가. 청구법인은 건설업을 영위하는 법인으로 1993.10.27 국민주택규모의 아파트 2개동 240세대(이하 “국민주택”이라 한다) 및 상가를 건축하기 위하여 서울특별시 노원구 OO동 OOOO외 4필지 임야 815㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 청구외 이OO으로부터 취득한 후 쟁점토지 등 21필지 지상에 국민주택 및 상가를 1993년 11월부터 1996년 10월까지 건설하는 내용의 주택건설사업계획(변경)을 노원구청장에게 신청하여 1994.2.4 이를 승인받은 다음 국민주택을 완공하고 1997.3.28 임시사용 승인을 받았다.

나. 처분청은 청구법인이 주택건설사업변경계획서상의 준공일인 1996년 10월까지 국민주택을 완공하지 못하였다 하여 쟁점토지의 양도자인 이OO이 감면받은 양도소득세 35,449,587원에 이자 상당액을 가산하여 2001.7.1 청구법인에게 1996사업연도 법인세 47,446,120원을 결정고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2001.9.29 이의신청을 거쳐 2002.3.2 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 국민주택을 1994.2.4자로 변경승인받은 주택건설사업계획서상의 준공일까지는 완공하지 못하였으나, 그 후 사업기간을 2001.10월까지로 연장하는 사업계획변경승인을 받았는 바, 연장된 사업계획서상의 준공일이 도래하기 전에 이 건 법인세를 추징한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점토지를 취득한 날로부터 3년이내에 국민주택을 완공하지 못하였으므로 이OO이 감면받은 양도소득세에 대한 추징사유가 발생하였으며, 기타 징수배제요건에도 해당되지 아니하므로 이 건 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 1994.2.4자로 변경승인받은 주택건설사업계획서상의 준공일까지 쟁점토지 지상에 국민주택을 건설하지 아니한 데 대하여 기 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세에 가산하여 징수한 처분이 정당한지 여부

나. 관련법령

(1) 조세감면규제법(1993.12.31 법률 제4666호로 개정되기 전의 것) 제62조【국민주택건설용지에 대한 양도소득세등 감면】① 내국인이 토지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)를 대통령령이 정하는 규모 이하의 주택(이하 “국민주택”이라 한다)의 건설용지로 다음 각호의 자에게 양도하는 경우에는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자(이하 이 조에서 “주택건설등록업자”라 한다)

② 주택건설등록업자 또는 사원용주택건설자가 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 토지에 국민주택 또는 사원용주택을 건설하지 아니하거나 대통령령이 정하는 사유가 발생한 때에는 제1항의 규정에 의하여 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 주택건설등록업자 또는 사원용주택건설자로부터 소득세 또는 법인세에 가산하여 징수한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 감면받은 세액을 제2항의 규정에 의하여 징수하는 경우에는 제40조의 6 제6항의 규정을 준용한다.

(2) 조세감면규제법 시행령(1993.12.31 대통령령 제14084호로 개정되기 전의 것) 제50조【국민주택건설용지에 대한 양도소득세등 감면】⑤ 법 제62조 제2항에서 규정하는 “대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 토지에 국민주택 또는 사원용 주택을 건설하지 아니하는 경우”라 함은 다음의 경우를 말한다. 다만, 토지수용·도시계획 기타 법령의 규정에 의하여 주택건설을 할 수 없는 경우를 제외한다.

1. 주택건설등록업자가 주택건설촉진법 시행령에 의한 아파트를 건설하는 경우에는 당해 토지의 매입일부터 3년 이내에 건설부장관의 사업계획승인을 얻지 아니하거나 건설부장관의 승인을 얻은 사업계획서상의 준공일까지 국민주택을 건설하지 아니하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1993.10.27 국민주택 및 상가를 건축하기 위하여 쟁점토지를 이OO으로부터 취득하였고, 이OO은 양도소득세 과세표준확정신고기한내에 청구법인의 세액감면신청서를 첨부하여 주소지 관할세무서장에게 양도소득세를 신고하여 양도소득세 35,449,587원을 감면받았으며, 쟁점토지는 토지수용·도시계획 기타 법령의 규정에 의하여 주택건설을 할 수 없는 토지에 해당하지 않는 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 청구법인은 쟁점토지 등 21필지 지상에 국민주택 및 상가를 1993년 11월부터 1995년 10월까지 건설하는 내용의 주택건설사업계획을 노원구청장에게 신청하여 1993.11.6 이를 승인받았다가 1994.2.4 그 사업기간을 1996년 10월로 연장하는 내용의 변경승인을 받은 다음 1997.3.28 부속상가를 제외한 국민주택을 완공하고 임시사용 승인을 받았다. 그 후 청구법인은 2000.2.24 사업기간을 2000년 10월로 연장하고, 다시 2000.11.9 사업기간을 2001.10월까지로 연장하는 내용의 각 사업계획변경승인을 받았음이 노원구청장의 주택건설사업계획 변경승인 통보 공문(도정 58531-2525, 2000.11.9) 등에 의하여 확인된다.

(3) 위 사실내용과 같이 청구법인은 국민주택을 완공하지 못한 채로 당초 승인 받은 사업변경계획서상의 준공일인 1996.10.30을 도과한 이상 1996.11.1에는 이미 이OO이 감면받은 양도소득세 및 그 이자 상당액을 법인세로 징수할 사유가 발생하였다 할 것이고, 그 후에 사후적으로 사업기간이 연장되었다 하더라도 위와 같이 발생한 법인세 징수 사유가 소멸된다고는 할 수 없으므로 쟁점토지의 양도인에게 기 감면해 준 양도소득세액에 상당하는 금액을 청구법인으로부터 법인세에 가산하여 징수한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.(국심 2000서93, 2000.7.4 같은 뜻임)

4. 결론

이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.