가. 청구법인은 계열법인인OOOOOO주식회사(이하 “관련법인”이라 한다)가 1997.6.30. 실시한 유상증자(발행주식 200만주, 1주당 발행가액 5,000원)시 대주주인 양OO 등이 실권한 주식 1,010,029주 중 70만주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 청구법인이 1주당 5,000원에 배정받아 인수한 후, 쟁점주식을 1998.4.1.～1999.3.31사업연도에 310,000주, 1999.4.1.～2000.3.31사업연도에 362,991주를 각각 양도하였다.

나. 처분청은 청구법인이 특수관계자인 관련법인의 유상증자시 쟁점주식을 시가보다 높은 금액으로 인수하였다 하여 부당행위계산부인규정을 적용하면서, 쟁점주식의 1주당 가액을 상속세 및 증여세법 제63조의 규정에 의하여 평가한 1주당 가액 3,094원과 인수가액 1주당 5,000원의 차액을 산출하여, 관련법인의 유상증자시 실권주 중 청구법인이 취득한 주식수와 신주인수를 포기한 주식의 양OO등의 지분율(70만주×1,010,029주/200만주)을 반영하여 산출한 673,790,060원을 부당행위계산부인하여, 청구법인의 1997.4.1～1998.3.31사업연도 소득금액을 조정(익금산입 부당행위계산부인<고가인수> 673,790,060원 기타사외유출, 손금산입 투자유가증권 673,790,060원 △유보)하는 한편, 청구법인이 쟁점주식을 양도한 1998.4.1.～1999.3.31사업연도에 298,392,740원, 1999.4.1.～2000.3.31사업연도에 349,393,836원 등 쟁점주식 취득당시의 시가초과액 상당액을 손금불산입(취득가액에서 제외)하여 2004.5.20. 청구법인에게 1999.4.1～2000.3.31사업연도 법인세 328,316,810원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.8.9. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 1998.12.31 이전에는 자본거래에 대하여 부당행위계산부인규정이 적용되지 아니하고, 부당행위계산부인규정이 적용되는 경우에도 구 법인세법 시행령(1998.12.31, 대통령령 제15970호로 전면개정되기 전의 것을 말한다. 이하 같다) 제46조제2항제4호에 의하여 「특수관계자로부터 시가를 초과하여 자산을 매입하거나 출자자 등에게 시가에 미달하게 자산을 양도한 때에 해당되는 경우」에만 부당행위계산부인하여 그 부인금액(시가초과액)을 취득가액에서 차감하도록 같은 법 시행령 제37조 제3항에 규정되어 있을 뿐, 이 건의 경우 위 같은 조 제2항 제9호에 규정된 기타 출자자 등에게 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우에는 부당행위계산부인은 되나 시가초과액이 취득가액에서 차감되는 것은 아니므로 쟁점주식의 유상증자 납입액이 시가를 초과한다고 하더라도 그대로 취득가액으로 인정하여야 하는 것으로, 쟁점주식을 양도한 1998.4.1～1999.3.31사업연도 298,392,740원, 1999.4.1～2000.3.31사업연도 349,393,836원의 손금불산입(유보)을 취소하고, 각 사업연도별로 손금산입(기타) 처분하여야 한다.

(2)쟁점주식의 취득원가를 손금불산입하더라도 쟁점주식에 대한 평가액을 계산할 때 처분청은 증자전의 1주당 가액으로만 평가하였는 바, 관련법인의 실권주 2,000,000주 중 35%인 700,000만주를 청구법인과 특수관계가 없는 제3자가 인수한 가액이 있므로 이를 시가로 보아야 하고, 상속세 및 증여세법상 보충적평가방법에 의하더라도 상속세 및 증여세법 제39조와 같은 법 시행령 제29조 제3항에 신주 발행 등 증자에 따른 증여의제를 규정하면서 실권주를 배정받은 자가 실권주를 배정받음으로써 얻은 이익 등에 대한 평가방법을 규정하고 있으므로 동 규정을 적용하여야 하며, 쟁점주식은 최대주주 및 그와 특수관계에 있는 주주의 주식에 해당되므로 평가액에 10%를 할증하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 유상증자시 특수관계자에게 분여한 이익은 1998.12.31. 법인세법 시행령 개정전에는 구 법인세법 시행령 제46조제2항제4호의 규정을 적용하여 일반 취득자산과 함께 유가증권도 포함하는 것으로 해석하여 부당행위계산부인 규정을 적용하는 것이므로 취득가액에 시가초과액을 포함하여야 한다는 청구주장은 받아 들이기 어렵다.

(2) 구 법인세법 제20조와 같은 법 시행령 제46조 제2항 제4호 및 같은 법 시행규칙 제16조의2의 규정과 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호의 규정에 의하여 관련법인은 협회등록법인(코스닥시장)에 해당되므로 증자전 3개월간 매일 거래된 최종시세가액을 평균한 1주당 3,094원을 시가로 본 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 1998.12.31. 법인세법시행령이 개정되기 전에 청구법인이 관련법인의 유상증자에 따른 실권주를 취득한 것에 대하여 시가를 초과하여 매입하였다 하여 부당행위계산부인규정을 적용하고, 동 주식을 양도시 그 부인금액(시가초과액)을 취득가액에서 차감하여 손금불산입한 처분의 당부

(2) 처분청이 쟁점주식에 대한 부당행위계계산부인시 쟁점주식의 시가를 상속세 및 증여세법 제63조의 규정에 의하여 평가한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 쟁점(1)관련

(가) 법인세법 제20조【부당행위계산의 부인】

- 1998.12.28 법률 제5581호로 전면 개정되기 전의 것

정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

(나) 법인세법 시행령 제37조【자산의 취득가액 등】

- 1998.12.31 대통령령 제15970호로 전면 개정되기 전의 것

① 법 제17조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액에 의한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액(생략)

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 취득가액에는 제12조 제1항 제10호의 규정에 의하여 수익으로 보는 금액을 포함하며, 자산의 평가차익 중 제12조 제1항 제5호의 규정에 의하여 수익으로 보지 아니하는 금액과 제46조 제2항 제4호의 규정에 의한 시가초과액은 포함하지 아니한다.

(다) 법인세법 시행령 제46조【법인의 부당한 행위 또는 계산】- 1998.12.31 대통령령 제15970호로 전면 개정되기 전의 것

① 법 제20조에서 특수관계 있는 자 라 함은 다음 각호의 관계있는 자를 말한다.

1. 출자자(소액주주를 제외한다. 이하 같다)와 그 친족

② 법 제20조에서 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

4. 출자자 등으로부터 자산의 시가를 초과하여 매입하거나 출자자 등에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 때

9.기타 출자자 등에게 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 것이 있을 때

(라) 법인세법시행규칙 제16조의2【시 가】

- 1998.3.21 재정경제부령 제12호로 개정되기 전의 것

영 제12조 제1항 제10호·영 제37조의 3 제9항·영 제40조 제1항·영 제41조 제1항·영 제46조 및 영 제116조 제2항·제4항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액에 의하고, 감정한 가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식은 상속세 및 증여세법 제63조의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다.

(마) 법인세법 시행령 제72조【자산의 취득가액 등】

- 1998.12.31 대통령령 제15970호로 전면 개정된 것

① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1.타인으로부터 매입한 자산: 매입가액에 취득세 등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

5. 제1호 내지 제4호외의 방법으로 취득한 자산 : 취득당시의 시가

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 취득가액에는 다음 각호의 금액을 포함하지 아니하는 것으로 한다.

3. 제88조 제1항 제1호의 규정에 의한 시가초과액

(바) 법인세법 시행령 제88조【부당행위계산의 유형 등】

- 1998.12.31 대통령령 제15970호로 전면 개정된 것

① 법 제52조 제1항에서 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

8. 다음 각목의 1에 해당하는 자본거래로 인하여주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우

나.법인의 증자에 있어서 신주를 배정받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기(그 포기한 신주가 증권거래법 제2조 제3항의 규정에 의한 모집방법으로 배정되는 경우를 제외한다)하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우

(사) 법인세법 시행령 부칙 제8조【손익의 귀속사업연도 등에 관한 적용례】- 1998.12.31. 대통령령 제15970호로 개정된 것

③ 제72조의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 취득하는 분부터 적용한다.

(2) 쟁점(2)관련

(가) 법인세법 시행규칙 제16조의2【시 가】

- 1998.3.21 재정경제부령 제12호로 개정되기 전의 것

영 제12조 제1항 제10호·영 제37조의 3 제9항·영 제40조 제1항·영 제41조 제1항·영 제46조및 영 제116조 제2항·제4항의 규정을 적용함에 있어서시가가 불분명한 경우에는 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액에 의하고,감정한 가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식은 상속세 및 증여세법 제63조의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다.

(나) 법인세법 시행령 제89조 (시가의 범위 등)

- 1998.12.31 대통령령 제15970호로 전문개정된 것

① 법 제52조제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 복수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.

② 법 제52조제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 지가공시및 토지등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식등을 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법제38조· 동법 제39조 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액

(다) 상속세 및 증여세법 제39조【증자에 따른 증여의제】

- 1998. 12. 28 법률 제5582호로 개정되기 이전의 것

① 법인의 자본 또는 출자액의 증자 또는 감자시 다음 각호의 1에 해당하는 이익을 받은 자는 당해 이익을 받은 경우에 그 이익에 상당하는 금액을 증여받은 것으로 본다.

1. 법인의 자본 도는 출자액을 증가시키기 위하여 새로운 주식 또는 지분(이하 이 조에서 신주 라 한다)을 배정함에 있어서 당해 법인의 주주(출자자를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가 신주를 배정받을 수 있는권리의 전부 또는 일부를 포기한 경우로서 다음 각목에 규정하는 이익

가. 그 포기한 신주(이하 이 항에서 실권주 라 한다)를 다시 배정하는 경우( 증권거래법 제2조 제3항의 규정에 의한 유가증권의 모집방법으로 배정하는 경우를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에는 그 실권주를 배정받은 자가 실권주를 배정받음으로써 얻은 이익 중 대통령령이 정하는 이익

(라) 상속세 및 증여세법 제63조【유가증권 등의 평가】

- 1998. 12. 28 법률 제5582호로 개정되기 이전의 것

① 유가증권 등의 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다.

1. 주식 및 출자지분의 평가

가. 한국증권거래소에서 거래되는 주식 및 출자지분은평가기준일전 3월간에 공표된 매일의 한국증권거래소 최종시세가액(거래실적의 유무를 불문한다)의 평균액. 다만, 평균액계산에 있어서 3월의 기간중에 증자 합병 등의 사유가 발생하여 당해 평균액에 의하는 것이 부적당한 경우에는 증자 합병 등이 있는 날의 다음 날부터 평가기준일까지의 기간의 평균액에 의한다.

나. 대통령령이 정하는 장외등록법인의 주식 및 출자지분 중 대통령령이 정하는 주식 및 출자지분에 대하여는 가목의 규정을 준용한다. 이 경우 “한국증권거래소 최종시세가액”은 “증권업협회 기준가격”으로 본다.

③ 제1항 제1호 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 대통령령이 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그와 특수관계에 있는 주주 또는 출자자의 주식 및 그와 특수관계에 있는 주주 또는 출자자의 주식 및 출자지분에 대하여는 제1항 제1호 및 제2항의 규정에 의하여 평가한 가액에 그 가액의 100분의 10을 가산한다.

(마) 상속세 및 증여세법 시행령 제29조【증자·감자시 증여의제가액의 계산방법 등】

- 1998.12.31 대통령령 제15971호로 개정되기 이전의 것

②법 제39조 제1항 제1호 가목에서 “대통령령이 정하는 이익”이라 함은제1호의 규정에 의하여 계산한 가액에서제2호의 규정에 의한 가액을 차감한 가액에 제3호의 규정에 의한 신주수를 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. [(증자전의 1주당 평가가액×증자전의 발행주식총수)＋(신주 1주당 인수가액 ×증자에 의하여 증가한 주식수)]÷(증자전의 발행주식총수＋증자에 의하여 증가한 주식수)

2. 신주 1주당 인수가액

3. 균등한 조건에 의하여 배정받을 신주수를 초과하여 배정받은 자의 그 초과부분의 신주수

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 살펴본다.

(가) 1997.6.30. 관련법인의 유상증자시양OO와 그 친족(OOO, OOO)은 관련법인의 최대주주(50.5% 지분)로서 양OO 등이 청구법인과 관련법인의 특수관계자에 해당되고, 청구법인이 쟁점주식을 아래 표와 같이 취득하여 양도한 사실에 대하여 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

OOOO OOOO OO O OOOO OOOO

(OO O O, O)

(나) 신주인수의 법률적 성질이 상법상으로는 사원관계의 발생을 목적으로 하는 입사계약으로 인정되고, 상법 제417조의 규정에 의하여 신주의 액면 미달발행이 엄격하게 제한되어 신주를 인수하고자 할 때에 그 액면 가액대로 인수할 수밖에 없다고 할지라도, 세무회계상 타법인 발행의 신주인수는 투자자산의 매입에 해당하므로 신주발행 당시 발행회사의 자산상태 등의 평가에 의한 신주의 정당한 평가가액과 신주인수가액과의 차액을 비교하여 부당행위 부인의 대상이 되는 고가매입 여부를 따져 보아야 할 것이어서, 손익거래뿐 아니라 이 건의 경우와 같이 신주인수행위와 같은 자본거래도 소득금액에 영향을 미치는 한, 그 행위가 부당행위계산의 거래유형에 해당하거나 이에 준하는 행위 또는 계산으로서 법인의 이익을 분여하였다고 볼 수 있는 경우에는 부인의 대상이 된다고 할 것이다(OOO OOOOO OOOO, OOOOOOOOO O OO O). 그렇다면, 청구법인은 관련법인의 유상증자시 특수관계자가 실권한 쟁점주식을 시가보다 높은 가액으로 인수함으로써 특수관계자인 관련법인의 주주들에게 이익을 분여하여 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 경우에 해당하므로, 처분청이 구 법인세법 제20조 및 구 법인세법시행령 제46조제2항제4호에 의하여 부당행위계산부인한 처분은 정당하다고 하겠다.

(다) 자산을 시가보다 초과하여 취득하는 경우 시가초과액을 부당행위계산부인하는 때에는 취득시점에서 취득가액에서 시가초과액을 차감하였다가 당해 자산을 처분하는 시점에서 과세하는 것이 부당행위계산부인의 논리라 할 것이다. 투자자산의 고가매입으로 인한 부당행위부인규정 적용시 세무조정은 자산취득시 사외유출이 발생하나 법인세 과세표준에는 영향이 없고 매도시에 법인세 과세표준에 영향이 있으므로, 손익의 귀속시기는 그 자산을 양도하고 대금을 청산한 날이 속하는 사업연도로서, 고가매입의 경우 당해자산을 양도하는 사업연도에 손익을 귀속시키기 위해서는 세무회계처리상 매입연도에 시가를 초과하는 금액을 익금산입과 동시에 손금산입하여 유보처분하였다가 그 자산을 양도한 때에 시가초과액을 익금에 산입하여 과세표준을 증액시키고 유보처분하는 것이 타당하다 할 것이고(OOO OOOOOOO, OOOOOOOOOO O OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO O OO), 이와 같은 취지에서 구 법인세법시행령 제37조제3항에서 제46조제2항제4호의 고가매입으로 인한 시가초과액을 취득가액에서 제외하도록 규정하고 있다.

(라) 그렇다면, 청구법인이 관련법인의 유상증자시 특수관계자가 포기한 쟁점주식을 시가보다 높은 가액으로 매입한 것에 대하여 처분청이 부당행위계산부인하여 법인소득금액 계산시 그 부인금액(시가초과액)을 익금산입 및 손금산입하고, 양도시점에 손금불산입하여 이 건 법인세를 과세한 것은 타당하다고 판단되므로, 청구법인이 쟁점주식을 취득한 것이 구 법인세법시행령 제46조제2항제9호에 해당함을 전제로 하여 쟁점주식의 시가초과액이 취득가액에 포함된다는 청구법인의 주장은 이를 받아들이기 어렵다 할 것이다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 살펴본다.

(가) 1997.6.30 관련법인이 증자한 2,000,000주 중 600,00주(증자주식의 30%)는 외국법인인 OOOO주식회사가 취득하고, 100,000주(증자주식의 5%)는 거주자인 조OO·조OO이 취득한 것으로 나타난다.

(나) 관련법인이 코스닥등록법인으로서, 쟁점주식의 유상증자일(1997.6.30) 전 3월간의 최종시세가액의 1주당 평균가액은 3,094원으로 심리자료에 나타난다.

(다) 시가란 특수관계자가 아닌 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격을 말하는 것으로, 이 건의 경우 청구법인이 쟁점주식을 1주당 5천원에 양수한 필요성이나 특수성 등에 대하여 구체적인 사유를 밝히지 못하고 있고, 법인의 증자시에 불입한 1주당 주금납입액은 시가로 인정하는 거래가액에 해당하지 아니하는 것이므로(OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO OO O), 이 건의 경우와 같이 증자주식인 쟁점주식의 경우 주금납입액외에 시가로 인정할 수 있는 매매실례가액등이 없어 시가가 불분명한 경우라 할 것이다. 시가가 불분명한 쟁점주식의 경우 보충적으로 그 시가에 갈음하여 객관적이고 합리적인 방법을 택하여 그 가액을 평가하여야 하나, 이 경우 구 법인세법 시행규칙 제16조의2의 규정을 적용하여 구 상속세 및 증여세법 제63조(1998. 12. 28 법률 제5582호로 개정되기 이전의 것을 말한다. 이하 같다)의 규정에 따라 그 가액을 평가할 수 있다고 할 것이나, 구 상속세 및 증여세법 제63조의 규정은 구주에 대한 평가방법으로 실권주인 쟁점주식에 대한 평가방법은 아니므로 그 가액은 객관적이고 합리적인 방법에 의하여 평가할 수 밖에 없다 할 것이고, 신주인수행위는 취득당시에 그 가치가 확정되어 있는 일반적인 자산의 매입과는 달리 당해 주식대금 납입 자체로 인하여 발행법인의 주식가치가 변동함으로써 인수자가 신주를 취득할 때에는 이미 그 가치가 변동한 상태인 점을 감안하면, 신주의 고가인수로 인한 부당행위계산 부인액 산정의 기준이 되는 시가도 증자대금 납입 직후의 주식가액으로 보아야 할 것이며(OOO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO O), 1998.12.31 대통령령 제15970호로 전문개정된 법인세법 시행령 제89조제2항제2호에서 시가를 상속세 및 증여세법 제39조의 규정을 준용하도록 하고 있는 점을 감안할 때, 증자시 증여의제가액의 계산방법에 관하여 규정하고 있는구 상속세 및 증여세법 시행령 제29조제2항(1998.12.31 대통령령 제15971호로 개정되기 이전의 것을 말한다. 이하 같다)의 규정을 준용하여 증자주식인 쟁점주식의 가액을 평가하는 것이 타당하다 할 것이고, 구 상속세및증여세법 시행령 제29조제2항에서 최대주주 등의 주식 및 출자지분에 대하여 할증하여 평가하는 규정을 두고 있지 아니하므로 할증평가는 할 수 없다 하겠다.

(라) 따라서, 실권주인 쟁점주식은 시가가 불분명하므로 구 상속세 및 증여세법 시행령 제29조제2항의 규정을 준용하여 평가한 가액을 시가로 보아 그 시가초과액에 대하여 부당행위계산부인하고 양도시 시가초과액을 손금불산입하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제 2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.