가. 청구법인은「과학기술분야 정부출연기관 등의 설립·운영 및육성에 관한 법률」에 따라 정부가 100% 출연하여 설립된 비영리법인으로 과학·기술분야 연구를 주된 목적으로 운영되는 연구기관이다.

나. 감사원은 2011년 8월 청구법인과 같은 비영리연구기관이 기업등에게 연구개발과제 결과물의 실시를 허여(許與)하는 대가로 기술료를 징수하고, 참여연구원 등에게 지급하는 성과급 등은 비과세되는 기타소득인「발명진흥법」상의직무발명보상금이 아니라 근로소득에 해당되므로 근로소득세 등을 징수할 것을 국세청장에게 통보하였다.

다. 처분청은 감사원의 확인 및 조치 통보에 따라 청구법인이 2006년부터 2010년까지 직원에게 지급한 OOO원의 기술료(이하 “쟁점기술료”라 한다)에 대하여, 2012.1.5. 청구법인에게 근로소득세 OOO 및 법인세(지급명세서의 미제출에 따른 가산세) OOO을 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.3.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

특허청이 청구법인에 소속된 연구원의 연구수행결과물이 직무발명에 포함된다고 해석하였으며, 청구법인은「발명진흥법」상의 직무발명에 대하여 정당한 보상기준을 규정하는「기술이전 및 사업화촉진에 관한법률」에 따라 직무발명을 승계한 사용자가 타인에게 실시권리를 부여하고 수령하는 기술료에 대하여 보상금을 지급받은 것이므로 쟁점수수료는 비과세 기타소득인 직무발명보상금에 해당된다.

나. 처분청 의견

기술료 성과급의 경우, 비영리연구기관에서 정부출연금 등을 재원으로 하여 수행한 연구개발결과물의 소유권은 원칙적으로 국가 또는연구기관 등에 귀속되고, 그 실질이 비영리기관의 매출(수입)에 기여한 것에 대한 인센티브 성격의 금원이며, 연구개발결과물에서 기술료가 발생하면 지급하는 것이므로 그 지급여부는 결과물의 특허관련성과 무관하며, 지급대상자에는 발명자는 물론 참여연구원, 심지어는 해당연구에 참여하지 아니한 지원인력도 포함하게 규정되어 있는 점 등을감안할 때, 발명자인 종업원이 특허권 등을 사용자에게 승계하는 대신 지급받는 직무발명보상금과는 성격이 다른 것이다.

따라서, 청구법인이 기술료수입을 재원으로 하여 소속 직원에게 지급하는쟁점기술료는 그 명칭이 무엇이든지 그 실질은 성과급으로서 근로소득에 해당하는 것이고 그 지급받는 대상 또는 특허와의 관련성 유무에 따라서 소득의 종류 자체가 달라지지 아니하는 것이므로 근로소득으로 보아 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 직원에게 지급하는 쟁점기술료를 비과세 기타소득인「발명진흥법」상 직무발명보상금으로 인정할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제12조【비과세소득】다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

5. 기타소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

라. 종업원의 직무와 관련된 우수발명으로서 대통령령으로 정하는것에 대하여 지급되는 다음의 보상금

1) 종업원이 「발명진흥법」제15조에 따라 사용자로부터 받는 보상금

2) 대학의 교직원이 소속 대학에 설치된 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단으로부터 같은 법 제32조에 따라 받는 보상금

제12조【비과세소득】

다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

5. 기타소득 중 다음 각 목의 1에 해당하는 소득

라.종업원의 직무와 관련된 우수발명으로서 대통령령이 정하는 것에 대하여 사용자로부터 받는 보상금

(2) 소득세법 시행령 제18조【비과세되는 기타소득의 범위】

② 법 제12조 제5호 라목에서 "대통령령이 정하는 것"이란「발명진흥법 」에 따른 직무발명을 말한다.

(3) 발명진흥법 제2조【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1."발명"이란「특허법」·「실용신안법」또는「디자인보호법」에 따라 보호대상이 되는 발명, 고안 및 창작을 말한다.

2. "직무발명"이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 "종업원등"이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자·법인또는 국가나 지방자치단체(이하 "사용자 등"이라 한다)의 업무 범위에속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원 등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다.

제10조【직무발명】① 직무발명에 대하여 종업원 등이 특허, 실용신안등록, 디자인등록(이하 "특허 등"이라 한다)을 받았거나 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허 등을 받으면 사용자 등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권(이하 "특허권등"이라 한다)에 대하여 통상실시권(通常實施權)을 가진다.

③ 직무발명 외의 종업원 등의 발명에 대하여 미리 사용자 등에게 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권 등을 승계시키거나 사용자 등을위하여 전용실시권(專用實施權)을 설정하도록 하는 계약이나 근무규정의 조항은 무효로 한다.

제15조【직무발명에 대한 보상】① 종업원 등은 직무발명에대하여 특허 등을 받을 수 있는 권리나 특허권 등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자 등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다.

② 제1항에 따른 보상에 대하여 계약이나 근무규정에서 정하고 있는 경우 그에 따른 보상이 다음 각 호의 상황 등을 고려하여 합리적인 것으로 인정되면 정당한 보상으로 본다.

1. 보상형태와 보상액을 결정하기 위한 기준을 정할 때 사용자 등과 종업원 등 사이에 행하여진 협의의 상황

2.책정된 보상기준의 공표·게시 등 종업원 등에 대한 보상기준의 제시 상황

3. 보상형태와 보상액을 결정할 때 종업원등으로부터의 의견 청취 상황

③ 제1항에 따른 보상에 대하여 계약이나 근무규정에서 정하고 있지아니하거나 제2항에 따른 정당한 보상으로 볼 수 없는 경우 그 보상액을 결정할 때에는 그 발명에 의하여 사용자등이 얻을 이익과 그 발명의 완성에 사용자 등과 종업원 등이 공헌한 정도를 고려하여야 한다.

(4) 특허법 제2조【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. "발명"이라 함은 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도한 것을 말한다.

2. "특허발명"이라 함은 특허를 받은 발명을 말한다.

3."실시"라 함은 다음 각 목의 1에 해당하는 행위를 말한다.

가. 물건의 발명인 경우에는 그 물건을 생산·사용·양도·대여 또는수입하거나 그 물건의 양도 또는 대여의 청약(양도 또는 대여를 위한 전시를 포함한다. 이하 같다)을 하는 행위

나.방법의 발명인 경우에는 그 방법을 사용하는 행위

다. 물건을 생산하는 방법의 발명인 경우에는 나목의 행위 외에 그 방법에 의하여 생산한 물건을 사용·양도·대여 또는 수입하거나 그 물건의 양도 또는 대여의 청약을 하는 행위

(5) 기술이전 및 사업화촉진에 관한 법률 제19조【공공기술의 이전·사업화 촉진】② 공공연구기관의 장은 해당 기관의 연구자가 개발한기술의 이전으로 발생하는 기술료의 일정부분은 연구자와 공공연구기관 소속 임직원 중 기술이전에 기여한 사람으로서 대통령령이 정하는 사람에게 적정하게 배분하여야 한다.

④ 제2항에 다른 기술료의 적정배분에 관한 기준·방법과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(6) 기술이전 및 사업화촉진에 관한 법률 시행령 제24조【공공기술이전에 대한 성과배분】① 법 제19조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 사람”이란 해당 기술이전에 관한 계약체결과 그 과정에 기여한 사람(연구자는 제외한다)으로서 공공연구기관의 장이 정하는 사람을 말한다.

② 법 제19조 제2항에 따라 연구자 및 기술이전에 기여한 사람에게 배분하는 보상금은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

1.연구자 : 연구자가 개발한 기술을 이전하거나 사업화하여 얻은 기술료의 100분의 50이상

2.기술의 이전에 기여한 사람 : 연구자가 개발한 기술을 이전하거나 사업화하여 얻은 기술료의 100분 10 이상

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 정부출연금 등을 재원으로 하여 국가연구개발과제를 수행하는바, 모든 연구개발과제는 중앙관리방식으로 연구개발에 대한 계약·정산·보고는 청구법인이 당사자로서 수행하며, 연구결과물의 소유권(특허권 등)은 청구법인에게 귀속되고, 해당 연구자는 발명자로 등재되고 있으며, 연구개발과제 수행결과로 취득한 특허권 등 기술을 타인에게 양도하거나 전용실시권을 부여하고 수령하는 기술료수입을「기술이전 및 사업화촉진에 관한 법률」,「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」 및 자체 규정에 따라 해당 연구개발과제에 참여한 연구원에게 기술료 수입의 50%, 기타 기술이전에 기여하는 행정지원

인력에게 10% 내의 가액을 각각 기술료보상금으로 지급하고, 그 밖의 금액은 청구법인의 연구개발 재투자, 기관운영경비에 사용하고 있다.

(2) 감사원은 「과학기술기본법」제11조의4 및「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」제23조 등에 근거하여서 한국전자통신연구원이 기술료를 재원으로 하여 연구개발과제에 참여한 연구원 등에게 인센티브로 지급하는 성과급인 쟁점기술료를 비과세 기타소득인 직무발명보상금으로 오인하여 부족하게 징수된 소득세를 징수하게 국세청장에게 통보하며, OOO 외에이와 유사한 사례가 있는지확인하여 부족하게 징수된 근로소득세의 추가 징수방안을 마련할 것을 권고하였고, 감사원의 통보자료를 보면, OOO는 모두기술료 성과급을 과세대상인 근로소득으로 분류하여 신고한 것으로 나타난다.

(3) 살피건대, 청구법인은쟁점기술료가 「소득세법」제12조제5호 라목의 비과세대상인 기타소득이므로 이 건 과세처분이 부당하다는 주장이나, 비영리연구기관이 정부출연금 등을 재원으로 하여 수행한 연구개발결과물의 소유권은 원칙적으로 국가또는 연구기관에 귀속되는 것이고, 결과물에서 기술료가발생하면 지급하는 것으로 대상이 결과물의 특허 등과 직접적 관련성이 없는 점, 지급대상자에 발명자는 물론 참여연구원, 심지어 해당 연구에 직접 참여하지 아니한지원인력까지 포함된 점, 일시적·우발적이 아니라 매년 계속적·반복적으로 지급하는 점, 유사한 비영리연구기관인 OOO 등은 기술료 성과급을 과세되는 근로소득으로 신고는 점 등을 종합하면, 쟁점기술료를 재원으로 소속 직원에게 지급한금원은 그 명칭이 무엇이든 실질은 성과급으로 근로소득에 해당된다고 판단되므로 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2012전1728, 2012.6.22. 같은 뜻임).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.