처분청은 청구인이 2003.3.11. 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 51-4번지 토지 719㎡상 지하1·지상3층의 다가구주택용 건축물 567.24㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 매매로 취득하자 종교용 부동산(목사사택 및 선교관 등)으로 보아 취득세 등을 비과세하였으나, 그 후 세무조사시 이 사건 부동산의 일부(425.43㎡, 이하 “이 사건 쟁점부동산”이라 한다)를 종교용으로 직접사용하지 아니한 사실을 확인되므로 그 시가표준액(294,750,000원)을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 7,074,000원, 등록세 10,611,000원, 지방교육세 1,945,350원, 합계 19,630,350원(가산세 포함)을 2006.7.13. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 이 사건 부동산은 실제 지상1층은 담임목사 사택으로, 지하1층·지상2,3층은 교인들의 기도실 및 교육실(성경공부방) 등으로 사용하고 있다고 하면서, 처분청이 현지조사에서 확인한 이 사건 부동산 출입구 및 외벽에 원룸임대에 관한 안내문이나 전화번호 등을 게시한 것은 취득초기에 게시된 것이고, 금년말 택지개발지구에 편입되어 철거예정인 점에 비추어 원룸임대는 할 수 없는 사정에 있는데도, 처분청은 실제사용여부를 확인하지 않고 단지 게시문만 확인하여 이 사건 부동산을 종교용도로 사용하지 아니한 것으로 보아 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 종교용 부동산으로 비과세 받았으나, 원룸임대 등 수익용으로 사용하고 있는 경우, 취득세 등을 부과한 처분이 적법한 지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법제107조제1호 및 같은 법 제127조제1항에서 제사·종교·자선·학술·기예·기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득(등기)에 해당하는 것에 대하여는 취득세(등록세)를 부과하지 아니하지만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 2003.3.11. 청구인은 이 사건 부동산을 박○○로부터 매매로 취득하였고, 이 사건 부동산과 영락교회는 연접되어 동일한 울타리내 있는 것같이 보이며, 인근 지역에는 도로외 건축물이 거의 없으며, 2006.4.20. 처분청은 이 사건 부동산에 대하여 세무조사를 실시한 결과 건물 전체가 19실로 되어 있는 원룸형태로서 출입구에 원룸임대문의(연락처 ○○5-○○11, 011-○○7-○○94)이나 임차인 주의사항을 기재한 안내문이 게시되었고, 건축물 외벽에는 미션룸 및 임대문의용 전화번호가 게시된 점에 비추어 일반 원룸으로 사용하고 있는 것으로 확인하였고, 2006.4.27. 처분청은 현지 재조사하여 이 사건 부동산중 1층 전체는 담임목사 사택으로 사용하고 있음을 확인하였으며, 2006.5.23. 청구인 당회 회의에서 광교지구택지개발사업지구에 편입되는 영락교회 토지 8필지에 대한 보상금(이 사건 부동산 포함) 9,063,236,990원을 경기지방공사로부터 수령함을 결의한 다음 2006.7.31. 청구인은 경기지방공사와 ○○교회(이 사건 부동산 포함)에 관하여 지장물보상합의계약을 체결하였고, 2006.11월 관할관청의 현지조사시 이 사건 부동산 지하1층, 지상2·3층은 교인들의 기도실 및 청년부 등 각 소모임의 성경공부장소 등으로 사용하고 있는 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산은 취득초기 일시 원룸임대용도로 사용하고자 하였으나, 택지개발지구에 편입되는 사정으로 그러한 용도로 사용하지 아니하고 당초목적대로 기도실 및 목사사택 및 교인모임방 등 종교용으로 사용하고 있다고 주장하므로 이를 보면, 지방세법 제107조 및 같은 법 제127조제1항에서 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득등기에 대하여는 취득세와 등록세 등을 비과세하되, 취득등기일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세와 등록세 등을 부과한다고 규정하고 있고, 여기서 “직접 사용”의 의미는 종교활동을 하는 비영리사업자의 종교의식, 종교교육, 선교활동 등에 직접 사용되고 있는 지 여부를 구체적이고 객관적으로 판단하여야 할 것(행정자치부 심사결정 제2005-92호, 2005.4.6.)으로서, 청구인의 경우, 이 사건 부동산은 취득한 후 종교용부동산으로 신고하여 취득세 등을 비과세받았으므로 종교용에 사용하였어야 함에도, 처분청 담당세무공무원의 현지확인 결과에 의하면, 이 사건 부동산은 청구인의 교외구외에 위치하였을 뿐만 아니라 19실로 구획된 다가구 주택(원룸)으로서 그 주택 출입구에 원룸 임대문의 안내문 및 원룸 사용시 공지사항(계약자외 합숙금지, 임차인이 기물 훼손시 임차인 부담으로 원상복구 등)이 부착되어 있는 점, 현재까지도 건물외벽에 미션룸 및 원룸임대문의 전화번호를 게시한 영구간판이 각각 부착되어 있는 점, 이 사건 부동산에 담임목사외 4가구가 주민등록표상에 등재되어 있는 점 등 처분청의 현지확인 내용을 종합하여 보면, 이 사건 부동산은 종교용에 사용된다고 볼 수 없다고 하겠으므로 처분청에서 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다고 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 11. 27.

행 정 자 치 부 장 관