가. 청구법인은 2004.12.22. 개업하여 ‘액정표시장치(LCD)용 정밀화학제품의 제조 및 도매업’을 주업으로 영위하고 있는 법인으로 OOO번지 소재 제조공장(이하 “쟁점공장”이라 한다)의 건설과 관련하여 2005.2.16. 주식회사 OOO건설(이하 “청구외법인”이라 한다)과 체결한 공사도급계약에 따라 2006.2.15. 청구외법인으로부터 공급가액 674,500천원 상당의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하고, 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 2006년 1기분 부가가치세 신고를 하였다.

나. 처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 환급 현지조사 결과, 쟁점공장 건설의 공사완료일은 검수증명서를 발급받은 2005.11.30.이고, 그 대가를 받기로 한 날은 ‘공사완료일 이후 30일 이내’이므로 쟁점공장 건설용역의 공급시기는 2005년 2기로 보아야 함에도 청구법인이 2006년 1기에 쟁점세금계산서를 수취하였다 하여 쟁점세금계산서상의 공급시기가 사실과 다른 것으로 보고, 관련 매입세액을 불공제하여 2006.8.7. 청구법인에게 2006년 1기분 부가가치세 74,864,000원을 경정고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.11.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 쟁점공장의 건설과 관련하여 2005.11.30.자로 검수증명서를 발급한 사실이 있으나, 이는 이행보증을 제공한 은행이 이행보증기간의 연장에 대하여 난색을 표시함에 따라 형식상 발급한 것이며, 청구외법인은 2005.11.30. 이후에도 쟁점공장의 건설용역을 계속 수행하였고 그 용역이 단순한 하자보수의 수준을 벗어나므로 쟁점공장의 건설완료일은 건설용역의 제공이 실제로 완료되고 청구법인이 이를 사용할 수 있게 된 2006.2.15.로 보아야 하며, 동일자에 발급된 쟁점세금계산서는 정당한 공급시기에 수취된 것으로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점공장의 건물은 사용승인일 및 건축물 관리대장에 신축사실을 등재한 날이 2005.10.7.로 확인되고, 2005.11.30.자 검수증명서에 첨부된 조건에서도 설비는 이미 완공이 되었으나 이물질 발견 및 작동 멈춤 등으로 인한 단순한 하자보수 수준의 공사를 요청한 것으로 확인되며, 청구법인은 청구외법인에 대하여 대금지급의 필수조건으로 은행의 이행보증을 요구하고 있었음에도 2005.11.30. 이후에는 은행의 이행보증도 없이 형식적으로 검수증명서를 발급하고 공사를 계속하도록 하였다는 청구주장은 신빙성이 없으므로 이 건 용역의 공급시기를 2005년 2기로 본 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서상의 공급시기가 사실과 다른 것으로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2006.3.24. 법률 제7876호로 개정되기 전의 것) 제9조 【거래시기】 ② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화․시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

④ 제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제17조 【납부세액】 ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 부가가치세법시행령(2006.2.9. 대통령령 제19330호로 개정되기 전의 것) 제22조 【용역의 공급시기】 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도 기준지급․중간지급․장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

4. 제49조의2 제1항․제2항 및 제4항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일

제60조 【매입세액의 범위】 ② 법 제17조 제2항 제1호의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 쟁점공장의 건설과 관련하여 2005.2.16. 청구외법인과 체결한 공사도급계약의 주요내용은 다음과 같다.

- 공사명 : OOO 건설

- 공사기간 : 2005.2.16.～2005.9.30.

- 도급금액 : OOO원(부가가치세 제외)

- 대금지급시기 및 방법

1. 착수금 OOO천원은 계약일로부터 30일 이내 지급

2. 중도금 OOO천원은 쟁점공장 건설의 진행상황에 따른 청구일로부터 30일 이내 지급

3. 잔금 OOO천원은 쟁점공장 건설에 대한 청구법인의 승인이 있은 날로부터 30일 이내 지급

(2) 청구외법인은 위 공사의 이행보증을 위하여 2005.2.33. OOO은행으로부터 보증서를 발급받아 청구법인에게 제출하였는 바, 동 보증서상 보증기일은 2005.3.22.부터 2005.11.30.까지로 기재되어 있다.

(3) 청구법인은 2005.11.30. 청구외법인에게 검수증명서(Certificate of Mechanical Completion)를 발급하였는 바, 동 검수증명서에는 청구법인과 청구외법인은 쟁점공장의 실행테스트를 이행완료하였고, 또한 계약서에 명시되어 있는 청구외법인의 작업은 완성되었으며, 양 대표자들은 2005.11.30.부로 이를 받아들였으나, 첨부된 스케쥴에 따라 미해결 아이템을 완성해야 한다고 기재되어 있고, 위 증명서로 인하여 청구외법인의 계약상 기계장치 보증을 위한 의무와 기타 계약서상에서 미해결된 것의 의무를 면제하는 것은 아니라고 기재되어 있으며, 첨부된 미해결 아이템 목록은 다음과 같다.

(가) 청구외법인은 캡세정기(Cap Washing Machine) 표면에 잔존하는 이물질에 대한 사양을 만족시키지 못하였으므로 2005.12.15.까지 이를 개선시켜야 하며, 만약 새로운 캡세정기로 교체시 교체비용은 청구외법인이 부담한다.

(나) 클린룸의 냉동기(Clean Room Operation)와 PI숙성실의 에어컨(Air-Conditioner for PI Ripeness)이 빈번히 작동을 멈추었으며, 청구외법인은 이를 이미 수리하였다고 하나 확인되지 않은 상태이므로 문제 발생시에는 즉시 해결하여야 한다.

(4) 한편, 쟁점공장은 2005.10.7 OOO시장으로부터 사용승인을 받았고, 건축물관리대장에 2005.10.7.자로 신축사실을 등재하였으며, 청구법인은 2006.2.6.자로 공장등록을 하였다.

(5) 이 건 공사대금의 실제 지급일은 다음과 같다.

- 2005.3.25. 계약금 OOO천원 지급 (매입세액 정상공제)

- 2005.5.13.～2005.11.10. 중도금 OOO천원 지급 (매입세액 정상공제)

- 2006.2.13. 잔금 OOO천원 지급, 2006.2.15. 쟁점세금계산서 수취

(6) 이 건 공사과정에서 청구외법인은 캡세정기 제작 및 설치공사를 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)에게 공사대금 OOO백만원에 하도급주었고, OOO은 위 검수증명서에 첨부된 캡세정기의 하자에 대하여 2005.12.28.부터 2006.1.6.까지 하자보수공사를 한 사실이 청구법인이 제출한 “작업허가서” 및 “내방객 일지” 등에 의하여 확인되며, 청구법인은 위 캡세정기가 청구법인이 생산하고자 하는 제품의 충전용기의 마개를 세정하는 공정과 관련된 설비로 하도급금액(OOO백만원)이 쟁점공장의 전체 도급금액(OOO백만원)에서 차지하는 비율은 낮지만 세정공정후의 이물질 농도는 엄격한 기준에 의하여 관리가 필요하므로 당해 설비의 정상가동 여부에 따라 쟁점공장 건설의 목적 달성여부가 좌우될 정도로 중요한 설비라고 소명하고 있으나, 소명내용이 사실임을 입증할 신빙성있는 증빙자료는 제시하지 못하고 있다.

(7) 청구법인은 2006.1.6.부터 개선된 캡세정기의 하자보수내역의 검증에 착수하여 수차에 걸쳐 불량 개선작업을 요구한 끝에 만족할만한 측정결과를 얻어 2006.2.6.자로 “측정결과보고서”를 작성하여 OOO 본사에 보고하였으며, 2006.2.10. OOO 본사로부터 보류된 잔금을 지급하라는 업무지시를 받아 2006.2.13. 잔금을 지급하였고, 청구외법인은 2006.2.15. 청구법인에게 쟁점세금계산서를 교부하였다.

(8) 이상의 사실에 기초하여 처분청은 쟁점공장 건설용역의 공급시기를 청구법인이 검수증명서를 발급한 날(2005.11.30.)로부터 30일 이내인 2005년 2기로 보았고, 청구법인은 캡세정기의 하자보수에 대한 검증 완료후 실제 대금을 지급한 날(2006.2.13.)이 속하는 2006년 1기로 보아야 한다고 주장하고 있다.

(9) 부가가치세법시행령 제22조 제2호에서 완성도 기준지급․중간지급․장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 “그 대가의 각 부분을 받기로 한 때”를 공급시기로 본다고 규정하고 있는 바, 사업자가 완성도 기준지급 또는 중간지급조건부로 건설용역의 공급계약을 체결하고 그 계약서상 특정내용에 따라 당해 건설용역에 대하여 검사를 거쳐 대가의 각 부분의 지급이 확정되도록 한 경우에는 “검사후 대가의 지급이 확정되는 때”가 그 공급시기가 된다고 할 것이다(부가가치세법기본통칙 9-22-4 참조).

(10) 위 사실관계와 관련규정의 내용을 종합하여 볼 때, 청구법인은 2005.3.25. 쟁점공장의 건설공사에 대한 계약을 체결하였고, 공사계약금을 지급하기로 한 날로부터 잔금을 지급하기로 한 날까지의 기간이 6월 이상이므로 이 건 건설공사는 중간지급조건부 공급계약에 해당한다고 할 것이고, 중간지급조건부 계약에 있어서는 그 대가를 실제로 받았는지 여부에 불구하고 ‘대가의 각 부분을 받기로 한 때’를 공급시기로 보아야 할 것인데(대법원 OOO, 2003.11.28. 참조),

청구법인과 청구외법인은 당초 이 건 공사대금 중 잔금을 ‘쟁점공장 건설에 대한 청구법인의 승인이 있은 날로부터 30일 이내’에 지급하기로 약정하였고, 쟁점공장의 건설에 대한 OOO시장의 사용검사일은 2005.10.7.로, 청구법인의 검수증명서 발급일은 2005.11.30.로 각각 확인되는 반면, 청구법인은 위 검수증명서 발급일 이후에 있은 하자보수공사가 쟁점공장에서의 제품생산에 중대한 영향을 미치는 하자보수공사임을 입증할 신빙성있는 증빙자료는 제시하지 못하고 있다.

따라서, 이 건 처분청이 청구법인의 검수증명서 발급일(2005.11.30.)에 쟁점공장의 건설공사가 완료된 것으로 보고, 당초 계약상 지급조건에 따라 ‘검수증명서를 발급한 날로부터 30일 이내’인 2005년 2기를 이 건 건설용역의 공급시기로 보아 쟁점세금계산서상의 매입세액을 불공제한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.