청구인은 부동산임대업을 영위하고자 1996.1.18. 일반과세자로 사업자등록을 한 후 1997.2.1. 경기도 하남시 OO동 OOOOO 대지 480.1㎡ 지상에 지하1층, 지상8층의 임대용건물 2,639.1㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 신축하였다.

처분청은 청구인이 신고한 1997년 제1기 부가가치세 과세표준 4,912,052원에 의거 환산한 1역년의 공급대가가 4,800만원에 미달한다 하여 청구인이 1998.1.1. 과세특례자로 유형이 전환된 것으로 보아 쟁점건물의 신축과 관련하여 공제받은 매입세액에 대하여 재고납부세액을 계산하여 1998.7.16. 청구인에게 1998년제1기 부가가치세 72,000,000원을 부과처분하였다.

청구인은 이에 불복하여 1997.9.14. 심사청구를 거쳐 1998.11.25. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구인 주장

청구인이 쟁점건물을 준공하고 임대를 개시하면서 들어오기 시작한 수입에 대하여 실제 임대용역이 개시된 날(1997.7.1.)을 기준일로 잡아 이 날이 속하는 1997년 제2기 과세기간을 최초의 과세기간으로 하여 이에 귀속되는 수입금액에 대하여 과세표준을 신고하였어야 할 것을 그 수령일이 속하는 1997년 제1기 과세기간을 최초의 과세기간으로 하여 이 기간에 속하는 선수임대보증금에 대하여 간주임대료 등을 계산하여 그대로 과세표준 신고를 하였던 것이므로 이 건 과세처분은 취소함이 마땅하다.

청구인은 비록 까다로운 세법규정에 어두워 98년 제1기 예정신고에 앞서 별도의 과세특례포기서를 제출하는 형식요건을 갖추지 못하였다 하더라도 일반과세자로 신고하였으므로 이는 곧 과세유형을 일반으로 계속 유지하겠다는 청구인의 의사표시에 대한 신고와 다름 없는 것이고 처분청에서 청구인의 이러한 신고를 그대로 받아 들인 것 또한 청구인의 의사를 그대로 인정한 것으로 볼 수 있으며 이때 제출한 과세표준신고서는 과세특례포기 신고서의 제출로 갈음하여도 무방하리라고 본다. 또한 부가가치세법상 관할 세무서장은 과세특례에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하는 과세기간 개시 20일전까지 그 사실을 통지하여야 하며 사업자등록증을 정정해 과세기간 개시일까지 교부하여야 함에도 불구하고 처분청은 이러한 통지나 사업자등록증 정정교부가 없었음에도 불구하고 청구인의 과세특례포기 신고서 미제출사실 하나만으로 이 건 과세한 처분은 재량의 한계를 벗어난 부당한 처분이다.

나. 국세청장 의견

청구인은 쟁점건물이 1997.7.1.부터 임대업에 이용되었으며 1997년 1기 부가가치세는 신고대상이 아닌 선수보증금에 대한 간주임대료를 착오로 신고한 것인데 처분청이 단순히 착오로 신고한 과세표준을 기준으로 환산한 1역년의 공급대가가 4,800만원에 미달한다 하여 과세특례자로 과세유형이 전환된 것으로 보고 쟁점건물에 대한 재고납부세액을 가산하여 부가가치세를 과세함은 부당하다고 주장하나, 청구인은 임차인과의 임대차계약에 따라 임대보증금에 대한 간주임대료 및 임대료(월세)에 대하여 부가가치세 신고납부한 사실이 확인되며, 본 건의 경우 부가가치세 신고(예정·확정)내용을 근거로 하여 환산한 1역년의 공급대가가 과세특례규정을 적용받는 4,800만원에 미달하므로 청구인은 관련법령에 의거 1998.1.1. 과세특례자로 과세유형이 전환된 것인 바, 일반과세자인 부동산 임대사업자가 부가가치세법시행령 제74조의 2 제1항의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자로 전환되는 경우에는 같은법시행령 제74조의4 제3항의 규정에 의한 재고납부세액을 계산하여 납부세액에 가산하는 것이므로(같은 뜻 : 국세청 예규 부가 46015-668, 1998.4.9.), 본건 부가가치세 경정결정 처분은 정당하다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 1998.1.1. 과세특례자로 유형이 전환된 것으로 보아 건물신축과 관련된 재고납부세액을 가산하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관계법령

부가가치세법 제25조 제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 개인사업자에 대하여는 제4장 내지 제6항의 규정에 불구하고 이 장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과징수한다. 다만 대통령령이 정하는 사업을 제외한다”고 규정하고 그 제2호에서 “직전 1역년의 공급대가가 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 ‘과세특례자’라 한다)”로 규정하고 있고 같은법시행령 제74조 제1항에서 개인사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 법 제25조 제1항 제2호의 규정에 의하여 이를 과세특례자로 한다”고 규정하면서 그 제1호에서 “대리·중개·주선·위탁매매 및 도급 이외의 경우에는 당해 공급대가의 합계액이 4,800만원에 미달하는 때”로 규정하고 있다.

같은법시행령 제74조2 제1항에서 “법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 법 제25조 제1항 제1호 또는 제74조 제1항 각호에서 규정하는 금액에 미달되거나 그 이상이 되는 해의 다음 해의 제2과세기간으로부터 그 다음 해의 1과세기간까지로 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하는 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고후 개시하는 과세기간부터 기산한다”고 규정하고 있고 그 제2항에서 “제1항의 경우에 사업자의 관할세무서장은 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간개시 20일 전까지 그 사실을 통지하여야 하며 사업자등록증을 정정하여 과세기간개시 전일까지 교부하여야 한다”고 규정하고 그 제3항에서 “간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 위 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 법 제25조의 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정을 적용한다”고 규정하고 있으며 제74조의4 제3항에서 “일반과세자가 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 경우에 당해 사업자는 재고납부세액을 납부세액에 가산하여 납부하여야 한다”고 규정하고 있다.

부가가치세법 제30조 제1항에서는 “간이과세자 또는 과세특례자가 일반사업자의 규정을 적용받고자 하는 경우에는 제25조제1항의 규정에 불구하고 제4장 내지 제6장의 규정을 적용받을 수 있다. 이 경우 그 적용을 받고자 하는 달의 전달 20일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다”고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

청구인이 일반사업자로 사업자등록을 하고 부동산임대업을 개시하고 1997년 제1기 부가가치세를 신고한데 대해 처분청은 1역년의 공급대가가 4,800만원에 미달한다 하여 과세특례자로 전환된 것으로 보아 재고납부세액을 추징하였는 바, 청구인은 1997년 제2기가 최초의 과세기간이고 또한 과세특례자로 전환되었다는 통지도 없이 과세특례자로 전환된 것으로 보아 과세한 것은 부당하다고 주장하고 있어 이에 대하여 본다.

(1) 청구인은 1996.1.18. 부동산임대업을 영위하는 것으로 하여 일반사업자로 사업자등록(OOOOOOOOOOOO, 개업일 1996.1.1.)을 하였으며, 쟁점건물이 1997.2.1. 준공되어 쟁점건물의 임대료에 대해 1997년 제1기 부가가치세 예정 및 확정신고를 한 사실이 처분청이 제시한 심리자료에 나타난다.

(2) 청구인이 신고한 1997년제1기분 부가가치세과세표준은 4,912,052원으로 이를 1역년으로 환산한 공급대가는 4,800만원에 미달하고 청구인이 일반사업자의 규정을 계속 적용받기 위한 과세특례포기신고를 하지 아니한 사실에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.

(3) 청구인은 쟁점건물의 임대용역이 개시되기 전에 임차인으로부터 받은 선수임대보증금등은 부가가치세 신고대상이 아님에도 불구하고 간주임대료를 계산하여 1997년 제1기분 부가가치세를 신고한 바 있으나 실제로는 1997.7.1.부터 임대를 개시하였다고 주장하면서 임대차계약서 및 임차인들의 확인서를 제시하고 있으나, 쟁점건물이 1997.2.1. 준공되었으며 청구인이 신고한 1997년 제1기 부가가치세 예정 및 확정신고시에 첨부된 부동산임대공급가액 명세서상의 쟁점건물 임차인들의 입주일을 보면 OOOOO이 1997.3.1., OO보험대리점이 1997.4.25., OOO가 1997.6.1. 입주한 것으로 확인되므로 1997.7.1.이후 임대를 개시하였다는 청구주장은 사실로 받아 들일 수 없다 할 것이다.

(4) 전시 부가가치세법에 의하면, 신규로 사업을 개시하는 개인사업자가 1역년의 공급대가의 합계액이 4,800만원이 미달하는 때에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고후 개시하는 과세기간부터 과세특례자로 한다고 규정하고 있는 바, 청구인은 1996.1.1.을 개업일로 하여 일반과세자로 사업자등록(부동산임대업)을 하였고 쟁점건물이 1997.2.1. 준공되었으며, 쟁점건물의 임차료에 대해 1997년 제1기 부가가치세예정 및 확정신고를 한 사실이 있으므로 실제 임대용역은 1997년 제1기에 개시되었다 할 것이고 1997년 제1기의 공급대가를 1역년의 공급대가로 환산한 금액이 4,800만원에 미달하므로 1997년 제1기(최초의 과세기간)에 대한 확정신고후(1997.7.25.)개시되는 과세기간인 1998년 제1기부터 과세특례의 적용을 받게 되는 것이므로 청구인은 1998년 제1기에 과세특례자로 전환된 것으로 인정된다.

(5) 또한 청구인은 처분청이 과세특례자로 전환되었다는 통지나 사업자등록을 정정하여 교부하지 아니하고 과세특례자로 전환된 것으로 보아 과세한 것은 부당하다는 주장이나, 전시 부가가치세법시행령 제74조의2 제2항에서 간이과세자 또는 과세특레자에 대한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간개시 20일전까지 그 사실을 통지하여야 하며 사업자등록증을 정정하여 과세기간개시 전일까지 교부하여야 한다고 규정하고 있으나 동 제3항에서 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 위 제2항의 통지에 관계없이 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정을 적용한다고 규정하고 있고, 부가가치세법상의 사업자등록은 과세관청으로 하여금 사업자의 인적사항, 사업개시일등 과세자료를 그 대장에 등재하여 이를 정확하게 파악하기 위한 것에 불과하고 과세특례자로 정정된 사업자등록증의 교부여하에 따라 과세특례규정의 적용여부가 좌우된다고 볼 수 없으므로 과세유형의 전환사실을 통지하지 아니하고 정정된 사업자등록증을 교부하지 아니한 채 동법 제25조를 적용하여 부가가치세 과세처분을 하였다 하여 이를 위법하다고할 수 없다할 것이다(대법원판례 94누 9160,1995.7.14., 선결정례 국심 97부1006,1997.9.1.같은 뜻임).

그리고 같은법시행령 제74조의4 제3항에서 일반과세자가 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 경우에 당해 사업자는 재고납부세액을 가산하여 납부하여야 한다고 규정하고 있으므로 처분청이 청구인에게 과세특례자로 전환된 사실을 통지하지 아니하고 청구인이 1998.1.1.부터 과세특례자로 전환된 것으로 보아 재고납부세액을 가산하여 부가가치세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

라. 결론

이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.