처분청은 청구외 ㅇㅇ협동조합(이하 “ㅇㅇ조합”이라 한다)이 1995.5.11.ㅇㅇ도ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리ㅇㅇ번지외 3필지 토지 4,147㎡(이하 “이건 토지”라 한다) 및 그 지상건축물 2,276.04㎡(이하 이건 토지를 포함하여 “이건 부동산”이라 한다)를 채권보전용으로 취득한데 대하여 취득세 및 등록세를 과세면제 하였으나, 청구인이 1996.2.26. ㅇㅇ조합을 흡수합병하여 이건 부동산을 취득한 후 1년 이내에 정당한 사유없이 매각하지 아니하였으므로 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 이건 토지의 취득가액(807,029,390원)에 지방세법 제112조제2항의 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 145,265,280원, 농어촌특별세 13,315,980원과 ㅇㅇ조합에 과세면제하였던 건축물분 취득세 38,951,290원, 농어촌특별세 3,570,530원, 등록세 86,408,990원, 교육세 15,841,630원, 총합계 303,353,700원(가산세 포함)을 1998.8.10. 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 ㅇㅇ조합이 채권보전용으로 취득한 이건 부동산을 법인 합병으로 취득하였으므로 지방세법 제110조제4호 및 제281조제2항의 규정에 의거 취득세는 비과세되고, 등록세는 면제대상에 해당되어 부과할 수 없고 다만, 이건 토지가 법인의 비업무용토지가 된 경우에 한하여 취득세를 중과세할 수 있다 하겠으나, 청구인은 이건 부동산을 취득(1996.2.26)한 후 청구외 ㅇㅇ조합중앙회의 부동산 매각센터에 매각을 위임하여 1996.2.28.부터 1998.6.15.까지 총 10회에 걸쳐 매분기별로 일간지에 매각공고를 하였고, 공매가격도 감정가액의 50%까지 낮추었음에도 IMF영향 등 부동산 경기침체로 응찰자가 없어 매각하지 못한 것이므로 정당한 사유에 해당되고, 이건 부동산을 일시적으로 임대한 것은 이건 부동산의 용도가 예식장용으로서 예식장건물내에 설치된 고가의 실내장식 등이 손상될 우려가 있어 시설물 관리차원에서 매각시 즉시 명도하는 조건으로 2분의 1 수준의 임대료만을 받고 임대한 것일뿐, 이건 부동산의 매각을 포기한 것이 아니라 할 것인데도 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고, 당초 ㅇㅇ조합에게 과세면제한 취득세와 등록세를 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 법인을 합병한 경우 ㅇㅇ조합이 채권보전용으로 취득한 부동산을 1년 이내에 매각하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부 및 기 과세면제된 취득세 및 등록세를 추징할 수 있는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로

가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면

지방세법 제110조에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다”라고 규정한 다음, 그 제4호(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것)에서 “법인의 합병 또는 공유물의 분할로 인한 취득, 다만, 법인의 합병으로 인하여 취득한 토지가 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지가 된 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정하고 있고, 지방세법 제112조제2항에서 “대통령령이 정하는 ...법인의 비업무용토지...을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다...”라고 규정하고, 지방세법시행령 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “법인이 토지를 취득한 날부터 1년(...)내에 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지 ...”라고 규정하고 있으며, 같은조 제4항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 토지는 제1항 내지 제3항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용토지로 보지 아니한다”라고 규정하고서 그 제2호에서 “채권을 보전하거나 행사할 목적으로 취득하는 토지, 다만 취득후 1년(...금융기관이 ...성업공사에 매각을 위임한 토지 ...는 2년 6월) 이내에 정당한 사유없이 매각되지 아니한 경우(...)에는 그러하지 아니한다”라고 규정하고 있으며, 지방세법 제281조제2항에서 “대통령령이 정하는 법인의 합병으로 인한 법인등기와 합병으로 인하여 양수받은 재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제한다”라고 규정하고, 지방세법시행령 제227조에서 “법 제281조제2항에서 ‘대통령령이 정하는 법인의 합병’이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 합병을 말한다”라고 규정한 다음, 그 제3호에서 “ㅇㅇ조합법 ...에 의하여 설립된 조합간의 합병”이라고 규정하고 있으며, 지방세법 제290조제2항에서 “다음 각호의 법인이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다”라고 규정하고서 그 제1호에서 “ㅇㅇ조합법에 의하여 설립된 ㅇㅇ조합(...)”이라고 각각 규정하고 있다.

나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면

처분청은 청구인이 ㅇㅇ조합이 채권보전용으로 취득한 이건 부동산을 법인 합병으로 인하여 취득한 후 1년 이내에 정당한 사유없이 매각하지 아니하였으므로 ㅇㅇ조합에 기 감면한 취득세와 등록세를 추징하면서 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 당초 취득가격을 과세표준으로 하여 취득세 등을 중과세한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.

그런데 청구인은 ㅇㅇ조합간에 합병으로 인하여 취득한 부동산은 취득세 비과세 및 등록세 면제대상이므로 당초 ㅇㅇ조합에 과세면제한 취득세와 등록세를 부과할 수 없을 뿐만아니라 이건 토지는 취득일로부터 1년 이내에 매각하기 위하여 적극적인 노력을 다한 정당한 사유가 있으므로 법인의 비업무용토지에서 제외되어야 한다고 주장하고 있다.

다. 이건 관계 법령과 청구인 주장과의 관계를 판단한 결과

지방세법 제110조제4호 및 제281조제2항, 지방세법시행령 제227조제3호에서 ㅇㅇ조합법에 의하여 설립된 조합간의 합병으로 인하여 양수받은 재산은 취득세가 비과세되고, 등록세는 면제하도록 규정하고 있으며, 지방세법 제112조제2항 및 제290조제2항, 지방세법시행령 제84조의4제4항제2호의 규정을 종합하면, ㅇㅇ조합법에 의하여 설립된 ㅇㅇ조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세가 면제되지만, 1년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우는 면제된 취득세와 등록세를 추징하고, 채권보전용으로 취득한 토지를 1년(성업공사에 매각을 위임할 경우는 2년 6월) 이내에 정당한 사유없이 매각하지 아니한 경우는 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하도록 규정하고 있으나, 여기에서의 『정당한 사유』라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 취득한 토지를 매각하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하였음에도 유예기간내에 매각에 이르지 못한 경우까지 포함된다 할 것이고, 나아가 그 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 그 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 그 해당법인의 목적사업, 소정기간내에 매각할 수 없었던 법령상, 사실상의 장애사유와 장애정도, 당해 법인이 토지의 취득목적에 비추어 이를 매각하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부와 유예기간 경과후 매각여부 및 경과기간 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(같은 취지의 감사원 심사결정 1997.4.22. 제97-57호)인 바, 청구인은 1996.2.26. ㅇㅇ조합을 흡수 합병하면서 1995.5.11. ㅇㅇ조합이 채권보전용으로 취득한 이건 부동산을 양수받아 취득하였으므로 취득세와 등록세는 비과세 및 면제대상에 해당된다 할 것이고, ㅇㅇ조합에 기 과세면제한 취득세와 등록세는 법인을 합병할 당시 취득일로부터 1년이 경과되지 아니하여 추징할 수 없다 할 것이며, 청구인이 이건 부동산을 취득한 후 1년 이내에 매각하지 못한 정당한 사유가 있는지에 대하여 살펴보면, 청구인이 1996.2.26. 이건 부동산을 취득한 후 ㅇㅇ조합중앙회의 부동산 처분센타에 매각을 위임하여 1년 이내인 1996.2.28. ㅇㅇ일보에 매각대금 3,780,000,000원, 같은해 6.5.ㅇㅇ일보에 매각대금 2,940,000,000원, 같은해 8.27. ㅇㅇ일보에 매각대금 2,100,000,000원, 같은해 11.4. 동아일보에 매각대금 2,100,000,000원으로 하여 매차수마다 매각대금을 20%이상씩 낮추어 매각공고를 한 사실과 1년이 경과한 1997.3.5.부터 1998.6.15.까지 6회에 걸쳐 매각공고를 한 사실에 대하여는 제출된 신문공고문에서 알 수 있으나, 제1차, 제2차 매각공고시에는 ㅇㅇ조합이 당초 이건 부동산을 취득한 가격(2,430,000,000원)보다 훨씬 높은 가격으로 매각대금을 책정하여 공고를 한 점, 비록 이건 부동산이 예식장용 건물로서 관리차원에서의 일시적 임대를 하였다 하더라도 청구인은 임대를 주업으로 하지 않는 법인임은 물론 1996.7.8. 청구외 ㅇㅇㅇ와 1996.8.14.부터 1997.6.14.까지 임대차 계약을 체결한 후 10개월간 임대해 오다가 1998.6.14.까지로 그 기간을 연장하였고, 1998.7.23. 재연장하여 1998.10월 현재까지도 임대용에 공하고 있는 사실이 제출된 임대차계약서 및 처분청 세무공무원의 현지확인복명서에서 입증되고 있는 점, 더구나 이건 부동산의 매각을 성업공사에 위임한 사실도 없고 이건 심사청구일(1998.9.22) 현재까지도 매각하지 못하고 있는 점 등을 종합해 볼 때, 이건 부동산을 1년 이내 매각하지 못한 정당한 사유가 있다고는 볼 수 없다 하겠으므로 이건 토지는 법인의 비업무용토지에 해당된다 할 것이나, 청구인이 이건 토지를 법인의 합병으로 인하여 취득하였으므로 취득세 등의 과세표준은 시가표준액(224,815,800원)을 적용하여야 하는데도 처분청이 이건 토지의 과세표준을 ㅇㅇ조합이 당초 취득한 가격으로 하여 취득세 등을 중과세한 처분과 ㅇㅇ법인에게 기 과세면제한 취득세와 등록세 등을 부과고지한 처분은 잘못이 있다 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1998. 10. 28.

행 정 자 치 부 장 관