청구법인은 종합체육시설 및 전문휴양시설의 설치·운영을 목적으로 88.7.1 강원도 화천군 간동면 OO리 OOOOO를 본점소재지로 하여 설립된 법인으로서 92.12.17 강원도 화천군수로부터 농어촌도로정비법 제5조 제2항의 규정에 의하여 도로 편입부지는 도로 준공전까지 군유화 하는 조건으로 강원도 화천군 간동면 OO리에서 같은 면 OO리간 총연장 4,435㎞, 폭 8m의 도로공사의 허가를 받아 이를 시행함에 있어 도로공사 관련 별지 기재의 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 93년 제1기분 및 94년 제2기분 부가가치세를 신고하였다.

처분청은 별지 기재의 도로공사 관련 매입세액을 토지조성등을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 하여 94.7.19 청구법인에게 93년 제2기분 부가가치세 87,490,410원 및 94년 제1기분 부가가치세 6,115,980원을 경정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 94.9.13 심사청구를 거쳐 95.1.6 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장

청구법인은 부가가치세 과세사업인 종합체육시설 및 전문휴양시설을 설치·운영하기 위하여 강원도 화천군수로부터 강원도 화천군 간동면 OO리 ～OO리간 도로공사의 허가를 받아 이를 시행하면서 시공자인 청구외 주식회사 OO산업 등으로부터 세금계산서를 교부받은 것이므로 별지 기재의 도로공사 관련 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다.

처분청은 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제60조 제6항의 규정에 의하여 별지 기재의 도로공사 관련 매입세액을 토지의 조성 등을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액으로 보아 이를 불공제한 것이나 동 규정은 택지조성, 공장부지조성, 형질변경, 공유수면매립 등과 같이 토지조성 그 자체에 대한 자본적지출에 관련된 매입세액을 의미하는 것이므로 청구법인과 같이 부가가치세 과세사업을 위하여 도로를 건설하여 이를 국가에 기부채납하는 경우 당해 도로의 건설용역에 대한 매입세액은 토지의 조성 등을 위한 매입세액이 아니다.

3. 국세청장 의견

토지는 부가가치세가 면세되는 재화이므로 토지에 관련된 매입세액은 불공제하여 토지의 취득원가에 계상하여야 하는 것이다.

관광사업을 영위하는 청구법인이 관광사업상의 필요에 따라 사업장의 진입도로를 확장 또는 포장하여 이를 국가에 기부채납하는 경우 동 공사비용은 당해 사업장의 토지에 대한 자본적지출로 처리하여야 하므로 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 같은법 시행령 제60조 제6항의 규정에 의하여 별지 기재의 도로공사 관련 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 이 건의 다툼은 별지 기재의 도로공사 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 처분의 당부를 가리는 데 있다.

나. 먼저 관련 법령의 규정을 살펴보면, 부가가치세법 제12조 제1항 제12호에서 토지의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제하도록 규정하고 있고, 같은법 제17조 제1항에서 “사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액(매입세액)을 공제한 금액으로 한다”고 규정하고 있다.

그리고 같은법 제17조 제2항에서 “다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 규정하고, 그 제4호는 93.12.31 개정전에는 “제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)”으로 규정하였다가 93.12.31 “부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업과 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액”으로 개정되었다.

같은법 시행령 제60조 제6항은 93.12.31 개정전에는 “법 제17조 제2항 제4호에 규정하는 매입세액에는 토지의 조성 등을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액을 포함한다”고 규정하였다가 93.12.31 “법 제17조 제2항 제4호에서 대통령령이 정하는 토지관련매입세액이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액을 말한다”로 개정되었다.

다. 부가가치세는 사업자가 거래 단계에서 창출한 부가가치를 과세객체로 하는 조세이며 우리나라의 현행 부가가치세제는 소위 “전단계세액공제방식”을 택하고 있으므로 토지와 같은 생산요소에 대하여 과세하는 경우 거래 단계에서 창출된 부가가치에 대하여 완전하게 과세하지 못하고 오히려 생산요소 구입에 대한 최종 소비자의 부담만을 증가시키게 되므로 토지와 같은 생산요소는 이와 같은 부가가치세의 기본원리상 면세로 하는 것이며 부가가치세법 제12조 제1항 제12호에서는 위와 같은 취지를 명문으로 규정하고 있는 것이다.

따라서 사업자가 토지를 바탕으로 창출한 부가가치가 면세재화 또는 용역에 관련된 것이든 과세재화 또는 용역에 관련된 것이든 관계없이 토지자체의 공급은 면세이므로 과세사업자가 토지 조성후 당해 토지를 양도할 경우에도 부가가치세의 과세대상이 되지 아니하는 것이다.

만약 부가가치세 과세사업자가 지출한 토지조성비라고 하여 이를 매입세액에서 공제한다면, 당해 토지를 양도하는 경우에는 부가가치세법 제12조 제1항 제12호의 규정에 의하여 부가가치세 면세사업자인지 여부에 관계없이 동 토지의 공급은 면세가 되므로 결과적으로 볼 때 부가가치세법상의 영세율을 적용하는 결과가 되어 토지를 면세재화로 규정한 취지에도 모순되는 결과를 초래하게 된다.

그러므로 부가가치세 과세사업자의 경우에도 토지관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하여야 면세제도의 기본원리에 부합되게 되는 것이다.

또한 93.12.31 개정전의 부가가치세법 제17조 제2항 제4호에서 “법 제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)”은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하였고, 같은법 시행령 제60조 제6항에서 이를 보다 구체적으로 “법 제17조 제2항 제4호에 규정하는 매입세액에는 토지의 조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 포함한다”고 규정하고 있었는 바 법조문의 문리해석상으로도 사업자가 자기의 사업과 관련하여 면세재화인 토지에 투자한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 당연히 공제되지 아니하는 것이다.

93.12.31 개정된 부가가치세법 제17조 제2항 제4호에서는 이를 보다 명백히 하기 위하여 “대통령령이 정하는 토지관련매입세액”은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하였고, 93.12.31 개정된 같은법 시행령 제60조 제6항에서 “대통령령이 정하는 토지관련매입세액이라함은 토지의 조성 등을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액을 말한다”고 규정하고 있다.

따라서 청구법인이 과세사업자로서 과세사업상 필요한 도로를 개설하기 위하여 부담한 부가가치세라 하더라도 그것이 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 대한 부가가치세인 경우에는 부가가치세가 면제되는 토지관련매입세액으로서 청구법인에 최종적으로 귀착되는 것이므로 매출세액에서 이를 공제하지 아니하는 것이다.

라. 별지 기재의 도로공사 관련 매입세액의 내용을 보면 도로공사 시공자의 건설용역으로서 토목공사·석축공사·옹벽공사·구조물공사·발파암공사 등의 건설용역에 대한 매입세액, 도로공사에 따른 한국전력 주식회사의 전주이설비에 대한 매입세액, 청구법인이 합판·철근·흄관·레미콘 등을 매입한 매입세액 등으로 구성되어 있다.

위 매입세액 중 토목공사, 발파암공사, 전주이설비는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 해당하므로 앞에서 살펴 본 바와 같이 청구법인이 부가가치세 과세사업자로서 그 과세사업을 위하여 지출한 비용이라 하더라도 동 토지관련 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하는 것으로 판단된다.

그러나 법인세법시행규칙〔별표1〕에서 안벽·방벽·제방·포장도로·포장노면 등은 토지와는 구분되는 별도의 구축물로서 감가상각 대상 자산으로 규정하고 있으므로 도로의 유실을 방지하기 위한 석축·옹벽·구조물 등은 토지와는 구분되는 별도의 구축물로 봄이 타당하다.

그러므로 위 매입세액 중 석축공사·옹벽공사·구조물공사 관련 매입세액과 청구법인이 동 공사의 자재로서 매입한 합판·철근·흄관·레미콘 등에 대한 매입세액은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 대한 매입세액이 아니라 토지와는 구분되는 구축물에 대한 매입세액으로서 매출세액에서 공제되는 것이라고 판단된다.

마. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.