가. 청구인은 2017.9.20. OOO 토지 1,221㎡와 건물 1,053.5㎡(이하 각각 “쟁점토지”, “쟁점건물”이라 하고 이를 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 OOO원에 양도하고 취득가액을 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)으로 하여 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2018.6.4.～2018.6.22. 기간 동안 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 쟁점건물의 취득가액을 확인할 수 있는 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비된 것으로 보아 처분청에 청구인의 양도소득세를 경정할 것을 지시함에 따라 처분청은 쟁점건물의 취득가액을 환산가액인 OOO원으로 하여 2019.2.6. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.2.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청은 쟁점건물에 대한 건축공사표준계약서가 일반적인 도급계약서와 달리 구체적인 공사내용 없이 도급금액만 기재되어 있고, 중도금 및 잔금 등에 대한 지급요건 및 지급일에 대한 내용이 없을 뿐 아니라 금융증빙 등이 제시되지 아니하여 실제 도급계약서인지 여부가 불분명하고, 장부가액 및 세금계산서 수취내역과도 일치하지 아니하여 실지거래가액을 확인할 수 있는 증빙자료의 주요부분이 없거나 미비하여 추계경정 요건에 해당한다는 의견이나, 시공사인 OOO㈜와 공사계약을 체결하게 된 것은 건축허가를 신청하는 과정에서 OOO 건축과 담당직원이 직접 공사계약을 하면 여러 가지 도움을 받을 수 있다고 강요하여 친인척이 건설회사를 운영하고 있음에도 OOO㈜와 시공계약을 체결할 수밖에 없었고, 공사기간 중 시공사의 횡포는 말할 수 없을 만큼 많았으며, 사실상 계약서상 금액보다 OOO원 이상을 더 지급하였음에도 증빙이 없어 비용처리도 못하였고, 준공검사시도 공사를 마무리하지 않아 계속하여 손실이 발생하게 되어 건축허가 담당자와 시공사 대표를 사정기관에 고발하여 어렵게 준공검사를 받았는 등 어려운 사정이 있었음에도 이를 감안하지 아니하고 이 건 양도소득세를 과세한 것은 너무나 가혹하다.

처분청은 청구인이 제시한 공사계약서 등을 사후에 작성된 것으로 보았고, 청구인은 이에 따라 동 계약서를 법원에 등록된 문서감정기관인 OOO에 의뢰하여 문서감정을 받은 결과, OOO은 동 계약서가 2001년에 작성된 것으로 확인하였다. 청구인은 쟁점부동산을 양도하고 양도소득세 OOO원을 납부하였는데, 양도소득세 OOO원(가산세 제외)을 적게 납부하기 위하여 거짓계약서를 작성한다는 것은 일반적인 상식에도 반하고, 공사계약서 등에 대금지급에 대한 조건이나 구체적인 개별 공사내역이 없는 것은 공사과정에 견적서 및 공사일정표 등을 모두 개별 작성하였기 때문인데, 이와 관련한 자료가 시공사와의 분쟁과정에서 분실되어 OOO에 관련 서류를 요청하였으나 보존기간이 경과되어 확보할 수 없었다.

청구인은 OOO㈜에 쟁점금액을 지급하고 세금계산서 발행을 요구하였으나, OOO㈜는 세금계산서 발행을 차일피일 미루다가 쟁점금액 중 일부에 대하여만 세금계산서를 발행하여 주었고, 공사대금도 현금으로만 요구하여 계좌이체로 지급하였으나, 금융기관의 보존기간이 경과하여 그 자료를 구하지 못하다가 다행히 다른 곳에 보관 중이던 통장을 발견하여 증빙자료로 제시하게 되었고, 동 통장에 의하면 이체된 자금이 총 OOO원으로 확인되며, 동 금액은 건축비와 거의 유사한 것으로, 2001년 당시 건설교통부가 고시한 표준건축비가 1㎡당 OOO인 점을 감안하면 평당 OOO원인 쟁점건물의 건축비는 표준건축비에도 미치지 못하며, 인테리어비용 OOO원을 포함하더라도 평당 OOO원으로 표준건축비와 비교하여도 적정하다.

따라서 이 건 공사계약서 등은 OOO의 감정결과와 같이 2001년에 작성된 원본임이 명백하게 확인되고, 청구인이 제시한 통장사본을 통하여 쟁점금액 상당이 공사대금으로 지급된 사실이 객관적으로 입증되며, 동 대금은 건설교통부가 고시한 표준건축비와 비교하더라도 적정하므로 처분청이 쟁점금액을 실지거래가액이 아닌 것으로 보아 취득가액을 환산가액으로 하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인이 제시한 건축공사계약서, 입금표 및 금융증빙 등은 쟁점건물의 실질거래가액을 입증할 수 있는 일반적이고 객관적인 증빙자료가 될 수 없다. 청구인은 쟁점건물의 신축 당시인 2001년 부동산임대업으로 사업자등록을 하였고, OOO㈜로부터 매입세금계산서를 수취하여 부가가치세를 정상적으로 신고하고 고정자산 매입으로 부가가치세를 환급받았는데, 당시 청구인이 OOO㈜로부터 수취한 매입세금계산서의 공급대가는 OOO원(부가가치세 포함)으로 확인되고, 이는 청구인이 제시한 건축공사계약서상 공사대금 OOO원(부가가치세 포함) 및 OOO 인테리어공사 OOO원(부가가치세 포함)과 상당한 차이를 보인다. 따라서 동 계약서 등은 그 작성시기나 허위·변조 여부보다는 그 내용에 있어서 일반적인 도급계약서와 달리 계약금, 기성고에 따른 중도금, 잔금지급에 대한 내용이 없어서 실지계약서인지 여부가 불분명하다.

특히, OOO의 인테리어공사의 경우 관련 시설, 자재 등에 대한 견적서 등 구체적인 내용이 전혀 제시되지 아니하고, 대금증빙으로 당초 신고한 입금표도 「소득세법」에서 정한 정규 증빙서류가 아닌 간이영수증으로서 그 내역도 계약서 및 매입세금계산서와 전혀 일치하지 아니할 뿐 아니라 이 건 심판청구시 추가로 제시한 통장의 지급내역은 대부분 현금 및 수표로 수차례 출금된 것으로, 동 금액이 OOO㈜에게 지급된 것인지 여부도 객관적으로 확인되지 아니하며 당초 제시한 입금표와도 일치하지 아니하고, 청구주장과 같이 OOO㈜의 횡포로 인하여 증빙자료를 정상적으로 수취하지 못하였다면 상식적으로 현금 지급시 즉시 입금표를 작성하여 수취하는 것이 일반적이고 통상적인데도, 청구인이 제시한 통장 지급내역과 입금표 내역은 일치하지 아니하므로 통장 지급내역을 실지거래가액을 입증하는 증빙자료로 볼 수 없다.

또한, 청구인이 주장하는 표준건축비는 쟁점건물과는 무관하므로 이 건 건축비에 대한 참고자료로 인정할 수 없다. 일반적으로 표준건축비는 「수도권정비계획법」 제12조의 인구집중유발시설 중 업무용건축물, 판매용 건축물, 공공청사 등에 대하여 과밀부담금을 부과하기 위한 기준인데, 같은 법 시행령 제3조 및 제16조에 의하면 이는 서울특별시 지역에서 학교, 공장, 공공청사 등 대형 건물로서 인구집중을 유발하는 시설에 특정하여 적용하는 것으로, 쟁점건물의 건축비를 추정하는데 사용할 수 있는 것과는 기본 전제가 서로 달라서 비교대상이 될 수 없고, 오히려 청구인이 주장하는 표준건축비가 아니라 건물의 신축가격·구조·용도·위치·신축연도를 반영하여 그 가치를 객관적으로 산출하는 건물의 기준시가를 쟁점건물에 대한 가치를 추정하는데 반영하여야 함이 타당하며, 쟁점건물 취득시의 기준시가는 OOO원으로 산정된다.

한편, 이 건 실지거래가액 계산시 OOO 인테리어비용을 쟁점건물의 자본적 지출로 인정하는 것도 무리가 있다. 청구인은 당초 양도소득세 신고시 쟁점건물의 실지거래가액 OOO원을 계산할 때 자본적 지출로 사용한 OOO 인테리어비용 OOO원을 포함하였는데, 청구인은 2010년 말 OOO를 폐업하고 부동산임대업으로 전환하였고, 쟁점건물은 임차인 OOO가 2011년 3월경 임차하여 양도일까지 사용 중에 있으므로 OOO 인테리어비용은 이미 철거된 매몰비용으로 양도당시 쟁점건물의 양도가액에 대응되는 비용으로 보기 어렵고, 설령 일부 포함되어 있다 하더라도 현재 공사표준계약서로는 구체적인 공사견적서 및 공사내역이 없으므로 그 가액의 구분이 불가능하므로 취득가액에 포함할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점건물의 취득가액을 부인하고 환산가액으로 하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제97조[양도소득의 필요경비 계산] ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

제114조[양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지] ④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

제160조의2[경비 등의 지출증빙 수취 및 보관] ① 거주자가 부동산임대소득금액・사업소득금액・일시재산소득금액・기타소득금액 또는 산림소득금액을 계산함에 있어서 제27조의 규정에 의하여 필요경비를 계산하고자 하는 경우에는 그 비용의 지출에 대한 증빙서류를 수취하고 이를 확정신고기간 종료일부터 5연간 보관하여야 한다.

② 제1항의 경우 부동산임대소득・사업소득 또는 산림소득이 있는 자가 사업과 관련하여 사업자(법인을 포함한다)로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지출하는 경우에는 다음 각 호의 1에 해당하는 증빙서류를 수취하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다

1. 제163조 및 「법인세법」 제121조의 규정에 의한 계산서

2. 「부가가치세법」 제16조의 규정에 의한 세금계산서

3. 여신전문금융업법에 의한 신용카드매출전표(신용카드와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 것을 사용하여 거래하는 경우 그 증빙서류를 포함한다)

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 비용지출에 대한 증빙서류의 수취・보관 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 소득세법 시행령

제163조[양도자산의 필요경비] ③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관한 경우를 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

제176조의2[추계결정 및 경정] ① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

(3) 수도권정비계획법

제12조[과밀부담금의 부과・징수] ① 과밀억제권역안의 지역으로서 대통령령이 정하는 지역 안에서 인구집중유발시설 중 업무용 건축물・판매용 건축물・공공청사 기타 대통령령이 정하는 건축물을 건축(신축・증축 및 용도변경을 말한다. 이하 같다)하고자 하는 자는 과밀부담금(이하 "부담금"이라 한다)을 납부하여야 한다.

(4) 수도권정비계획법 시행령

제16조[과밀부담금의 부과・징수] ① 법 제12조 제1항에서 "대통령령이 정하는 지역"이라 함은 서울특별시를 말하며, "기타 대통령령이 정하는 건축물"이라 함은 제3조 제4호 다목의 복합용건축물을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2017.9.20. 쟁점부동산을 양도하고 양도가액과 취득가액을 각각 실지거래가액으로 하여 2017년 귀속 양도소득세를 신고․납부하였으나, 조사청이 처분청에 대한 종합감사를 실시하여 쟁점건물의 취득가액을 확인할 수 있는 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비하다고 보아 청구인에게 양도소득세를 과세할 것을 지시함에 따라 처분청은 쟁점건물의 취득가액을 환산가액으로 하여 아래 ＜표1＞과 같이 이 건 양도소득세를 경정․고지하였다.

(2) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구인은 1999.3.5. 쟁점토지를 OOO원에 취득하여 이 건 양도소득세 신고시 취득세 OOO원 및 등록세 OOO원을 포함하여 취득가액을 OOO원으로 신고하였고 이에 대하여는 처분청도 다툼이 없는 반면, 쟁점건물의 취득가액은 신축공사비 OOO원, 인테리어비용 OOO원, 취득세 OOO원 및 등록세 OOO원 합계 OOO원에서 감가상각비 OOO원을 차감한 OOO원으로 신고한 것으로 나타나는데, 처분청은 신축공사비 및 인테리어비용에 대한 증빙자료가 미비하다는 의견이다.

(나) 청구인은 2001.5.8. 쟁점토지상에 쟁점건물을 신축하기 위하여 OOO㈜와 건축공사표준계약서를 작성하였는데, 동 계약서의 주요 내용은 다음과 같다.

(다) 청구인은 2001.10.10. 쟁점건물의 OOO 인테리어공사를 위하여 OOO㈜와 건축공사표준계약서를 작성한 것으로 나타나는데, 동 계약서의 주요 내용은 다음과 같다.

(라) 청구인은 2001.7.16. 개업일을 2001.9.30.로, 쟁점건물을 사업장 소재지로, 자기자본을 OOO원으로 각각 하여 부동산임대업에 대한 사업자등록을 하였고, 2001.10.25. 2001년 제2기 부가가치세 예정신고시 고정자산 매입으로 OOO원을 신고하고 매입세액 OOO원을 환급받은 것으로 확인되는데, 세금계산서 수취분 매입액에는 OOO㈜로부터 수취한 공급가액이 OOO원인 세금계산서가 포함되어 있고, OOO㈜도 이 건 건축공사와 관련하여 청구인에게 발행한 위 세금계산서상 매출액에 대하여만 수입금액으로 신고한 것으로 나타난다.

(마) 또한, 청구인은 2001.11.12. OOO와 공동사업자로 쟁점부동산을 사업장 소재지지로 하고 부동산업 및 음식점업을 업종으로 하여 사업자등록을 하였고, 이후 2010.11.16. 음식점업을 업종에서 제외하고 2011.3.23. 쟁점부동산을 OOO에 임대하는 부동산업만 영위하다가 2017.9.30. 페업한 것으로 확인되며, 공동사업자인 OOO가 2006년 귀속 종합소득세 신고시 첨부한 표준대차대조표에 의하면 쟁점토지는 OOO원으로, 쟁점건물은 OOO원으로 각각 계상되어 있다.

(바) 그 밖에 청구인이 제시한 쟁점건물 신축 및 인테리어비용 지급과 관련하여 OOO㈜로부터 수취한 입금표의 내역은 아래 ＜표2＞와 같다.

(3) 청구인은 이 건 건축공사표준계약서 등은 허위로 작성된 것이 아니고, 쟁점건물 신축시 실제로 쟁점금액 상당액이 지급되었다고 주장하며 다음과 같은 증빙자료 등을 제시하고 있다.

(가) 청구인은 이 건 건축공사 등과 관련한 공사비는 청구인 명의의 금융계좌OOO에서 출금된 것이라고 주장하며 통장사본을 제시하고 있는데, 그 출금내역을 정리하면 아래 ＜표3＞과 같다.

(나) 청구인은 이 건 건축공사표준계약서 등은 2001년에 정상적으로 작성된 것이라고 주장하며 OOO의 작성시기에 대한 감정서OOO를 제시하고 있는데, 위 감정원의 감정소견은 다음과 같다.

(다) 청구인은 쟁점건물 건축비용OOO은 표준건축비용에 미달한다고 주장하며 아래 ＜표4＞와 같이 ‘연도별 표준건축비용 상승지표’라는 제목의 자료를 제시하고 있다.

(4) 한편, 처분청은 이 건 건축공사표준계약서는 작성시기가 아니라 그 내용에 있어서 일반적인 것과 달리 계약금, 기성고에 따른 중도금, 잔금지급에 대한 내용 등이 없어서 실지계약서인지 여부가 불분명하고, 쟁점건물 공사대금과 관련하여 수취한 세금계산서상 금액과 계약서상 금액이 상당한 차이를 보이고 있으므로, 입금표 및 출금내역 등만으로는 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없으므로 환산가액으로 경정함이 타당하다는 의견으로 다음과 같은 증빙자료 등을 제시하고 있다.

(가) 청구인이 제시하는 표준건축비는 「수도권정비계획법」 제12조에 따라 인구집중유발시설 중 업무용건축물, 판매용 건축물, 공공청사 등에 대하여 과밀부담금을 부과하기 위한 기준이라서 쟁점건물의 건축비를 추정하는 데에 적용할 수 없고, 오히려 건물의 신축가격·구조·용도·위치·신축연도를 반영하여 그 가치를 객관적으로 산출하는 기준시가와 비교하여야 한다며 아래 ＜표5＞와 같이 국세청 건물 기준시가 산정방법에 따라 산정한 쟁점건물의 취득(신축)당시 기준시가를 제시하고 있다.

(나) 또한, 청구인은 2010년 11월 OOO를 폐업하고 부동산임대업으로 전환한 후 2011년 3월부터 쟁점건물을 OOO에 임대하였으므로 OOO 인테리어비용은 매몰비용으로서 쟁점건물의 양도가액에 대응되는 것으로 보기 어렵다며 청구인의 사업자등록사항 조회화면 출력물을 제시하고 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점건물의 취득가액을 쟁점금액으로 보아야 한다고 주장하나, 부동산의 양도차익을 계산함에 있어 취득가액은 원칙적으로 부동산 취득에 든 실지거래가액으로 하되, 취득 당시의 실지거래가액 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우 등 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에 기준시가에 의하여 취득가액을 산정할 수 있고, 양도자가 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 증빙서류를 제출한 경우에는 위 서류가 실지거래가액을 확인할 수 있는 자료인지의 여부를 심리하여 그 실지거래가액이 판명된 때에는 실질과세의 원칙상 그에 따른 양도소득을 계산하여 과세액을 산출하고 그 과세처분의 위법여부를 판가름하여야 할 것이다(대법원 1991.11.26. 선고 91누4287 판결 등 참조).

이 건의 경우 건축공사표준계약서가 취득 당시 작성된 것이라 하여도 그 내용에 있어서 일반적인 것과 달리 계약금, 기성고에 따른 중도금, 잔금지급 등에 관한 내용 및 구체적인 공사내역이 포함되어 있지 아니하여 실지계약서인지 여부가 불분명하고, 청구인이 쟁점건물 공사대금과 관련하여 수취한 세금계산서상 금액과 계약서상 도급금액에 상당한 차이가 있는 점, 청구인은 2001년 제2기 부가가치세 예정신고시 고정자산 매입으로 OOO원을 신고하고 매입세액 OOO원을 환급받은 것으로 확인되는데, 세금계산서 수취분 매입액에는 OOO㈜로부터 수취한 공급가액이 OOO원인 세금계산서가 포함되어 있고, OOO㈜도 이 건 건축공사와 관련하여 청구인에게 발행한 세금계산서상 매출액에 대하여만 수입금액으로 신고한 것으로 나타나는 점, 청구인은 공사기간 동안 출금된 금융계좌내역을 제시하고 있으나, 동 출금액이 공사대금으로서 OOO㈜에게 지급되었는지 여부가 객관적으로 확인되지 아니하고, 공동사업자인 OOO가 2006년 귀속 종합소득세 신고시 제출한 표준대차대조표에 의하면 쟁점건물이 OOO원으로 계상되어 있는 점 등에 비추어 제시된 증빙자료만으로는 쟁점건물 취득 당시의 실지거래가액을 확인하기 어렵다 할 것이다.

따라서 처분청이 쟁점건물의 취득 당시의 실지거래가액이 불분명한 것으로 보아 그 취득가액을 환산가액으로 하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.