취득한 부동산은 그 소유자인 두 사람이 당초 공동사업자 구성원인 한 사람에게 의료업에 사용하도록 임대하는 경우에는 부동산임대업을 시작하는 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고를 할 때에 면세사업자 등록번호로 발급받은 세금계산서 매입세액 전액에 대하여 「부가가치세법」제17조 제6항에 따라 과세사업 전환 관련 매입세액으로 공제할 수 있는 것으로 해석하였는바,

이 건의 경우 청구인이 신설사업장 축사 신축을 위해 2017.4.20. OOO과 체결한 도급계약서의 계약당사자 및 도급인을 쟁점①사업장으로 표시하고 있는데, 이는 쟁점①사업장이 축산업을 확장 또는 이전하기 위해 축사를 신축하였다는 사실을 잘 보여주는 것이다.

(다) 따라서, 사업장을 신설하면서 시설투자용 매입세금계산서를 기존사업장 명의로 정당하게 수취한 매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 처분청 의견은 타당하지 않다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점매입세액은 ｢부가가치세법｣ 제43조 규정의 면세사업 등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환시 매입세액공제 특례 적용대상이 아니다.

(가) ｢부가가치세법｣ 제43조의 입법취지는 과세사업자의 면세사업전용에 따른 과세논리와 동일하게 과세형평을 위해 입법된 것으로 ｢부가가치세법｣에 규정하고 있는 자기의 사업을 위하여 면세사업용으로 사용한 감가상각자산의 과세전환을 의미하는 것이다.

(나) 이 건의 경우 쟁점매입세금계산서상 공급받은 자로 기재된 쟁점①사업장은 현재도 동일한 소재지에서 면세사업자로 계속하여 사업을 영위하고 있고, 신축 축사 소재지로 사업장을 이전하거나 과세사업자로 전환한 사실이 없다.

(다) 또한, 청구인은 신축축사 소재지인 쟁점②사업장에 과세사업인 임대사업자로 등록하여 별개의 2개 사업장이 현재 공존하고 있고, 쟁점②사업장 사업자등록일과 같은 날 청구인은 동일세대원으로서 자녀인 OOO이 신규로 개업한 면세사업자OOO에게 쟁점축사를 임대한 것으로 건축물대장상 축사의 용도록 분류되었을 뿐, 쟁점②사업장 사업자등록 전에 부가가치세 과․면세 사업유형이 정해지지 않았으므로 쟁점축사를 ｢부가가치세법｣ 제43조 규정의 과세사업전환으로 판단할 근거가 없다.

(2) 부가가치세 면세사업자로 등록한 경우에는 부가가치세의 납세의무 있는 사업자로 사업자등록을 한 것으로 볼 수 없고, 면세사업자로 사업자등록을 하고 있던 기간 중에 발생한 매입세액은 등록을 하기 전의 매입세액에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수 없는 것(대법원 2004.3.12. 선고 2002두5146 판결)으로

신규로 사업을 시작하려는 자는 사업개시일 전이라도 ｢부가가치세법｣ 제8조 제1항 규정에 따라 사업자등록을 신청할 수 있는데도 청구인은 쟁점축사 신축시 쟁점②사업장에 과세사업자 등록을 신청 또는 등록하지 않은 채 쟁점①사업장 명의로 쟁점매입세금계산서를 수취한 것이다. 또한, 청구인은 쟁점축사에 기존 사업장을 이전하거나 새로운 면세사업자로 등록한 사실이 없고, 쟁점축사 건설 이후 쟁점①․②사업장은 각기 독립된 사업장이므로 쟁점매입세액을 ｢부가가치세법｣ 제39조 제1항 제8호 규정에 따른 등록 전 매입세액으로서 공제하지 아니하는 매입세액으로 보아 청구인에게 부가가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

다만, 처분청은 청구인이 2018.8.23., 2018.9.5. 공급받는 자 주민등록번호로 발급된 매입세금계산서를 수취하여 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세시간 기산일까지 역산한 기간 내의 것으로 매입세액 공제를 신청한 OOO은 이를 인정하여 환급결정한 바 있다.

(3) 신설사업장 사업개시 전 시설투자분 매입세금계산서를 기존 사업장 명의로 수취하는 것이 허용되는 경우는 사업확장 전후 사업자가 동일한 경우에 한하는 것으로 이 건의 경우 쟁점축사 신축 이후 사업자가 동일하지 않으므로 쟁점매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서(공급받는 자)에 해당된다.

(가) 청구인이 제시한 예규(부가 2011-474, 2011.12.26.)의 경우 당초 기존 사업장 이전을 목적으로 건물을 신축하고, 사업장을 이전한 경우에는 사실상 세금계산서상 공급받은 자와 신축 사업장 사업자가 동일하다고 볼 수 있어 신축 건물 관련 매입세액을 공제하는 것이 타당하다는 취지로 회신한 것이나, 이 건의 경우 쟁점①사업장을 이전하거나 새로운 면세사업자로 등록한 사실이 없고, 쟁점②사업장은 별도 독립된 과세사업장이므로 쟁점매입세금산서는 공급받은 자가 사실과 다른 세금계산서로 보아야 한다.

(나) 다만, 사업장별 과세의 범위를 확대하여 사업자가 사업장을 이전할 목적이나 사업규모를 확장할 목적으로 다른 장소에 부동산을 취득하는 과정에 기존 사업장 명의로 세금계산서를 수취하여 관련 매입세액을 공제받았다가 부득이한 사유로 사업장 이전을 하지 못한 채 새로이 취득한 부동산을 다른 과세사업에 사용하기 위해 사업자등록을 한 경우 기 공제받은 매입세액에는 영향을 미치지 않는다고 할 것(조심 2017중3020, 2017.11.22.)이나, 이 건의 경우 청구인은 쟁점①사업장을 확장하기 위해 쟁점축사를 신축하였다고 주장하면서도 쟁점축사 사용승인 이후 이를 양돈업에 사용한 사실이 없고, 곧바로 임대사업자로 등록하면서 같은 날 자녀인 OOO과 임대차계약을 체결한 사실이 나타나는 등 부득이한 사유로 사업장 이전 또는 확장을 못하였다는 주장의 근거도 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점매입세액이 쟁점②사업장의 ｢부가가치세법｣ 제43조 규정의 면세사업 등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액공제 특례 적용대상인지 여부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법

제6조【납세지】① 사업자의 부가가치세 납세지는 각 사업장의 소재지로 한다.

② 제1항에 따른 사업장은 사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소로 하며, 사업장의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제8조【사업자등록】① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.

③ 제1항에도 불구하고 사업장이 둘 이상인 사업자(사업장이 하나이나 추가로 사업장을 개설하려는 사업자를 포함한다)는 사업자 단위로 해당 사업자의 본점 또는 주사무소 관할 세무서장에게 등록을 신청할 수 있다. 이 경우 등록한 사업자를 사업자 단위 과세 사업자라 한다.

제37조【납부세액 등의 계산】① 매출세액은 제29조에 따른 과세표준에 제30조의 세율을 적용하여 계산한 금액으로 한다.

② 납부세액은 제1항에 따른 매출세액(제45조 제1항에 따른 대손세액을 뺀 금액으로 한다)에서 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따라 공제되는 매입세액을 뺀 금액으로 한다. 이 경우 매출세액을 초과하는 부분의 매입세액은 환급세액으로 한다.

제38조【공제하는 매입세액】① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

제43조【면세사업 등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액공제 특례】사업자는 제39조 제1항 제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 면세사업 등을 위한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다.

(2) 부가가치세법 시행령

제85조【면세사업 등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액 공제 특례】① 사업자가 법 제39조 제1항 제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 법 제43조에 따라 공제되는 세액은 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제66조 제2항 후단을 준용한다.

1. 건물 또는 구축물