가. 청구법인은 1963.2.16. 설립등기한 비영리내국법인으로 1962.6.29. 증여를 원인으로 1963.6.25. 소유권이전 등기한 OOOO OOO OOO OOO OOO 답 2,190㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2008.9.22. 600,000,000원에 양도하고 쟁점토지의 장부가액을 0원으로 하여 「법인세법」 제55조의2 규정에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 당초 0원으로 신고한 장부가액을 「 법인세법」 제3조 제2항 제5호와「법인세법」 부칙(1998.12.28. 개정된 법률 제5581호 부칙 제8조 및 2005.12.31. 개정된 법률 제7838호 부칙 제21조, 이하 “쟁점부칙”이라 한다)의 규정에 따라 ‘장부가액과 1991.1.1. 현재 「상속세 및 증여세법」제60조 및 동법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액(이하 “상증법상평가액”이라 한다) 중 큰 금액’인273,750,000원(2,190㎡×125,000원)을 양도당시의 장부가액으로 하여 법인세를 환급해 달라는 취지로 2009.4.27. 2008사업연도 법인세에 대한 경정청구를 하였으나 처분청은 2009.7.10. 경정청구에 대한 거부처분을 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.8.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 쟁점토지를 출연(증여)으로 무상취득하여 취득가액을 장부에 기재하지 아니한 채 양도시점까지 재산관리만 해오다가 양도소득금액을 산정함에 있어 장부가액을 부득이 0원으로 하여 법인세를 자진납부하였는바, 비영리법인의 고정자산처분 차익에 대한 조세 법률의 연혁을 보면 1989.1.1. 이후부터 과세대상 및 납세의무범위에 포함되어 과세대상으로 전환됨에 따라 1989년 이전에 발생한 자산평가차익소득에 대해서는 과세대상소득에서 제외하기 위하여 1988.12.31.이전에 취득한 토지의 장부가액과 1989.1.1. 현재 상증법상평가액 중 큰 금액을 장부가액으로 계상하도록 한 것이 쟁점부칙의 법률적 개정취지이다.

따라서, 위 개정취지와 쟁점토지의 취득정황을 종합하여 쟁점토지에 대한 장부가액은 장부에 기재된 가액과 1991.1.1. 현재 상증법상평가액을 비교하여 큰 금액을 장부가액으로 하는 것이 납세자의 재산권 보호에 있어 보다 합목적성 있는 해석 및 집행이라고 하겠으므로 이 건 경정청구 거부처분은 부당하고, 위 부칙의 개정취지가 1990.12.31. 이전에 발생한 소득에 대하여 취득가액을 재산정하여 과세소득에서 제외하도록 한 것임에도 불구하고 이를 거부한 처분은 소급과세금지 원칙에도 벗어난 행정처분으로 부당하다.

나. 처분청 의견

「법인세법」제55조의2 제6항과 국세청의 질의회신(OOOOOOOO, OOOOOOOOO)에서 비사업용 토지의 양도와 관련하여 취득가액은 장부가액으로 결정하도록 규정하고 있어 경정청구를 거부한처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

비영리내국법인이 1990.12.31. 이전에 취득한 비사업용 토지를 양도하고 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 계산함에 있어 양도당시의 장부가액을 「법인세법」 부칙 제8조 제2항에서 규정한 장부가액과 1991.1.1. 현재 상증법상평가액 중 큰 금액을 적용할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 법인세법

제3조 (과세소득의 범위) ② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통 령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

제55조의2 (토지 등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

⑥ 토지 등 양도소득은 토지 등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 차감한 금액으로 한다.

제14조 (각 사업연도의 소득) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

(2)법인세법 시행령

제19조 (손비의 범위) 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액

(3)법인세법(1998.12.28. 법률 제5581호로 개정된 것) 부칙

제8조 (수익사업소득계산에 관한 특례) ②제3조 제2항 제5호의 개정규정을 적용함에 있어서 1988년 12월 31일 이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물을 포함한다)의 취득가액은 장부가액과 1989년 1월 1일 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조 및 동법 제61조제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있다. 다만, 1990년 12월 31일이전에 취득한 토지 및 건물로서 수익사업용이 아닌 것의 취득가액은 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조 및 동법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있다.

(4)법인세법(2005.12.31. 법률 제7838호로 개정된 것) 부칙

제1조 (시행일) 이 법은2006년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제26조 및 법률 제5581호 「법인세법」 개정법률 부칙 제8조 제2항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제98조의5의 개정규정은 2006년 7월 1일부터 시행하며,제55조의2의 개정규정은 2007년 1월 1일부터 시행한다.

제21조 (수익사업소득계산의 과세특례에 관한 적용례)법률 제5581호 「법인세법」 개정법률 부칙 제8조 제2항의 개정규정은이 법 시행일이 속하는 사업연도에 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구법인은 OOO, OOO, OOO의 수호 및 봉행과 충의선양 사업을 목적으로 설립된 비영리법인으로 1963.6.25. 출연으로 취득한 쟁점토지를 2008.9.22. 양도하고 쟁점토지의 장부가액을 0원으로 하여 각 사업연도에 대한 법인세 및 「법인세법」 제55조의2 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 신고·납부하였다가 2009.4.27.쟁점토지의 장부가액을 1991.1.1. 현재 상증법상평가액인 273,750,000원으로 하여 법인세를 환급해 달라는 취지로 경정청구를 하였다.

(2) 청구법인은 쟁점부칙의 법률적 개정취지가 비영리 내국법인의 고정자산의 처분수입에 대하여 1988.12.31. 이전까지 납세의무가 면제된 면제소득이었다가 1989.1.1. 이후 과세대상 및 납세의무범위에 포함되어 과세대상으로 전환됨에 따라 1989년 이전에 발생한 자산평가차익소득에 대하여 과세대상에서 제외하기 위하여 1988.12.31.이전에 취득한 토지의 장부가액과 1989.1.1. 현재 상증법상평가액 중 큰 금액을 장부가액으로 계상하도록 한 것이므로 비영리법인의 고정자산인 쟁점토지에 대하여도 쟁점부칙의 규정을 적용하는 것이 합목적성 있는 해석이므로 처분청의 경정청구 거부처분은 위법·부당하고 소급과세금지원칙에 위배된다고 주장하고 있다.

(3) 살피건대, 쟁점부칙 제8조 제2항의 규정은 「 법인세법」 제3조 제2항 제5호의 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 의한 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득을 계산하는 경우에 적용되는 것으로 규정하고 있고, 이 건은 「법인세법」 제55조의2의 규정에 따른 토지 등 양도소득에 대한 과세특례로서 양도소득에 대한 법인세 계산시에는 별도의 규정이 없어 적용할 수 없을 뿐만 아니라, 2001.12.31. 특별부가세를 폐지하면서 「법인세법」 제55조의2 규정을 신설하였는바, 동 규정은 ‘토지 등 양도소득에 대한 중과제도’를 신설한 것으로서 특별부가세는 폐지하되 투기재발 등 부동산시장변화에 탄력적으로 대처할 수 있도록 부동산 양도소득에 대해 추가 과세할 수 있는 근거를 마련한 것이므로 쟁점부칙의 취지에 따라 쟁점토지에 대한 장부가액은 장부에 기재된 가액과 1991.1.1. 현재 상증법상평가액 중 큰 금액을 비교하여 큰 금액으로 하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO, OO O)O

(4) 따라서, 「법인세법」 제55조의2 제6항에 따라 쟁점토지의 양도소득에 대한 법인세를 쟁점토지의 양도금액에서 청구법인이 신고한 양도당시의 장부가액(0원)을 차감하는 방법으로 산출하는 것이 타당하다고 판단되므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다 하겠다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.