청구법인은 1998.1.1-1998.12.31 사업연도 법인세 신고시 고유목적사업준비금의 손금산입한도액을 69,147,301원으로 계산하여 법인세 환급세액을 26,064,890원으로 하여 신고하였다가, 1999.6.24 당초 법인세 신고시 고유목적사업준비금의 손금산입한도액을 잘못 계산하였다 하여 1998.1.1-1998.12.31 사업연도 법인세 37,694,310원을 환급하여야 한다는 경정청구를 하였다.

처분청은 1999.7.22. 청구법인의 경정청구에 대하여 환급을 거부한다고 이를 청구법인에 통지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1999.8.21 이의신청과 1999.11.12 심사청구를 거쳐 2000.8.5 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 이 건 관련 법인세 37,694,310원을 환급하여야 한다고 경정청구하였으나 국세청장은 당초 신고시에 발생된 환급세액(26,064,890원)을 경정청구와 관련하여 증가된 환급세액(11,629,420원)과 분리하여 심리함으로써 청구법인이 청구한 환급세액 전액을 환급하지 아니하고 증가된 환급세액 11,629,420원만을 환급하도록 결정하고 나머지는 각하결정한 것은 잘못된 결정이다.

불복청구의 기산일은 국세환급금으로 세무서장이 결정한 그 날로부터 기산하는 것이나 이 건의 경우 법인세 환급세액이 국세환급금으로 결정이 안된 상태에 있으므로 불복청구기한이 경과되어 각하결정한 국세청장의 심사결정은 잘못된 결정이다.

나. 처분청 의견

먼저, 환급되지 아니한 세액 26,064,890원을 환급할 수 있는 지에 대하여 살펴보면, 이 건 1998사업연도 법인세 과세표준 및 세액의 신고기한은 1999.3.31이고 법인세환급세액은 그 신고기한으로부터 30일내(1999.4.30)에 환급하여야 하는 것이며, 세무서장이 그 기한까지 환급하지 아니할 경우 납세자는 불복을 제기할 수 있는 날(1999.5.1)부터 90일 내에 불복을 제기하여야 하는 것인 바, 청구법인은 그 기한(1999.7.29)이 경과한 1999.8.21 불복(이의신청)을 제기하였으므로 국세기본법 제65조 제1항 제1호의 규정에 의하여 이 부분 청구에 대하여 각하로 결정한다.

다음으로, 1999.6.24 청구한 경정청구서상 11,629,420원을 환급하여야 하는 지에 대하여 살펴보면, 앞서 살펴 본 법인세법상 고유목적사업준비금 손금산입한도액을 산식으로 표시하면 아래와 같은 바,

○ 손금산입한도액 =이자소득금액+(수익사업에서 발생한 소득×50/100)

청구법인은 당초 1998사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고시 OOOOO OO회관 임대소득에 대하여 고유목적사업준비금 손금산입한도액을 아래와 같이 계산하여 손금에 산입하였음이 관계서류에 의해 확인되고,

○ 손금산입한도액 =(이자소득금액+수익사업에서 발생한 소득)×50/100)

. 69,147,301=(161,548,409+△23,253,808)×50/100

OOO회관 임대소득등에 대하여 당초 신고시 고유목적사업준비금 손금산입한도액을 착오로 과소계상하였다 하여 이를 아래와 같이 수정하여 1999.6.24. 경정청구하였음을 알 수 있다.

○ 손금산입한도액 =이자소득금액+(수익사업에서 발생한 소득×50/100)

. 149,921,505=161,548,409+(△22,253,808×50/100)

즉 청구법인이 당초 1998사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고시 고유목적사업준비금 손금산입한도액을 과소계상한 것은 단순히 계산상의 착오로 인한 것임을 알 수 있는 바, 법인세 과세표준 및 세액신고서에 기재된 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 환급세액에 미달하는 때에는 경정청구할 수 있는 것이므로 위 고유목적사업준비금 손금산입한도액 과소계상으로 인한 세액 11,629,420원은 환급함이 타당하다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

손금산입한도액 계산착오로 고유목적사업준비금을 과소계상한 후 그 한도액을 정정계산하여 환급세액을 경정청구한데 대하여 이를 환급할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관계법령

법인세법 제12조의 2 【고유목적사업준비금의 손금산입】 ① 비영리내국법인이 그 법인의 고유목적사업 또는 제18조 제1항의 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합산한 금액의 범위안에서 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. (1994.12.22 신설)

1. 소득세법 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 의한 이자소득금액 (1994. 12. 22 개정 : 소득세법 부칙)

2. ～ 3. (생략)

4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 대통령령이 정하는 율을 곱하여 산출한 금액 (이하생략)

법인세법시행령 제17조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 ① (생략)

② 법 제12조의 2 제1항 제4호에서 대통령령이 정하는 율 이라 함은 100분의 50을 말한다. (이하생략)

국세기본법 제45조의 2 【경정등의 청구】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다. (1994.12.22 신설)

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 (1994.12. 22 신설)

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때 (이하생략)

제51조 【국세환급금의 충당과 환급】 ① 세무서장은 납세의무자가 국세·가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액(세법에 의하여 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있는 때에는 공제한 후의 잔여액을 말한다)이 있는 때에는 즉시 그 오납액·초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. (이하생략)

제55조 【불 복】 ① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다. (이하생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 비영리내국법인으로 1998.1.1-1998.12.31 사업연도 법인세 신고시 고유목적사업준비금의 손금산입한도액을 69,147,301원으로 계산하여 법인세 26,064,890원을 환급하여야 한다고 신고한 후 1999.6.24 당초 법인세 신고시 고유목적사업준비금의 손금산입한도액을 잘못 계산하였다 하여 1998.1.1-1998.12.31 사업연도 법인세 37,694,310원(11,629,420원을 추가)을 환급하여야 한다는 경정청구를 하였고, 이에 대하여 처분청은 1999.7.22 청구법인의 경정청구에 대하여 환급을 거부한다고 통지하였다.

(2) 국세청장은 2000.5.12 심사결정시 당초 환급세액 26,064,890원에 대하여는 1998사업연도 법인세 과세표준 및 세액의 신고기한은 1999.3.31이고 법인세환급세액은 그 신고기한으로부터 30일내(1999.4.30)에 환급하여야 하는 것이며, 세무서장이 그 기한까지 환급하지 아니할 경우 납세자는 불복을 제기할 수 있는 것이나, 불복을 제기할 수 있는 날(1999.5.1)부터 90일 내에 제기하여야 하므로 그 기한(1999.7.29)이 경과한 1999.8.21 불복(이의신청)을 제기하였다 하여 각하결정하였고, 환급세액 37,694,310원중 추가분 11,629,420원에 대하여는 청구법인이 당초 고유목적사업준비금 계산을 잘못하였으므로 환급하여야 한다고 인용결정한 바 있어 고유목적사업준비금이 잘못 계상되어 환급세액이 37,694,310원이라는 데에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(3) 국세심판제도는 국세기본법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익을 침해 당한 자에 대하여 그 처분의 취소·변경이나 필요한 처분을 하도록 함으로써 위법·부당한 조세행정활동으로부터 납세자의 권익을 보호하는데 그 취지가 있으며, 더우기 국세기본법 제51조 및 제52조에서 납세의무자가 국세, 가산금, 체납처분비 등으로 납부한 금액중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급할 세액이 있는 때에는 즉시 과오납액, 초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 하고 환급가산금을 가산하여야 한다고 명시적으로 규정하고 있어 국세환급금(환급가산금 포함)의 결정 또는 거부처분을 본 안 심리 대상으로 하기로 결정한 바 있으며 (국심 99부1459, 2000.1.31), 국세기본법 제55조 제1항에서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 불복을 할 수 있고 필요한 처분을 받지 못한 경우라 함은 국세의 환급과 경정청구에 대한 결정 또는 경정을 명시적 또는 묵시적으로 거부하는 것(국세기본법 기본통칙 7-1-3...55)으로 규정하고 있어, 청구법인이 처분청의 경정거부 통지일(1999.7.22.)로부터 90일이내에 불복(1999.8.21. 이의신청제기)을 제기하였음은 적법하므로 청구법인이 경정청구한 환급세액 37,694,310원을 당초 신고시에 발생된 환급세액(26,064,890원)과 경정청구와 관련하여 고유목적사업준비금의 계산착오로 증가된 환급세액(11,629,420원)을 분리·심리하여 당초 신고시에 발생된 환급세액(26,064,890원)에 대하여는 각하하고 증가된 환급세액 11,629,420원만을 환급하도록 결정한 처분은 적법하지 아니하다 할 것이다.

라. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.