가.청구인은1996.5.28. OOO동 350-96 주택(이하 ‘종전주택’이라 한다)을 취득하여 보유하다가, 종전주택이 재건축됨에 따라 2003.11.20. 사용·승인된 같은 곳 418 OOO 104동 302(이하 ‘신축주택’이라 한다)를 취득하였으며, 2009.6.16. 신축주택을 양도하고, 이에 대한 양도소득세 신고를 하면서 「조세특례제한법」제99조의3의 규정에 따른 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용하여 양도소득세 산출세액OOO 전액을 감면대상으로 신고(2010.5.31.)하였다.

나. 처분청은 청구인의 종전주택 취득일부터 신축주택 취득 전일까지의 양도소득금액에 대해 양도소득세 감면을 배제하고 2013.5.20. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.8.9. 이의신청을 거쳐 2013.12.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「조세특례제한법」제99조의3의 규정의 입법취지를 보면, 극심한 부동산 침체를타개하고, 부동산경기 활성화를 위해서 신축주택취득기간에 취득한 주택에대해 양도소득세를 100%를 감면해 주겠다는 정부의 발표 및 홍보에 따라서재개발에 동참하였으나,현재의 처분청의 과세 논리대로라면 이는 허구에 지나지 않으며,위 규정의입법이후 신축주택취득기간(2001.5.23.부터2002.12.31.까지)에 취득 후 2003년부터 2009년까지 양도 후 양도소득세 신고 시에는종전주택에 대한 감면신고한 내용을 모두 인정해 주었다.

또한 국세청고객만족센터 및 일선세무서에 직접 찾아가 문의를 하면 ‘100%감면대상입니다.’라는 상담내용만을 들었을 뿐, 종전주택에 대해 양도소득세가과세된다(혹은 감면이 배제된다)라는 답변을 한 번도 들을 수가 없었는데, 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 계산식을 보더라도 신축주택 취득자의 양도소득세 감면대상은 구주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득 전액이어야 함에도 처분청은 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)를 적용하여 구주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 보아 과세한 것으로 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 신축주택 취득 전 종전주택에 대한 양도차익을 감면을 배제한다는 명확한 규정이 없이 전액 감면신청을 받아들여 주다가 2009년 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)에 따라 2009년 발생한 양도소득에 대해 감면을 배제하는 것은 부당하다 주장하나, 「조세특례제한법」제99조의 3 제1항 본문에 “다음 각호에 따른 신축주택을취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서차감 한다”라고 명문으로 규정하고 있어 종전주택의 취득일로부터 신축주택의취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로보기 어려우며, 「조세특례제한법」제99조의3 제1항의 양도소득세 감면대상은 전체 문언을고려할 때, 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득으로한정하는 것이지 구주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에발생한 소득으로 확대해석 할 수 없고(서울행정법원 2012.3.9. 선고 2011구단27636, 참고),신축주택의 취득일로부터 5년 내 양도한 양도소득금액만을 감면한다는법령에따라 적정하게 신고 납부한 납세자도 다수 있어 이들과의 과세 형평에 비추어과세는 정당하며, 청구인이 신고한 양도소득금액 중 종전주택의 취득일부터신축아파트의취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여는 「조세특례제한법」제99조의3양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당되지 아니하는 것으로 보고 양도소득세부과한 과세 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

「조세특례제한법」제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 적용 시종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득이 감면대상 소득인지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1)「조세특례제한법시행령」제99조의3 제2항에서 ‘법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있고, 제40조 제1항의 계산식은 ‘{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}’로 되어 있다.

(2) 심리자료를 보면,청구인은 1996.5.28. 종전주택을 취득하였고, 재개발사업의 시행으로 2003.11.20. 신축주택을 취득하여 보유하다가 2009.6.16. 이를 양도 후 실지거래가액으로 양도차익을 계산하면서종전주택 취득일부터 신축주택 신축 후 5년간의 양도소득금액에 대하여 감면이 적용되는 것으로 하고 양도소득세 과세특례를 적용하여 양도소득세를 신고·납부한 것으로 나타난다.

(3) 처분청의 신축주택 감면세액 계산적정여부검토서 및 심리자료를 보면, 처분청은 당초 청구인의 신고내용대로 신고시인처리 하였다가, 신축주택 감면에 대한 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)에 따라 종전주택 취득시점부터 신축주택 준공일 전일까지 양도소득금액에 대하여는 감면을 배제하고, 신축주택 준공일(사용승인일인 2003.11.20.)로부터 5년이 경과하는 날까지의 양도차익만 감면대상 으로 보아 이 건을 경정·고지한 것으로 나타난다.

(4) 살피건대, 「조세특례제한법」제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 신축주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화를 도모하는데 그 입법취지가 있었던 점, 같은 조 제1항에 따르면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조의3에 따른 감면대상소득에 해당하지 아니하므로, 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2013서178, 2013.2.22. 등 다수 같은 뜻임).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.