청구인은 OOOOO OOO OOO 제2구역 재개발조합의 조합원으로 참여하여 2002.2.20. 동 재개발조합과 OOOOOOO아파트 207동 1202호 84.97㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다)의 분양계약을 체결하였고, 2005.4.20. 사용승인을 취득한 후 2006.5.20. 쟁점주택을 320백만원에 양도하고 2006.6.7. 조세특례제한법 제99조의 3의 규정을 적용하여 쟁점주택을 신축주택으로 보아 당해 주택의 양도에 대한 양도소득세 24,303,780원에 대한 감면신청과 함께 당해 감면에 대한 농어촌특별세를 신고·납부하였다.

처분청은 쟁점주택 양도소득세 감면과 관련하여 자기가 건설한 신축주택의 경우 당해 거주자가 신축주택취득기간(2001.5.23～2003.6.30, 이하 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 당해 신축주택의 사용승인 또는 사용검사를 받은 경우에 한하여 양도소득세 감면대상이 되는 것이므로 그러지하지 아니한 쟁점주택의 경우 2005.4.20. 사용승인을 받아 당해 주택의 양도는 양도소득세 감면대상이 아니라고 보아 2007.9.10. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 24,981,860원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2007.11.1. 이의신청을 거쳐 2008.3.6. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청은 쟁점주택의 양도에 대하여 조세특례제한법(2002.12.11, 법률 제6762호로 개정된 것) 제99조의 3 제1항 제2호의 규정을 적용하여 OOOOO, 과천시, 5대 신도시에 소재하는 신축주택의 경우 2003년 6월 30일 이전에 사용승인을 받은 경우에 한하여 양도소득세를 감면한다고 보아 감면신청을 부인하였으나, 쟁점주택은 개정법률의 부칙 제29조 제1항에 따라 종전법률을 적용하여야 하며, 이에 의하면 쟁점주택과 같이 조합원 분양분과 일반 분양분이 함께 있는 경우 일반 분양분에 대하여는 같은 법 시행령 제99조의 3 제3항 제1호에서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인을 받아도 양도소득세 감면을 적용한다고 규정하고 있는 만큼, 일반 분양분이 함께 있는 조합원 분양분의 경우에도 위 감면규정의적용대상에 해당되는 것으로 보아 주택 소재지에 대한 제한없이 일반 분양분과 마찬가지로 양도소득세 감면대상으로 인정하여야 한다.

나. 처분청 의견

조합원 분양분 주택과 일반 분양분 주택이 함께 있는 재개발·재건축주택조합의 신축주택으로서 주택조합이 일반 분양자와 신축주택취득기간 내에 일반 분양분 주택에 대한 매매계약을 체결하고 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 조합원 분양분 신축주택은 주택건설사업자 등으로부터 취득한 신축주택이 아닌 자기가 건설한 신축주택에 해당하며, 사용승인일이 2005.4.20.인 쟁점주택은 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인일 포함)를 받은 경우에 해당하지 아니하므로 쟁점주택의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의 3에서 규정하는 양도소득세 감면대상에 해당되지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

일반 분양분 주택과 조합원 분양분 주택이 함께 있는 재개발주택조합 조합원이 취득한 OOOOO에 소재한 주택으로 신축주택취득기간이 경과한 후 사용승인 또는 사용검사를 받은 경우, 당해 주택의 양도소득에 대하여 양도소득세를 감면할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2002.12.11, 법률 제6762호로 개정된 것)

제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

(2)구 조세특례제한법(2002.12.11, 법률 제6762호로 개정되기 전의 것)

제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

(3) 조세특례제한법 시행령(2002.12.30, 대통령령 제17829호로 개정된 것)

제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 법 제99조의 3 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은 OOOOO, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역을 말한다.

③ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 "주택조합 등" 이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조의 3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원( 도시재개발법 제34조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

(4) 구 조세특례제한법 시행령(2002.12.30, 대통령령 제17829호로 개정되기 전의 것)

제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 ③ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 “주택조합 등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택" 이라 한다)으로서 법 제99조의 3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원( 도시재개발법 제34조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

(5) 조세특례제한법 부칙(2002.12.11, 법률 제6762호)

제1조【시행일】이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다.

제2조【일반적 적용례】② 이 법중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세관련자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 청구인은 쟁점주택을 2006.5.20. 양도하고 2006.6.7. 당해 주택의 조세특례제한법 시행령 제99조의 3 제3항 제2호의 규정을 적용하여 당해 주택의 양도소득세에 대하여 양도소득세 감면신청을 하였다.

(나) 청구인이 OOOOO OOO OOO 제2구역 재개발조합은 2001.11.20. 관리처분계획을 인가받아 건축공사에 착공하여 쟁점주택 등을 재건축한 뒤 2005.4.20. 사용승인을 취득하였다.

(다) 청구인은 조합원 자격으로 2002.2.20. 재개발조합과 쟁점주택의 분양계약을 체결하였고, 조합원 외의 자에 대한 일반 분양분 주택은 2001.12.26.부터 2001.12.28.까지 분양계약이 체결되었다.

(라) 쟁점주택은 전용면적이 84.97㎡이고 2006.5.20. 320백만원에 양도한 것이므로 당해 주택은 2002.12.30. 소득세법 시행령 제156조의 규정에 의한 고가주택에는 해당되지 아니한다.

(마) OOOOO OOO OOOO에 소재하고 있는 쟁점주택은 2002.12.11. 개정된 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 및 2002.12.30. 개정된 같은 법 시행령 제99조의 3 제1항에서 규정한 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 양도소득세의 감면을 배제하는 지역 내의 신축주택에 해당한다.

(2) 처분청은 청구인이 재개발조합의 조합원 자격으로 취득한 쟁점주택의 경우 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호의 경우에 해당하므로 신축주택기간 내에 사용승인을 받아야 양도소득세 감면대상에 해당한다는 의견이고, 청구인은 주택조합 등이 조합원 이외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약을 체결하고 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에는 조합원 분양분 주택인 쟁점주택에 대해서도 구 조세특례제한법 시행령 제99조의 3 제3항 제2호에서 규정하는 일반 분양분 주택과 같이 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제1호의 양도소득세 감면규정을 적용하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(가) 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제1호는 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택을, 제2호는 자기가 건설한 신축주택을 규정하고 있고, 위 제1호와 제2호 모두 주택조합 등의 조합원이 취득하는 주택의 경우를 포함하고 있으며, 같은 법시행령 제99조의 3 제3항 제2호에서 조합원이 취득하는 주택은 상위법인 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제1호의 위임근거 내에서 해석하여야 할 것이므로 조합원이 일반 분양자로 참가하여 주택을 취득하는 경우로 한정하여 해석하여야 할 것인 바, 조합원의 주택취득이 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제1호에 해당하는지 제2호에 해당하는지 여부는 조합원이 일반 분양자 자격으로 주택을 취득하는지 조합원의 자격으로 주택을 취득하는지에 따라 결정하여야 할 것이다.

(나) 청구인은 조합원 자격으로 쟁점주택을 취득하였으므로 쟁점주택은 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 자기가 건설한 신축주택에 해당된다.

(다) 자기가 건설한 신축주택은 2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 조세특례제한법 부칙 제29조 제1항의 규정에 의하여 개정법령의 시행일인 2003.1.1. 전에 사용승인 또는 사용검사를 받아야 하나, 같은 조 제2항의 규정에 의하여 2003.1.1. 전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003.6.30. 이전에 사용승인 또는 사용검사를 받은 경우에는 조세특례제한법 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용하는 것으로 감면배제의 범위를 완화하는 규정을 두고 있는 바, 그렇다면 2002.12.11. 개정된 조세특례제한법에 불구하고 종전규정에 의하여 신축주택으로 양도소득세 감면규정을 적용받기 위해서는 늦어도 2003.6.30. 이전에 사용승인 또는 사용검사를 받아야 하고, 그 이후에 사용승인을 받은 경우에는 2002.12.11. 개정된 조세특례제한법의 규정에 따라 감면여부를 결정하여야 할 것으로 판단된다.

(3) 따라서, 청구인은 재건축조합의 조합원으로 쟁점주택을 취득하였으나 당해 주택은 2003.1.1. 개정법 시행일 현재 사용승인 등을 받지 못하고 신축주택취득기간을 경과한 2005.4.20. 사용승인을 받은 것으로 확인되므로 2002.12.11. 개정된 조세특례제한법 부칙 제29조 제1항에서 규정하는 종전법 적용대상이 아니라 개정법 적용대상으로 보아야 하고, 그렇다면 쟁점주택은 감면이 배제되는 지역인 OOOOO에 소재하고 있는 등 양도소득세 감면대상인 신축주택이 아니므로 당해 주택의 양도에 대하여 양도소득세 감면규정의 적용을 배제하고 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없다 하겠다(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OOOO O OO OO OO)O

4. 결론

이 건 심판청구는 심리한 결과 청구인 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.