처분청은 청구인이 중소기업진흥공단으로부터 협동화사업 실천계획 승인을 받은 후 2000.5.25. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 소재 6필지 토지 3,320㎡(이하 “ 이 사건 토지”라 한다)를 취득하고, 그 후 이 사건 토지상에 공장용 건축물을 신축 및 증축하고, 토지를 지목변경한데 대하여 취득세 등을 면제하였으나, 세무조사 결과 청구인은 협동화사업단지안에서 협동화사업을 추진한 경우에 해당되지 아니하므로 감면대상에 해당되지 않음에도 착오로 감면한 것으로 보아 이 사건 토지 및 그 지상 건축물의 취득비용과 지목변경 비용 612,860,815원(토지 216,606,913원, 지목변경비용 40,160,000원, 건물 356,093,902원)을 과세표준으로 하여 취득세 12,257,210원, 농어촌특별세 1,339,110원, 등록세 4,990,300원, 지방교육세 998,050원, 합계 19,584,670원(가산세 포함)을 추징하였으며, 또한 청구인이 법인장부상 급배수시설인 지하수시설에 대하여 취득세를 신고납부하지 아니하였고, 자동차를 취득하면서 지급한 탁송료와 할부이자를 과세표준에서 누락한 사실을 확인하고 지하수시설 취득비용과 자동차 과세표준 누락분 6,878,228원(구축물 2,707,820원, 자동차 4,170,408원)을 과세표준으로 하여 취득세 137,560원, 농어촌특별세 15,130원, 등록세 150,110원, 합계 302,800원(가산세 포함)을 2003.12.9. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

협동화사업은 건전한 중소기업 육성과 고용창출을 목적으로 20년이 넘게 일관되게 시행되고 있는 중소기업진흥정책으로서 협동화사업의 목적 및 세제지원 취지에 비추어 볼 때 협동화사업실천계획을 승인받고, 협동화단지조성사업 승인을 받지 않았다 하여 달리 취급할 합리적인 이유가 없으며, 2003.9월말 현재 전국적으로 협동화사업을 승인받은 건수는 607건(참여업체수 4,906)으로서 그중 처분청의 과세이유와 같이 협동화단지 조성계획승인을 받아 협동화 사업을 실시한 건수는 1건에 불과한 실정으로서 처분청의 과세이유대로 한다면 당해 감면조례조항은 사실상 적용대상이 없어 유명무실한 조항이 된다 할 것이고, 더욱이 중소기업진흥및물품구매에관한법률에서 협동화단지조성사업에 대하여 시·도지사의 승인을 받도록 하고 있으나 구체적인 기준과 절차등이 마련되어 있지 않은 상태이므로 실시가능성도 없고 승인을 받을 수도 없는 상태인데도 이러한 승인을 받지 않았다 하여 협동화사업을 위하여 취득한 부동산에 대하여 감면한 취득세 등을 추징하는 것은 불합리할 뿐만 아니라, 처분청은 장기간에 걸쳐 청구인의 경우와 같이 협동화사업 실천계획 승인을 받고 협동화사업을 실시하기 위하여 취득한 부동산에 대하여 취득세 등이 면제되어 왔음에도 갑자기 그 해석을 변경하여 면제된 취득세 등을 추징하는 것은 국세기본법상의 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙에 비추어 볼 때 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 중소기업협동화사업을 실시하면서 중소기업청장으로부터 실천계획 승인을 받아 부동산을 취득한 경우 취득세 등의 면제대상에 해당하는 지 여부에 관한 것이라 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, ㅇㅇ도도세감면조례 제21조제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 자가 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(이미 사업용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우는 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제하고, 그 취득일부터 2월 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다. 다만, 제1호 내지 제2호의 경우에 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역안에서는 그러하지 아니하다고 규정한 다음, 그 제2호에서 중소기업진흥및제품구매촉진에관한법률의 규정에 의하여 조성된 협동화사업단지안에서 동법의 규정에 의하여 협동화사업실천계획승인을 얻어 지방세법시행규칙 별표3의 업종의 협동화사업을 영위하기 위하여 최초로 부동산을 취득하는 추진주체 및 참가업체라고 규정하고 있고, 중소기업진흥및제품구매촉진에관한법률 제19조제1항에서 제18조의 규정에 의한 협동화기준에 따라 협동화실천계획을 수립하여 이를 시행하고자 하는 자는 중소기업청장의 승인을 얻어야 하며, 승인을 얻은 계획중 산업자원부령이 정하는 사항을 변경하고자 할 때에도 또한 같다고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에서는 제18조의 규정에 의한 협동화기준에 따라 협동화실천계획을 수립하여 이를 시행하고자 하는 자는 그 협동화실천계획에 협동화사업을 위한 단지조성사업(이하 "단지조성사업"이라 한다)이 포함되는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 시 도지사의 승인을 얻어야 하며, 승인을 얻은 계획중 산업자원부령이 정하는 사항을 변경하고자 하는 때에도 또한 같다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 다른 5개업체와 공동으로 2000.4.19.에 중소기업진흥공단으로부터 협동화사업실천계획 승인을 받고, 2000.5.25.에 협동화사업을 실시할 목적으로 이 사건 토지를 취득한 후 2001.12.31. 그 지상에 공장을 신축하고, 2002.7.29. 기숙사 및 휴게실 증축공사를 하였으며, 처분청은 이러한 협동화사업과 관련하여 청구인이 취득한 토지와 건축물에 대하여 취득세 등을 면제하였다가 협동화사업단지 조성승인을 받지 아니하였으므로 감면대상에 해당되지 않는다고 보아 면제한 취득세 등을 추징하였고, 청구인이 2001.4.3.부터 같은 해 12.31. 사이에 취득한 구축물에 대하여 취득 신고를 하지 아니하였고, 차량에 대하여는 일부 금액이 과세표준에서 누락된 사실을 확인하고 누락된 금액을 과세표준으로 하여 취득세 및 등록세를 부과고지한 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 협동화사업용 부동산에 대한 감면목적, 실제 운영상황 등에 비추어 협동화단지 조성 승인을 받지 아니하였다 하여 감면대상에서 제외하는 것은 불합리하며, 국세기본법상의 신의성실의 원칙에도 위배된다고 주장하고 있다. 이에 관하여 살펴보면, ㅇㅇ도도세감면조례가 1997.4.7.에 조례 제2744호로 개정되기 이전에는 중소기업진흥및제품구매촉진에관한법률의 규정에 의하여 조성된 협동화사업실천계획 승인을 얻은 추진주체 및 참가업체가 당해 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 감면하도록 규정하고 있었으나, 1997.4.7. 이후에는 협동화사업단지안에서 협동화사업실천계획 승인을 받아 협동화사업을 실시하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여만 감면하도록 개정되었음은 사실이지만, 이렇게 감면조례가 개정된 이후에도 이 사건 취득세 등을 추징할 때까지 약 7년간이나 중소기업청장으로부터 업무를 위탁받은 중소기업진흥공단은 각종 안내책자 등에서 협동화사업실천계획 승인을 받은 경우에 취득·등록세 감면대상에 해당된다는 사실을 안내하였으며, 처분청에서도 청구인과 같이 협동화사업실천계획 승인을 받은 자가 취득하는 부동산에 대하여 계속하여 등록세 감면확인서를 발급하여 등록세를 납부하지 않고도 등기할 수 있도록 하였고, 취득세는 감면을 하여 왔음을 알 수 있다. 그리고 중소기업진흥및제품구매촉진에관한법률에서는 감면조례에서 사용하는 협동화사업단지라는 용어와 달리 단지조성 사업이라는 용어를 사용하고 있고, 시도지사가 협동화사업을 위한 단지조성사업을 승인하는 구체적인 절차 등이 마련되어 있지 않는 등 납세자가 혼동을 할 수 있는 사정 등을 종합해 보면, 청구인으로서는 협동화사업실천계획 승인업무를 주관하는 중소기업진흥공단의 납세안내와 처분청이 이러한 협동화사업에 대해서 취득세 등을 감면하는 과세관행을 신뢰하여 협동화사업을 추진하였다고 할 것이므로, 처분청이 당초 협동화사업용 부동산에 대하여 취득세 및 등록세를 감면하였다가 이를 추징한 처분은 국세기본법에서 규정한 신의성실의 원칙에 어긋난다 하겠다. 그러므로 처분청이 이 사건 부과처분중 급배수시설과 자동차와 관련하여 누락 및 과소신고된 부분에 대하여 부과한 취득세 등을 제외한 협동화사업과 관련하여 취득한 부동산에 대하여 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이라 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2004. 3. 29.

행 정 자 치 부 장 관