청구인이 경기도 안양시 동안구 OO동 OOOOO 및 같은동 OOOOO OOO 지상의 근린생활시설 및 주택용건물 1,595.25㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 신축하기 위하여 서울 OO구 OO동 OOOOOO 소재 청구외 OO종합건설주식회사(이하 “위 건설회사”라 한다)와 93.3.23 공사도급계약을 체결하고 쟁점건물의 건설공사에 대한 공사대금으로 600,000,000원을 지급하고 위 건설회사로부터 세금계산서를 수취하여 이에 대한 매입세액 60,000,000원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 공제하는 것으로 하여 93년 제2기분 부가가치세 예정신고를 한 데 대하여,

처분청은 위 건설회사가 청구인에게 쟁점건물의 건설용역을 실제 공급하지 아니하고 세금계산서만 교부한 것으로 보아 93.12.16 청구인의 쟁점매입세액을 불공제함과 동시에 93년 제2기분 부가가치세 6,000,000원(납부불성실가산세)을 고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 94.2.8 심사청구를 거쳐 94.4.15 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

청구인이 쟁점건물을 신축하기 위하여 93.3.23 위 건설회사와 건설 공사도급계약을 체결(별첨 공사계약서 참조)한 바 있으며, 쟁점건물의 공사대금으로 93.7.25 150,000,000원, 93.8.27 150,000,000원, 93.9.25 300,000,000원을 지급하고 이에 대한 세금계산서를 교부받은 것에 대하여

처분청은 청구외 OOO이 청구인에게 쟁점건물의 실제 건설용역을 제공한 것으로 보아 쟁점매입세액을 불공제한 것이나, 청구인은 위 건설회사와 쟁점건물의 신축에 관한 공사도급계약을 직접 체결한 바 있으며, 이러한 공사도급계약에 의거하여 청구외 OOO이 위 건설회사의 공사현장책임자로서 쟁점건물의 신축공사를 수행하였으며, 수원지방법원의 산업안전보건법위반 사건(93고약 23564)에 대한 약식명령(판사 OOO)에 의하면 청구외 OOO은 위 건설회사의 이사 겸 공사현장책임자인 사용인으로 확인되고 있는 바, 청구외 OOO등의 쟁점건물에 대한 건축행위 등은 위 건설회사의 건축행위에 속한다고 할 것이므로 청구인이 쟁점건물의 신축공사와 관련하여 위 건설회사로부터 교부받은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당될 수가 없음에도 불구하고 처분청이 쟁점매입세액을 불공제한 처분은 부당하다는 주장이다.

나. 국세청장 의견

청구인이 제시한 쟁점건물의 건설공사도급계약서에 의하면 청구인과 위 건설회사간에 쟁점건물의 공사계약이 체결되어 있으나, 처분청이 제시한 조사내용에 의하면 청구인은 위 건설회사에게 지급한 공사대금의 결제방법 등 제반 증빙서류를 갖추고 있지 않고 또한 본 심사청구시에도 그 증빙자료들을 제시함이 없으며, 청구인이 쟁점건물의 공사대금으로 93.12.12까지 300,000,000원을 청구외 OOO에게 지급하였고, 그 증빙도 OOO이 보관하고 있는 점과 93.6.25 쟁점건물의 미장작업중 산업재해가 발생하여 청구외 OOO과 위 건설회사가 수원지방검찰청으로부터 벌금 각 1,500,000원을 부과받았으나 청구외 OOO이 전액 납부한 점등을 모두어 보면 청구외 OOO이 쟁점건물을 사실상 건축한 것이라고 할 것인 바, 위 건설회사가 세금계산서를 작성하여 청구인에게 교부한 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라고 할 것이므로 처분청이 쟁점매입세액을 불공제한 처분은 타당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건의 다툼은 쟁점건물의 신축과 관련하여 교부받은 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 그 매입세액을 불공제한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제17조 제2항의 규정에 의하면 같은법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니하였거나 교부받은 세금계산서를 같은법 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있다.

다. 사실관계 등

처분청은 쟁점건물의 신축공사에 따른 건설용역을 위 건설회사가 직접 제공한 것이 아니라 청구외 OOO이 개인적으로 쟁점건물의 건설용역을 제공한 것으로 보아 쟁점매입세액을 불공제하는 처분을 하였으나, 위 건설회사의 법인등기부등본에 의하면 청구외 OOO은 93.4.12 위 건설회사의 이사로 등재되어 있으며, 93.6.25 쟁점건물의 공사중에 발생한 산업재해사건으로 인한 수원지방법원의 산업안전보건법 위반사건(93고약 23564)에 관한 범죄사실기록등에 의하면 청구외 OOO이 위 건설회사의 이사겸 공사현장책임자로서 쟁점건물의 신축공사를 한 것으로 되어 있으며, 청구인이 제시한 청구외 OOO의 확인서에 의하면 위 OOO이 위 건설회사의 이사 및 공사현장책임자로서 쟁점건물의 건설공사를 수행한 사실이 있음을 확인하고 있고,

청구인이 제시한 세금계산서 및 입금표에 의하면 청구인이 위 건설회사에게 쟁점건물의 공사대금으로 93.7.25 150,000,000원, 93.8.27 150,000,000원, 93.9.25 300,000,000원을 지급한 것으로 되어 있으며, 그 공급시기에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

그리고 위 건설회사의 매입매출장에 의하면 쟁점건물의 공사대금 6억원이 위 세금계산서의 교부일에 매출액으로 계상되어 있으며, 위 건설회사의 부가가치세 세적관리카드에 의하면 93년 제2기예정기간의 과세표준으로 3,235,637,876원을 신고한 사실이 있는 바, 쟁점건물의 공사대금에 대하여는 위 건설회사가 매출금액으로 신고하여 부가가치세가 과세된 것임을 알 수 있다.

이러한 사실에 반하여 처분청은 쟁점건물의 건설용역이 청구외 OOO의 독립된 행위에 의하여 청구인에게 공급된 것으로 보고 있으나 이를 입증할 만한 근거자료는 전혀 갖추지 못하고 있으며, 처분청이 청구외 OOO과 청구외 OOO으로부터 쟁점건물의 신축공사와 관련한 확인서를 작성받고자 하였으나 위 OOO은 동 확인서의 날인을 거부한 것으로 되어 있고, OO종합건설주식회사(위 건설회사의 명의변경후 법인명)의 상무이사인 청구외 OOO은 그의 확인서에서 위 건설회사가 청구인에게 쟁점건물의 건설용역을 제공하고 공사대금을 영수하였다는 청구인의 주장을 뒷받침하는 확인을 하고 있다.

라. 적용

이와같은 사실들과 관련법령 등을 모아 볼 때, 청구인이 쟁점건물의 신축공사에 관한 건설용역을 위 건설회사로부터 공급받은 것으로 봄이 타당할 것이며, 쟁점건물의 신축공사와 관련하여 청구인이 위 건설회사로부터 교부받은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당되지 않는다고 할 것이므로 처분청이 청구인의 쟁점매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 타당하지 아니한 것으로 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.