가. 청구법인은 OOO 소재 임가공업체인 OOO(이하 “수출자”라 한다)에게 교육용 완구(이하 “쟁점물품”이라 한다)의 생산을 위탁하고, 국내 및 OOO에서 쟁점물품 생산에 필요한 자석 등 원·부자재를 구매하여 무상으로 수출자에게 공급한 다음, OOO까지 수출자로부터 생산이 완료된 쟁점물품을 수입신고번호 OOO으로 수입하면서 관세통계·통합품목분류표 제9503.00-3300호(양허관세율 0%)로 분류하여 수입신고하고, 통관지세관장으로부터 이를 수리받았다.

나. 처분청은 OOO까지 청구법인에 대해 관세조사를 실시한 결과, 청구법인이 수출자들에게 무상공급한 원·부자재 비용은 「관세법」 제30조 제1항 제3호의 생산지원비용에 해당함에도 쟁점물품의 과세가격에 해당 비용이 누락된 것으로 조사하고, OOO 청구법인에게 부가가치세 OOO원 및 가산세 OOO원 합계 OOO원을 경정·고지하였으나, 수정수입세금계산서(이하 “수정세금계산서”라 한다)는 발급하지 않았다.

다. 청구법인은 OOO 처분청에 부가가치세 OOO원에 대한 수정세금계산서 발급을 신청하였고, 처분청은 OOO 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점물품은 무관세(양허관세율 0%)가 적용되기 때문에 부가가치세만 납부하고, 사후에 부가가치세를 환급받기 때문에 과세가격을 축소하여 신고한다고 하여 청구법인에 발생하는 이익은 없는바, 청구법인 담당자는 관세사무소에 무관세 제품의 경우에 생산지원비용을 포함해서 신고하여야 하는지에 대하여 문의하였으나, 무관세 제품은 생산지원비용을 포함하여 신고하지 않아도 된다는 답변을 듣고 OOO 임가공업체가 발행한 송장(Invoice) 상의 금액만 수입신고하고 무상으로 공급한 자재의 금액은 포함하지 않았는데, 관세 관련 전문가조차 과세대상이 아니라고 한 사안에 대해 전문지식이 부족한 청구법인에게 귀책이 있다하여 수정세금계산서 발급신청을 거부한 처분은 부당하다.

(2) 대법원에서는 수익적 처분은 재량행위에 해당한다고 판단하였고, 「부가가치세법」 제35조의 수정세금계산서 발급에 관한 규정은 청구법인에 수익적 처분이므로 재량행위에 해당하는바, 청구법인이 업무상 처리미숙에 의한 단순착오로 수입신고서를 잘못 작성하였음에도, 처분청은 청구법인의 수정세금계산서 발급 신청이 청구법인에 대한 세액경정통지 이후에 있었고, 관세청 내부지침인 「부가가치세법 개정에 따른 수정수입수정세금계산서 발급에 관한 운영지침」(이하 “관세청 지침”이라 한다)상 ‘발급제한 예외’에 예시된 ‘단순착오’로 확인되는 경우를 세관에 수입신고시 제출한 부속서류에 기재된 내용과 달리 수입신고서를 착오로 잘못 작성한 것이 확인된 경우만으로 축소 해석하여 이 건 거부처분을 하였는데, 이는 재량권의 한계를 일탈하여 행정기관 내부에서만 효력을 갖는 행정규칙을 근거로 청구법인의 신청을 거부한 것으로서 위법하다.

(3) 「부가가치세법」 제35조 및 같은 법 시행령 제72조에서 수입자의 단순 착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우 수정세금계산서를 발급하도록 하고 있고, 관세청 지침상 수입자 귀책사유의 예시를 살펴보면, 협정 또는 법령에 위반하는 원산지증명서류를 작성 발급하여 특혜관세를 적용받은 경우 등 특혜관세를 적용받은 경우를 예시하고 있으므로 수입자 귀책사유의 판단기준은 특혜관세 적용여부라 할 것인바, 청구법인은 이미 면세품목을 수입하는 자이므로 허위의 신고를 통하여 얻게 되는 특혜는 없으므로 수입자의 귀책이 없다.

(4) 2013.7.26. 「부가가치세법」 개정 취지는 구법 하에서는 수입자가 세금 탈루를 목적으로 과세표준을 낮춰 신고한 것이 적발되더라도 향후 수정세금계산서를 발급받아 부가가치세를 환급받을 수 있었기 때문에, 처음부터 고의적으로 과소신고하는 수입업자들에 대한 제재를 강화하기 위함인바, 이 건 처분으로 추구되는 공익은 고의적으로 과세표준을 과소신고하는 수입업자에 대한 제재의 강화와 성실납부의 촉구라고 할 수 있으나, 이에 반해 침해되는 청구법인의 이익은 5년 동안의 부가가치세와 가산세 약OOO원에 해당하는 재산상의 손실이고 청구법인의 당기 순이익이 약 OOO원 정도의 중소상인임을 감안할 때 감당하기 어려운 액수이므로 비례의 원칙을 위반한 재량권 일탈 및 남용에 해당하며, 수정세금계산서가 발급되더라도 가산세는 환급받을 수 없어 가산세의 존재만으로도 공익상의 목적을 달성할 수 있으므로, 처분청은 이 건 거부처분을 취소하고 수정세금계산서를 발급하여야 한다.

(5) OOO지방국세청장은 OOO 청구법인에 대해 법인세 세무조사를 실시하였는데 조사대상기간은 2010년 1월부터 2010년 12월까지 1년이고, OOO 세무조사 결과 통지시 이 사건과 관련된 사항에 대하여 문제가 없는 것으로 판단하였는바, OOO지방국세청장이 이 사건과 관련하여 위반사실을 확인해 주었다면 동일한 사안에 대하여 관세사의 자문결과와 무관하게 부가가치세를 납부하였을 것인데, 세무전문가인 조사관조차도 동 사안이 정당한 것이며 잘못된 것이 아니라고 판단하였으며, 부가가치세와 관련된 최고의 전문가인 관세사와 세무전문가인 조사관조차 착오를 일으키거나 알지 못한 부분에 대하여 청구법인 이를 믿고 계속적으로 누락한 것이 청구법인의 귀책사유라 하는 것은 지나친 해석이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 생산지원비용이 신고가격에 가산되어야 하나 무관세인 경우에는 신고하지 않아도 된다고 판단하여 납세신고를 누락하였지만 고의가 없으므로 수정세금계산서를 발급하여야 한다고 주장하나, 대법원 판례에 비추어 볼 때 청구법인이 자기 나름의 해석에 의하여 생산지원비용을 신고누락한 것은 단순한 법령의 부지 내지 오해에 해당하여, 고의나 과실여부와 상관없이 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않으며, 관세청에서는 수입신고시점에 정확한 과세가격 가산여부 판단이 어려운 경우 「관세법」 제37조에 따라 납세신고를 하기 전에 과세가격의 적정성 여부를 미리 심사하여 줄 것을 신청하는 제도를 마련하고 있음에도 불구하고 청구법인은 이 제도도 이용하지 않았는바, 결국 청구법인은 올바른 수입신고를 위한 최소한의 노력도 하지 않아 과소신고에 대한 귀책은 청구법인에게 있으므로 청구법인의 수정세금계산서 발급신청을 거부한 이 건 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 업무상 처리미숙에 의한 단순착오에 의하여 수입신고서를 잘못 작성하였고, 쟁점물품은 무관세로 수입하고 부가가치세도 사후에 환급받고 있어 관세를 포탈할 실익도 없으므로 고의성 없는 ‘단순착오’에 해당한다고 주장하나, 「부가가치세법」 제37조의 ‘단순착오’에 해당하는 경우는 관세청 지침에 예시된 바와 같이, 수입신고시 제출한 부속서류(Invoice, B/L 등)에 기재된 내용과 달리 수입신고서를 착오로 잘못 작성한 것이 확인된 경우를 말하고, 청구법인처럼 생산지원비용 자체를 신고누락한 경우는 ‘단순착오’에 해당하지 않는다.

(3) 청구법인은 수입자 귀책 여부를 판단함에 있어 중요한 기준은 특혜관세를 적용받았는지 여부인데 청구법인은 이미 면세품목을 수입하는 자로서 고의로 허위의 신고를 통하여 얻게 되는 특혜가 없으므로 청구법인에게 귀책사유가 없다고 주장하나, 관세청 지침상 귀책사유가 없는 경우는 품목분류가 행정기관에 의해 변경된 경우, 합병에 따른 납세의무 승계, 법령에 맞게 작성된 원산지증빙서류를 갖추고 제출된 사실과 일치하게 특혜관세를 적용받은 경우, 상급기관의 재해석에 따른 변경이나 조세심판원의 재조사 결정에 따른 재경정 등을 예시하고 있는바, 귀책사유 유무의 판단기준이 특혜관세 적용여부라는 청구주장은 이유 없다.

(4) 청구법인은 이 건 처분으로 추구되는 공익에 비해 청구법인의 침해되는 재산상의 손실이 크고, 가산세의 존재만으로도 공익상의 목적을 달성할 수 있으므로 이 건 처분은 비례의 원칙에 위반되어 위법하다고 주장하나, 이 건 법률 조항의 입법목적은 세관장이 세액을 결정 또는 경정하거나 관세조사 통지 등을 한 이후 수입자가 수정신고하는 경우에는 원칙적으로 수정세금계산서를 발급하지 못하게 하고, 예외적으로 수입자의 단순착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우에만 발급을 허용하여 성실신고를 유도하자는 것으로 입법목적의 정당성과 수단의 적합성 원칙을 갖추었고, 관세조사 등을 통지한 경우에 일률적으로 수정세금계산서의 발급을 제한하는 것이 아니라 ‘단순착오’나 ‘수입자가 귀책사유가 없음을 증명’하는 경우 등에는 발급을 허용하고 있어 피해의 최소성 원칙을 준수하였으며, 이 건 법률 조항의 개정으로 인하여 제한되는 사익은 매입세액 공제를 위한 수정세금계산서 발급 거부라는 최소한의 수익적 처분 제한인 반면, 그로 인해 달성하려는 공익은 성실한 세금신고 문화를 정착시켜 조세수입의 공백을 막고 국가 재정을 튼튼히 하고 성실한 납세의무자와의 형평성을 고려할 때 법익의 균형성 원칙도 준수하여, 비례의 원칙을 위배하였다거나 재량권을 일탈 및 남용하였다는 청구주장은 이유 없으므로 이 건 심판청구는 기각되어야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

수정수입세금계산서 발급신청 거부처분의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11783호)

제35조[수입세금계산서]① 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때에는 수입된 재화에 대한 세금계산서(이하 “수입세금계산서”라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다.

② 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는수입하는자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 수입세금계산서(이하“수정수입세금계산서”라 한다)를 발급하여야 한다.

2. 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나 수입하는 자가 세관공무원의 관세조사 등 대통령령으로 정하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고「관세법」에 따라 수정신고하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

다. 수입자의 단순착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 대통령령으로 정하는 경우

부 칙

제2조[수정수입세금계산서 발급에 관한 적용례] 제35조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 수정신고하거나 결정·경정하는 분부터 적용한다.

(2) 부가가치세법 시행령(2013.6.28., 제24638호)

제72조[수입세금계산서]② 세관장은 「관세법」에 따라 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 같은 법 제28조 제2항, 제38조의2 제1항·제2항, 제38조의3 제1항부터 제3항까지, 제38조의4 제1항, 제46조, 제47조 및 제106조에 따라 부가가치세를 납부받거나 징수 또는 환급하는 경우에는 법 제35조 제2항에 따라 수입자에게 수정한 수입세금계산서를 발급하여야 한다. 다만, 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 「관세법」 제38조의3 제1항에 따른 수정신고를 하는 경우에는 법 제35조 제2항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당할 때에만 수정한 수입세금계산서를 발급한다.

③ 제2항에도 불구하고 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나 수입자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고「관세법」에 따라 수정신고를 하는 경우에는제4항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 수입자에게 수정한 수입세금계산서를 발급한다.

1. 관세 조사 또는 관세 범칙사건에 대한 조사를 통지하는 행위

2. 세관공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지 출장이나 확인업무에 착수하는 행위

3. 그 밖에 제1호 또는 제2호와 유사한 행위

④ 제3항에 따라 수정한 수입세금계산서를 발급하는 경우는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다.

3. 수입자의 단순착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우

부 칙

제5조[수정한 수입세금계산서에 관한 적용례] 제72조 제2항부터 제4항까지의 개정규정은 이 영 시행 후 세액을 수정신고하거나 결정 또는 경정하는 분부터 적용한다.

(3) 부가가치세법 시행령(2014.2.21., 제25196호)

제72조[수입세금계산서] ④ 법 제35조 제2항 제2호 다목에서 “수입자의 단순착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3.수입자의 단순 착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 OOO 소재 수출자들에게 쟁점물품의 생산을 위탁하고, 완제품 생산에 필요한 자석 등 원·부자재를 국내에서 구매하여 무상으로 제공하거나, OOO 현지에서 조달하여 우리나라를 거치지 않고 바로 OOO 수출자들에게 무상으로 제공한 다음, 생산이 완료된 쟁점물품은 수입신고시 양허관세율 0%를 적용하여 관세는 부담하지 않고 부가가치세만 신고납부하였으며, 연도별 수입실적은 아래 <표>와 같다.

<표> 청구법인의 연도별 수입실적

(2) 처분청은 OOO 청구법인에게 쟁점물품 수입신고시 신고누락한 생산지원비용에 해당하는 부가가치세 OOO원 및 가산세 OOO원 합계 OOO원을 경정·고지하면서, 수정세금계산서는 발급하지 않았다.

(3) 청구법인은 OOO 처분청에 수정세금계산서 발급을 신청하였으나, 처분청은 OOO 이를 거부OOO하였고, 청구법인은 OOO 이를 통보받았다.

(4) 청구법인이 제출한 OOO지방국세청장의 청구법인에 대한 세무조사 결과통지서는 조사대상 세목이 ‘법인세’이고, 조사대상기간은 2010년 1월부터 2010년 12월까지로 기재되어 있고, 수입물품의 과세가격에 대한 조사여부에 관한 내용은 기재되어 있지 않다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「부가가치세법」제35조 제2항에서 세관장이 과세표준 또는 세액을 경정하면서 수정수입세금계산서를 발급할 수 있는 경우는 수입자의 단순착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우 등으로 한정하고 있는바, 청구법인은 수년간 쟁점물품을 같은 수출자들로부터 수입하여 온 점, OOO지방국세청장의 세무조사는 그 조사대상이나 목적이 달라 수입물품에 대한 부가가치세의 적정성을 조사하였다고 보기 어려운 점, 청구법인이 쟁점물품의 과세가격에 생산지원비로 가산되어야 할 원·부자재의 가격을 누락신고한 이상 이를 수입자의 단순착오로 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인에게 귀책사유가 없다고 단정하기 어려워 처분청이 수정수입세금계산서의 발급을 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「관세법」 제131조와 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.