청구법인은 1997사업년도 법인세과세표준 및 세액신고시 조세감면규제법에 의한 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제로 4,766,647원(이하 “쟁점세액”이라 한다)을 신고하였다.

처분청은 청구법인이 신고한 기술 및 인력개발비가 기술개발촉진법 시행규칙 제4조 및 제5조에 규정하는 과학기술부장관 또는 위임받은 한국산업기술진흥협회장에게 신고서를 제출하여 인정받은 전담부서가 아닌 미인가된 기업자체의 부설연구소에 대한 지출이라 하여 세액공제를 배제하고 이자상당액을 가산하여 1999.5.2 청구법인에 1997 사업연도 법인세 5,523,590원을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1999.6.21 심사청구를 거쳐 1999.9.21 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

기술 및 인력개발비 세액공제의 취지는 제조업 등의 연구개발을 장려하기 위한 것이어서 청구법인과 같이 실질적으로 연구개발활동을 수행하여 기술 및 인력개발비를 지출하면 세액공제를 인정하여야 함에도 불구하고, 관할관청에 전담부서에 대한 신고 등의 행정절차를 이행하지 않았다 하여 연구개발비에 대한 지출액에 대하여 세액공제배제한 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

기술개발촉진법 시행규칙 제4조 및 제5조의 규정에 의거 과학기술부장관 또는 위임받은 한국산업기술진흥협회장에게 신고서를 제출하여 인정을 받은 전담부서가 아닌 미인가된 기업자체부설연구소나 연구개발전담부서는 조세감면규제법상의 조세지원의 대상이 되는 연구개발전담부서에 해당되지 않으며, 조세지원의 대상이 되지 않는 미인가된 기업자체 연구개발전담부서에 지출한 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제 등은 조세감면규제법 제9조 제10조에 규정하는 기술 및 인력개발비가 아니므로, 처분청에서 쟁점세액을 공제부인한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

과학기술부장관에게 연구개발 전담부서 설치신고를 하지 아니한 법인에서 연구개발비로 지출한 금액에 대하여 조세감면규제법 제9조에 의한 세액공제를 인정할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

조세감면규제법(1996.12.30 법률 제5195호로 개정된 것) 제9조 제1항에서 “제조업·광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “기술·인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다”고 규정하고, 같은항 제2호에서 “당해 과세연도에 지출한 기술·인력개발비에 다음 각 목의 율을 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법”이라고 규정하고 있으며, (가)목에서 “중소기업이 지출한 기술·인력개발비(다른 중소기업에 지출한 기술·인력개발비를 포함한다)의 경우에는 100분의 15”라고 규정하고 있고, 같은조 제4항에서 “제1항의 규정의 적용을 받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다”고 규정하고 있다.

조세감면규제법 시행령 제9조 제1항에서 “법 제9조 제1항 본문에서 『대통령령이 정하는 사업』이라 함은 제8조 제1항 제1호 내지 제4호 및 제6호 내지 제10호에 규정된 사업을 말한다”고 규정하고, 제2항에서 “법 제9조 제1항 본문에서 『대통령령이 정하는 비용』이라 함은 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 별표 4의 비용을 말한다”고 규정하고 있으며, 제5항에서 “법 제9조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 과세표준신고와 함께 기술 및 인력개발비 지출에 관한 명세서를 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다”고 규정하고 있다.

다. 심리 및 판단

청구법인은 1997사업연도 법인세과세표준 및 세액신고시 조세감면규제법에 의한 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제로 쟁점세액을 신고한 사실과 처분청이 청구법인이 신고한 기술 및 인력개발비가 기술개발촉진법 시행규칙 제4조 및 제5조에 규정하는 과학기술부장관 또는 위임받은 한국산업기술진흥협회장에게 신고서를 제출하여 인정받은 전담부서가 아닌 미인가된 기업자체의 부설연구소에 대한 지출이라 하여 세액공제를 배제한 사실은 처분청의 과세자료에 의하여 확인된다.

청구법인은 기술 및 인력개발비 세액공제의 취지가 연구개발을 장려하기 위한 것이어서 실질적으로 연구개발활동을 수행하면서 기술 및 인력개발비를 지출하면 세액공제를 인정하여야 한다고 주장하고 있는 바, 이에 대하여 살펴본다.

(1) 청구법인은 조세감면규제법 시행령 제8조 제1항 제3호의 규정에서 정하는 정보처리 및 컴퓨터운영관련업을 영위하고 있어 조세감면규제법 제9조의 규정에서 정하는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 것으로 보이고, 청구법인의 조직도에 의하면 실시간 감시 소프트웨어 개발 및 레저스포츠 소프트웨어 개발목적의 연구개발부서가 존재하는 것으로 나타나고 있으며, 동 부서에 근무하는 직원 4인의 급여로서 총31,777,650원을 지급한 사실이 이들에 대한 급여의 원천징수영수증에 의하여 확인된다.

(2) 기술개발촉진법시행규칙 제5조 제1항에서 연구개발전담부서의 요건을 규정하고 있고, 제2항에서 과학기술부장관은 조세·금융 기타의 지원이 필요하다고 인정되는 경우에는 연구개발전담부서의 요건을 갖춘 자에 대하여 신고하게 할 수 있다고 규정하고 있으나, 조세의 경우에 있어서 조세법률주의 원칙상 과세대상과 과세요건을 법률로 명확하게 정할 것을 요구하고 있고, 여기에서 조세·금융 기타의 지원이 필요하다고 인정되는 경우란 기술개발을 위한 자금지원 기타 기술개발 장려시책 등을 말하는 것으로 해석하여야 할 것이고 조세에 관한 사항까지 과학기술부장관에게 신고하도록 한 것은 아니라고 보아야 할 것이므로, 조세감면규제법시행규칙 제7조에서 기술개발촉진법시행규칙 제5조에서 규정된 기업의 연구개발전담부서라고 규정한 것은 기술개발촉진법시행규칙 제5조 제1항에 규정된 요건을 갖춘 전담부서를 말하는 것이라고 보아야 함이 타당해 보인다.

(3) 이 건 과세처분의 경우, 처분청은 조세감면규제법시행규칙 제7조에 의하여 인용되고 있는 기술개발촉진법시행규칙 제5조에서 연구개발전담부서를 일정한 경우에 신고하게 할 수 있다고 한 규정을 근거로 청구법인에서 과학기술부장관에 신고하지 아니한 연구개발전담부서에 지출한 기술·인력개발비라고 하여 세액공제대상에서 제외하였으나, 조세법의 해석은 과세요건은 엄격하게 해석하여야 할 것이므로, 조세감면에 대하여 규정한 법령에서 연구개발전담부서의 신고를 필수요건으로 명시하고 있지 않은 이상 이를 감면배제의 이유로 삼아서는 안되는 것이라고 할 것이다.

(4) 또한, 조세감면규제법시행규칙 제7조는 1998.3.21 개정시 종전의 “ 기술개발촉진법시행규칙 제5조에 규정된 기업의 연구개발전담부서”를 “ 기술개발촉진법시행규칙 제5조의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업의 연구개발부서”로 개정하여 이 규정은 1998.1.1 이후 최초로 개시하는 과세연도부터 적용하도록 하고 있고, 이러한 조세감면규제법시행규칙의 개정취지는 과학기술부장관에의 신고가 세액공제를 받기 위한 필수적인 요건인지의 여부가 불분명하던 것을 명확하게 하기 위한 것이라고 할 것인 바, 법령에서 기술·연구개발비에 대한 지출에 대하여 세액공제의 요건으로 과학기술부장관에게 신고의무를 정하고 있지 않음에도 불구하고, 신고를 세액공제를 적용받기 위한 요건으로 확대 해석하는 것은 법령의 해석의 범위를 넘는 것으로 보인다.

위 사실관계를 종합하여 볼 때, 청구법인은 기술개발촉진법시행령 제5조 제1항에서 규정하는 요건을 갖춘 연구개발전담부서를 운영한 사실이 청구법인이 제출한 청구법인의 조직도, 연구개발전담부서에 근무한 직원들의 근로소득원천징수영수증 및 자격증 등에 의하여 확인되고, 한편 조세감면규제법상 기술·인력개발비 세액공제를 인정하는 이유가 기술·인력개발을 장려하는 데 목적이 있으므로 실제 기술·인력개발에 대한 비용을 지출하였다면 세액공제를 인정하는 것이 동법의 입법취지에도 적합함에도 불구하고, 처분청에서 청구법인이 연구개발전담부서에 대하여 과학기술부장관에 신고를 하지 않았다는 사유만으로 기술·인력개발비에 대한 지출에 대하여 세액감면을 배제한 처분은 잘못된 것으로 판단된다(국심 99경0756, 1999.12.28 합동회의 같은 뜻임).

라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.