가. 청구법인은 주거용 건물 건설업을 영위하는 법인으로, 2015.8.10. OOO(청구법인의 대표이사인 OOO운영하는 개인업체로 지분율은 80%)과 청구법인(지분율 20%)이 공동 발주한 OOO(이하 “쟁점공사”라 한다)에 대한 도급계약을 수주하였고, 추가 공사계약을 통해 쟁점공사의 총공사도급금액은 OOO되었으며, 청구법인은 쟁점공사 중 OOO의 지분에 상당하는 도급액 OOO대하여 2015～2017사업연도 법인세 신고시 공사수입을 각 OOO으로 신고하였다.

나. 처분청은 2019.3.28.부터 2019.4.12.까지 청구법인에 대한 2017사업연도 법인세 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 2016사업연도 법인세 신고시 제출한 수입금액조정명세서상 ‘도급계약상 예정공사기간 대비 사업연도 중 공사일수’로 공사진행률을 계산한 사실을 확인하고, ‘작업일수’에 따른 작업진행률 계산방식을 인정하되, 공사일수와 공사수입 금액의 오류를 수정하는 등 ＜표1＞과 같이 공사수입을 재산정한 후, 2017사업연도 공사수입 OOO익금산입하여 2019.7.5. 2017사업연도 법인세 OOO경정․고지하였다.

＜표1＞ 청구법인의 신고내용 및 처분청의 경정내용

(단위 : 일, %, 백만원)

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.8.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 「법인세법 시행령」 제69조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제34조에 의거 작업진행률을 총공사예정비를 기준으로 합리적인 방법으로 계산하여 법인세를 신고하였으므로 이 건 법인세 부과처분은 취소되어야 한다.

(가) 청구법인은 영세한 주택건설업을 영위하는 소규모법인으로 「법인세법 시행령」 제69조 제1항 및 「법인세법 시행규칙」 제34조 제2항에 따라 작업진행률을 총공사예정비를 이용하여 계산하였고, 총공사예정비는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시 추정한 공사원가에 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가를 합산하여 산정하였으며, 이를 근거하여 쟁점공사에 대한 전체 공사이익 OOO을 각 사업연도에 적정하고 합리적으로 계상하였다.

(나) 그럼에도 불구하고 처분청은 청구법인이 2016사업연도 법인세 신고시 첨부한 수입금액조정명세서상 작업일수가 기재되어 있다는 이유를 들어 청구법인이 작업일수를 기준으로 작업진행률을 산정한 것으로 보아 2015․2017사업연도에는 과소, 2016사업연도에는 과다하게 공사수입을 계상한 것으로 보았고, 그 결과 공사이익이 매우 불균등하게 배분하였는바OOO이는 합리성이 없는 작업일수를 근거로 작업진행률을 계산한 위법·부당한 과세이다.

(2) 처분청이 2016사업연도의 공사수입을 감액경정하지 아니하여 이익을 침해받았고, 그에 따른 환급세액이 2017사업연도 법인세의 납부불성실가산세에 반영되지 아니하였다.

(가) 설령 상기 (1)과 같은 처분청의 처분이 정당하다고 하더라도, 처분청이 2016사업연도분을 확정해 주어야 전년도 이월결손금이 발생하는 것이고, 이를 이월하여 2017사업연도에 결손금을 공제하면 2017사업연도의 과세소득이 없어진다. 따라서 처분청이 증액된 2017사업연도에 대하여만 경정하여 이 건 처분을 하고, 익금을 과대산정한 2016사업연도에 대하여는 감액경정을 하지 않은 것은 「국세기본법」제55조에 따른 ‘필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해 받은 경우’에 해당한다.

(나) 또한 「국세기본법」 제47조의4 제6항에 의하면 “국세를 과세기간을 잘못 적용하여 신고납부한 경우에는 납부불성실가산세를 적용할 때 실제 신고납부한 금액의 범위에서 당초 신고 납부하였어야 할 과세기간에 국세를 자진납부한 것으로 본다”고 규정하고 있는바, 2017사업연도 법인세의 납부불성실가산세의 산정시 2016사업연도에 납부된 세액이 차감되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 처분청은 세무조사를 통해 청구법인이 작업진행률을 작업일수에 따라 산정한 사실을 확인하였고, 세무대리인의 진술과 쟁점공사의 공사비 지출방식 등을 고려하여 그 타당성을 인정하면서 계산상 오류만을 재계산하였으므로 이 건 처분은 타당하다.

(가) 청구법인이 법인세 신고시 제출한 수입금액조정명세서등에 의하면 2015사업연도에는 서원주택에 세금계산서 OOO백만원을 교부하였음에도 법인세 신고시에는 별도의 작업진행률을 계산하지 않았고, 2016사업연도에는 도급계약서상 공사일수와 일치하는 작업일수를 이용하여 작업진행률을 계산하였으며, 2017사업연도에는 쟁점공사가 완료되자 작업진행률(작업일수)에 의한 2016사업연도 공사수입 OOO백만원을 2017사업연도에서 차감한 사실이 확인된다.

(나) 청구법인은 세무조사 당시 “총공사예정비를 산정하지 않아 원가기준법에 따른 진행률을 계산할 수 없어 작업일수에 근거한 합리적인 방법으로 익금을 산정하였다”고 주장하였고, 이에 처분청은 중단 없이 평이하게 공사가 진행된 사실이 확인되어 공사비가 평균적으로 지출되었다는 주장이 타당성이 있다고 판단하였으며, 이에 따라 청구법인의 주장을 인정하되 작업진행률 산정시 ‘도급계약상 예정공사기간’이 아닌 ‘실제 공사기간’을 적용하는 등 청구법인이 신고오류를 수정하여 이 건 법인세 과세처분을 하였다. 청구법인이 이와 같이 작업진행률을 작업일수로 신고하였음에도 우연히 총공사예정비로 진행률을 계산하였을 경우와 그 금액이 일치하였을 뿐이라고 주장하는 것은 조세행정집행과 세무조사를 현저히 곤란하게 하는 것이다.

(다) 세무조사 당시 청구법인이 제출한 소명자료에는 총공사예정비를 산출하는 계산식이 확인되는데[총공사예정비 = 총도급금액 × (공사원가합계액/신고매출합계액)], 정상적인 진행률을 산정하기 위해서는 우선 총공사예정비를 산정하고 그에 당해 사업연도말까지 발생한 총공사비 누적액을 이용하여야 할 것이나, 청구법인은 총도급금액과 신고매출액을 역산하여 총공사예정비를 산출한 것이 확인되고, 청구법인이 세무조사 당시 제출한 총공사예정비와 이 건 심판청구시 제출한 총공사예정비 금액이 서로 상이하여 청구법인이 제출한 총공사예정비를 신뢰하기도 어렵다.

(라) 청구법인이 제출한 총공사예정비로 계산하면 2015사업연도 최초 공사도급계약 체결 당시 추정공사이익이 약 OOO백만원으로 산정되는데 추정공사이익이 당시 총공사도급액 OOO백만원의 28%에 달하게 되는 등 현실적이지 않은 이익률이 도출되어 사후적으로 총공사예정비를 역산한 사실이 확인된다.

(마) 청구법인은 세무조사 당시 제출하지 아니한 공사연도별 원가계산서 3매를 첨부하였는데, 공사원가서류는 도급계약서의 부속서류로서 공사비 증액의 근거로 작성되어 공사발주자에게 변경계약서와 함께 제시되는 서류인바, 제출한 형태와 같이 연도별로 작성될 수가 없고, 실제 계약관련 서류와 별개로 연도별 공사원가가 필요한 상황에서 사후에 작성되었음을 증명하는 것이며, 공사 관할구청에 방문하여 확인할 당시 도급계약서 등에 첨부된 자료는 없었다.

(2) 2016사업연도의 익금이 과대하게 계상되었다면 「국세기본법」제45조의2에 따른 경정청구를 제기하여야 할 대상이므로 이를 처분청이 감액경정하지 아니하였다고 하여 ‘필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 받은 경우’에 해당한다고 볼 수 없다.

(가) 청구법인은 세무조사에 의하여 결정을 하는 경우 증감이 있는 모든 사업연도를 결정하여야 한다고 주장하나, 세무조사는 조사대상 사업연도를 명시한 세무조사통지서에 국한된 범위 안에서 극히 제한적으로 행사되는 것이고, 특정 사업연도 세무조사로 확정된 국세가 다른 사업연도에 영향을 미쳐 증감이 있는 경우 세무조사에 의한 경정이 아니라 청구법인이 수정신고 또는 경정청구에 의해 권리를 구제받을 수 있다.

(나) 처분청이 실시한 세무조사의 조사대상기간은 2017사업연도로 2016사업연도는 포함되지 아니하였고, 2016사업연도의 익금이 과대하게 계상되었다면 청구법인이 「국세기본법」제45조의2에 따른 경정청구를 제기하여야 할 대상이지 처분청이 이를 직권으로 감액경정하지 아니하였다고 하여 이를 ‘필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 받은 경우’에 해당한다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인이 도급공사의 작업진행률을 작업일수를 기준으로 산정한 것으로 보아 작업일수와 공사수입의 오류를 수정하여 2017사업연도 법인세를 과세한 처분의 당부

② 처분청이 2016사업연도의 공사수입을 감액경정하지 아니하여 이익을 침해 받았고, 그에 따른 환급세액이 이 건 처분의 납부불성실가산세에 반영되지 아니하였다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 법인세법

제40조【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령

제69조【용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도】① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 “건설등”이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 “작업진행률”이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다.

1. 중소기업인 법인이 수행하는 계약기간이 1년 미만인 건설등의 경우

2. 기업회계기준에 따라 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 수익과 비용으로 계상한 경우

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.

1. 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우

2. 법 제51조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인으로서 국제회계기준을 적용하는 법인이 수행하는 예약매출의 경우

③ 제1항을 적용할 때 작업진행률에 의한 익금 또는 손금이 공사계약의 해약으로 인하여 확정된 금액과 차액이 발생된 경우에는 그 차액을 해약일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다.

(3) 법인세법 시행규칙

제34조【작업진행률의 계산등】① 영 제69조 제1항 본문에서 “건설등을 완료한 정도”란 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 말한다.

1. 건설의 경우 : 다음 산식을 적용하여 계산한 비율. 다만, 건설의 수익실현이 건설의 작업시간·작업일수 또는 기성공사의 면적이나 물량 등(이하 이 조에서 “작업시간등”이라 한다)과 비례관계가 있고, 전체 작업시간등에서 이미 투입되었거나 완성된 부분이 차지하는 비율을 객관적으로 산정할 수 있는 건설의 경우에는 그 비율로 할 수 있다.

작업진행률 = 당해사업연도말까지 발생한 총공사비누적액/총공사예정비

2. 제1호 외의 경우 : 제1호를 준용하여 계산한 비율

② 제1항에 따른 총공사예정비는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 한다.

③ 영 제69조 제1항 본문에 따라 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 금액의 계산은 다음 각 호의 산식에 의한다.

1. 익금

계약금액 × 작업진행률 - 직전 사업연도말까지 익금에 산입한 금액

2. 손금

당해사업연도에 발생한 총비용

④ 영 제69조 제2항 제1호에서 “기획재정부령으로 정하는 경우”란 법인이 비치·기장한 장부의 내용이 충분하지 아니하여 당해사업연도 종료일까지 실제로 소요된 총공사비누적액 또는 작업시간등을 확인할 수 없는 경우를 말한다.

(4) 국세기본법

제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

제47조의4【납부불성실ㆍ환급불성실가산세】① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. (단서 생략)

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

⑥ 국세(소득세, 법인세 및 부가가치세만 해당한다)를 과세기간을 잘못 적용하여 신고납부한 경우에는 제1항을 적용할 때 실제 신고납부한 날에 실제 신고납부한 금액의 범위에서 당초 신고납부하였어야 할 과세기간에 대한 국세를 자진납부한 것으로 본다. 다만, 해당 국세의 신고가 제47조의2에 따른 신고 중 부정행위로 무신고한 경우 또는 제47조의3에 따른 신고 중 부정행위로 과소신고ㆍ초과신고 한 경우에는 그러하지 아니하다.

제55조【불복】① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 쟁점공사에 대한 공사도급계약 내용은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 2015.8.10. 청구법인과 OOO도급인으로, 청구법인을 수급인으로 하여 쟁점공사에 대한 공사도급계약을 체결하였는데, 그 내용은 아래와 같다.

＜쟁점공사에 대한 최초 공사도급계약 내용＞

(나) 이후 위 수급인과 도급인은 4차례에 걸쳐 설계변경과 추가공사를 이유로 공사도급계약을 추가로 체결하였는데, 변동내용은 아래 ＜표2＞와 같고, 그에 따라 쟁점공사의 총공사금액은 OOO이 되었다.

＜표2＞ 공사도급내역의 변동내역

(단위 : 원)

(2) 쟁점공사에 대한 청구법인의 법인세 신고내용은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 쟁점공사의 공사수입 및 공사원가를 ＜표3＞과 같이 계상한 것으로 나타난다.

＜표3＞ 사업연도별 공사수입 및 공사원가 계상액

(단위 : 원)

(나) 청구법인의 작업진행률 신고내역

1) 청구법인은 OOO(세금)계산서 OOO백만원을 교부한 것으로 확인되나, 2015사업연도 법인세 신고서에 별도로 작업진행률 산정에 관련한 사항을 기재한 내용은 나타나지 않는다.

2) 2016사업연도 법인세 신고서에 첨부된 ‘수입금액조정명세서(「법인세법 시행규칙」별지 제16호 서식)’에는 작업진행률을 80.61%(⑩ 해당사업연도말 총공사비누적액(작업시간등) 495 / ⑪ 총공사예정비(작업시간 등) 614)로 계산하고 누적수입액 전체를 당기 공사수입액으로 계상한 것으로 기재되어 있다.

3) 2017사업연도 법인세 신고서에도 진행률 산정에 관련한 사항을 기재한 것은 보이지 않으나, ‘조정후수입금액명세서(「법인세법 시행규칙」별지 제17호 서식)’ 에 2016사업연도 인식한 공사수입 OOO수입금액에서 차감한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인이 제출한 자료에 나타는 내용은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 총공사도급액을 OOO(80%)과 청구법인(20%)의 지분율로 배분하여 OOO분에 대해 진행기준으로, 청구법인은 완성기준으로 수입금액을 계상하였다.

＜표4＞ 총공사도급액 배분내역(별지1 첨부)

(단위 : 원)

(나) 청구법인은 쟁점공사와 관련하여 2015～2017사업연도의 실제 소요되었다며 신고한 공사원가내역을 제출하였는데, 그 기재내역은 ＜표5＞와 같고, 공사원가에 대한 다툼은 없다.

＜표5＞ 사업연도별 공사원가내역

(단위 : 천원)

(다) 청구법인은 총공사예정비의 배분내역은 ＜표6＞과 같다며 총공사예정비의 세부내역을 제출하였고, 세부내역에 나타난 과목별 금액을 보면 ＜표7＞과 같다.

＜표6＞ 총공사예정비 배분내역(별지2 첨부)

(단위 : 원)

＜표7＞ 총공사예정비 과목별 금액

(단위 : 원)

(라) 청구법인은 ＜표8＞과 같이 처분청이 경정한 공사수입은 청구법인이 신고한 것에 비해 공사이익이 불균형으로 발생되어 손익귀속의 합리성이 없다고 주장한다.

＜표8＞ 사업연도별 공사수입 및 공사원가 계상액

(단위 : 천원)

(4) 처분청의 쟁점공사의 작업진행률에 대한 조사내용은 다음과 같다.

(가) 처분청은 청구법인이 2016사업연도 법인세 신고시 제출한 수입금액조정명세서상 ‘⑪ 총공사예정비(작업시간등)’란에 기재된 ‘614’는 공사도급계약서상 총공사일수(2015.8.25.∼2017.4.30.)인 614일과, ‘⑩ 해당사업연도말총공사비누적액(작업시간등)’란에 기재된 ‘495’는 ＜표9＞의 2016사업연도의 누적공사일수와 일치하므로 작업일수를 기준으로 작업진행률을 산정한 것으로 조사하였다.

＜표9＞ 처분청이 산정한 2015～2017사업연도의 작업일수

(나) 처분청의 세무조사 보충조서에는 공사진행율과 관련하여 세무조사 당시 청구법인 세무대리인의 진술 등이 아래와 같이 기재되어 있다.

＜처분청이 세무조사시 작성한 보충조서 중 일부＞

(다) 세무조사 당시 청구법인은 아래와 같은 ‘작업진행률 대비 매출액’이라는 문서를 제출하였고, 처분청은 해당 문서의 하단에 “총공사예정비 = 총도급금액 × (공사원가합계액/신고매출합계액)”이 기재되어 있어 이는 정상적인 진행률 산정 방식이 아니라 사후에 신고수입금액을 역산하여 총공사예정비를 산출한 것이라는 의견이다.

＜세무조사시 청구법인 제출자료＞

(라) 처분청은 청구법인이 제출한 총공사도급액 대비 총공사예정비를 검토해보면 2015년 계약 당시 추정공사이익이 OOO백만원으로 도급금액의 28%에 상당하는 비합리적인 금액이라는 의견이다.

＜표10＞ 예상공사수익(누적액)

(단위 : 천원)

(마) 처분청은 쟁점공사와 공사일정을 아래 ＜표11＞과 같이 제시하면서 작업진행률 산정시 ‘도급계약상 예정공사기간(2015.8.25.∼2017.4.30.)’이 아닌 ‘실제 공사기간’(착공일～사용승인일인 2015.8.11.～2017.4.27.)을 적용하여 진행률을 재산정하였다.

＜표11＞ 처분청이 제시한 실제 공사일수

(단위 : 백만원)

(바) 처분청은 이에 따라 재계산한 작업진행률로 연도별 공사수입을 재계산(2015사업연도에 진행기준으로 공사수입을 인식하지 않고, 2016사업연도에 누적진행률 전체에 대한 공사수익을 인식한 부분 재계산)하여 상기 ＜표1＞과 같이 수익금액을 재산정하였으나,

2017사업연도 법인세만 경정·고지하였고, 이 건 처분시 일반과소신고가산세 OOO및 납부불성실가산세 OOO가산하여 법인세를 부과하였다.

＜표12＞ 이 건 처분시 납부불성실가산세 부과내역

(단위 : %, 원)

(5) 2011.12.31. 개정된 「국세기본법」제47조의4(2011.12.31. 법률 제11124호로 개정된 것) 제6항에는 납부불성실가산세를 산정함에 있어 “국세를 과세기간을 잘못 적용하여 신고납부한 경우에는 실제 신고납부한 날에 실제 신고납부한 금액의 범위에서 당초 신고납부하였어야 할 과세기간에 대한 국세를 자진납부한 것으로 본다”라는 규정이 신설되었다.

기획재정부의 ‘2011 간추린 개정세법’에는 그 개정이유 등에 대하여 아래 ＜표12＞와 같이 기재되어 있다.