가. 청구법인은 OOOOOO OOO OO OO OOOOO OOOOO OOOOOOOO(OO OOOOOO OO)가 100% 출자한 외국인 투자법인이며, OOO는 OOO OO OO OOOOOOOO OOOOOOOOOOO(OO OOOOOOOO OO)이 100% 출자한 외국법인이다. 청구법인은 주주인 OOOOO 법인 OOO에게 2006.11.30. 배당금 210억원(이하 “쟁점1배당소득”이라 한다)을, 2009.3.19. 배당금 142억원(이하 “쟁점2배당소득”이라 한다)을 각각 지급하였고, 2006.12.11. 쟁점1배당소득에 대하여 「법인세법」제98조의5(외국법인에 대한 원천징수절차 특례)의 원천징수세율 25%를 적용하여 5,250백만원을 원천징수·납부하였다.

나. 청구법인의 주주인 OOO는 2007.8.16. 처분청에 「한·OOOOO 조세조약」 제10조 제2항 가목에서 정한 제한세율 10%를 적용받고자 「법인세법」제98조의5 제2항에 의거 “원천징수특례 적용을 위한 경정청구”를 제기하였으며, 처분청은 2008.1.14. OOO가 쟁점1배당소득의 실질적 귀속자가 아니라는 이유로 경정청구를 거부하였다.

다. 이에 대하여 OOO의 주주인 OOOOOO OOOOOOOOOO OOO에 다시 쟁점1배당소득에 대하여「한·일 조세조약」제10조 제2항 가목의 제한세율 5%를 적용받고자 경정청구를 제기하고, 처분청은2009.3.19. 기납부한 세액 5,250백만원에서 제한세율 5%를 적용한 세액954,545,460원을 차감한 4,295,454,540원에 환급가산금 458,247,680원을 가산하여 환급하였다.

라. 또한, OOOOOO OOOOOOOO OOO OOOO OOO(OOOOOO)O OO OOOOO(OOO)로 보고「한·일 조세조약」제10조 제2항 가목의 제한세율 5%를 적용받고자 2009.1.7. OOOO국세청장에게 「법인세법」제98조의5 제1항의 “원천징수특례 사전승인 신청”을 하였으며, OOOO국세청장은 2009.3.5. 쟁점2배당소득의 실질적 귀속자를 OOOOO로 판단하여 원천징수특례 사전승인 신청을 승인하였다.

마. 청구법인은 OOOO국세청장의 사전승인을 근거로 쟁점2배당소득에 대하여 「한·일 조세조약」제10조 제2항 가목의 제한세율 5%를 적용한 원천징수세액 645,454,540원을 납부하였다.

바. 그 후 OOOO국세청장은 쟁점1·2배당소득과 OOOO OOOOO가 청구법인의 주식을 직접 소유하지 않고 간접 소유한 것으로 보아 일반 제한세율인 15%를 적용하여야 한다고 종전 입장을 변경하고 2009.12.30. 청구법인에게 제한세율 15%를 적용하여 수정신고할 것을 안내한 후, 2010.3.22. ‘배당소득에 대한 제한세율 적용 오류에 대한 경정’을 이유로 2006사업연도 및 2009사업연도 원천징수분 법인세 합계 3,532,809,040원을 과세할 예정이라고 통지하였다.

사. 처분청은 OOOO국세청장의 과세예고통지를 근거로 일반 제한세율인 15%를 적용하여 그 세율차이(10%)에 대하여 2010.7.19. 청구법인에게 2006사업연도 법인세(원천분) 2,112,809,040원, 2009사업연도 법인세(원천분) 1,420,000,000원(원천징수불이행가산세 129,090,910원 포함) 합계 3,532,809,040원을 경정·고지하였다.

아. 청구법인은 이에 불복하여 2010.10.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 기획재정부의 유권해석(OOOOOO, OOOOOOOOOO)은 한·일 조세조약 제10조 제2항 가목의 “소유(own)”는 직접 소유를 의미하며 간접 소유를 포함하지 않는다는 당연한 해석을 확인한 것에 불과하다.

(가) 원천지국은 자회사의 소득에 대하여 법인세를 과세하므로 이미 과세된 자회사 소득을 재원으로 하여 주주에게 분배되는 배당금에 대하여 재차 법인세를 과세하는 경우 경제적 이중과세가 발생하는데, 자회사에 대한 직접 주식소유비율(「한·일 조세조약」의 경우에는 25%)이 큰 경우에는 이러한 이중과세의 폐해가 커지기 때문에 일반적으로 조약마다 낮은 제한세율 5%(주민세 포함)을 적용하는 것이 원칙이다.

(나) 조세조약상 배당소득에 대한 제한세율을 적용함에 있어서 주식소유비율은 일반적으로 직접소유비율을 의미하지만, 국가 간 조세조약에 따라서는 간접소유비율도 포함하도록 명시적인 규정을 두어 낮은 제한세율을 폭넓게 부여하는 경우도 있다. 조약에서 직접인지 또는 간접인지에 대한 구분없이 단순히 “소유(own)”라고 규정한 경우에는 조약은 조약의 문맥에 따라, 그리고 조약의 대상과 목적에 비추어 조약 문구에 부여되는 일반적인 의미에 따라 해석되어야 하며 이 경우 직접 소유비율만 포함한다고 보는 것이 자연스런 것이다. 기획재정부의 유권해석(국조-773)은 이러한 당연한 해석을 반영한 것에 불과하다.

(다) 따라서, 처분청이 OOOOO를 청구법인의 실질적 주주(즉, 쟁점배당소득의 수익적 소유자 내지 실질적 소득자)로 보는 이상, 수익적 소유자인 OOOOO가 청구법인의 지분을 100% 직접 소유한다고 보았으므로, 청구법인이 지급하여 OOOOO가 실질적(또는 수익적)으로 소유한 것으로 보는 배당소득에 대해서는「한·일 조세조약」제10조 제2항 가목의 제한세율 5%(주민세 포함)를 적용하는 것이 타당하다.

(2) 이 건 처분이 「국세기본법」제18조 제1항을 위배하고 있다.

(가) 처분청은 과세목적상 청구법인 주식의 100%를 법적으로 직접 소유한 OOO를 무시하고, 경제적 실질에 따라 OOO의 주주인 OOOOO를 쟁점배당소득에 대한 수익적 소유자(beneficial owner)로 보았으나, 수익적 소유자는 조세조약을 적용함에 있어 소득의 법적 소유자(legal owner)가 아닌 경제적인 소유자(economic owner)를 기준으로 조세조약을 적용하기 위한 조세조약상의 개념이다.

(나) 처분청은 배당소득의 수익적 소유자를 판단할 때는 경제적인 관점을 적용하고, 소유비율을 판단할 때는 법적 관점을 적용하였으나, ‘수익적 소유자’와 ‘소유’(재정경제부 국조-773의 해석에 의할 경우 “직접 소유”)를 해석함에 있어 이중의 잣대를 적용하는 것으로 “해당 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.”는 「국세기본법」제18조 제1항에 위배된다.

(3) 처분청의 법인세 부과처분은 조세조약의 해석에 관하여 규정하고 있는 OECD 모델조세조약에 대한 주석서의 설명내용과 정면으로 배치된다.

(가) OECD 모델조세조약 제1조에 대한 주석 22 및 22.1은 국내세법상의 실질과세원칙을 조세조약에 적용하는 것은 조세조약과 상충되지 않는다고 하면서, 이러한 실질과세원칙의 적용 결과 납세자가 바뀐 경우에는 조세조약의 규정들도 이러한 변경을 고려하여 적용하는 것이라고 명시하고 있다. 이는 청구법인 발행주식의 법적 소유자인 OOOOO OO OOOO OOOO OOOO OOOO OOOOO를 쟁점배당소득의 수익적 소유자로 변경(redetermination of the taxpayer)한 이상, 「한·일 조세조약」을 적용함에 있어서도 마땅히 이러한 변경사항을 고려해야 한다.

(나) 이러한 변경사항을 고려할 경우 변경전의 소득자인 OOO는 100% 직접 소유, OOOOO는 100% 간접소유하고 있으나, 변경후의 소득자인 OOOOO를 기준으로 보면, OOOOO가 청구법인의 발행주식을 100% 직접 소유하는 것으로 변경하여 조세조약을 적용하여야 한다는 것이다. 처분청은 소득자를 OOOOO로 변경하였음에도 불구하고, 조세조약을 적용함에 있어 이러한 변경사항을 고려하지 않은 것이므로 위 OECD주석에도 위배된다.

(4) 또한, 처분청의 법인세 부과처분은 「국세기본법」제14조 제3항 및「국제조세조정에 관한 법률(이하 “국조법”이라 하다)」제2조의2 제3항에도 위배된다.

(가) 「국조법」제2조의2 제3항에는 “국제거래에 있어 제3자를 통한 간접적인 방법이나 2 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법에 의하여 조세조약 및 이 법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질에 따라 당사자가 직접 거래한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래로 보아 조세조약 및 이 법을 적용한다.”라고 규정하고 있으며, 「국세기본법」제14조 제3항에서도 같은 내용을 규정하고 있다.

(나) 처분청은 쟁점배당소득에 대하여 OOOOO가 제3자(즉, OOO)를 통하여 간접적인 방법으로 쟁점배당소득을 받은 것으로 간주하여(즉, OOOOOO OOO를 통한 간접적인 방법으로 청구법인에 투자하여 배당을 간접적으로 수취한 것으로 간주하여) OOOOO를 청구법인의 실질적 주주이자 쟁점배당소득의 실질적 귀속자(수익적 소유자)로 보아(즉, OOOOO가 청구법인에 직접 투자여 직접 배당을 수취한 것으로 보아) 「한·OOOOO 조세조약」을 배제하고, 한·일 조세조약을 적용한 것이나, 위 「국세기본법」과 「국조법」상 경제적 실질 과세 규정에 근거할 때, OOOOO가 청구법인의 발행주식을 직접 소유하여 쟁점배당소득을 직접 받은 것으로 보아 조세조약을 적용하는 것이 당연하다고 할 것이므로 처분청의 부과처분은 실질과세원칙을 처분청에 유리한 방향으로 일부만 적용한 것으로서 「국조법」제2조의2와 「국세기본법」제14조에도 위배되어 위법·부당하다.

(5) 더욱이, 처분청이 원천징수분 법인세를 부과하면서 원천징수불이행가산세를 가산한 것은 위법·부당하다.

(가) 법인세법상 가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 일정한 사항을 보고, 신고, 납부 기타 협력 등 여러 가지 의무를 납세의무자에게 부과하는 한편, 이러한 의무의 이행을 확보하기 위하여 이를 해태하였을 때 세금의 형태로 과징하는 행정상 제재로서, 그 의무의 불이행에 관하여 정당한 이유가 있는 경우에 부과할 수 없는 것이다(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOO OO O)O

(나) 쟁점1배당소득에 대하여 OOO가 ‘원천징수특례 적용을 위한 경정청구’를 제기한 데 대하여, 처분청은 OOO가 실질적 귀속자가 아니라는 이유로 거부한 후, OOOOO가 위 한·일 조세조약의 제한세율 5%를 적용하여 ‘원천징수특례 적용을 위한 경정청구’를 제기한 데 대하여 처분청이 이를 승인하여 환급결정하였고, 쟁점2배당소득에 대하여 OOOOOO OOOOOOOO에게 신청한 ‘원천징수특례 사전승인 신청’을 한 데 대하여 OOOOOOOOO OO OOOO OOOOO로 판단하여 원천징수특례 사전승인 신청을 승인하였다.

(다) 위와 같이, 처분청과 OOOO국세청장이 쟁점배당소득의 수익적 소유자를 OOOOO로 판단하고 동 배당소득에 대하여 「한·일 조세조약」의 제한세율 5%를 적용하는 것을 승인한 경우 청구법인이 쟁점배당소득에 대하여 처분청(OOOO국세청장 포함)의 확인내용과 다르게 세율을 적용하여 원천징수 및 납부할 것을 기대하는 것은 무리가 있다.

(라) 따라서, 청구법인에 쟁점배당소득에 대한 원천징수불이행의 귀책사유가 있다고 볼 수 없으므로 이의 적용을 배제함이 타당하다(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOO OOOO O OOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO, O OO OO O).

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 처분청이 조세목적상 쟁점배당소득의 실질적 수익자를 OOO OOOOOO OOOOOOO OOOOO가 청구법인을 직접 소유하는 것으로 보아야 한다고 주장하나, 「법인세법」제98조의5 규정은 조세특례지역에 소재하는 외국법인의 국내원천소득 중 배당소득 등의 실질적 귀속자를 판단하여 조세조약 당사국을 결정하기 위한 것이고,「한·일 조세조약」제10조의 내용 중 ‘수익적 소유자’를 경제적 관점에서 해석한다고 하여 뒤의 ‘소유’라는 표현까지 경제적 관점에서 해석하여야 할 이유가 없으며, 직접 소유 또는 간법 소유 여부는 법적·형식적 소유관계에 따라 판단하여야 할 것이므로(기획재정부 국조-773, 2009.12.3. ; 재정경제부 국조-113, 2005.3.18. 같은 뜻) 쟁점배당소득에 대한 원천징수세율은「한·일 조세조약」제10조 제2항 나목의 제한세율 15%를 적용하는 것이 타당하다.

(2) 원천징수불이행가산세는 원천징수하였어야 할 세액을 납부기한 내에 납부하지 아니하거나 미달하게 납부하는 경우 가산하여 징수하는 것으로서 과소납부세액에 대한 지연이자적 성격이 있는 납부불성실가산세와 유사하다 할 것이므로 원천징수불성실가산세 적용을 배제한다는 주장은 받아들이기 어렵고, 청구법인의 신청에 따라 과세관청에서 환급세액을 결정하였다는 점만으로 가산세 면제의 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 「한·일 조세조약」제10조의 제한세율을 적용함에 있어서 쟁점1·2배당소득의 실질 귀속자인 OOOO OOOOO에 대해 동조 제2항 ‘나목’의 세율 15%를 적용하여 원천징수할 것인지 여부

② 쟁점2배당소득에 대하여 원천징수불이행가산세를 적용한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 한·일 조세조약 제10조

1. 일방체약국의 거주자인 법인이 타방체약국의 거주자에게 지급하는 배당에 대하여는 동 타방체약국에서 과세할 수 있다.

2. 그러나, 그러한 배당에 대하여는 배당을 지급하는 법인이 거주자인 일방체약국에서도 동 체약국의 법에 의하여 과세할 수 있다. 다만, 그 배당의 수익적 소유자가 타방체약국의 거주자인 경우 그렇게 부과되는 조세는 다음을 초과할 수 없다.

가. 그 수익적 소유자가 이윤배분이 발생한 회계기간의 종료 직전 6월동안 배당을 지급하는 법인이 발행한 의결권 주식을 적어도 25퍼센트를 소유하고 있는 법인인 경우에는 배당총액의 5퍼센트

나. 기타의 경우에는 배당총액의 15퍼센트

3. 이 조에서 사용되는 “배당”이라 함은 주식으로부터 또는 이윤에 참여하는 채권이 아닌 여타의 권리로부터 발생하는 소득과 배당을 지급하는 법인이 거주자인 체약국의 법에 의하여 주식으로부터 발생하는 소득과 과세상 동일한 취급을 받는 여타의 법인의 권리로부터 발생하는 소득을 말한다.

(2) 법인세법

제4조【실질과세】① 자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 실질상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다.

제76조【가산세】② 제73조의 규정에 의한 원천징수의무자가 원천징수하였거나 원천징수하여야 할 세액을 납부기한 내에 납부하지 아니하거나 미달하게 납부하는 경우에는 다음 각 호에 해당하는 금액중 큰 금액을 가산세로서 가산한 금액을 납부하여야 한다. (단서 생략)

1. 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 미달한 세액)×납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간×금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율. 이 경우 당해 금액은 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 미달한 세액)의 100분의 10을 한도로 한다.

2. 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 미달한 세액)의 100분의 5

제93조【국내원천소득】외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

2.내국법인 또는 법인으로 보는 단체 기타 국내로부터 지급받는 「소득세법」제17조 제1항에 규정하는 배당소득(괄호 생략) 및 「국제조세조정에 관한 법률」제9조 및 제14조의 규정에 의하여 배당으로 처분된 금액

제98조【외국법인에 대한 원천징수 또는 징수의 특례】① 외국법인에 대하여 제93조 제1호ㆍ제2호ㆍ제4호 내지 제7호 및 제9호 내지 제11호의 규정에 따른 국내원천소득으로서 국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 그 국내사업장에 귀속되지 아니하는 소득의 금액(국내사업장이 없는 외국법인에 지급하는 금액을 포함한다)을 지급하는 자(괄호 생략)는 제97조의 규정에 불구하고 그 지급하는 때에 다음 각 호의 금액을 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여 그 원천징수한 날이 속하는 달의 다음달 10일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서 등에 납부하여야 한다. (단서 생략)

3. 제93조 제1호ㆍ제2호ㆍ제9호 및 제11호의 규정에 따른 소득에 있어서는 그 지급액의 100분의 25. (단서 생략)

제98조의5【외국법인에 대한 원천징수절차 특례】① 제98조 및 제98조의2 내지 제98조의4의 규정에 의한 원천징수의무자는 재정경제부장관이 고시하는 국가 또는 지역에 소재하는 외국법인의 국내원천소득 중 제93조 제1호ㆍ제2호ㆍ제9호 또는 제10호의 규정에 의한 소득에 대하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하는 경우에는 제98조의4 및 조세조약에서의 비과세ㆍ면제 또는 제한세율 규정에 불구하고 제98조 제1항 각 호에서 규정하는 세율을 우선 적용하여 원천징수하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 바에 따라 조세조약에서의 비과세ㆍ면제 또는 제한세율을 적용받을 수 있음을 국세청장이 사전승인한 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항에서 규정한 국내원천소득을 실질적으로 귀속받는 법인(괄호 생략)이 당해 소득에 대하여 조세조약에서의 비과세ㆍ면제 또는 제한세율의 적용을 받고자 하는 경우에는 제1항의 규정에 의하여 세액이 원천징수된 날이 속하는 달의 말일부터 3년 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 원천징수의무자의 납세지 관할세무서장에게 경정을 청구할 수 있다. (2005.12.31. 신설)

③ 제2항의 규정에 의하여 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 6월 이내에 과세표준과 세액을 경정하거나 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. (2005. 12.31. 신설)

(3) 법인세법 시행령

제138조의5【조세조약상의 비과세ㆍ면제 또는 제한세율 적용을 위한 사전승인 절차】① 법 제98조의5 제1항 단서의 규정에 따른 사전승인을 얻고자 하는 자는 국세청장에게 재정경제부령이 정하는 원천징수특례사전승인신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 신청하여야 한다. 이 경우 증빙서류는 한글번역본과 함께 제출하여야 하며 국세청장이 인정하는 경우에는 영문으로 작성된 서류만을 제출할 수 있다.

1. 조세조약의 상대방국가(이하 이 조에서 “체약상대국”이라 한다)에서 발급하는 거주자증명서 (2006.2.9. 신설)

2. 법인 또는 단체의 설립신고서 및 정관 사본 (2006.2.9. 신설)

3. 이사회의 구성원의 성명 및 주소 (2006.2.9. 신설)

4. 주주의 인적사항 및 지분현황 (2006.2.9. 신설)

② 제1항의 규정에 의하여 사전승인의 신청을 받은 국세청장은 법 제93조 제1호ㆍ제2호ㆍ제9호 또는 제10호의 규정에 따른 소득(이하 이 조 및 제138조의 6에서 “국내원천소득”이라 한다)을 직접 또는 간접적으로 수취할 법인(이하 이 조에서 “소득수취법인”이라 한다)이 당해 국내원천소득과 관련하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 사전승인할 수 있다. (2006.2.9. 신설)

1. 소득수취법인이 당해 국내원천소득과 관련하여 법적 또는 경제적 위험을 부담하고 동 소득을 처분할 수 있는 권리를 가지는 등 동 소득에 대한 소유권을 실질적으로 보유하고 있는 자(이하 “실질귀속자”라 한다)에 해당하고 해당 체약상대국의 법인인 경우 (2006. 2.9. 신설)

4. 소득수취법인의 발행주식총수(지분을 포함한다)의 100분의 50 이상이 체약상대국의 개인ㆍ정부기관 등 또는 상장법인에 의하여 직접 또는 간접으로 소유되는 법인인 경우 (2006.2.9. 신설)

8. 소득수취법인이 당해 소득에 대하여 부담할 세액이 법 제98조의 규정에 따른 세율을 적용하여 계산한 세액과 해당국과의 조세조약에 따라 과세될 세액과의 차익의 100분의 50 이상이 되는 경우 (2006.2.9. 신설)

⑤ 국세청장은 제1항의 규정에 따라 신청을 받은 날부터 3월 이내에 승인여부를 통보하여야 한다. (2006.2.9. 신설)

⑦ 제2항 제4호에서 주식의 간접소유비율의 계산에 관하여는「국제조세조정에 관한 법률 시행령」제2조 제2항의 규정을 준용한다. (2006. 2.9. 신설)

(4) 국제조세조정에 관한 법률

제2조【정 의】① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

2. “조세조약”이라 함은 소득ㆍ자본ㆍ재산에 대한 조세 또는 조세행정의 협력에 관하여 우리나라가 다른 나라와 체결한 조약ㆍ협약ㆍ협정ㆍ각서 등 국제법에 의해 규율되는 모든 유형의 국제적 합의를 말한다.

3. “체약상대국”이라 함은 우리나라와 조세조약을 체결한 국가를 말한다.

8. “특수관계”라 함은 다음 각목의 1에 해당하는 관계를 말하며 그 세부기준은 대통령령으로 정한다.

12. “제한세율”이라 함은 조세조약에 따라 체약상대국의 거주자 또는 법인에 대하여 과세할 수 있는 최고세율을 말한다.

제2조의2【국제거래에 관한 실질과세】① 국제거래에 있어서 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속에 관하여 명의자와 사실상 귀속되는 자가 다른 경우에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 조세조약을 적용한다.

③ 국제거래에 있어 제3자를 통한 간접적인 방법이나 2 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법에 의하여 조세조약 및 이 법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질에 따라 당사자가 직접 거래한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래로 보아 조세조약 및 이 법을 적용한다.

(5) 국제조세조정에 관한 법률 시행령

제2조【특수관계의 세부기준】①「국제조세조정에 관한 법률」(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1항 제8호에서 “특수관계”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계를 말한다. (2006.8.24. 개정)

1. 외국에 거주하거나 소재하는 자(주주 및 출자자를 포함하며, 이하 “외국주주”라 한다)가 내국법인 또는 국내사업장을 두고 있는 외국법인의 의결권있는 주식(출자지분을 포함한다. 이하 같다)의 100분의 50 이상을 직접 또는 간접으로 소유한 경우 당해 내국법인ㆍ국내사업장과 외국주주와의 관계

2. 거주자ㆍ내국법인 또는 국내사업장을 두고 있는 외국법인이 다른 외국법인의 의결권있는 주식의 100분의 50 이상을 직접 또는 간접으로 소유한 경우에 그 거주자ㆍ내국법인 또는 국내사업장과 다른 외국법인과의 관계

3. 내국법인 또는 국내사업장을 두고 있는 외국법인의 의결권있는 주식의 100분의 50이상을 직접 또는 간접으로 소유하고 있는 자가 제3의 외국법인의 의결권있는 주식의 100분의 50 이상을 직접 또는 간접으로 소유한 경우에 그 내국법인 또는 국내사업장과 제3의 외국법인(그 외국법인의 국내사업장을 포함한다)과의 관계

4. 거주자ㆍ내국법인 또는 국내사업장과 비거주자ㆍ외국법인 또는 이들의 국외사업장과의 관계에서 일방과 타방 간에 자본의 출자관계, 재화ㆍ용역의 거래관계, 자금의 대여 등에 의하여 소득을 조정할 수 있는 공통의 이해관계가 있고 일방이 다음 각 목의 어느 하나의 방법에 의하여 타방의 사업방침의 전부 또는 중요한 부분을 실질적으로 결정할 수 있는 경우 그 일방과 타방과의 관계 (2006.8. 24. 개정)

5. 거주자ㆍ내국법인 또는 국내사업장과 비거주자ㆍ외국법인 또는 이들의 국외사업장과의 관계에서 일방과 타방 간에 자본의 출자관계, 재화ㆍ용역의 거래관계, 자금의 대여 등에 의하여 소득을 조정할 수 있는 공통의 이해관계가 있고 제3자ㆍ일방 및 타방 간의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 일방과 타방과의 관계 (2006.8.24. 개정)

② 제1항 제1호 내지 제3호 및 제5호에서 규정하는 주식의 간접소유비율은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한다. (2002.12.30. 개정)

1. 일방법인이 타방법인의 주주인 법인(이하 “주주법인”이라 한다)의 의결권있는 주식의 100분의 50 이상을 소유하고 있는 경우에는 주주법인이 소유하고 있는 타방법인의 의결권있는 주식이 그 타방법인의 의결권있는 주식에서 차지하는 비율(이하 “주주법인의 주식소유비율”이라 한다)을 일방법인의 타방법인에 대한 간접소유비율로 한다. 다만, 주주법인이 둘이상인 경우에는 각 주주법인별로 계산한 비율을 합계한 비율을 일방법인의 타방법인에 대한 간접소유비율로 한다.

2. 일방법인이 타방법인의 주주법인의 의결권있는 주식의 100분의 50미만을 소유하고 있는 경우에는 그 소유비율에 주주법인의 주식소유비율을 곱한 비율을 일방법인의 타방법인에 대한 간접소유비율로 한다. 다만, 주주법인이 둘이상인 경우에는 각 주주법인별로 계산한 비율을 합계한 비율을 일방법인의 타방법인에 대한 간접소유비율로 한다.

3. 제1호 및 제2호의 계산방법은 타방법인의 주주법인과 일방법인 사이에 한 개 이상의 법인이 개재되어 있고 이들 법인이 주식소유관계를 통하여 연결되어 있는 경우에도 이를 준용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 심리자료에 의하면,

(가) 청구법인의 주주 OOO는 2007.8.16.「한·OOOOO 조세조약」제10조 제2항 가목의 제한세율 10%를 적용받고자 「법인세법」제98조의5 제2항에서 규정한 “원천징수특례 적용을 위한 경정청구”를 제기하였으나, 처분청은 2008.1.14. OOO가 쟁점1배당소득의 실질적 귀속자가 아니라는 이유로 경정청구를 거부하였다.

(나) 이후, OOO의 주주인 OOOOO는 2008.6.19. 쟁점1배당소득에 대하여「한·일 조세조약」제10조 제2항 가목의 제한세율 5%를 적용받고자 「법인세법」제98조의5 제2항에서 규정한 “원천징수특례 적용을 위한 경정청구”를 제기하여 처분청으로부터 기 납부한 5,250백만원에서「한·일 조세조약」제10조 제2항 가목의 제한세율 5%를 적용한 세액 954,545,460원과의 차액 4,295,454,540원과 환급가산금 458,247,680원, 합계 4,753,702,220원을 환급받았다.

(다) 또한, OOOOO는 2009.1.7. 쟁점2배당소득의 실질적 귀속자가 OOO(OOOOOO)O OO OOOOO(OOO)로 보아「한·일 조세조약」제10조 제2항 가목의 제한세율 5%를 적용받고자 OOOO국세청장에게 「법인세법」제98조의5 제1항에 의하여 “원천징수특례 사전승인” 신청을 하였으며, OOOO국세청장은 2009.3.5. 쟁점2배당소득의 실질적 귀속자를 OOOOO로 판단하여 이를 승인하였다.

(라) OOOO국세청장은 2009.12.30. 쟁점1·2배당소득에 대한 제한세율이 5%가 아니라 「한·일 조세조약」제10조 제2항 나목의 제한세율인 15%를 적용해야 한다는 이유로 청구법인에게 차액에 대한 수정신고를 안내(법인세과-4156)하였다.

(2) 국세청 세원관리담당관실이 2010년 1월 작성한 “OOO 법인을 통해 청구법인을 간접 소유한 OOOO OOOOO의 배당소득 과세 검토자료”를 보면,

(가) OO OOOOOOOO OOOOOOOOOOOOO OOO OOOOO OOOOO OOOOOOOO OOOO OOO OOO OOOOOOOOOOOOOOO(O), OOOOO(O), OOOOO(O), OOOOOOOOOO(O)O을 간접적으로 100% 소유하고 있다.

(나) 내국법인의 배당금 지급 및 원천징수 이행현황을 보면, OOOOOO OOO OOOOOOOOO OOOO(OOOOOOOOO)OO OOO가 25% 이상 소유조건을 충족한 것으로 보아 「한·OOOOO 조세조약」의 배당소득에 대한 제한세율 10%를 적용하여 원천징수하였고, OOOOO OOO OOOOOOOO OO(OOOOOOOOO) OOOO OOOOO를 배당소득의 실질적 귀속자로 판정하고 「한·일 조세조약」제10조 제2항 가목의 25% 이상 소유조건을 충족한 것으로 보아 경정청구 및 사전승인을 통하여 제한세율 5%를 적용하여 원천징수하였다.

OOOOOOOOO OOOO O OOO OOOOO OOOOOOOO

(OO O OOO)

(다) OOOOOO OOOOOO OOO OOOOOOOOO OO OOOOOOOOOO(O) 등 국내 자회사로부터 수취한 배당소득의 실질적 소유자로서, 일반 제한세율(15%)보다 낮은 제한세율인 5%로 원천징수하고 있는 바, 「한·일 조세조약」상 배당소득에 적용하는 낮은 제한세율(5%)은 OO 법인이 국내법인의 주식을 25%이상 소유하는 경우에 적용하는 것인데도, OOOOO는 국내 법인의 주식을 직접 소유하지 않고 간접 소유하고 있으므로 「한·일 조세조약」제10조 제2항 나목의 제한세율인 15%를 적용하여 해당세액을 추징함이 타당하다고 기재되어 있다.

(3) 기획재정부는 2009.12.3. “「한·일 조세조약」제10조 제2항 ‘가목’에서 규정한 ‘소유(own)’의 개념은 투자자가 투자대상 기업에 직접(directly) 출자한 경우만을 의미한다.”고 해석(재정경제부 국조-773, 2009.12.3.)한 바 있다.

(4) 이를 바탕으로 하여 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 OOOOO가 배당소득의 실질적 귀속자이므로 청구법인의 주식을 직접 소유한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 직접 소유(direct ownership)가 아닌 간접 소유(indirect ownership)는 대상 법인의 주주인 법인(corporation)을 소유함으로써 간접적으로(indirectly) 소유하는 것을 의미하므로, OOOOOO OOOOO OO OOO의 지분을 소유함으로써 그 자회사인 청구법인을 경제적으로 지배할 뿐이다. 다시 말해, OOOOOO OOOOO 법인 OOO을 지배한다고 하여 청구법인을 직접 소유하는 것은 아니며, OOOOO가 청구법인의 지분을 직접 소유하는 것은 아니지만 실질적으로 배당소득을 향유하므로 배당소득의 귀속자에 해당한다 할 것이다.

(나) 그리고, 「한·일 조세조약」에서도 직접 또는 간접 소유의 의미에 대하여 별도로 규정하지 아니한 만큼 원천지국의 국내법에 의해 판단하여야 할 것이고, 직접 소유 또는 간접 소유인지는 법적 형식에 따라 할 것이므로 OOOOO OO OOO를 통한 소유는 간접 소유에 해당하며, 간접 소유자이면서도 소득의 실질 귀속자이므로 「한·일 조세조약」상 제한세율 규정을 적용받는다 할 것이다.

(다) 따라서, OOOO OOOOO가 쟁점1·2배당소득의 실질적 귀속자로서 청구법인의 주식을 직접 소유하지 아니하므로 처분청이「한·일 조세조약」제10조 제2항 나목의 제한세율 15%를 적용하여 원천징수분 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(5) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 OOOOO가 2008.6.19. 쟁점1배당소득에 대하여「한·일 조세조약」제10조 제2항 가목의 제한세율 5%를 적용받고자 「법인세법」제98조의5 제2항에서 규정한 “원천징수특례 적용을 위한 경정청구”를 제기한 데 대하여 당초 납부한 5,250백만원에서 제한세율 5%를 적용한 세액 954,545,460원과의 차액 4,295,454,540원과 환급가산금 458,247,680원 합계 4,753,702,220원을 환급한 사실이 있다.

(나) 또한, OOOOOOOOO OOOOO가 2009.1.7. 쟁점2배당소득에 대해 「한·일 조세조약」제10조 제2항 가목의 제한세율 5%를 적용받고자 「법인세법」제98조의5 제1항에 따라 신청한 “원천징수특례 사전승인” 신청내용을 검토한 후, 2009.3.5. 쟁점2배당소득의 실질적 귀속자를 OOOOO로 판단하여 이를 승인하였다.

(다) 기획재정부는 2009.12.3. “「한·일 조세조약」제10조 제2항 가목에서 규정한 ‘소유(own)’의 개념은 투자자가 투자대상 기업에 직접(directly) 출자한 경우만을 의미한다.”고 해석(재정경제부 국조-773, 2009.12.3.)한 바 있고, 이에 따라 처분청은 「한·일 조세조약」제10조 제2항 나목의 제한세율 15%(주민세 포함)를 적용하여 원천징수분 법인세를 부과하게 된 것으로 보인다.

(라)「법인세법」상 가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 일정한 사항의 보고·신고·납부·기타 협력 등 여러가지 의무를 납세의무자에게 과하는 한편, 이러한 의무의 이행을 확보하기 위하여 이를해태하였을 때 세금의 형태로 과징하는 행정상 제재라 할 것이고, 이와같은 제재는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상의 의의(疑意)로 인한 견해의 대립 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있는 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있는 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 이를 부과할 수 없는 것인 바(OOO OOOOOOO,OOOOOOOOOO OO O),처분청에서 쟁점1배당소득에 대하여 제한세율 5%를 적용하여 환급결정한 사실이 있고 쟁점2배당소득에 대하여도 청구법인의 “원천징수특례사전승인” 신청에 대하여 사전승인하였으므로 청구법인이 처분청(OOOOOOOO OO)의 처분내용과 달리 쟁점2배당소득에 대하여 원천징수세율을 다르게 적용할 것을 기대하는 것은 무리가 있다. 따라서, 청구법인에게 쟁점2배당소득에 대한 원천징수불이행의 귀책사유가 있다고 볼 수 없으므로 원천징수불이행가산세의 적용을 배제함이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있다고 판단되므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.