1. <별지2> 목록기재 실제거래분(공급가액 OOO원) 상당액의 매입세금계산서를 정상 수취한 것으로 하고, 원천징수된 OOO원은 2010년 귀속 소득금액변동통지금액에서 제외하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액 및 소득금액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

가.OOO(이하 “조사청”이라 한다)은 2012.4.9.～2012.10.17. 기간 중 청구법인[1993.10.5. 개업하여 건설업(OOO)을 영위하는 법인사업자]에 대한 법인통합조사를 실시하여, 청구법인이 2008년 제1기부터 2011년 제2기 부가가치세 과세기간 중 OOO 외 33개 업체 명의로 공급가액 OOO원의 가공세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하였고, 이외 가공용역비OOO원 및 부외인건비 OOO원을 각 계상·미계상한 것으로조사하여 처분청에 과세자료 통보하고, 청구법인과 대표이사 OOO를「조세범처벌법」등 위반으로 고발하였다.

나. 처분청은 쟁점세금계산서상 매입세액을 불공제하고 동 공급가액 및 가공용역비OOO를 손금불산입하며 부외인건비OOO를 손금산입하고, 2012.11.15. 청구법인에게법인세 2008사업연도분～2011사업연도분 OOO원, 부가가치세 2008년 제1기분～2011년 제2기분 OOO원을 경정·고지하고, 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 2008년 귀속～2011년 귀속 OOO원의 소득금액변동통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.2.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

조사청에서 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 고발하였으나,이에 대해 OOO은 고발액 OOO원 중 허위매입분을OOO원(범죄일람표1 + 2)으로 확정하였고, 2008년 1기분 허위매입분 OOO원은 공소시효 경과로 검찰이 불기소처리하여 결과적으로 허위매입으로 확인된 금액은 합계 OOO원이며, 조세심판원은청구법인의관계사로서 거래형태나 사건의 진행상황이 거의 유사한 OOO의심판청구사건에 대하여 인용결정(조심 2013중1275,2014.3.12.)하면서도OOO 판결(OOO판결)을그대로 인정한 바 있다.

OOO 판례(1992.9.22. OOO 판결)에 의하면 과세요건에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있고 조사청은 OOO원(인건비,부가가치세 포함)을 익금산입하였음에도, 수표추적을 통해 확인한 금융증빙으로 OOO원(수표 미추심액은 조심 OOO사건에서도거래처 미추심이므로 정상적으로 결제된 것으로 판단함)만을 제시하였을 뿐 그 외에 구체적인 증거로 인정될 만한 것이 없는바, OOO수사 및 그에 따른 OOO 판결의 골자는 거래처확인조사가 전혀 없었고 금융증빙이 부족하며, 기타의 증거는증거능력이 없는 것으로 보아 일부만 가공으로 본 것이며, 형사사건의 주체는국가기관이므로검찰의 수사결과는 상당한 정도의 기속력이 인정되어야 하고, 사법부의확정판결시 처분청이 주장하는 부분이 이미 반영된 것으로 보이므로 이러한 사실을 뒤집을 만한 새로운 결정적인 사실이 발견되지 않는 한 사법부의 결정은 존중되어야 할 것이다.

총익금산입액 OOO원(인건비, 부가가치세 포함)에서 실제거래분으로 확정된 OOO원(부가가치세 포함)을 차감하면 허위로익금산입한 금액은 OOO원으로서 오히려 조사청의 금융증빙이OOO원 부족한 상황이며, 조사청은 청구법인의 거래처에 대한 확인조사를 단 1곳도 실시하지 아니하였고, 단순히 청구법인의 필요에 의해관리된 엑셀 파일에 대해 탈루 여부에 대한 진술도 받지 아니하였으며, 청구외 OOO(이하 “OOO”)의 통장 사본은 결제내역을 확인하기 위해 참고한 것임에도 통장 자체를 청구법인이 관리한것처럼 사실관계를 왜곡하여 주장하고 있으며, 2012.10.17. 청구법인 대표자 OOO에 대한 진술에서조차 탈루사실에 대해 구체적으로 확인받은 내용이 단 1건도 없는 등 조사청의 가공거래에 대한 입증이 충분하지 아니하다.

그에 따른 과다적출의 결과 2008년∼2011년 건설/내화공사의 국세청 소득률 OOO임에도 청구법인에 대한 적출소득률은 OOO로서 이 보다 OOO배나 높게 나타나게 되었다.

나. 처분청 의견

가공거래에 대한 입증책임을 모두 과세관청에서 하여야 한다고 주장하나, 조세심판원과 대법원에서는 과세관청에서 상당한 정도의 가공거래를 입증한 경우 실제 거래라는 입증은 납세자가 하여야 한다는 입장을 보이고 있는바,

조사청은 청구법인이 4년 이상 동안 엑셀전산파일을 통하여 실제거래와 가공거래를 구분하여 관리한 장부(현장별 세금계산서)와 그것을집계한 장부(정산서), 또한 가공매입거래와 노무비 등을 합하여 관리한 장부(총괄정산서)를 확보하여 청구법인에게 소명을 요청하였으나 6개월 조사기간 중 단 한 번도 가공거래장부의 작성경위와 실제거래, 가공거래에 대하여 소명하지 않았다.

이에 따라 위 원시장부에 대한 보강조사를 위하여 금융거래 현장확인을 실시한 바, 총 OOO원이 청구법인의 대표자 등에게 반환되었으며, 이 중 OOO원은 2년 이상이 지나도록 수표가 미교환 상태로 남아있는 등 일반적 상거래와 다른 비정상적인 금융거래형태가 발견되었으며, 이러한 금융확인 보강조사 등을 통하여 청구인이 작성 보관하고 있는 가공거래 원시장부가 구체적이고 객관적이며 신빙성 있는 원시 증빙자료라고 판단하여 과세한 것이다.

한편, 이 건 심판청구와 관련하여 검찰수사에서는 금융거래현장확인내용 중 수표가 출금된 후 명확하게 납세자에게 반환된 금액만을 가공거래로 보고 기소하였고, 검찰 수사내용을 확인한 결과, 어디에도 실제거래와 가공거래의 명확한 구분기준이 존재하지 않고, 단지,납세자가 본인에게 유리한 부분에 대하여 자백한 부분에 한하여 기소한것으로 보이는바,

수사기록상 경찰과 검찰도 거래처에 대해 구체적인 확인조사를 하지아니하고 청구법인이 정해진 양식의 사실확인서를 만들어 거래처에서도장만 받아 제출한 것으로 확인될 뿐이며, 이는 담당 검사OOO도 심문조서 작성 중 거래처가 제출한 확인서와 입금증은사후에작성이 가능하여 객관적인 서류로 볼 수 없다는 취지의 질문을한 사실에서도 알 수 있고, 이외 검찰수사 중 가공거래와 실제거래를구분하는기준이 무엇이냐는 질문에 OOO는 가공거래의 경우 세금계산서에 연필로 메모를 해놓았다고 진술하였으나 조사청이 예치·보관하고 있는 세금계산서 원본을 확인한 바 매입세금계산서상 연필로 메모한 내역은 없었다.

이러한 사실을 종합하여 볼 때, 조사청은 상당한 정도로 가공매입거래를 입증하였으며, 청구법인이 제출한 검찰수사기록은 상당부분 오류가 있고, 청구법인과 동일하게 가공거래를 관리하였고 조사청에서 동시에 조사하였음에도 입증책임을 모두 처분청에게 돌린 OOO의 심판청구OOO 결정은 이 건에 적용할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서 전부를 가공세금계산서로 보아 한 부과처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제17조 (납부세액) ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 부가가치세법 시행령 제60조 (매입세액의 범위) ② 법 제17조 제2항 제1호의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우에는 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오고 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

(3) 법인세법

제19조 (손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제67조 (소득처분)제60조의 규정에 의하여 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

(4) 법인세법 시행령 제106조 (소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것.

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

(5) 형사소송법 제307조 (증거재판주의) ① 사실의 인정은 증거에 의하여야 한다.

② 범죄사실의 인정은 합리적인 의심이 없는 정도의 증명에 이르러야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인에 대한 조사복명서, 관련한 전산자료, 청구법인 대표이사에 대한 심문조서, 이 건 심판청구에 대한 답변서 등 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 조사청에서 청구법인의 전산자료(청구법인 경리이사의 검퓨터에서 삭제된 파일을 복구한 것 중 ‘현장별 세금계산서 내역’)를 확인한 결과, 청구법인은 동일한 매입처임에도 문서 상단에 입력한 부분과 하단에 입력한 부분(음영처리)이 있는 등 공사현장별로 세금계산서 발행내역을 2부분으로 나누어 관리하고 있었으며,

상단에 기재된 매입처는 직접 대금을 이체하고 있었으나, 하단에 기재된 매입처는 그 대금을 청구법인 현장직원 OOO 외 2인의 계좌로 이체하였고, 수수료 등을 기재한 것으로 보이는 별도 부속화일(위 “현장별 세금계산서 내역” 파일에 부속된 파일로서 하단 기재 업체별로 공급가액, 부가가치세 기재란 외에 OOO 등의 비율이 기재된 비고란이 작성되어 있었음) 및 정산서(“**월**분 내역”이라는 파일에 청구법인의 현장직원들에게 송금한 내역이 월별로 집계되어 있음)에 의하여 관리되었다.

(나) 금융조사결과,청구법인에서 현장직원에게 송금한OOO원, 주 매입처OOO에 이체한OOO원, 직접 수표출금(OOO 외주비)한OOO원등수표출금 총액 합계 OOO원 중 대표이사 OOO 등에게이체된 OOO원, 청구법인 차명계좌 입금 OOO원 반환된 것으로 조사하였으며, 현금결제로 처리된 부분은 금융조사를 하지 않았으나, 가공매입거래업체와 동일하게 관리된 업체들이고, 청구법인이 실지거래를입증하지 못한다는 이유로 가공거래로 판단하였다.

<표1>금융거래내역에 대한 조사결과

(다) 청구법인의 대표이사 OOO는 2012.10.17. ‘현장별 세금계산서 내역’ 등에 대하여 구체적인 내용은 모르나 업무편의상 작성한 것이며, 매입대금은 계좌이체와 현장소장에 의한 수표 또는 현금 지급 중 현장소장이 요청하는 대로 지급한 것이고, 현장대금의 집행이 현장소장을 통해서 이루어지기 때문에 직원들에게 OOO원을 송금하였으며, 본인 등의 계좌로 입금된 금액은 증빙수취 불가능 금액 지급, 회사운영자금이나 시설투자 등을 위해 사용한 것인바, 쟁점세금계산서 중 일부는 이러한 증빙수취가 불가능한 비용 때문에 수취한 가공세금계산서라는 취지의 진술을 하였으며,

청구법인은 이 건 조사기간 중에도 내화재를 시공하는 소규모 전문건설업체의 특성상 필요인력을 현지에서 당일 조달하고 공사를 하고 있는 상황이어서, 인력조달 및 거래관행상 노무자의 요구대로 대금을 지급할 경우 정당한 증빙의 징취가 거의 불가능하여 부득이 철근, 콘크리트업체의 계산서로 대체하여 신고하였다는 취지의 소명서를 제출하였다.

(라) 조사청은 이러한 조사내용에 근거하여 2012.11.21. 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 청구법인과 그 대표이사 OOO를「조세범처벌법」등 위반으로 수서경찰서에 고발하였다.

(2) 쟁점세금계산서 중 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서만이 가공세금계산서임을 주장하면서 청구법인이 제출한 OOO의 수사기록OOO, 관련 판결서(OOO 2013.9.12. OOO 조세범처벌법위반) 등에 의하면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 조사청의 2012.11.21. 고발에 따라 OOO에서 공급가액 OOO원 상당의 세금계산서와 관련하여 2013.7.5. 공소를 제기하였고, OOO은 동 기소내용과 같은 취지의 유죄판결을 하였고, 이에 대한 피고(청구법인 및 그 대표이사)의 항소가 2013.11.29. 기각되어 확정되었다.

(나) 검찰수사기록 중 조사청 조사내용 이외 주요 사항은 다음과 같다.

1) 2012년 2월 OOO의 피의자신문시 청구법인 전무 OOO 및 대표이사 OOO는 쟁점세금계산서 중 가공금액은 OOO원이며, 나머지 OOO원은 정상거래금액이라는 취지의 진술을 하였다.

2) 청구법인의 현장직원 OOO 외 2인은 현장에서 필요한 현지 인력채용 및 부자재 매입을 본인들이 주관하였으며, 그 비용은 본사로부터 본인들의 은행계좌 또는 현금으로 지급받아 업체에 지급하였으며, 이 과정에서 하도급업체의 매입세금계산서 교부시 본사에서 일괄하여 노임에 해당하는 금액을 현금으로 돌려받고, 본사로부터 다시 통장입금 또는 현금으로 인출받아 각 업체에 해당하는 노임만큼 지급하였다는 취지의 확인서를 제출하였다.

3) 이외, 청구법인 발주공사에 참여하고 대금은 현금 또는 계좌이체로 지불받았다는 취지의 다수 거래업체의 확인서, 입금표, 세금계산서 등이 제출되었다.

4) OOO(검사 OOO)의 피의자신문시, OOO는 쟁점세금계산서 중 OOO원만이 가공세금계산서라고 주장하면서, 그 수취경위에 대하여 다음과 같이 진술하였다.

가) 청구법인의 공사는 현장별로 이루어지고 현장소장은 원자재를 제외한 나머지에 대한 권한을 가진 사실상의 개인사업자(각자의 이름으로 개설된 입출금 계좌가 있었음)로서 공정을 진행하고, 나중에 청구법인에 매입세금계산서를 보내면, 해당 소요비용을 지급한 것이며,

나) 이와 같이 각 현장별로 세금계산서가 발행되어서 ‘현장별 세금계산서 내역’을 작성하였으며, 월말마다 세금계산서를 정산하여 ‘월별 정산서’를 작성한 것이고, ‘현장별 세금계산서 내역’에서 동일한 매입업체에 대한 매입내역을 문서 상단과 하단으로 나눈 것은 실무자(경리팀 OOO, 전무이사 OOO)가 총괄하여 알아서 처리한 일이며 같은 차원에서 매입업체 명단을 관리하기도 하였고,

다) 동일한 매입업체임에도 직접 계좌이체하는 경우와 현장직원에게 송금하는 경우가 있는데, 송금하는 경우는 인센티브를 주거나 소소한 비용 등을 직접 송금하는 경우 등이나 세금문제 때문에 그렇게 한 것이며 현장소장 계좌로 입금한 금액 중 본인 등에게 재입금된 금액은 결과적으로 회사를 위하여 사용한 것이다.

5) OOO의 수사보고서(매입세금계산서 유형별 분류, 2013.6.28.)에는, 청구법인이 쟁점세금계산서 중 전체 가공세금계산서가 OOO0원, 일부 가공세금계산서가 OOO원 상당이어서 쟁점세금계산서 가공금액이 OOO원이라는 취지의 업체별 매출내역을 제출한 사실이 기재되어 있는바, OOO은 위 가공세금계산서 합계액OOO원 중 공소시효가 경과한 2008년 제1기분 OOO원을 제외한 나머지OOO원과 관련하여 청구법인과 그 대표자에 대하여 공소를 제기하였으며, 쟁점세금계산서 중 실제거래분과 허위거래분을 구분하면 <별지2>와 같다.

(다) OOO도 청구법인이2008.7.31.～2010.10.31. 중공급가액 합계 OOO원 상당 전액이 가공인 세금계산서[범죄일람표1] 및2008.7.31.～2011.1.18. 중 그 공급가액 중합계 OOO원이 가공인 가공세금계산서[범죄일람표2]를 수취하고 관련 법인세를 포탈한 사실(검찰의 기속내용)에 근거하여 청구법인 대표이사 OOO를 징역 8개월(집행유예 2년), 청구법인을 벌금 OOO원에 각 처하는 판결을 하였다.

(3) 청구법인이 제출한 위 증빙에 대하여 조사청은 청구법인에 대한 검찰 수사기록에 대한 검토내용, 청구법인의 2010년 제1기 세금계산서 원본, 확인서 작성자와의 대화녹취록 등을 제출하면서, 과세관청은 청구법인의 전산자료 및 관련 금융조사 등에 의하여 쟁점세금계산서가 가공세금계산서임을 충분히 입증하였으나, 수사과정에서는 명확한 구분없이 사실상 청구법인의 허위진술(가공세금계산서는 세금계산서에 연필로 메모하였다는 진술 등)이나 유리한 부분에 대한 자백 및 청구법인의 요청에 따라 거래업체가 일괄적으로 작성·제출한 확인서 등에 따라 가공세금계산서와 정상세금계산서를 구분하여 기소를 하였고, OOO은 동 기소내용에 따라 판결한바, 이러한 형사절차의 결과를 이 건 심판청구에 적용할 수 없다는 의견이다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점세금계산서 전부를 가공세금계산서로 조사하여 이 건 부과처분을 하였으나,

청구법인의 대표이사 등은 조사청의 조사시부터 원거리에 소재하는 다수 공사장에서 소장의 책임 하에 인력 등을 모집하여 공사를 진행하는 업종의 특성상 사업장별로 세금계산서 등을 관리하였고, 이 과정에서 증빙 수취 등의 문제로 부득이 일부 가공세금계산서를 받은 것을 인정하는 취지의 진술을 하였고, 그럼에도 불구하고 조사청은 사업장별로 관리된 청구법인의 전산자료 등을 이유로 하여 쟁점세금계산서 전부를 가공세금계산서로 보아 고발하였으나 약 6개월에 걸쳐 이루어진 이 건 세무조사 중 쟁점세금계산서를 발행한 거래처로부터 가공거래를 시인하는 내용의 확인을 받는 등 쟁점세금계산서 전부가 실물거래 없이 발행되었음을 확신하기에 충분한 정도의 입증이 없거나 부족한 것으로 보이며, 조사청의 고발 이후 약 7개월여에 걸친 수사와 이후 진행된 형사소송에서도 청구법인의 주장과 같이 쟁점세금계산서 중 OOO원 상당의 세금계산서만이 가공세금계산서로 확정되었으며, 동 형사절차 이후 진행된 이 건 심리과정을 통해서도 처분청에서 형사절차에서 인정된 사실관계를 배척할 만한 증거를 달리 제출한 것으로 인정하기 어려운바, 사정이 이와 같다면 쟁점세금계산서 중 공급가액 OOO원 상당은 가공세금계산서로 봄이 타당하나, 나머지 공급가액 OOO원은 실지 거래에 따른 정당한 세금계산서로 보아야 할 것이다.

(5) 한편, 처분청은 대표자상여 소득처분에 따른 2010년 귀속 소득금액변동통지금액을 계산함에 있어서 용역비 OOO원 전액을 상여처분하였으나, 그 중 OOO원은 원천징수납부되었으므로 상여로 소득처분할 수 없다는 취지의 답변서를 제출하였으므로, OOO원은 소득금액변동통지금액에서 차감하여야 할 것이다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지1> 부과처분 명세

<별지2> 쟁점세금계산서 중 허위거래분 및 실제거래분 내역