산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 1989.1.1 이전에 산업기지개발구역으로 지정된후 청구법인이 조성한 시화지구포함 5개구역 토지중 1993사업연도 및 1997～1998사업연도중에 청구법인이 분양한 3,567,320.2㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대한 특별부가세를 신고함에 있어, 개정된 구조세감면규제법(1993.12.31 법률 제4666호로 개정된 것) 제64조 제1항 제4호의 규정에 의하여 1997사업연도 양도분은 1998.9.30자로 1998사업연도 양도분은 1999.3.27자로 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하여 신고·납부하였다. 처분청은 1999.3.19 청구법인에게 1993사업연도 양도분에 대한 특별부가세 19,340,094원을 경정고지하고, 구 법인세법(1988.12.26 법률 제4020호) 부칙 제16조 및 구 조세감면규제법(1989.12.30 법률 제4165호) 부칙 제5조 제3항의 비과세 경과조항에 따라 구 법인세법 제59조의 3 제1항 제14호의 특별부가세 비과세규정을 적용하여 법인세 특별부가세 및 농어촌특별세 7,724,338,162원(1997사업연도 특별부가세 4,003,484,515원 및 농어촌특별세 800,696,605원, 1998사업연도 특별부가세 2,433,463,952원 및 농어촌특별세 486,692,790원)을 환급하라는 경정청구를 1999.3.27 및 1999.5.8 각각 하였으나, 처분청은 당초 신고내용이 정당하다는 이유로 1999.5.24 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1999.8.20 심사청구(1993사업연도분은 1999.4.21)를 거쳐 1999.12.17 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 1988.12.26 법률 제4020호 개정된 구법인세법 부칙 제16조의 경과규정에 이 법 시행당시(1989.1.1) 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 산업기지개발구역으로 지정된 지구의 사업시행자(청구법인)가 조성한 토지를 양도함으로써 발생한 소득에 대하여는 종전의 법인세법(1988.12.26 법률 제4020호로 개정되기전의 것) 제59조의 3 제1항 제14호의 규정에 의하여 비과세한다고 규정한 이후 삭제나 폐지된 바가 없으므로, 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 산업기지개발구역으로 1989.1.1 이전 지정된 지구에 청구법인이 조성한 쟁점토지 양도분에 대하여 발생한 소득에 대하여도 1988.12.26 법률 제4020호로 개정된 구법인세법 부칙 제16조를 적용하여 비과세하여야 한다.

나. 국세청장 의견

산업기지개발촉진법에 의하여 지정된 지구의 사업시행자가 조성한 토지를 1990.1.1 이후에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 1989.12.30 법률 제4165호로 개정된 구조세감면규제법 제59조 제5호 및 부칙 제5조 제1항의 규정에 의하여 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액만이 감면되므로 청구법인에 대한 1993사업연도분의 특별부가세 경정처분 및 1997～1998사업연도분 특별부가세 및 농어촌특별세의 환급경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

산업기지개발촉진법에 따라 1989.1.1 이전에 지정된 지구의 조성토지를 사업시행자가 1990.1.1 이후 양도한 경우 특별부가세가 비과세 되는지 여부

나. 관계법령

산업기지개발촉진법에 규정에 의하여 산업기지개발구역으로 지정된 지구의 사업시행자인 청구법인이 조성한 토지등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 비과세·감면규정의 개정연혁을 살펴보면,

1988.12.16 법률 제4020호로 개정되기 전인 구 법인세법 제59조의 3 제1항 제14호에서 비과세하도록 규정하였다가, 1988.12.26 동법 개정시 위 제1항 제14호의 규정을 삭제하고 동조 제2항 제4호에서 특별부가세액의 100분의 50에 상당하는 세액만을 감면하도록 개정함과 동시에 동법 부칙 제12조 제1항에서는 동조 제2항 제4호의 개정규정은 “이 법 시행(1989.1.1)후 최초로 양도하는 분부터 적용한다”라고 규정하고, 아울러 동법 부칙 제16조에서 “이 법 시행당시 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지정된 지구의 사업시행자가 조성한 토지등을 양도함으로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 종전의 제59조의 3 제1항 제14호의 규정에 의한다.”라고 규정하고 있다.

1989.12.30 법률 제4165호로 개정된 법인세법 제59조의 3 제2항 제4호를 삭제하고, 이를 1989.12.30 개정된 구조세감면규제법 제59조 제5호로 옮겨 규정하면서 그 부칙 제5항 제1항에서는 이 법 제59조의 개정규정(50% 감면규정)은 “이 법 시행(1990.1.1)후 최초로 양도하는 분부터 적용한다”라고 규정하고 있으며, 동 조 제3항에서는 “이 법 시행당시 종전의 법인세법의 규정에 의하여 부과하였거나 부과할 특별부가세에 관하여는 종전의 규정에 의한다.”라고 규정하면서 동 부칙 제19조 제2항에서는 “ 법인세법 제59조의 3 제2항 내지 제4항을 각각 삭제한다.”라고 규정하고 있고, 1993.12.31 법률 제4666호로 구조세감면규제법을 개정하면서 이를 제64조 제1항 제4호로 옮겨 규정하면서 그 부칙 제7조 제1항에서 “이 법 중 양도소득세 또는 특별부가세에 관한 개정규정(50% 감면규정)은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.”라고 규정하고 있다.

다. 심리 및 판단

먼저 청구법인이 1997～1998사업연도중에 양도한 쟁점토지에 대하여 당초 구조세감면규제법(1993.12.31 개정된 것) 제64조 제1항의 규정에 의하여 특별부가세가 50% 감면되는 것으로 1998.3.30 및 1999.3.21 신고·납부하였다가, 쟁점토지의 양도소득이 1988.12.26 법률 제4020호로 개정되어 구법인세법이 시행되기 이전에 이미 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지구지정이 되어 조성중이던 토지에서 발생한 것이므로 동법 부칙 제16조 경과 규정에 의거 비과세에 해당된다하여 1999.3.27 및 1999.5.8 기납부한 세액에 대하여 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 1999.5.24 환급거부통지를 한 사실이 심리자료에 의하여 확인되며 1993사업연도 양도분에 대한 특별부가세 19,340,094원은 동일한 취지로 1999.3.19 청구법인에게 추가로 경정고지되었음이 확인된다.

쟁점토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대한 특별부가세가 비과세되는지에 대하여 살펴보면, 1988.12.26 법률 제4020호로 개정된 구법인세법 부칙 제16조에 “이 법 시행당시 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지정된 지구의 사업시행자가 조성한 토지등을 양도함으로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 종전의 제59조의 3 제1항 제14호의 규정에 의한다.”라고 규정하고 있으나, 1989.12.30 법률 제4165호로 개정된 구조세감면규제법 부칙 제5조 제1항에서는 제59조의 규정(산업기지개발촉진법에 의하여 지정된 지구 또는 구역의 사업시행자가 조성한 토지 등을 양도함으로써 발생한 소득에 대하여 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다는 내용)은 같은법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용하도록 규정하는 외에 종전의 법인세법등과의 관계에 있어서 같은법 부칙 제5조 제3항에서는 종전의 법인세법의 규정에 의하여 부과(감면)하였거나 부과(감면)할 양도소득세 또는 특별부가세 관하여는 종전의 규정에 의하도록 규정하고 있는바, 이는 1989.12.30 법률 제4165호로 개정된 구조세감면규제법 시행전에 양도가 이루어 진 것에 대하여는 종전의 법인세법 등을 적용하고 1989.12.30 법률 제4165호로 개정된 구조세감면규제법 시행 이후에 양도가 이루어 진 것에 대하여는 개정된 조세감면규제법을 적용한다는 뜻을 명백히 한 것이라 할 것이고, 이로 인하여 1988.12.26 법률 제4020호로 개정된 구법인세법 부칙 제16조의 규정은 1989.12.30 법률 제4165호로 개정된 구조세감면규제법 부칙 제5조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 그 효력이 소멸되었다고 할 것이므로 청구법인이 1989.1.1 이전에 산업기지개발구역으로 지정된 지구에 조성한 토지를 1994.1.1 이 후 양도함으로써 발생한 소득에 대하여는 특별부가세의 50%를 부과함이 타당하다 할 것이어서 청구법인이 쟁점토지를 양도함으로써 발생한 소득에 대한 환급을 구하는 경정청구에 대하여 처분청이 이를 거부한 당초 처분(1993사업연도분은 추가로 경정고지)은 정당하다고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.