가. 청구법인은 2009.7.13.부터 OOO에서 전자부품 제조업을 영위하고 있는 회사로, 2013년 제1기～2014년 제1기 과세기간 동안 유한회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)로부터 공급가액 OOO의 매입세금계산서를 수취하고, 2014년 제1기～2015년 제1기 과세기간 동안 유한회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)로부터 공급가액 OOO의 매입세금계산서(이하 청구법인이 OOO과 OOO로부터 수취한 위 세금계산서를 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 후, 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고·납부하였다.

나. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)이 OOO과 OOO(이하 두 거래처를 합하여 “쟁점거래처”라 한다)에 대한 부가가치세 세목별조사를 실시한 결과, 실사업자인 OOO이 쟁점거래처의 명의를 차용하여 청구법인에 도급(임가공)용역을 제공한 것을 확인한 후 쟁점거래처가 청구법인에 가공 매출세금계산서를 발급하였다고 보아 처분청에 과세자료를 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 2016.12.7.～2017.2.6. 청구법인에 대한 부가가치세 부분조사를 실시하여 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 달리 기재된 세금계산서로 보아 2017.3.6. 청구법인에게 부가가치세 OOO을 각 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.4.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 아래와 같은 이유로 이 건 부가가치세 과세처분이 부당하다고 주장한다.

(가) 먼저 청구법인과 쟁점거래처들의 거래과정을 보면, 청구법인은 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)의 delivery order가 있으면, 청구법인의 조립담당자가 쟁점거래처들의 직원에게 연락을 하여 납품량을 정한 후, OOO가 제시하는 작업표준서를 기준으로 3개의 컨베이어라인에 10～20개의 공정을 거쳐 작업을 진행하였다. 이와 같은 작업이 끝나면 쟁점거래처의 직원이 수기로 작성한 일일작업일보(실적)를 청구법인 조립담당자에게 제출하였고, 청구법인 담당자가 수불확인하여(전일재고+당일생산-출하량=당일재고) 내부 재고관리 운영시스템(erp)에 입력해서 최종마감하면, 쟁점거래처가 청구법인에게 세금계산서를 발급하여 다음 달 15일에 쟁점거래처들의 법인통장으로 입금하였다.

(나) 위와 같이 쟁점세금계산서 관련 실제 거래(도급계약)가 있었음은 처분청도 인정하고 있을 뿐 아니라, OOO이 청구법인과 대표자의 「조세범처벌법」 위반 혐의에 대하여 “쟁점거래처로부터 허위로 작성된 세금계산서를 발급받았다고 인정하기 어렵다”고 명시하며 불기소처분[혐의없음(증거불충분)]을 한 점, 청구법인은 위 거래 과정에서 OOO의 건강보험자격득실확인서과 OOO 명의의 통장 사본을 확인하여 쟁점거래처들에서 근무하고 있었다는 사실을 확인하였던 점, 쟁점거래처와의 각 계약서에 쟁점거래처의 법인명이 명기되어 있고 세아글로벌의 법인 등기부등본에 OOO이 이사로 기재되어 있다는 것을 확인하였던 점, 거래 당시 국세청 홈페이지에 접속하여 쟁점거래처들의 휴·폐업 사실을 확인하였고 OOO의 경우 사업자등록증까지 확인하였던 점 등에 비추어 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.

(2) 청구법인은 처분청의 답변에 대해 아래와 같이 항변하였다.

(가) 수급자(쟁점거래처)가 변경되었음에도 불구하고 인적물적설비가 유지될 수 있었던 것은 생산설비가 청구법인의 소유였고, 이를 쟁점거래처의 인력이 가동을 하였으며, 생산장비에 전문인력이 투입되어 인적물적설비가 동일한 것은 당연한 결과이고, 이 사실만으로는 쟁점거래처가 실사업자가 아님을 알 수 없었다.

(나) OOO에서의 진술(2015.4.14.)에서는 청구법인이 쟁점거래처가 사실과 다른 세금계산서를 발급한 사실을 알고 있었다고 진술하였지만 OOO에서의 진술(2016.2.19.)에서는 OOO의 조사공무원의 질문내용을 잘 이해하지 못하고 진술한 것이고, OOO 본인은 쟁점거래처의 대리인으로 계약에 임하였으며, 용역의 현장책임자 역할을 본인이 수행하였고, 쟁점거래처가 발행한 세금계산서가 사실과 다르다는 사실을 알지 못하였다고 진술한 사실이 있다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점거래처가 공개입찰에서 다른 업체에 비해 낮은 단가를 제시하였다면 동 업체가 정상 사업자인지 여부에 대하여 더 주의를 기울여야 할 필요성이 있음에도 OOO이 제출한 서류에 대한 형식적인 확인 외에 사업장을 방문한다거나 실제 대표자를 확인하지도 않는 등 기본적인 주의 의무를 다하지 아니하였던 점, OOO은 2015.4.14. OOO에서 청구법인도 쟁점거래처들이 허위세금계산서를 발급한 사실을 알고 있었고 쟁점거래처의 계약자 변경시에도 실제로 OOO의 근로직원이 동일하게 일하였다고 진술하였던 점 등에 비추어 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법률

(1) 부가가치세법

제32조[세금계산서 등] ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제39조[공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(괄호 생략)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점거래처의 대표자와 실행위자에 대한 내역은 아래 <표1>과 같고, 청구법인이 쟁점거래처와 거래하고 수취한 쟁점세금계산서 내역은 아래 <표2>와 같다.

(2) 조사청의 쟁점거래처에 대한 조세범칙조사 종결보고서(2015.8.17.)의 주요 내용과 처분청의 청구법인에 대한 부가가치세 종결보고서(2017년 2월)의 주요 내용은 아래와 같다.

(3) 청구법인이 제출한 심리자료는 아래와 같다.

(가) 청구법인과 대표자 OOO에 대한 불기소이유통지OOO

(나) 국민건강보험공단 이사장이 발급한 OOO의 건강보험자격득실 확인서OOO에 의하면 OOO은 쟁점거래처에서 2013.7.1.부터 2015.4.1.까지 근무한 것으로 나타나고, 그 후 2015.6.1.부터 주식회사 OOO에서 근무하고 있는 것으로 나타난다.

(다) 청구법인이 제출한 OOO의 등기사항전부증명서에 의하면 OOO이 OOO의 이사로 등재되어 있고, 쟁점거래처와 체결한 계약서(2014.3.1. 및 2013.5.1.) 2매에 의하면 쟁점거래처를 계약상대방으로 하고 있으며, 그 외 OOO의 주문서와 작업표준서 그리고 OOO과의 도급비 마감내역 샘플과 정산내역서 등을 제출하였다.

(4) 쟁점거래처 직원으로 OOO과 함께 청구법인에 용역을 제공하였던 OOO의 건강보험자격득실확인서에 의하면 OOO은 OOO에서 2013.7.1.～2014.3.1., OOO에서 2014.3.1.～2015.4.1. 근로를 제공하였고, 2016.7.18.부터 청구법인의 직원으로 채용된 사실이 나타나고, OOO과 함께 청구법인에 용역을 제공한 직원들의 소속이 쟁점거래처라는 청구법인 소명에 대해 처분청 이견은 없는 것으로 나타난다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 쟁점거래처의 직원들과 OOO이 청구법인에게 실제 용역을 제공하였다는 사실에 다툼이 없고, OOO이 쟁점거래처의 이사로 등재되어 있어 쟁점거래처를 방문한다거나 대표이사와의 면담을 통해 OOO과 쟁점거래처를 별개의 사업자로 인식할 수 있었을 것으로 기대하기 힘든 점, 청구법인은 청구법인의 물적설비를 이용하여 제품을 생산하는 용역을 쟁점거래처로부터 제공받은 것으로 청구법인의 거래상대방이 OOO에서 OOO로 변경되었음에도 종전과 동일한 용역을 제공받았다면 그 인적 구성이 변경되지 아니하였다 하여 이를 비정상적인 거래로 보기 어려운 점, 쟁점거래처는 대규모 자료상이 아니고, 청구법인 또한 쟁점세금계산서 외에 세금탈루 혐의가 확인되지 아니하였으며, 검찰 또한 여러 구체적인 근거를 토대로 청구법인과 대표자에 대해 불기소처분을 한 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점거래처로부터 수취한 쟁점세금계산서에 대해 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다하였다고 보는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.