가. 청구법인은 2010.2.1. 면세점 사업부문을 물적분할하여 자회사인 OOO(이하 OOO이라 한다)을 설립하여 그 발행주식 600,000주(지분율 100%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 보유하다가 OOO(이하OOO이라한다)과 2012.9.5. 쟁점주식 중 48만6천주(지분율 81%)를 OOO양도하는 계약을, 2012.10.12. 쟁점주식 중 나머지인 11만4천주(지분율 19%)를 OOO추가로 양도하는 주식 양수도계약을 각 체결하고 같은 날 쟁점주식의 양도대금 전액을 수령하였고, 2012사업연도 법인세를 신고․납부하면서 쟁점주식의 양도차익 OOO익금에 산입하였다.

나. 청구법인은 2018.3.29. ‘쟁점주식 양도차익 상당액은 합병거래 과정에서 발생한 의제배당에 해당하므로 「법인세법」제18조의3의 수입배당금 익금불산입 규정에 따라 OOO(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 익금불산입하여 기납부한 2012사업연도 법인세 OOO환급하여야 한다’는 내용의 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2018.5.28. ‘청구법인의 쟁점주식 양도거래와 OOO합병은 각각 별개의 거래로 수입배당금 익금불산입 규정을 적용할 수 없다’는 이유로 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.8.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

대법원은 “주식의 매도가 자산거래인 주식의 양도에 해당하는가 또는 자본거래인 주식의 소각 내지 자본의 환급에 해당하는가는 법률행위 해석의 문제로서 그 거래의 내용과 당사자의 의사를 기초로 하여 판단하여야 할 것이지만, 실질과세의 원칙상 단순히 당해 계약서의 내용이나 형식에만 의존할 것이 아니라, 당사자의 의사와 계약체결의 경위, 대금의 결정방법, 거래의 경과 등 거래의 전체과정을 실질적으로 파악하여 판단하여야 한다”고 판시(대법원 2002.12.26. 선고 2001두6227 판결 등)하였고, ① 주식양도계약 체결 전에 감자결의가 이루어진 사안 뿐만 아니라(대법원 1992.11.24. 선고 92누3786 판결 등), ② 먼저 주식양도계약이 선행된 후에 비로소 자본감소 결의가 이루어진 사안에서도, 당해 주식취득이 자본감소를 예정한 채 이루어진 점 등 제반사정을 고려하여, 주식 양도차익을 개인에 대한 배당소득으로 의제하여 주식취득 법인에게 원천징수분 “배당소득세”를 고지한 처분은 적법하다고 판시한 바 있다(대법원 2010.10.28. 선고 2008두19628 판결).

조세심판원도 합병법인이 피합병법인의 지분을 100% 확보한 후 곧바로 합병을 진행한 경우 실질적으로 하나의 합병거래로 해당하는 것으로 판단(조심 2016서2575, 2016.10.12. 등)하여, 납세자가 자본거래 전에 형식적으로 주식양도거래를 거쳤다고 하더라도 제반사정에 비추어 자본거래를 위한 전제로 이루어진 것으로 볼 수 있는 경우에는 전체적으로 ‘하나의 자본거래’ 실질을 가진 것으로 파악하고 있다.

이 건에서 청구법인은 쟁점금액을 주식의 양도차익으로 잘못 인식․처리하였으나 그 실질은 배당소득인바, 쟁점주식 거래는 OOO주식을 100% 확보한 후 신주발행 없이 무증자 합병할 목적으로 이루어진 것으로 처음부터 합병을 예정한 것임이 아래의 사정에 비추어 나타나므로, 쟁점금액의 그 경제적 의의 또는 실질을 전체적으로 ‘하나의 합병거래’의 과정에서 합병대가로 받은 것으로 보아야 한다.

(1) 대법원은 “대상 기업의 사업보고서의 재무제표에 대한 외부감사인의 회계감사를 거쳐 작성된 감사보고서는 대상 기업의 재무상태를 드러내는 가장 객관적인 자료라 할 것”이라 판시하고 있는데(대법원 2007.10.25. 선고 2006다16758 판결), 쟁점주식의 거래가 있은 2012년에 대한 OOO감사보고서에 합병대가로 현금 OOO지급한 것으로 기재하고 있는바, 이는 쟁점금액이 합병거래에 따른 것임을 보여주는 가장 객관적인 자료라 할 것이다.

(2) 쟁점주식의 인수를 위한 이사회결의일(2012.10.11.)과 합병에 대한 이사회결의일(2012.10.16.)이 매우 근접하고, 이사회 1주전까지 이사들에게 그 소집이 통지되는 점에 비추어 거래 당사자의 의사 또한 합병을 위하여 쟁점주식을 양도한 것이라 할 것이다. 특히 면세점은 정부의 허가를 받아야 하는 사업으로 관세청이 사업권 승계를 승인해야 인수가 최종 결정되는데, 사업권 승인을 위해서는 종전 청구법인의 상호OOO를 영업상 그대로 사용할 수 없고 매수인의 상호OOO가 포함된 계열사에 흡수합병하는 것이 불가피한 상황이었다.

실제로 당시 OOO1차 주식 매수일(2012.9.5.) 직후 언론보도를 통해 공정거래위원회의 기업결합 심사를 거쳐 10월 중 면세점 운영방안을 포함한 사업권 승계 신청서를 관세청에 제출할 계획임을 밝혔고(OOO2012.9.12. 기사) 이후 주식의 추가 취득을 위한 이사회 결의(2012.10.11.), 합병에 대한 이사회 결의(2012.10.16.)가 연달아 이루어졌다. 이러한 회사 내부의 의사결정 과정과 관세청에 면세점 운영방안을 포함한 사업권 승계 신청서(합병회사 명의)의 제출이 맞물리면서 OOO처음부터 합병을 전제로 이 사건 주식양도거래를 하였음을 객관적으로 확인할 수 있고, 이는 OOO인수한 OOO면세사업권 승계와 관련한 기사(OOO2010.6.2.)에서 OOO과 관련하여 언급한 사실과 관세청 승인에 따른 사업권 승계 및 합병을 통해 면세점에 OOO브랜드를 사용하게 됨으로써 부산에서 기존 OOO및 2013년 개장 예정인 OOO연계해 쟁점주식 취득 목적인 Travel Business 시너지를 극대화할 것으로 평가된다는 기사(OOO2012.9.5. 기사)에서도 확인할 수 있다.

(3) 처분청은 조세심판원 결정(조심 2016서2575, 2016.10.12.)과 달리 쟁점주식의 양도거래와 합병을 하나의 거래로 볼 수 있는 객관적인 자료나 정황은 찾아볼 수 없다는 의견이나, 상기(1)의 감사보고서는 청구법인이 아니라 그 거래상대방인 OOO외부감사를 거쳐 공개․보고하는 것으로, 상대방이 이 사건 주식양도대금을 “합병대가”로 회계상 인식한 사실은 이 사건 청구법인 소득의 실질이 합병대가임을 객관적으로 확인하여 주는 절대적인 자료에 해당한다(대법원 2012.12.26. 선고 2001두6227 판결 등). 나아가 관세청의 승인을 받아야 하는 면세점 사업의 속성상 합병법인을 전제로 한 승인신청과 절차가 이루어진 점 등이 객관적으로 확인되는 이상, 쟁점금액의 경제적 실질은 전체적으로 하나의 합병거래를 통해 합병대가로서 받은 것이다.

나아가 OOO쟁점 주식을 100% 인수 후 이미 합병할 것을 이사회 결의 등을 통해 예정하고 있었다 하더라도, 합병거래는 OOO내부 의사결정이므로 처분청 주장처럼 청구법인과의 쟁점 “주식매매계약서”에 이러한 사정을 기재할 이유는 없는 것이며, 단지 계약서에 기재되지 않았다는 이유만으로 소득의 실질을 판단한다면 이는 그 거래내용의 전체를 실질적으로 파악하여 판단하여야 한다는 위 대법원 판례(대법원 2012.12.26. 선고 2001두6227 판결, 대법원 2010.10.28. 선고 2008두19628 판결 등) 및 조세심판원 선결정례(조심 2016서2575, 2016.10.12. 등)에 정면으로 배치되는 것이다.

나. 처분청 의견

주식의 양도시기는 「법인세법시행령」제68조 제1항 제3호에서 ‘그 대금을 청산한 날과 소유권 등의 이전등록 중 빠른 날’로 「증권거래세법」제5조 및 같은 법시행령 제2조제3호에서 ‘증권 등을 인도하거나 대가의 전부를 받아 당해 매매거래가 확정되는 때와 그 권리가 이전되는 때 중 빠른 날’로 규정하고 있다.

청구법인과 OOO쟁점주식의 주식매매계약서와 종결합의서를 살펴보면 1차 주식(81%)의 계약일자는 2012.9.5., 2차 주식(19%)의 계약일자는 2012.10.12.로 확인되고, 2012.10.12.에 OOO청구법인에게 쟁점주식 양도대금 전액인 OOO지급하였으므로, 쟁점주식의 양도일자는 2012.10.12.이라 할 것이다.

청구법인은 청구법인과 OOO간 주식양도거래는 OOO청구법인의 자회사 OOO지분 전부를 확보한 후, 신주발행 없이 무증자 합병하기 위한 목적에서 이루어진 것, 즉 쟁점주식 취득이 합병을 예정한 것으로 쟁점주식 양도거래에서 발생한 손익이 하나의 합병거래에서 발생한 ‘의제배당’이라고 주장하나 아래의 사정에 비추어 쟁점금액은 의제배당에 해당하지 아니한다.

(1) 청구법인은 쟁점주식 매매가 하나의 합병거래라 주장하나, 단지 쟁점주식의 최종 양도일(2012.10.12)과 OOO을 100% 흡수합병한 일자(2012.10.16.)가 근접하다는 것으로는 그 근거가 부족하므로 쟁점금액이 합병에 의한 ‘의제배당’이란 논리는 성립될 수 없다.

(2) 청구법인이 제출한 주식매매계약서 제12조 기타사항의 명시내용을 보면, 체결일 이전 모든 합의는 효력이 없음을 명시하고 있고, 청구법인과 OOO주식매매계약서, 부속합의서, 최종합의서 등 매매관련서류에서 OOO합병거래에 대한 언급은 전혀 찾아볼 수 없으며, 매매거래 전에 서로간의 구두 또는 서면합의가 있었다 할지라도 상기 주식매매계약서 제12조에 따라 그 효력을 상실하는 것이다.

(3) OOO2012년 감사보고서에서 2012.10.31. 이사회결의에 의거 2012.12.2. 종속회사인 OOO흡수합병하고 합병대가로 OOO지급한 것으로 기재하고 있으나, 이는 쟁점주식의 매매 이후에 발생한 별개거래인 합병에 대한 것일 뿐 이를 근거로 쟁점주식 매매거래가 합병을 전제한 것이라고 객관적으로 판단할 수 없고, 더욱이 OOO쟁점주식 매매와 관련하여 ‘타법인 주식 및 출자증권 취득결정’으로 공시하면서 2012.9.5.에는 그 취득목적을 ‘면세점 사업 신규 진출로 Travel Business 시너지 확대’로, 2012.10.16.에는 ‘잔여 지분 취득’으로 명시하여 쟁점주식 매매가 합병을 전제한 것임을 나타내지 않았다.

(4) 청구법인은 조세심판원 결정(조심 2016서2575, 2016.10.12., 조심 2014중1235, 2015.5.15.)을 들고 있으나, 조심 2014중1235 결정은 주식의 매매대금 지급이 완료되기 전에 합병등기가 이루어졌고, 잔금기한․실제 잔금청산일이 합병일 이후인 사례에 대한 것이고, 조심 2016서2575 결정은 주식매매계약에서 계약 목적이 ‘인수합병’으로 명시되어 있는 사례로서 주식매매계약서 등 어떤 서류에서도 합병을 전제로 한다는 내용을 찾을 수 없는 이 건과 동일하다고 볼 수 없고, 회사의 중요한 거래내용은 계약서 등 관련서류에 명시되는 것이 일반적이라 할 것임에도 쟁점주식 거래 직후 합병이 이루어졌으므로 쟁점주식 매매거래가 합병을 전제한 것이라는 청구법인의 주장은 조세법률주의와 상호보완적이고 불가분적 관계에 있는 실질과세원칙을 확대해석하는 것이다.

(5) 더욱이 청구법인은 부과제척기간이 완료되기 직전에 쟁점금액이 합병대가에 해당한다는 내용의 이건 경정청구를 제기하여 과세관청이 OOO대한 필요한 과세처분을 할 수 없도록 하였는데, 이는 부과제척기간 내 청구법인의 신고에 대한 처분청의 신뢰를 위반한 것으로 신의칙에 위반된다고 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 면세점 부문을 물적분할하여 소유하게 된 자회사 주식을 양도하고 얻은 양도차익과 관련하여, 그 실질이 ‘합병거래에 따른 의제배당’에 해당하므로 「법인세법」제18조의3에 따른 수입배당금 익금불산입을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제16조 (배당금 또는 분배금의 의제) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액은 법인으로부터 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 금액으로 보고 이 법을 적용한다.

5. 합병에 따라 소멸하는 법인[이하 "피합병법인"(被合倂法人)이라 한다]의 주주등이 합병에 따라 설립되거나 합병 후 존속하는 법인(이하 "합병법인"이라 한다)으로부터 그 합병으로 인하여 취득하는 합병법인 또는 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다. 이하 같다)의 주식등의 가액과 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액[이하 "합병대가"(合倂對價)라 한다]이 그 피합병법인의 주식등을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액

제18조의3 (수입배당금의 익금불산입) ① 내국법인(제1조 제2호의 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 해당 법인이 출자한 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액(제18조의2를 적용받는 수입배당금액은 제외한다) 중 제1호와 제2호에 따라 계산한 금액의 합계액이 제3호에 따라 계산한 금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다.

1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(주권상장법인의 경우에는 100분의 30)을 초과하여 출자한 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액. 다만, 발행주식총수 또는 출자총액 전액을 출자한 경우에는 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액 전액에 상당하는 금액을 말한다.

2. 내국법인이 제1호에서 정한 비율 이하로 출자한 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액에 100분의 30을 곱하여 산출한 금액

3. 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자가 있는 경우에는 제18조의2 제1항 제3호를 준용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액

② 제1항은 제18조의2 제2항 각 호에 따른 수입배당금액에 대하여는 적용하지 아니한다.

③ 제1항과 제2항을 적용할 때 출자 비율의 계산방법, 익금불산입액의 계산, 수입배당금액 명세서의 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다

제40조 (손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제73조 (원천징수) ① 다음 각 호의 금액(금융보험업을 하는 법인의 수입금액을 포함하되, 대통령령으로 정하는 금융회사 등에 지급되는 소득으로서 대통령령으로 정하는 것과 법인세가 부과되지 아니하거나 면제되는 소득 등 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)을 내국법인에 지급하는 자(이하 이 조에서 "원천징수의무자"라 한다)가 그 금액을 지급하는 경우에는 지급하는 금액에 100분의 14( 「소득세법」 제16조 제1항 제11호의 비영업대금의 이익인 경우에는 100분의 25)의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세를 원천징수하여 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.

1. 「소득세법」 제127조 제1항 제1호의 이자소득금액

2. 「소득세법」 제127조 제1항 제2호의 배당소득금액[같은 법 제17조 제1항 제5호에 따른 집합투자기구로부터의 이익 중 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자신탁(이하 제8항에서 "투자신탁"이라 한다)의 이익만 해당한다]

(2) 법인세법 시행령

제68조 (자산의 판매손익 등의 귀속사업연도) ①법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

3. 상품 등외의 자산의 양도：그 대금을 청산한 날[「한국은행법」에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 "외화대금"이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.

(3) 증권거래세법

제5조 (양도의 시기) ① 이 법을 적용할 때 주권등의 양도 시기는 해당 매매거래가 확정되는 때로 한다.

② 제1항의 매매거래 확정에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 증권거래세법 시행령

제2조 (양도의 시기) 주권등의 법 제5조 제2항에 따른 매매거래의 확정시기는 다음 각 호에 따른다.

1. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장에서 거래(다자간매매체결회사에서의 거래를 포함한다)된 주권에 대하여는 그 양도가액이 결제되는 때

2. 제1호에 따른 주권 외의 주권등을 금융투자업자가 매매ㆍ위탁매매 또는 매매의 중개나 대리를 하는 경우에는 그 대금의 전부를 결제하거나 결제받는 때

3. 제1호 및 제2호 이외의 경우에는 당해 주권등을 인도하거나 대가의 전부를 받는 때. 다만, 그 주권등을 인도하거나 대가의 전부를 받기 전에 권리가 이전되는 때에는 그 권리가 이전되는 때로 한다.

(5) 국세기본법

제14조 (실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 쟁점주식을 OOO양도하는 것과 관련한 이사회 의사록 중 2012.9.4.에 작성된 것은 아래 ＜표1＞과, 2012.10.11.에 작성된 것은 아래 ＜표2＞와 같고, 이사회 의사록에는 청구법인과 OOO쟁점주식 중 486,000주(81%)에 대한 ‘주식매매계약’(2012.9.5.)과 첨부서류(근질권설정계약서 등) 등이 첨부되어 있고, 동 ‘주식매매계약’에는 쟁점주식 중 486,000주의 매매, 확인실사, 종결, 매수인의 진술 및 보증 등이 기재되어 있다.

상기 주식매매계약과 관련하여 2012.10.12. 청구법인과 OOO간에 작성된 ‘종결합의서’에는 종결일, 매매대금의 조정 등에 대하여 기재되어 있고, 청구법인은 쟁점주식 중 114,000주를 OOO양도하는 것과 관련한 ‘주식매매계약’(2012.10.12. 체결한 것)을 제출한바, 동 ‘주식매매계약’에는 목적, 대상주식의 매매와 거래종결 등에 대하여 기재되어 있다.

＜표1＞ 청구법인의 이사회 의사록(2012.9.4.)

＜표2＞ 청구법인의 이사회 의사록(2012.10.11.)

(2) OOO2012.12.2.을 합병기일로 하여 OOO흡수합병하면서 이를 2012.10.19. 공시한바, 그 내용 중 일부는 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ OOO합병에 관한 공시내용 중 일부

(3) 청구법인은 2018.3.29. 처분청에 ‘쟁점주식 양도차익 상당액은 합병거래 과정에서 발생한 의제배당에 해당하므로 「법인세법」제18조의3의 수입배당금 익금불산입 규정에 따라 쟁점금액을 익금불산입하여야 한다’는 내용의 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2018.5.28. 청구법인의 경정청구를 거부한바, 처분청이 청구법인에게 통지한 ‘경정청구 처리결과 통지’의 내용은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞처분청의 ‘경정청구처리결과통지’(재산법인납세과-1746, 2018.5.24.)

(4) 청구법인은 OOO2012년 감사보고서 중 재무제표에 대한 주석을 아래 ＜표5＞와 같이 제시하였고, 이와 관련하여 청구법인은 OOO역시 쟁점주식의 거래에 따른 쟁점금액을 합병대가로 인식하고 회계처리하였다는 주장이고, 처분청은 동 내용은 쟁점주식 매매 이후의 합병에 대한 것으로 이를 근거로 쟁점주식 매매가 합병을 전제로 한 것인지 판단할 수 없다는 의견이다.

＜표5＞ OOO2012년 감사보고서 중 재무제표에 대한 주석(82～84쪽)

(5) 처분청은 OOO쟁점주식의 매매거래와 관련하여 2012.9.5.과 2012.10.16.에 ‘타법인 주식 및 출자증권 취득결정’에 대하여 공시한 것을 아래 ＜표6＞와 같이 제시하였고, 처분청은 아래 공시내용상의 취득 목적에 합병이 언급되어 있지 않고, 쟁점주식 매매계약의 최종합의일인 2012.10.12. 이전에 쟁점주식의 취득이 합병을 전제한 것임이 나타나지 않는다는 의견이다.

＜표6＞ OOO공시내용

○ 2012.9.5. 공시한 것

○ 2012.10.16. 공시한 것

(6) 청구법인은 OOO인수실무를 담당하였던 OOO사실 확인서(2019.12.11.)를 제출하였는데, 확인서에는 청구법인이 보유한 면세점 사업권을 OOO승계하기 위해 관세청과의 협의를 통해 2012년 5월부터 사전검토하였으며, 주식양수만으로는 사업권 승계가 되지 않으나, 합병으로 인한 승계는 가능하다는 관세청의 입장에 따라 2012년 8월 쟁점주식을 OOO양수하면서 이와 거의 동시에 OOO합병을 진행하여 2012.12.12. 면세점 사업권을 취득하였다는 등의 내용이 기재되어 있다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 납세의무자는 경제활동을 할 때 특정 경제적 목적을 달성하기 위하여 어떤 법적 형식을 취할 것인지 임의로 선택할 수 있고, 과세관청으로서도 그것이 가장행위라거나 조세회피 목적이 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한 납세의무자가 선택한 법적 형식에 따른 법률관계를 존중하여야 하고(대법원 2017.4.7. 선고 2015두49320 판결 등, 참조), 주식의 매도가 자산거래인 주식의 양도에 해당하는가 또는 자본거래인 주식의 소각 내지 자본의 환급에 해당하는가는 법률행위 해석의 문제로서 그 거래의 내용과 당사자의 의사를 기초로 하여 판단하여야 할 것이지만, 실질과세의 원칙상 단순히 당해 계약서의 내용이나 형식에만 의존할 것이 아니라, 당사자의 의사와 계약체결의 경위, 대금의 결정방법, 거래의 경과 등 거래의 전체과정을 실질적으로 파악하여 판단하여야 할 것이다(대법원 1992.11.24. 선고 92누3786 판결, 참조).

쟁점주식 거래는 그 전체적 측면에서 각각 호텔업을 영위하는 청구법인과 OOO사이에서 OOO「관세법」상 특허보세구역의 면허를 가진 청구법인의 면세점 사업부문을 이전받고자 하는 과정에서 이루어진 것으로 보이는 바, 청구법인과 OOO자신들이 선택할 수 있는 여러 법적 형식 중에서 청구법인이 분할을 통해 OOO설립한 후 그 발행주식인 쟁점주식을 모두 현금을 지급하고 이전받았다가 OOO이를 합병하는 형식을 선택한 것으로 보인다.

이에 OOO소유한 면세점 특허권을 OOO취득하는 과정에서 OOO발행주식의 전부인 쟁점주식은 2012.9.5. 그 81%에 대한 1차 양도계약이 체결되었고 2012.10.12. 나머지 19%에 대한 양도계약 후 청구법인이 양도대금을 전액 수령하였으며, 그로부터 불과 4일이 경과한 2012.10.16. OOO합병에 대한 이사회 결의를 하였고 이후 2012.12.2.을 합병기일로 하여 합병이 완료한 사실 등에 비추어 OOO쟁점주식에 대한 양도대금 지급을 완료하기 이전부터 OOO합병하고자 하는 의사를 가지고 있었을 것으로 보이는 측면이 있고, OOO해당 회계연도에 대한 감사보고서에서 OOO과의 사업결합일을 쟁점주식의 양도가 완료된 2012.10.12.로 기재한 것과 OOO에서 쟁점주식 거래에 담당한 OOO확인서도 그러한 취지로 판단된다.

다만 청구법인은 쟁점주식의 거래가 OOO발행주식 전부를 확보한 후 신주발행 없이 합병하기 위한 목적으로 이루어진 것으로 처음부터 합병을 예정한 것이므로 그에 따라 수령한 쟁점금액은 합병대가에 해당한다고 주장하나, 청구법인이 쟁점주식을 OOO양도할 당시 주식매매계약을 체결하였고 청구법인의 이사회 의사록에도 쟁점주식의 거래를 주식매매계약에 따른 것으로 인식하였으며, 쟁점주식의 취득과 관련하여 OOO공시한 것에도 주식의 취득으로 기재되어 있어, 쟁점주식 거래 당시에는 청구법인이 이를 합병절차의 일환으로 인식하고 있었다거나 그 이후의 사정까지 인식하고 있었다고 단정하기는 어렵다고 보인다.

따라서, 청구법인이 물적분할로 신설법인 OOO발행주식인 쟁점주식을 취득․양도하고 OOO쟁점주식을 양수한 후 흡수합병하는 방식을 취하게 된 구체적인 사정과 경위가 무엇인지, 청구법인이 쟁점주식을 양도할 당시 OOO이를 통해 OOO합병할 의사를 가지고 합병의 일환으로서 쟁점주식을 취득한 것인지 여부 등을 재조사하여, 그 결과에 따라 쟁점금액이 「법인세법」제16조 제1항 제5호에 따라 청구법인이 합병대가로 받은 것에서 쟁점주식을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 것으로서 같은 법 제18조의3 제1항에 따른 수입배당금의 익금불산입 대상에 해당하는지 여부를 판단하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.