2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

청구법인은 농업·농촌기본법에 의거 1997년도에 축산업에 종사하는 주민들을 구성원으로 하여 설립된 영농조합법인으로 정육판매, 조합원을 위한 사료판매 및 식당업을 영위하면서 1998년 제2기～2003년 제1기 과세기간 중 아래와 같이 정화조 청소용역 수입금액을 부가가치세 면세분으로 신고하였고, 1999년 제1기 및 제2기 과세기간 중 식당매출금액 중 일부를 정육매출분(부가가치세 면세분)으로 신고하였다.

(OO O O)

또한, (주)OOOO로부터 수취한 1998사업연도 사료판매장려금 4,876,770원 및 1999사업연도 사료판매장려금 4,416,650원을 수입금액 누락하였다.

처분청은 2003.9.15. 청구법인이 부가가치세 면세분 매출로 신고한 정화조 청소관련 매출 및 식당매출분을 부가가치세 과세표준에 산입하여 다음과 같이 부가가치세를 결정고지하였다.

(OO O O)

한편, 위 1998사업연도 및 1999사업연도 중 수입금액누락한 판매장려금을 익금산입(법인세 100%감면)하고 과소신고 가산세를 적용하여 법인세 1998사업연도분 92,910원, 1999사업연도분 141,330원을 부과하였다.

또한, 2000사업연도 매입처별계산서합계표 제출누락 22,664,610원, 2001사업연도 매입·매출처별계산서합계표 제출누락 17,002,000원, 2002사업연도 매입·매출처별계산서합계표 제출누락 41,621,848원에 대하여 계산서합계표불성실가산세를 적용하여 법인세 2000사업연도분 226,640원, 2001사업연도분 170,020원, 2002사업연도분 416,210원을 각각 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2003.12.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 조세특례제한법 제66조 및 같은 법 시행령 제63조의 규정에 의하여 2003.12.31.이전에 종료하는 과세연도까지 농업소득과 농업소득외의 소득 “1천2백만원 × 종합원수 × 사업연도 월수/12” 범위안의 금액에 대하여 법인세가 면제되는 영농조합법인이므로 청구법인에 대한 법인세 부과처분은 부당하다.

(2) 청구법인이 조합원을 상대로 한 정화조매출 및 분뇨수거에 따른 수입금액은 부가가치세법시행령 제29조 제9항의 규정에 의하여 부가가치세가 면세되는 용역이며, 정육판매분도 부가가치세가 면세되는 재화이므로 관련수입금액에 대하여 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 처분청은 청구법인의 수입금액누락 부분에 대하여 법인세를 감면하고 가산세만 고지하였는 바, 당초 처분은 정당하다.

(2) 정화조매출 및 분뇨수거에 따른 수입금액은 오수·분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률 제35조의 규정에 의하여 관련 영업허가를 득한 사업자가 공급하는 경우에 부가가치세가 면세되는 것인 바, 청구법인은 관련 영업허가를 득한 사실이 없으므로 부가가치세를 과세한 당초 처분은 정당하다. 청구인이 식당매출분을 정육매출분으로 신고한 사실은 청구법인이 시인한 부분이므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 법인세가 면제되는 법인에 대하여 과소신고가산세 및 계산서합계표불성실가산세를 적용한 처분의 당부 및

(2) 청구법인이 면세대상으로 신고한 정화조매출 및 분뇨수거용역 수입금액 및 식당매출 수입금액에 대하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련 법령

이 건 과세요건 성립 당시의 관련법령은 다음과 같다.

조세특례제한법 제66조【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】(2000.12.29. 개정전 법률과 같은 취지임)

① 농업·농촌기본법에 의한 영농조합법인(이하 “영농조합법인”이라 한다)에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 지방세법 제198조 제1항의 규정에 의한 소득(이하 “농지소득”이라 한다)의 전액과 농지소득외의 소득 중 대통령령이 정하는 범위안의 금액에 대하여 법인세를 면제한다.

같은법 시행령 제63조【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】

① 법 제66조 제1항의 규정에 의하여 농지소득외의 소득 중 법인세 가 면제되는 소득금액은 각 사업연도별로 다음 산식에 의하여 계 산한 금액 이하의 금액으로 한다.

1천2백만원 × 조합원수 × 사업연도 월수 / 12

법인세법 제76조【가산세】

① 납세지 관할세무서장은 제71조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 가산 한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다.(단서 생략)

2. 제60조의 규정에 의하여 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신 고한 경우에는 다음 각목의 금액

나. 가목외의 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출 세액의 100분의 10(부당과소신고금액에 대하여는 100분의 20) 에 상당하는 금액. 다만, 산출세액이 없는 경우에는 이를 적용 하지 아니한다.

⑨ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한 다)이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분 의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수하고 제2 호의 규정이 적용되는 부분에 대하여는 제1호의 규정을 적용하지 아니하며, 부가가치세법 제22조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하 여 가산세가 부과되는 부분을 제외한다.

2. 제121조 제5항의 규정에 의하여 매출·매입처별계산서합계표를 동조에 규정된 기한내에 제출하지 아니하거나 제출한 경우로서 그 합계표에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또 는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우

법인세법시행규칙 제60조【가산세의 적용】

법 제76조 제1항 및 동조 제3항의 규정은 이 법 또는 다른 법률에 의하여 법인세(특별부가세를 포함한다)가 비과세되거나 전액면제되는 소득만이 있는 법인에 대하여는 이를 적용하지 아니한다(1999.5.24. 개정전 법률과 같은 취지임).

국세기본법 제47조【가산세의 부과】

② 가산세는 당해 세법이 정하는 국세의 세목으로 한다. 다만, 당해 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면하는 국세에 포함하 지 아니하는 것으로 한다.

부가가치세법 제12조【면세】

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면 제한다.

1. 가공되지 아니한 식료품(식용에 공하는 농산물·축산물·수산물 과 임산물을 포함한다) 및 우리나라에서 생산된 식용에 공하지 아니하는 농산물·축산물·수산물과 임산물로서 대통령령이 정 하는 것

4. 의료보건용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령이 정 하는 것과 혈액

부가가치세법 시행령 제29조【의료보건용역의 범위】

법 제12조 제1항 제4호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각호에 규정하는 것(괄호안 생략)으로 한다.

9. 오수·분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률 제35조의 규정에 의 하여 분뇨 등 관련영업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 분뇨 등의 수집·운반·처리 및 정화조청소용역

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인에게 과소신고가산세 및 계산서합계표불성실가산세를 적용하여 법인세를 부과한 처분의 당부에 대하여 살펴본다.

(가) 1998사업연도 및 1999사업연도 법인세 부과처분은 청구법인이 소득금액으로 신고누락한 사료판매장려금(1998사업연도 4,876,770원, 1999사업연도 4,416,650원)을 익금산입하고 조세특례제한법 제66조 및 같은 법 시행령 제63조의 규정에 의하여 법인세 감면하고 과소신고가산세만 부과한 것이며, 2000 ～2002사업연도 법인세 부과처분은 2000사업연도 매입처별계산서합계표 제출누락금액 22,664,610원, 2001사업연도 매입·매출처별계산서합계표 제출누락금액 17,002,000원, 2002사업연도 매입·매출처별계산서합계표 제출누락금액 41,621,848원에 대하여 계산서합계표불성실가산세를 적용하여 부과한 것임이 처분청의 당해 법인세 결정결의서에 의하여 확인된다.

(나) 청구법인은 조세특례제한법 제66조 및 같은 법 시행령 제63조의 규정에 의하여 법인세가 감면되는 영농조합법인으로 청구법인의 신고소득 및 위 신고누락소득금액 모두가 법인세 면제범위에 해당된다는 사실에 대하여는 서로 다툼이 없다.

(다) 법인세법시행규칙 제60조 규정에 의하면, “법 제76조 제1항 및 동조 제3항의 규정은 법인세가 전액면제되는 소득만 있는 법인에 대하여는 이를 적용하지 아니한다”라고 규정하고 있는 바, 청구법인의 소득금액은 전액 법인세가 면제되는 소득이므로 동 규정에 의하여 과소신고가산세를 적용하지 아니하는 것임에도 처분청이 1998사업연도 및 1999사업연도의 수입금액 누락에 대하여 과소신고가산세를 부과한 처분은 부당하다 할 것이다.

(라) 한편, 법인세법시행규칙 제60조의 규정은 법인세법 제76조 제1항에 규정하는 무신고 또는 과소신고가산세에 대하여만 적용하지 아니하는 것으로 되어있는 바, 동 조 제9항의 규정에 의한 매입·매출처별계산서합계표불성실가산세는 그 적용을 배제하는 규정이 없고, 국세기본법 제47조의 규정에 의하여 당해 국세를 감면하는 경우에도 매입·매출처별 계산서합계표 불성실가산세는 그 감면하는 국세에 포함되지 아니하는 것이므로 이를 적용하여 2000 ～2002사업연도 법인세를 부과한 처분은 정당한 것으로 판단된다.

(2) 1998년 제2기～2003년 제1기 과세기간의 부가가치세 부과처분에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인이 당해 과세기간 중 정화조 청소용역관련 수입금액 및 식당매출금액 중 일부(위 사실관계 표 참조)를 부가가치세 면세분 매출로 신고한 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(나) 청구법인의 대표 안OO은 식당매출분을 정육매출로 신고하여 부가가치세 과세표준신고를 누락한 사실을 인정하는 확인서에 서명·날인한 사실 및 청구법인이 오수·분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률 제35조의 규정에 의하여 분뇨 등 관련영업의 허가를 받은 사실이 없음에 대하여도 이를 인정하고 있다.

(다) 사실이 이러하다면, 식당매출금액은 음식제공용역으로 부가가치세 과세대상이며, 정화조매출 및 분뇨관련 매출금액 또한 부가가치세법 제12조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제29조 제9호(2000.12.29. 개정전 같은 법 시행령 제29조 제7호 및 같은 법 시행규칙 제11조의 2 제1호)의 규정에 해당하지 아니하여 부가가치세 과세대상이므로 이 건 부가가치세 부과처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.