처분청은 청구인이 1996.6.5. ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지 토지 14,267㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득한데 대하여 1996.7.11. 구 ㅇㅇ도 도세감면조례(1997.12.30. 조례 제2677호로 개정되기 전의 것, 이하 “구도세감면조례”라 한다) 제18조제1항의 규정에 의하여 취득세 등을 면제하였으나, 청구인이 이건 토지를 취득한 날로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 동조제2항의 규정에 의한 추징대상으로 보아 이건 토지의 과세 표준액(494,182,000원)에 지방세법 제112조제1항 및 제138조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 11,860,360원, 농어촌특별세 1,087,190원, 등록세 17,790,550원, 교육세 3,261,590원, 합계 33,999,690원(가산세 포함)을 1998.12.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 이건 토지는 산업단지내 공장용 토지이므로 취득세 등 면제 대상이며, 지방세법 제276조제1항 단서의 규정에 의한 공사 착공 유예기간(3년)이내에 착공하였으므로 면제한 취득세 등의 추징대상에 해당되지 아니하는데도 처분청은 구 도세감면조례 제18조제2항의 규정을 적용하여 이건 토지 취득일로부터 1년 이내에 공장용에 사용하지 아니하였다 하여 이건 취득세 등을 추징한 처분은 위법 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 처분청이 과세 면제한 취득세 등을 추징하면서 법규적용을 적법하게 하였는지 여부에 관한 다툼이라 하겠다.

먼저, 관계규정을 살펴보면, 지방세법 제276조제1항에서 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지 안에서 공장용 건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 규정하고, 그 단서에서 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있으며, 산업입지및개발에관한법률 제2조제5호에서 이 법에서 산업단지라 함은 국가산업단지, 지방산업단지 및 농공단지라고 규정하고 있어, 농공단지는 산업단지에 포함됨을 알 수 있다.

그리고 구 도세감면조례 제18조제1항제1호 및 제2항제3호에서는 산업입지및개발에관한법률제8조의 규정에 의하여 지정된 농공단지 안에서 농외소득원 개발사업을 영위하기 위하여 토지·시설 등을 최초로 분양 받은 자는 취득세와 등록세를 면제하지만, 공장용 부동산을 취득한 후 정당한 사유 없이 취득한 날부터 1년 이내에 지정한 공장용에 사용하지 아니한 때에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다.

다음으로, 청구인의 경우를 보면, 청구인이 취득한 이건 토지는 처분청이 조성한 “농공단지내 공장용지”로서 처분청이 1996.6.5. 청구인에게 분양한 토지임이 분명하므로, 이건 토지에 대한 유예기간을 적용함에 있어서는 지방세법 제276조 제1항단서에서 규정하고 있는 3년으로 적용할 것인지 구 도세감면조례 제18제1항및제2항제3호에서 규정하고 있는 1년으로 적용할 것인지에 관한 문제가 제기될 수 있으나 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 농공단지라 하더라도 지방세법 제276조제1항에서 규정한 산업단지에 해당됨이 분명한 이상 유예기간은 3년으로 적용하는 것이 마땅하다 하겠다.

따라서 이건 토지에 대한 유예기간(3년)이 경과하기 전인 1998.12.10.(취득일로부터 2년 6개월경과)에 유예기간이 1년이 경과하였다는 사유로 추징한 이건 처분은 위법한 처분에 해당된다 하겠으므로 이건 부과 처분을 취소한 후 유예기간 3년이 경과하는(1999.6.5.) 현재 이건 토지가 청구인의 고유업무에 직접 사용되는지, 사용되지 않는다면 정당한 사유가 있는지 여부를 검토하여 추징여부를 다시 판단하여야 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 있으므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1999. 7. 28.

행 정 자 치 부 장 관