가. 청구인은 2003.12.10. 손OO으로부터 강원도 OOO OOO OOOOO, OOO 등 2필지의 토지 2,052㎡(취득후 6필지로 지번분할되었으며, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여, 2008.3.4. 쟁점토지에서 지번분할되어 도로로 편입된 2필지(107-7, 109-4)의 토지 148㎡를 강원도 OOO장에게 수용보상가액 92,352,000원에 양도하고, 2008.6.20. 나머지 4필지(107-1, 107-8, 109, 109-5)의 토지 1,904㎡를 OOOOOO주식회사에게 매매대금 20억원에 양도하였는바, 청구인은 2008.9.1. 쟁점토지 중 수용된 2필지의 토지에 대하여는 양도가액을 92,352,000원으로, 취득가액을 145,611,590원으로 하여 양도차손 53,259,590원이 발생한 것으로 양도 소득과세표준신고를 하였고, 나머지 4필지 토지에 대하여는 양도가액을 20억원, 취득가액을 1,872,388,407원으로 하고,수용된 2필지의 양도차손을 합산하여 양도소득과세표준신고를 하면서 양도소득세 29,080,080원을 납부하였다.

나. 처분청은 2009.9.25. 청구인에 대하여 양도소득세 조사를 실시하고, 쟁점토지의 실지취득가액이 청구인이 신고한 20억원이 아니라 1,050백만원이라고 조사하여 2010.2.2. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 656,726,990원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.2.24. 이의신청을 거쳐 2010.7.22. 심판청구를 제기하였다(청구인이 제기한 이의신청에 대하여 중부지방국세청장은 2010.3.26. 취득가액을 재조사하도록 결정을 하였으나, 처분청은 재조사를 실시한 뒤, 2010.5.13. 당초 처분을 유지하는 것으로 그 결과통보를 하였으며, 이러한 재조사결과 통보와는 별도로 처분청은 당초 쟁점토지의 양도차익을 계산하면서 양도소득금액과 가산세 산정을 잘못하였다는 이유로 2010.7.1. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 209,432,700원을 추가로 경정·고지하였다).

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) (주위적 청구) 청구인은 쟁점토지를 20억원에 취득하면서 작성한 매매계약서(이하 “신고계약서”라 한다)를 첨부하여 양도소득과세표준신고를 하였으나, 처분청은 매매대금이 10억5천만원으로 기재된 매매계약서(이하 “조사계약서”라 한다)를 실지매매계약서로 보아 이 건 과세처분을 하였는바, 처분청이 탈세제보자로부터 입수하였다는 조사계약서는 당시 관행에 따라 취득세 및 등록세 신고용으로 작성하였던 것인데, 법무사가 동 계약서상의 매매가액도 많으므로 지방세법상 시가표준액에 따라 신고하면 된다 하여 매매가액이 4억7천만원으로 기재된 매매계약서(이하 “검인계약서”라 한다)를 다시 작성하여 지방세 신고를 하고, 동 계약서는 폐기하였다고 청구인에게 통보하였던 계약서로 이를 실지매매계약서로 보는 것은 부당하다.

쟁점토지의 종전 소유자인 손OO은 과다한 부채의 상환이 지연됨에 따라 금융기관 등이 쟁점토지 등을 가압류하자, 부동산이 경매되는 경우 가격이 하락할 것을 우려하여 부동산을 매각하여 부채를 상환하기 위하여 2003.10.8. 청구인과 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결하였고, 청구인은 계약체결일에 계약금과 중도금으로 3억원을 지급한 후 매매예약에 의한 가등기를 하였으나, 자금력이 부족하여 당초 약정일인 2003.11.30.까지 잔금 17억원을 지급하지 못한 상태에서 손OO이 채권자들의 가압류 등기가 계속 설정될 것을 우려하여 청구인에게 소유권 이전등기를 먼저 할 것을 요청함에 따라 2003.12.10. 쟁점토지를 청구인 명의로 소유권 이전등기를 하였으며, 그 후 쟁점토지를 담보로 한 대출금 등으로 2003.12.2.부터 2005.6.10.까지 3회에 걸쳐 잔금 중 7억원을 추가로 지급하였으나, 나머지 10억원은 쟁점토지의 양도시 그 양도대금으로 상환하기로 약정하였다.

그 후, 손OO은 청구인에게 쟁점토지를 조속히 양도하여 잔금 10억원을 지급할 것을 계속 요청하다가, 2008년초 강OO을 대리인으로 내세워 쟁점토지에 근저당을 설정하고 대출을 받았으며, 청구인이 쟁점토지를 매각하여 2008.6.20.자로 잔금 10억원을 무통장입금하자, 동 금액으로 강OO 명의의 대출금 채무를 변제한 것으로, 쟁점토지의 실지취득가액이 20억원인 사실은 당시 거래를 중개하였던 공인중개사 황OO도 이를 확인하고 있고, 그 지급내역도 금융거래자료에 의하여 대부분 입증되고 있으므로 쟁점토지의 취득가액은 「소득세법」 제97조 제1항 제1호 가목에 의하여 신고계약서상의 매매대금인 20억원으로 보아야 하고, 만약 매매대금의 지급내역이 금융자료에 의하여 전액 입증되지 아니함을 이유로 신고계약서를 실지계약서로 인정하기 어렵다고 본다면, 처분청이 제시한 조사계약서상의 매매대금 또한 그 지급내역이 전액 입증되었다고 볼 수 없으므로 쟁점토지의 취득가액은 「소득세법」 제97조 제1항 제1호 나목의 환산가액으로 산정하는 것이 타당하다.

(2) (예비적 청구①) 청구인의 이의신청에 대하여 중부지방국세청장이 재조사하도록 결정함에 따라 처분청은 재조사를 실시한 뒤 당초 처분이 적법하다고 보아 원처분을 유지하는 내용의 결과통보를 한 후, 당초 고지한 양도소득세의 양도소득금액과 가산세 산정이 잘못되었다는 이유로 2010.7.1. 청구인에게 양도소득세를 추가로 증액하여 경정·고지하였는바, 이는 행정쟁송과 관련하여 불이익변경금지의 원칙에 위배되는 것이므로 이 부분 양도소득세는 취소되어야 한다.

(3) (예비적 청구②) 또한, 청구인의 이의신청에 대하여 중부지방국세청장은 “청구인이 손OO에게 마지막 잔금으로 지급한 금액 10억원이 쟁점토지의 거래대금인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하라”고 변형결정을 하였으므로, 이러한 이의신청의 기속력에 기하여 처분청은 마지막으로 지급한 금액 10억원이 쟁점토지의 취득대금인지 여부만 확인하여 취득대금이 아니라는 사실을 입증하지 못하는 경우 당초 처분을 취소하여야 함에도, 이에 대하여 별다른 입증을 하지 아니한 채 당초 처분은 유지하는 것으로 결과통보를 한 것은 행정심판의 기속력을 벗어난 것으로 위법하다 하겠으므로 이 건 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) (주위적 청구) 이 건 신고계약서와 조사계약서를 비교하여 보면, 공인중개사는 관련법령에 의하여 부동산 중개시 반드시 관청에 등록된 인장을 날인하도록 규정되어 있는데 조사계약서는 공인중개사의 인장이 날인되어 있는 반면, 신고계약서는 서명과 사인만 되어 있고, 청구인의 주장대로 같은 공인중개사 사무실에서 신고계약서와 조사계약서를 작성한 것이라면 계약서 양식이 동일하여야 할 것인데 양식이 상이하며, 조사계약서에는 특약사항이 구체적이고 상세하게 기재되어 있으나 신고계약서는 특약사항이 기재되어 있지 아니하며, 신고계약서상 연락처가 식별번호가 010인 휴대폰번호가 기재되어 있으나 당해 010 휴대폰식별번호는 취득시점인 2003년에는 사용하지 아니하는 식별번호이어서 신고계약서를 실지계약서로 보기는 어려우므로 처분청이 조사계약서를 실지계약서로 본 것은 정당하고,

매매대금의 지급과 관련하여서도 청구인은 쟁점토지의 매매 잔금 중 10억원을 쟁점토지의 취득일로부터 4년 6개월이 경과한 때에 지급하였다고 주장하면서도, 당해 미지급 대금에 대하여 당초 지급서약서를 작성하였다가 파기하였는 이유로 이를 제출하지 아니하고 있으며, 고액의 금액을 미지급한 상태에서 이를 담보하기 위한 아무런 조치를 취하지 아니한다는 것은 사회통념상 정상적인 거래대금의 지급방식이라고 볼 수 없고, 중부지방국세청장의 재조사 결정에 따라 처분청이 ‘청구인이 2008.6.20. 손OO의 계좌에 무통장입금한 10억원’에 대하여 재조사한 결과 10억원이 입금한 날 전액 출금되어 일부는 청구인의 예금계좌에 재입금되었고, 나머지 인출금은 OOOOOO(주)와의 양도계약의 특약사항(근저당권 말소 등)을 이행하기 위하여 대출금 상환에 사용하는 등 정상적인 대금지급으로 볼 수 없을 뿐만 아니라, 청구인이 취득가액을 과다하게 계상하고 이를 정당화하기 위하여 금융증빙인 송금전표를 허위로 만든 것으로 보이므로, 처분청이 조사계약서상 매매대금을 실지취득가액으로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 당초 처분은 정당하다.

(2) (예비적 청구①) 청구인은 이 건 이의신청에 따른 중부지방국세청장의 재조사 결정에 따라 처분청이 ‘청구인이 2008.6.20. 손OO의 계좌에 무통장입금한 10억원’에 대하여 재조사를 하고, 청구인에게 당초 처분을 유지한다고 통지한 후, 양도소득세를 추가로 부과한 것이 불이익변경금지의 원칙에 위배된다고 주장하나, 2010.7.1. 추가로 부과한 양도소득세는 재조사 결과에 따라 당초 처분을 증액경정한 것이 아니라, 처분청이 당초 결정한 경정결의서를 검토하는 과정에서 양도소득금액 합산 및 신고납부불성실가산세 적용에 오류가 발견되어 이를 경정한 것이므로 이를 불이익금지의 원칙에 위배되는 처분이라고 볼 수는 없다.

(3) (예비적 청구②) 청구인은 청구인의 이 건 이의신청에 대하여 중부지방국세청장이 “청구인이 손OO에게 마지막으로 지급한 잔금 10억원이 쟁점토지의 거래대금인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하라”고 결정하였는데도 처분청이 이를 이의신청결정 내용대로 조사하지 아니하여 행정심판의 기속력에 어긋나는 처분을 하였다고 주장하나, 처분청은 중부지방국세청장의 재조사결정에 따라 주문내용에 한정하여 금융거래 현지확인조사를 실시하여 동 금액을 쟁점토지의 거래대금으로 볼 수 없다고 보아 당초 처분을 유지하는 것으로 재조사결과를 통보한 것으로 이를 행정심판의 기속력에 어긋나는 처분이라고 볼 수는 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① (주위적 청구) 이 건 신고계약서와 조사계약서 중 어느 것이 실지 매매내역에 부합되는 매매계약서인지 여부와 쟁점토지의 실지 취득가액을 얼마로 보아야 하는지 여부

② (예비적 청구①) 이 건 2010.7.1.자 증액경정처분이 불이익변경금지의 원칙에 위배되는 처분인지 여부

③ (예비적 청구②) 이의신청에 대한 재조사결정에 대하여 처분청이 행정심판의 기속력에 위배되는 처분을 한 것으로 보아 이 건 양도소득세를 취소할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의것) 제97조【양도소득의 필요경비계산】① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것

⑤ 취득에 소요된 실지거래가액의 범위, 증여세 상당액 계산 등 필요경비의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2)소득세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21301호로 개정되기 전의 것)제163조【양도자산의 필요경비】① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 “취득에 소요된 실지거래가액”이라 함은 다음 각호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권 등을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액" 이라 함은 제176조의2 제2항 내지 제4항의 규정에 의한 가액을 말한다.

제176조의2【추계결정 및 경정】② 법 제114조 제7항에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액" 이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 주식 등이나 법 제94조 제1항 제4호의 규정에 의한 기타 자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는동항 제2호의 감정가액

×

취득당시의 기준시가

───────────

양도당시의 기준시가

2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는동항 제2호의 감정가액

×

취득당시의 기준시가

───────────

양도당시의 기준시가(제164조 제8항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가)

③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호의 규정에 의한 매매사례가액 또는 제2호의 규정에 의한 감정가액이 제98조 제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 자와의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주권상장법인 또는 코스닥상장법인의 주식 등을 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주식 등을 제외한다)에 대하여 2 이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

4. 기준시가

④ 법률 제4803호 「소득세법개정법률」부칙 제8조에서 정하는 날(이하 “의제취득일”이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)에 대하여 제3항 제1호 내지 제3호의 규정을 적용함에 있어서 의제취득일 현재의 취득가액은 다음 각호의 가액 중 많은 것으로 한다.

1. 의제취득일 현재 제3항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 가액

2. 취득당시 실지거래가액이나 제3항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 가액이 확인되는 경우로서 당해 자산(상속 또는 증여받은 자산을제외한다)의 실지거래가액이나 제3항 제1호 및 제2호의 규정에 의한가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 직전일까지의 보유기간동안의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액

(3) 국세기본법(2008.12.26. 법률 제9263호로 개정되기 전의 것) 제79조【불고불리ㆍ불이익변경금지】① 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제81조에서 준용하는 제65조의 규정에 의한 결정을 함에 있어서 심판청구를 한 처분 이외의 처분에 대하여는 그 처분의 전부 또는 일부를 취소 또는 변경하거나 새로운 처분의 결정을 하지 못한다.

② 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제81조에서 준용하는 제65조의 규정에 의한 결정을 함에 있어서 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불이익이 되는 결정을 하지 못한다.

(4) 행정심판법 제49조【재결의 기속력 등】① 심판청구를 인용하는 재결은 피청구인과 그 밖의 관계 행정청을 기속한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은쟁점토지를2003.12.10. 손OO으로부터 취득하였고, 그 중 148㎡를 2008.3.4. 도로부지 수용에 의하여 강원도 OOO장에게 수용보상가액 92백만원에 양도하였으며, 나머지 1,904㎡를 2008.6.20. OOOOOO주식회사에게 매매대금 20억원에 양도하였는 바, 그 내역은 아래 <표1>과 같으며, 쟁점토지의 실지양도가액이 20억9,200만원인 점에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없으나, 실지취득가액에 대하여는 다툼이 있다.

OOOOOOOOOO OOOO OO O OOOO

즉, 청구인은 쟁점토지를 양도하고, 취득 및 양도당시의 실지거래가액에 의하여 양도소득과세표준신고를 하면서, 취득당시의 매매계약서로 매매가액이 20억원으로 기재된 신고계약서를 첨부하였는데, 처분청은 탈세제보자가 제공하였다는 조사계약서를 실지매매계약서로 보고, 그 조사계약서상의 매매가액을 10억5천만원을 쟁점토지의 실지취득가액으로 보아 이 건 과세처분을 하였다.

(2) 청구인이 쟁점토지를 취득할 당시부터 양도할 당시까지 쟁점토지의 개별공시지가 변동내역은 아래 <표2>와 같다.

OOOOOOOOOOOOOOO OOOOOO OOOO

(3)청구인이 양도소득과세표준신고시 제출한 신고계약서와 처분청이 탈세제보자로부터 입수하였다는 조사계약서의 주요 내용은 아래 <표3>과 같다.

OOOOOOOOOO OOOOOO OOOOOO OO OO

(가) 즉, 신고계약서에는 계약금 2억원과 중도금 1억원으로 기재되어 있고, 중도금지급일이 계약일인 2003.10.8.로 명시되어 있으나, 조사계약서에는 계약금 1억원과 중도금 2억원으로 기재되어 있고, 중도금지급일에 대한 표시가 없이 계약금과 중도금 3억원을 계약시(2003.10.8.) 영수하였다고 표기되어 있다.

(나) 신고계약서에는 중개인의 사업자등록번호가 OOOOOOOOOOOO로 기재되어 있으나, 조사계약서에는 중개인의 사업자등록번호가 기재되어 있지 아니하고, 신고계약서에는 청구인의 연락처가 OOOOOOOOOOOOO로 기재되어 있으나, 조사계약서에는 OOOOOOOOOOOO로 기재되어 있다.

(다) 신고계약서에는 특약사항으로 ‘기설정된 근저당권 해지’ 관련사항만 기재되어 있으나, 조사계약서에는 ‘기설정된 근저당권 해지’ 관련사항과 ‘가등기 설정’ 관련사항이 기재되어 있고, 2개의 계약서상 매도인과 매수인의 필체가 상이하며, 인장도 모두 상이한 것으로 나타난다.

(4) 청구인이 쟁점토지에 대한 매매대금을 지급한 증빙으로 제시한 내역은 아래 <표4>와 같다.

OOOOOOOOOO OOOOO OO OOOO OOOO

(5) 처분청이 2009년 10월에 청구인에 대하여 양도소득세 조사를 실시하고, 작성한 조사종결복명서에 의하면, 신고계약서상 매매가액의 진위여부 등에 대한 조사내용이 아래와 같이 기재되어 있다.

(가) 청구인은 쟁점토지 2,052㎡를 2003.12.10. 취득하고, 2008.3.4. 강원도 OOO청에 도로부지 수용에 의하여 양도된 148㎡를 제외한 나머지 1,904㎡를 2008.6.20. OOOOOO(주)에 20억원에 양도한 후 양도소득세 예정신고시 비사업용 토지로 신고하면서 취득가액이 20억원인 신고계약서를 제출하였다.

(나) 그런데, 동 신고계약서가 허위인 이유는 매매계약일이 2003.10.8.인데도 신고계약서 작성시기에는 시행하지 아니하였던 휴대폰식별번호인 010이 기재되어 있고(식별번호 010은 2004.1.1.부터 시행되었음), 조사계약서에 기재된 특약사항인 가등기 사항이 누락된 점 등이다.

(다) 또한, 청구인이 쟁점부동산의 취득대금으로 지급하였다고 주장하는 위 <표4>의 금액 중 2008.6.20.에 무통장입금한 10억원이 쟁점토지의 취득과 관련된 거래대금인지 여부를 확인하기 어렵다.

(라) 위와 같이 신고계약서가 허위이므로 실지계약서인 조사계약서상의 매매가액인 10억5천만원을 취득가액으로 하여 이 건 양도소득세를 경정한다.

(6) 청구인은 2009.11.23. 처분청에 과세전 적부심사청구를 하였는바, 이에 대한 처분청의 과세전적부심사결정서(2009.12.17.)에는 청구주장을 ‘불채택’한 이유가 아래와 같이 기재되어 있다.

(가) 신고계약서가 실지계약서라는 청구인의 주장은 당초 이 건 양도소득세 조사자가 작성한 양도소득세 조사종결복명서에 기재된 이유와 동일한 이유로 받아들이기 어렵다.

(나) 청구인이 제출한 매매계약서상의 계약금, 중도금, 잔금지급일과 청구인이 제출한 대금지급증빙의 내역이 전혀 일치하지 아니하고, 청구인이 2008.6.20. 손OO에게 10억원을 무통장입금한 내역은 확인되나, 동 금액이 쟁점토지의 매수대금인지 여부는 확인되지 않는다.

(7) 처분청이 2010.2.2. 이 건 1차 과세처분을 하자, 청구인은 2010.2.24. 중부지방국세청장에게 이의신청을 하여 신고계약서가 실지계약서이고, 조사계약서는 취득세 및 등록세 등의 납부를 위한 검인용으로 작성하였다가 폐기하였던 것이라고 주장하면서 그 이유를 아래와 같이 재차 소명하였다.

(가) 신고계약서에 기재된 청구인의 전화번호(OOOOOOOOOOOOO)는 당초 계약서 작성당시에는 기재하지 아니하였다가, 양도소득세 신고를 위하여 이를 처분청에 제출하면서 연락전화번호가 있어야 한다고 하여 사후에 기재한 것이다.

(나) 신고계약서에 가등기 사항을 기재하지 아니한 이유는 이 건 매매계약이 부채가 많은 손OO의 급박한 사정에 의하여 이루어진데 비하여 청구인이 소유권 이전등기 청구권 가등기를 설정한 사실이 알려질 경우 손OO의 채권자들이 이에 항의할 것이 명백하였기 때문이고, 조사계약서는 당초 취득세 및 등록세 신고를 위한 검인용으로 작성하여 법무사 사무실에 주었던 것으로, 법무사에게 소유권 이전등기 청구권 가등기까지 위임하기 위하여 특약사항에 가등기 사항을 기재한 것이다.

(다) 그런데, 소유권 이전등기 청구권 가등기 및 소유권 이전등기의 위임을 받은 법무사가 당시 관행에 따라 가등기시에는 매매가액이 450백만원으로 기재된 매매계약서를 작성하여 가등기를 하였고, 소유권 이전등기시에는 매매가액이 470백만원으로 작성된 매매계약서를 작성하여 검인을 받은 후 소유권 이전등기를 하였으며, 조사계약서는 폐기하였다고 청구인에게 통보하였던 것이다.

(라) 또한, 일반적인 부동산 매매와는 달리 매매대금을 계약서상의 대금지급약정일보다 늦게 지급하고, 대금 지급전에 소유권 이전등기를 한 이유는 매도자 손OO의 급박한 사정에 기인한 것이다.

(8) 청구인의 이의신청에 대하여 중부지방국세청장은 2010.3.26. ‘이 건 양도소득세는 청구인이 2008.6.20. 손OO에게 무통장입금한 10억원이 쟁점토지의 거래대금인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 이 건 양도소득세의 과세표준과 세액을 경정한다’고 결정하였는바, 동 이의신청결정서에 나타난 주요 사실관계 및 중부지방국세청장의 재조사 결정이유는 아래와 같다.

(가) 신고계약서상 공인중개사 황OO(OOOOOO)O OOOOOOO(OOOOOOOOOOOO)가 기재되어 있는데, 국세통합시스템을 조회한 바에 의하면, OOO중개사의 폐업일은 2002.12.31.인 것으로 나타나므로 황OO에게 문의한 바, 황OO은 20년동안 계속하여 부동산 중개업을 영위하여 왔으며, 2003년도에 쟁점토지를 중개할 당시 OO시 OOOOO O공인중개사라는 상호로 사업을 하고 있었는데, 2004년도에 OOOOO OOO으로 사업장을 이전하면서 신고를 하지 아니하여 후에 직권폐업된 것을 알고 OO공인중개사로 상호를 바꾸어 사업자등록을 재등록 하였다고 답변하였으며, 국세통합시스템을 다시 확인한바, 황OO의 폐업사유는 직권폐업인 것으로 확인되었다.

(나) 황OO은 2003년에 쟁점토지를 중개할 당시 매매가액은 20억원이었으며, 중개수수료로 1,800만원을 받았으며, 신고계약서는 황OO 본인이 자필로 작성하여 주었다고 진술하고 있다.

(다) 또한, 황OO은 쟁점토지 중개시 2개의 계약서를 작성하게 된 경위에 대하여는, 당시 지방세 신고목적의 다운계약서를 1부 더 작성하는 것이 관행이었으며, 계약 후 2개월이 지나 청구인이 거래 쌍방의 도장이 날인된 계약서를 가지고 와서 매매대금을 10억5천만원으로 하여 검인용 계약서를 작성하여 달라고 하여 작성하여 준 것이며, 이후 법무사사무실에서 다시 금액을 줄여서 작성한 것으로 들었다고 진술하고 있다.

(라) 처분청의 청구인에 대한 양도소득세 조사종결복명서상 쟁점토지의 전 소유자 손OO에 대하여 조사한 내용이 나타나지 아니하여 손OO에게 쟁점토지의 거래에 관한 진술을 듣고자 하였으나, 손OO은 과거에 부동산에 관한 분쟁과 법정소송에 휘말려 큰 손해를 본 경험이 있다는 이유로 일체의 진술을 거부하고 있고, 전화통화조차 거부하고 있다.

(마) 청구인이 실지계약서라고 주장하는 신고계약서상 특약사항에 가등기에 관한 사항이 없는 점, 당시 사용하지 않는 ‘010-’번의 휴대폰 번호가 기재된 점 등으로 볼 때 신고계약서의 진실성이 의심되나, 이와 같은 사실만으로 신고계약서의 내용이 명백히 허위라고 단정할 수는 없으며, 매매대금이 서로 다르게 기재된 수 건의 매매계약서가 존재함에도 처분청이 대금증빙 등에 대한 확인없이 조사계약서를 실지매매계약서로 판단한 것은 그 근거가 부족해 보인다.

(바) 청구인이 쟁점토지를 OOOOOO(주)에 양도하고 받은 양도대금 중 10억원을 2008.6.20. 손OO에게 송금한 사실이 나타나고 있는바, 처분청의 주장대로 소유권 이전등기 후 4년 6개월이 경과한 시점에 토지거래대금을 지급하는 것은 통상적인 거래관행상 인정하기 어려운 면이 있으나, 개인간 거래에 있어 10억원이라는 큰 금액을 지급한 것은 부동산 매매거래를 원인으로 하는 경우 이외에는 달리 지급할 이유가 없어 보인다. 만일 청구인이 송금한 10억원이 쟁점토지에 대한 대금이 아닌 또다른 제3의 거래라고 한다면 처분청에서 사실관계를 확인·입증하여야 함에도 그러한 절차가 없었다.

(9) 위 이의신청 결정에 따라 처분청은 ‘청구인이 2008.6.20. 손OO의 계좌로 무통장입금한 금액 10억원’에 대하여 재조사를 실시하고, 2010.5.13. 청구인에게 당초 처분을 유지하는 것으로 재조사 결과통보를 하였는바, 재조사의 내용은 아래와 같다.

(가) 2008.6.19. 손OOO OOOOOO OO(OOOOOOOOOOOOOOOO)가 개설되었고, 2008.6.20. 청구인이 손OO의 계좌로 10억원을 입금하였으며, 강OO은 3억원을 입금하였다.

(나) 동 13억원은 같은 날 전액 출금되어 강OO의 일반대출금(원금 12억원, 이자 4,497,534원) 상환에 사용되었고, 나머지 95,502,466원은 청구인의 계좌(OOOOOOOOOOOOOOOO)로 다시 입금되었다.

(다) 위와 같이 손OO의 계좌에 입금된 금액 10억원의 대부분이 강OO의 일반대출금 계좌에 입금되어 쟁점토지에 설정된 강OO의 근저당권 설정채무 상환에 사용되고, 잔액은 청구인의 계좌로 재입금되었으므로 정상적인 양수대금의 지급으로 볼 수 없다.

(10) 이에 대하여 청구인은 당초 손OO에게 매매잔금 10억원을 쟁점토지의 양도대금에서 지급하기로 약정하였으나, 손OO이 쟁점토지를 담보로 대출을 실행하여 미지급액을 미리 지급하여 줄 것을 계속 요청하므로, 청구인은 손OO의 대리인인 강OO이 쟁점토지를 담보로 대출을 받도록 허락한 것이며, 대출금액이 12억원으로 잔금 10억보다 많은 점과 청구인의 부동산을 담보로 제공하여 손OOO OOO이 자금을 조기에 사용할 수 있도록 한 기회비용으로 1억원을 요구하였으나, 손OOO OOO이 1억원을 지급하는 대신 금융이자 5백만원을 청구인이 부담하라고 하여 금융이자를 제외한 나머지 95백만원만 수령하게 된 것이며, 쟁점토지를 양도한 후 잔금을 손OO의 기존계좌나 다른 예금계좌로 이체할 경우, 근저당권 채무를 상환을 하지 아니할 수도 있다고 판단되어 손OO에게 신규로 계좌개설을 요구하였고, 동 계좌의 입금액을 강OO이 사용한 것은 강OOO OOO의 대리인 입장에 있었기 때문이라는 취지의 보충이유서를 제출하였다.

(11) 이 밖에도 청구인은 쟁점토지를 20억원에 취득하였다는 증빙으로 공인중개사 황OO이 2003.10.10. 작성하여 청구인에게 주었다는 중개수수료 18백만원의 수령관련 영수증을 제시하였고, 강OO이 청구인의 대리인이 아니라 손OO의 대리인의 입장에서 청구인으로부터 매매잔금 10억원을 회수하기 위하여 청구인이 쟁점토지를 OOOOOO(주)에 양도할 당시 채권자 손OO을 대리하여 청구인의 매매계약 대리인으로 참여하고, 쟁점토지 양도후 청구인이 손OO의 계좌에 입금한 10억원을 인출하여 쟁점토지에 설정된 자신의 근저당채무를 상환한 것이라는 증빙으로 청구인이 쟁점토지 중 1,904㎡를 OOOOOO(주)에 양도할 당시의 매매계약서와 강OOO OOOOOOOOO OOOO OO OOO의 계좌에 2억원을 입금한 내역이 나타나는 강OO의 보통예탁금 계좌(OOOOOOOOO OOOOOOOOOOOOOOOO) 거래내역 등을 제시하였다.

(12) 쟁점①(주위적 청구)에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인과 처분청은 각각 신고계약서와 조사계약서상의 매매가액을 쟁점토지의 실지취득가액으로 보아야 한다고 주장하고 있다.

(나) 먼저, 신고계약서와 조사계약서 중 어느 계약서를 실지 매매내용에 부합되는 계약서로 볼 수 있는지 여부에 대하여 살펴본다.

1) 신고계약서는 계약금 2억원과 중도금 1억원 합계 3억원을 계약체결일인 2003.10.8.에 지급한 것으로 되어 있고, 조사계약서는 계약금 1억원과 중도금 2억원 합계 3억원을 계약체결일인 2003.10.8.에 지급한 것으로 되어 있으며, 잔금지급일은 신고계약서 및 조사계약서 공히 2003.11.30.로 되어 있어 이 점에 대하여는 신고계약서와 조사계약서의 내용에 큰 차이가 없다.

2) 그러나, 잔금은 신고계약서가 17억원인 반면, 조사계약서는 7억5천만원으로 되어 있고, 총 매매대금은 신고계약서가 20억원인 반면, 조사계약서는 10억5천만원으로 되어 있어 큰 차이가 있으며, 이 건에 대한 판단의 핵심내용이다.

3) 그 밖의 기재내용으로, 신고계약서에는 청구인의 연락전화번호가 OOOOOOOOOOOOO로 되어 있는 반면, 조사계약서에는 OOOOOOOOOOOO로 되어 있고, 신고계약서에는 중개인의 사업자등록번호가 기재된 반면, 조사계약서에는 이에 대한 기재가 없으며, 신고계약서에는 특약사항이 1개만 기재되어 있는 반면, 조사계약서는 2개가 기재되어 있다.

4) 매도인과 매수인의 인장은 신고계약서에 날인된 인장과 조사계약서에 날인된 인장이 서로 다르고, 신고계약서와 조사계약서에 나타난 매수인과 매도인의 필체도 서로 상이하다.

5) 이상의 내용을 종합해 보면, 처분청은 신고계약서에는 2003년 당시 사용되지 아니한 (‘010-’) 전화번호가 기재되어 있고, 가등기와 관련된 특약사항의 기재가 없는 점으로 보아 신고계약서는 허위이고 조사계약서가 실지계약서롤 보인다는 의견이나, 이에 대하여 청구인은 신고계약서에 기재된 (‘010-’) 전화번호는 처분청에 제출하기 직전에 사후에 기재한 것이라고 소명하고 있고, 신고계약서에 가등기 사항을 기재누락한 이유는 매도인의 채권자로부터 매도인을 보호하기 위한 것이라고 소명하고 있는 점, 당시 거래를 중개한 공인중개사 황OO이 매매대금이 20억원이고, 자신이 중개수수료로 1,800만원을 받았다고 확인하고 있는 점 등을 감안하면, 위와 같은 기재내용만으로 신고계약서가 허위이고 조사계약서가 진정한 것이라고 단정하기는 어려운 점이 있고, 청구인은 신고계약서가 진정한 것이고, 조사계약서는 청구인이 취득세 및 등록세 등의 신고를 위한 검인용으로 작성하였으나, 쟁점토지의 소유권 이전등기 업무 등을 대행한 법무사가 검인용 계약서를 다시 작성하여 사용하고 폐기하였다고 청구인에게 통보하였던 검인 대비용 계약서라고 주장하나, 매매대금 지급내역에 대한 구체적인 확인없이 위와 같은 소명내용만으로 신고계약서가 진정한 것이라고 단정하기도 어려운 점이 있어, 결국 위 2개의 계약서의 기재내용과 외형적으로 나타난 사항만으로는 어느 매매계약서가 실지매매계약서인지 여부를 판단하기 어렵다.

(다) 다음으로, 쟁점토지의 취득가액으로 확인되거나, 인정할 수 있는 금액이 얼마인지 여부에 대하여 살펴본다.

1) 위 <표3>의 매매계약서 및 <표4>의 매매대금 지급내역에 나타난 바와 같이, 청구인이 손OO에게 계약금 및 중도금으로 3억원을 자기앞수표로 지급한 사실 및 2003.12.2. 잔금 중 1억5천만원을 자기앞수표로 지급한 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없고, 청구인이 손OO에게 2003.12.18. 및 2005.6.10. 잔금 중 3억2,400만원 및 2억2,600만원을 대출금으로 지급하고 영수증을 받은 점은 처분청도 이를 인정하고 있으므로, 결국 쟁점토지의 취득과 관련하여 청구인이 손OO에게 매매대금으로 지급하였다는 위 <표4>의 매매대금 지급내역 중 2005.6.10. 이전에 지급된 10억원의 지급여부에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다고 볼 수 있다.

2) 또한, 청구인이 2008.6.20. 손OO의 계좌에 무통장입금한 10억원과 관련하여 처분청은 위 (9)에서 살펴본 바와 같이 동 입금액이 입금 당일에 전액 출금되어 쟁점토지에 설정된 강OO의 근저당채무의 상환에 사용되고, 나머지 95백만원은 청구인의 계좌로 다시 입금되었으므로 동 입금액 10억원 전액을 쟁점토지의 취득대금으로 볼 수 없다는 의견인 반면, 청구인은 위 (10) 및 (11)에서 살펴본 바와 같이 동 입금액은 손OO의 대리인인 강OO이 사용한 것이지 청구인이 사용한 것이 아니며, 청구인의 계좌에 다시 입금된 95백만원은 청구인이 손OO의 요청에 따라 청구인의 소유인 쟁점토지에 손OO의 대리인인 강OO이 근저당을 설정하여 12억원을 대출을 받도록 허락함으로써, 자금을 변경약정한 잔금지급일(쟁점토지의 양도시)보다 조기에 사용할 수 있도록 함에 따른 기회비용 성격의 OO이라고 소명하고 있는바, 처분청의 조사내용만으로 위 무통장입금액 10억원을 쟁점토지의 매매와 관련이 없는 금액이라고 단정하기 어렵고, 그렇다고 청구인의 소명내용만으로 동 무통장입금액 전액을 쟁점토지의 매매대금이라고 단정할 수도 없다.

(라) 이상의 내용을 종합하여 살피건대, 처분청은 이 건 양도소득세 실지조사, 과세전 적부심사청구 및 이의신청에 따른 사실조사, 중부지방국세청장의 이의신청결정에 따른 재조사 등 수차에 걸친 사실조사과정에서 신고계약서와 조사계약서의 기재내용을 주로 검토하여 신고계약서가 허위이고, 조사계약서가 실지거래내역에 부합한다는 점을 입증하기 위하여 노력한 것으로 보이나, 위에서 살펴본 바와 같이 2개의 계약서의 기재내용 및 외형적으로 나타난 사항만으로는 어느 계약서가 실지매매계약서인지 여부를 판단하기 어려운 상태에 있고, 처분청이 수차례에 걸친 사실조사과정에서 쟁점토지의 매매대금으로 지급사실을 확인 내지 인정하고 있는 금액은 위 <표4>의 2005.6.10. 이전에 지급된 10억원으로, 조사계약서상의 매매가액 10억5천만원과 일치한다고 볼 수 없으며, 청구인이 2008.6.20. 손OO의 계좌로 무통장입금한 사실이 확인되는 금액 10억원을 청구인이 사용하였다고 볼 객관적인 근거는 없으나, 그 중 95백만원이 청구인의 계좌로 재입금되었고, 동 재입금액이 매매대금의 감액인지 청구인이 주장하는 바와 같이 기회비용 성격의 OO인지 확인하기 어려운 점을 감안하면, 객관적인 증빙자료에 의하여 청구인이 쟁점토지의 매매대금으로 지급한 사실을 확인 또는 인정할 수 있는 금액 또한 신고계약서상의 매매가액 20억원과 일치한다고 보기 어렵다.

사정이 이러하다면, 쟁점토지의 양도가액은 확인되나, 취득가액은 확인할 수 없는 경우에 해당된다고 보이므로 쟁점토지의 취득가액은 「소득세법」 제97조 제1항 제1호 나목의 환산가액으로 하여 이 건 양도차익 등을 재계산하는 것이 타당하다고 판단된다.

(12) 쟁점②,③(예비적 청구①,②)에 대하여 살펴본다.

쟁점①에서 쟁점토지의 취득가액을 「소득세법」 제97조 제1항 제1호 나목의 환산가액으로 하여 이 건 양도차익을 재계산하도록 한 결과, 쟁점②,③(예비적 청구①,②)는 심리의 실익이 없어졌으므로 이하 이 부분에 대한 심리는 생략하기로 한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.