가. 청구법인은 1962.10.22. OOO 취득과 관련한 투자금액 28,967,422,462원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 「조세특례제한법」제26조의 규정에 의한 임시투자세액 공제대상으로 하여 법인세를 신고하였다.

나. OOO은 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 청구법인의 본점사업장 소재지가 2002.4.1. OOO로 이전하였고 쟁점선박의 취득과 관련한 투자금액이 증설투자에 해당하므로 임시투자세액 공제대상이 아니라고 조사한 과세자료를 처분청에 통보하였다.

다. 처분청은 이에 따라 쟁점금액에 대한 임시투자세액공제를 배제하는 등하여 2010.2.3. 청구법인에게 법인세 2004사업연도 686,550원, 2005사업연도 456,855,640원, 2006사업연도 33,319,040원, 2007사업연도 216,710원 및 2008사업연도 1,133,937,560원, 합계 1,625,015,500원을 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2010.4.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 1962년 OOO에 본점을 두고 설립하여 1966년 OOO를 설치한 이래 1972년부터 현재까지 OOO에서 주된 영업은 물론 기획, 인사, 회계 등 본점업무수행 및 대표이사를 비롯한 대부분의 임원이 근무하고 있고 2002년 4월 공부상의 명의를 일치시키기 위하여 본점소재지를 변경하여 1990.1.1.이후 수도권에 새로운 사업장을 설치하거나 이전한 것이 아닌데도, 등기부상 본점소재지를 수도권으로 변경하였다는 사실만으로 쟁점선박에 대한 투자금액을 임시투자세액공제 대상에서 배제하는 것은 부당하다.

(2) 청구법인은 선박을 이용하여 OOO 러시아 등과의 수출·입 화물을 운송하는 외항화물운송업을 영위하는 회사로서 OOO에서 선적 및 하역이 이루어지고, 쟁점선박은 OOO에서 관리 및 운행하고 있어 수도권과밀억제권역 안에서 사용한 사실이 없으므로, 공부상 본점소재지가 수도권과밀억제권역 안에 있다는 이유로 쟁점금액을 임시투자세액공제 대상에서 배제하는 것은 부당하다.

(3) 청구법인이 보유하던 선박 OOO를 2007.10.31. 양도(가액 6,198,698,000원)하는 대신 OOO로 대체취득하기로 하고 투자를 진행하였고, 또한 OOO를 2010.1.19. 양도(가액1,273,039,000원)하는 대신 OOO를 대체취득하기로 하여 투자를 진행하고 있었으므로 이는 증설투자가 아닌 대체투자에 해당하는 바, 2007사업연도부터 2009사업연도까지의 투자금액 13,997,088,947원 및 10,992,247,357원은 수도권과밀억제권역 안의 사업장 유무와 관계없이 임시투자세액공제 대상에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 1962.10.22. 부산광역시 중구 중앙동4가 89-1에서 법인을 설립하고 2002.4.1. OOO으로 본점소재지를 이전하였으며, 2009.10.20. OOO를 설치한 사실이 법인등기부에 의해 확인되는 바, 본점 또는 주사무소의 이전등기일을 법인본사의 이전일로 보는 것이 타당하므로 쟁점선박에 대한 투자금액은 조세감면배제대상이다.

(2) 청구법인의 2004～2008사업연도 모든 거래에 대한 영업활동이 OOO에서 이루어지고 매출처의 대부분이 OOO 및 해외에서 사용된다 하더라도 그 업무를 주관하는 사업장인 본점소재지가 수도권과밀억제권역 안에 있으므로 쟁점금액에 대하여 조세감면배제규정을 적용하는 것은 타당하다.

(3) 쟁점선박 중 2005년에 취득한 OOO를 대체취득한 것이라고 주장하나 조사당시 OOO의 매각서류의 제시가 없었고 이의 매각과 함께 3년 이상 용선한 사실이 확인되고 있어 이들 선박도 사업용 고정자산으로 사용하면서 쟁점선박 중 OOO를 취득한 것으로 이는 대체투자가 아닌 증설투자에 해당하며, 2005년에 취득한 OOO에 일정기간 임대한 사실이 확인되므로 임시투자세액공제 적용대상이 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 청구법인의 등기부상 본점이전일(2002.4.1.)을 수도권과밀억제권역 안의 사업장 이전·설치로 보아 쟁점금액에 대한 임시투자세액 공제적용을 배제한 처분의 당부

(2) 쟁점선박의 취득을 수도권과밀억제권역 밖에서 사용하기 위한 사업용 고정자산으로 볼 수 있는지 여부

(3) 쟁점선박의 취득이 증설투자가 아닌 대체투자에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제26조【임시투자세액공제】① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위안에서 대통령령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한하며, 이하 이 항에서 같다) 또는 법인세에서 공제한다.

제130조【수도권 과밀억제권역 안의 투자에 대한 조세감면배제】① 1989년 12월 31일 이전부터 수도권과밀억제권역 안에서 계속하여 사업을 영위하고 있는 내국인과 1990년 1월 1일 이후 수도권 과밀억제권역 안에서 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 종전의 사업장(1989년 12월 31일 이전에 설치한 사업장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 이전하여 설치하는 중소기업(이하 이 항에서 “1990년 이후 중소기업 등”이라 한다)이 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 당해 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용고정자산(대통령령이 정하는 디지털 방송장비 및 대통령령이 정하는 정보통신장비를 제외한다)으로서 대통령령이 정하는 증설투자에 해당하는 것에 대하여는 제5조 제1항 제1호ㆍ제2호, 제11조 제2항 제3호, 제24조 제1항 제1호ㆍ제2호, 제25조(동조 제1항 제2호ㆍ제7호 및 제9호를 제외하며, 1990년 이후 중소기업 등이 투자한 경우에 한한다) 및 제26조(1990년 이후 중소기업 등이 투자한 경우에 한한다)의 규정을 적용하지 아니한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제23조【임시투자세액공제】① 법 제26조 제1항에서 “대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액”이라 함은 광업, 제조업, 건설업, 도매업, 소매업，전기통신업, 연구 및 개발업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 영화산업，방송업, 엔지니어링사업, 정보처리 및 기타 컴퓨터운영 관련업, 물류산업,「관광진흥법」에 의하여 등록한 관광숙박업 및 국제회의기획업，폐기물처리업, 폐수처리업, 과학 및 기술서비스업, 종자 및 묘목생산업, 축산업，수산물 부화 및 종묘생산업, 공연산업, 교육서비스업(컴퓨터학원에 한한다),「의료법」에 의한 의료기관을 운영하는 사업,「노인복지법」에 의한 노인복지시설을 운영하는 사업 또는 뉴스제공업을 영위하는 내국인이 2005년 12월 31일까지 재정경제부령이 정하는 사업용자산에 해당하는 시설을 새로이 취득하기 위하여 투자하는 금액을 말한다.

제124조【수도권 과밀억제권역안의 투자에 대한 조세감면배제 등】① 법 제130조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 증설투자”라 함은 다음 각호의 1의 구분에 따른 투자를 말한다.

1. 기획재정부령이 정하는 공장인 사업장의 경우 : 사업용고정자산을 새로이 설치함으로써 당해 공장의 연면적이 증가되는 투자

2. 제1호의 공장외의 사업장인 경우 : 사업용고정자산을 새로이 설치함으로써사업용고정자산의 수량 또는 사업장의 연면적이 증가되는 투자

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 법인등기부 등본 등에 의하면, 청구법인은 1962.10.22. OOO에 보유선박으로 화물운송업 서비스업을 영위하는 법인사업자로서, 2002.4.1. OOO으로 전입한 것으로 되어 있고, 2009.10.20. OOO로 하여 지점등록을 신청한 것으로 나타난다.

(나) 이 건 법인세 결정결의서 및 조사관련자료 등에 의하면, 청구법인은 2004～2008사업연도 중 취득한 쟁점선박OOO에 대한 투자금액(28,967,422,462원)에 대하여「조세특례제한법」소정의 임시투자세액공제 적용대상으로 하여 법인세를 신고하였고, 처분청은 청구법인이 2002.4.1. 본점을 OOO에서 수도권과밀억제권역 안의 OOO로 이전하여 쟁점선박에 대한 투자금액이 조세감면배제대상에 해당하는 것으로 보아 임시투자세액공제 를 적용하지 아니하고 이 건 법인세를 과세한 것으로 나타난다.

(다) 청구법인은 1972년 10월경 본점사업장을 OOO으로 이전하여 실질적으로 총괄하는 본점업무를 수행하였다고 주장하면서, 그 입증자료로 관련 이사회의사록(1972.8.17.), 자본재도입 인가신청서(1973.4.), 사원모집 신문광고OOO의 ‘납세지 정상화에 따른 안내말씀’ 공문서(1982.7.) 및 청구법인 조직도 등을 제출하고 있으나 동 자료만으로는 법인등기부상 본점사업장 이전일 이전부터 청구법인의 본점사업장과 관련한 모든 업무를 새롭게 이전한 사업장에서 수행한 사실을 확인하기 부족해 보인다.

(라) 살피건대, 청구법인은 1989년 12월 31일 이전인 1972년 10월경 OOO로 이전하여 총괄업무를 수행하여 왔으므로 쟁점금액은 「조세특례제한법」제130조(수도권 과밀억제권역 안의 투자에 대한 조세감면 배제)의 적용대상에 해당하지 아니하므로 임시투자세액 공제적용을 배제한 처분은 부당하다고 주장하나, 수도권 외의 지역에서 수도권 안의 본점 또는 주사무소를 이전한 날이라 함은 객관적으로 확인된 본점 또는 주사무소의 이전등기일로 보는 것이 합리적일 뿐만 아니라, 청구법인이 제시한 거증만으로 1972년 10월경 이전한OOO 소재의 본점사업장에서 총괄업무를 실질적으로 수행한 사실도 확인하기 어려워 보인다.

따라서 처분청이 청구법인의 본점사업장 이전일을 법인등기상 이전일인 2002.4.1.로 보고 쟁점금액에 대하여 임시투자세액 공제 적용을 배제한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 사업용 고정자산인 쟁점선박을 취득한 이후 수도권과밀억제권역이 아닌 OOO을 중심으로 외항화물운송에 사용하기 때문에 「조세특례제한법」제130조의 규정에 의한 조세감면 적용배제대상이 아니라는 주장이고,

처분청은 청구법인의 모든 거래에 대한 영업활동이 OOO 소재의 본점에서 이루어지고 매출처의 대부분이 수도권역 안에 소재하므로, 청구법인이 취득한 쟁점선박이 OOO 및 해외에서 사용된다 하더라도 그 업무를 주관하는 사업장인 본점소재지가 수도권과밀억제권역 안에 있으므로 쟁점금액에 대하여 조세감면배제규정을 적용하는 것이 타당하다는 의견이다.

(나) 청구법인이 제출한 국제선박등록증, 선박국적증서 등을 보면 해외화물운송에 사용되는 보유선박들(8척)의 선적항이 모두 ‘OOO’로 등재되어 있고, 화물의 선적 및 하역업무 등이 해상인 OOO에서 이루어져 기계류 등과 달리 청구법인의 사업용 고정자산인 선박의 경우에는 수도권과밀억제권역 안으로의 이동이 제약되어 있음을 알 수 있다.

(다) 「조세특례제한법」제130조(수도권과밀억제권역 안의 투자에 대한 조세감면규제)는 수도권과밀억제권역 안에 산업시설 등의 집중을 억제하고 기업의 지방이전을 유도함과 더불어 지방산업의 경영여건 향상을 지원하는데 그 입법취지가 있다 할 것이고, 수도권과밀억제권역 안의 투자에 대한 조세감면배제대상에 대하여 수도권과밀억제권역 안에 소재하는 ‘사업자’가 아닌 당해 ‘사업장’에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용 고정자산으로 규정하고 있어 당해 고정자산의 수도권과밀억제권역 내 사용을 감면배제사유로 들고 있는 것으로 볼 수 있다.

(라) 살피건대, 청구법인은 해외화물운송업을 영위하는 중소기업으로서 사업용 고정자산인 선박의 경우 통상 수도권과밀억제권역이 아닌 해외운송이나 부산항에서 사용되므로 수도권과밀억제권역 내 사업시설의 집중 등을 유발하지 아니하는데도, 본점의소재지가 수도권과밀억제권역 내에 있다 하여 「조세특례제한법」제130조 제1항을 적용하여 조세감면을 배제할 경우 그 입법취지나 기업의 설비투자를 촉진하고자 하는 같은 법 제26조(임시투자세액공제)의 취지에 부합하지 아니한다 할 것이다.

따라서, 처분청이 수도권과밀억제권역 안에 소재한 청구법인 본점에서 사업용 고정자산인 보유선박들이 사용된다는 이유를 들어 조세감면 배제대상이 아니라고 보아 쟁점선박의 투자금액에 대하여 「조세제한특례법」제26조의 규정에 의한 임시투자세액공제를 배제하여 과세한 이 건 처분은 잘못이라고 판단된다.

(3) 쟁점③에 대하여 본다.

위 (2)에서 청구법인의 주장이 받아들여져 심리실익이 없으므로 이 부분 심리를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.