청구인은 OOO OOO OOOO OOO번지 및 산 OOOO번지 토지 10,991㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 1985.1.1.(의제취득일) 취득하여 보유하던 중 2004.6.2 쟁점토지가 OOOOOO에 수용되자 실지거래 가액으로 양도차익을 계산하여 2004.8.24 양도소득세 예정신고를 하였다.

그러나 2004.12.31. 조세특례제한법 제85조의 규정이 신설되면서 공익사업용으로 수용된 토지는 기준시가에 의할 수 있고 이 법 시행후 확정신고 기한이 도래하는 분부터 적용한다고 되어 있어, 청구인은 2005.7.7. 실지거래 가액에 의한 양도소득세를 기준시가에 의한 양도소득세로 결정하도록 경정청구를 하였으나, 처분청은 2005.10.19. 실지거래가액으로 예정신고한 경우 확정신고 기한 후에는 기준시가로 경정청구할 수 없다는 경정청구 거부 회신문을 통지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2005.12.19. 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 2004.8.24. 쟁점토지에 대한 양도소득세 예정신고를 실지거래가액에 의한 양도차익을 계산하여 양도소득세 신고를 하였으나, 조세특례제한법 제85조 신설로 기준시가에 의한 양도차익을 계산하여 신고할 수 있게 되어 2005.5.31. 기준시가에 의한 양도소득세를 계산하여 예정신고납부한 양도소득세중 240,963,340원을 환급하는 것으로 양도소득세 확정신고를 하였으나 처분청이 확정신고서 접수사실이 확인되지 않는다는 이유로 환급을 하지 아니한 것은 부당하다.

(2) 설사 청구인의 확정신고서가 접수되지 않았다 하더라도, 쟁점토지는 OOOOOO에 공익사업용으로 수용되었고, 수용일자가 2004.6.2.이어서 조세특례제한법 제85조 시행후 확정신고(2005.1.1～2005.5.31) 기한이 도래하는 경우에 해당하여 기준시가에 의한 경정청구를 할 수 있음에도, 처분청이 실지거래가액에 의한 신고 후 확정신고 기한이 경과한 이후에는 기준시가에 의한 경정청구를 할 수 없다는 이유로 경정청구를 거부한 것은 잘못이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점토지 양도에 대한 확정신고서를 세무대리인이 청구외 고OO, 김OO의 신고서와 함께 동봉하여 2005.5.31. 우편으로 발송하였다는 주장이나, 청구외 2건의 신고서와 청구인의 양도소득세 확정신고서가 동봉되었음이 확인되는 객관적인 증빙이 없고, 3건의 양도소득세 신고서중 2건만 접수되었다는 주장은 설득력이 없으며, 고액의 신고서를 배달증명 또는 단일등기신고가 아닌 여러개의 신고서와 함께 발송하면서 다음날 접수되었는지 확인하지 않았다는 주장은 상식적으로 납득하기 어려우므로 확정신고서를 제출하였다는 청구주장은 받아들일 수 없다.

(2) 2004년도에 부동산을 공익사업용으로 양도하고 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 양도소득세과세표준에 대한 예정신고 및 자진납부를 2004년도에 이행한 경우 확정신고 기한 이후에는 기준시가로 경정 등의 청구를 할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 청구인이 확정신고서를 제출하였는지 여부

(2) 실지거래가액에 의한 양도소득세 신고 후 확정신고기간 경과 후 기준시가에 의한 양도소득 차익을 결정할 수 있는지 여부

나. 관련법령

소득세법 제96조 【양도가액】① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.

6의 2. 당해지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우(2002.12.28신설)

소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】 ① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.

조세특례제한법 제85조 【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】 거주자가 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 소득세법 제96조 제1항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날 (2004. 12. 31. 신설)

부 칙 (2004. 12. 31. 법률 제7322호) 제12조 【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례】 제85조의 개정규정은 이 법 시행후 양도소득 과세표준확정신고기한이 도래하는 분부터 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 보관하고 있는 쟁점토지 양도에 대한 확정신고서에, 실지거래 가액에 의한 양도소득세를 기준시가에 의한 양도소득세로 정정하여 작성한 것으로 되어 있다.

(2) 청구인이 쟁점토지 양도에 대한 확정신고서가 동봉되어 발송한 우편물이라고 주장하면서 제시한 소포우편물 배달조회서에, 2005.5.31. 청구인의 대리인 이OO가 수취인을 OO세무서장으로 하여 우편물을 발송하여 2005.6.2. 배달완료된 것으로 되어 있으나, 쟁점토지 양도에 대한 확정신고서가 동봉되었는지 여부는 확인되지 않는다.

(3) 청구인이 쟁점토지의 양도에 대하여 기준시가로 양도차익을 계산하여 그 과세표준과 세액을 경정하라고 경정청구 하였으나 처분청은 ‘실지거래가액에 의한 신고는 확정신고 기한이 경과한 후에 기준시가에 의한 경정청구를 할 수 없다’고 회신하였다.

(4) 살피건대, 청구인은 쟁점토지 양도에 대한 확정신고서를 세무대리인이 청구외 고OO, 김OO의 신고서와 함께 동봉하여 2005.5.31. 우편으로 발송하였다는 주장이나, 청구주장을 뒷받침할 수 있는 객관적인 증빙의 제시가 없으므로 쟁점토지 양도에 대한 확정신고서를 제출하였다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(5) 그러나, 청구인은 쟁점토지가 양도 당시(2004.6.2)에는 투기지역에 해당하여 실지거래가액에 의한 예정신고를 하였으나, 쟁점토지의 양도가 조세특례제한법 제85조 및 부칙 제12조에서 정하고 있는 확정신고 기한(2005.5.1.～2005.5.31.)이 도래하는 분에 해당하여 기준시가에 의한 신고를 할 수 있도록 되어 있음에도, 처분청이 단지 납세자가 실지거래 가액을 적용하여 신고한 후 확정신고 기한이 경과하였다는 이유로 기준시가에 의한 양도차익을 계산하라는 청구인의 결정청구를 거부한 처분은 잘못이라 하겠다(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OOOO, OO OO).

따라서 처분청은 쟁점토지의 양도에 대하여 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하여야 할 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.