가. 청구법인은 OOOO 각 시·군의 OOOO를 총괄하는 재단법인으로, 청구법인 명의로 등기된 토지 및 주택 등(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대하여 2005.12.10. 2005년도, 2006.12.12. 2006년도, 2007.12.10. 2007년도 종합부동산세를 각각 신고하였다.

나. 이후 청구법인은 2008.7.28. 쟁점부동산은 실제로 각 OOOO의 소유이므로 청구법인 명의로 신고한 2005년 ~2007년 종합부동산세를 실질 납세의무자별로 과세하여야 하므로 청구법인에 대하여는 이미 신고납부한 종합부동산세 중 2005년도 7,362,140원, 2006년도 25,790,900원, 2007년도 40,751,250원, 합계 73,904,290원을 환급하여야 한다는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 청구법인의 경정청구일부터 2월이 경과하는 기간까지 경정청구에 대한 결과통지를 하지 아니하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.10.6. 이의신청을 거쳐 2008.11.19.심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「국세기본법」제14조【실질과세】규정은 특별히 각 세법에서 정한 것 이외 즉, 정하지 아니한 일반적인 사항은 우선 적용하여야 하고 「조세특례제한법」제104조의13【OO O OOOO에 대한 종합부동산세 과세특례】규정은 3년간 시행한 바 모순이 발생하여 특례규정으로 시정한 것에 불과하고

각 시·군별 개별 OO가 소유하고 있는 주택의 부속 토지는 대부분 농어가 주택으로 주택의 소유자는 각 개인이고 동 주택의 부속토지만 OOOO 소유로서 동 농어가주택에 대한 과세는 종합부동산세의 입법목적인, “고액의 부동산 보유자에 대하여 종합부동산세를 부과하여 부동산 보유에 대한 조세부담의 형평성을 제고하고, 부동산의 가격안정을 도모함으로써 지방재정의 균형발전과 국민 경제의 건전한 발전에 이바지 하는 목적”에도 합당하지 않으며, 조세의 합목적성에도 결여되는 바, 재단명의로 명의신탁한 부동산을 실질 납세의무자로 하여 잘못 신고 납부한 종합부동산세를 환급조치함이 타당하다.

나. 처분청 의견

청구인이 일괄 재단본부 명의로 신고한 2005년, 2006년, 2007년 종합부동산세는 조세법률주의에 따라 「종합부동산세법」제7조 및 제8조에 근거하여 적법하게 신고납부되었으며, 「조세특례제한법」제104조의13 규정에 의거 2008.1.1. 이후 성립하는 종합부동산세부터 OO OO, 종교단체가 주택 및 토지의 소유자임을 입증할 수 있는 경우에는 개별단체로 종합부동산세를 신고할 수 있는 것으로 확인되는바, 기 신고납부한 종합부동산세를 환급하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

재단법인(OO)인청구법인 명의로 명의신탁된 토지, 건물에 대하여 실제 소유자(OOOO) 별로 종합부동산세를 과세하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 국세기본법

제14조 【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

(2) 종합부동산세(2008.12.26. 법률 제9273호로 개정되기 전의 것)

제3조 【과세기준일】종합부동산세의 과세기준일은 지방세법 제190조에 규정된 재산세의 과세기준일로 한다.

제7조 【납세의무자】①과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자로서 국내에 있는 재산세 과세대상인 주택의 공시가격을 합산한 금액이 6억원(개인의 경우 세대별로 합산한 금액을 말하며, 이하 “주택분 과세기준금액”이라 한다)을 초과하는 자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다. 이 경우, 개인은 1세대에 속하는 자(이하 “세대원”이라 한다) 중 대통령령이 정하는 주된 주택소유자(이하 "주된 주택소유자" 라 한다)가 납세의무자가 된다.

제8조 【과세표준】① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액에서 6억원을 공제한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

제13조 【과세표준】① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 당해 과세대상 토지의 공시가격을 합한 금액에서 3억원을 공제한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 당해 과세대상 토지의 공시가격을 합한 금액에서 40억원을 공제한 금액으로 한다.

제12조 【납세의무자】①과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 당해 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

(3) 조세특례제한법(2007.12.31. 법률 제8827호로신설된 것)

제104조의13 【OO O OOOO에 대한 종합부동산세 과세특례】① 대통령령으로 정하는개별 OO 또는 개별 종교단체(이하 이 조에서 “개별단체”라 한다)가 소유한 주택 또는 토지중 개별단체가 속하는 「OO재산법」에 따른 OO재단 또는 대통령령으로 정하는 종교단체(이하 이 조에서 “OO재단 등”이라 한다)의 명의로2005년 1월 4일 이전에 조세포탈을 목적으로 하지 아니하고 등기한 주택 또는 토지(이하 이 조에서 "대상주택 또는 대상토지" 라 한다)가 있는 경우,대상주택 또는 대상토지를 실제 소유한 개별단체를 「종합부동산세법」 제7조 제1항 및 제12조 제1항에도 불구하고 과세기준일 현재 각각 주택분 재산세 납세의무자 및 토지분 재산세 납세의무자로 보아 개별단체가 종합부동산세를 신고할 수 있다. 이 경우 대상주택 또는 대상토지는 종합부동산세의 과세에 한하여 개별단체의 소유로 본다. (2007.12.31. 신설)

③ 개별단체가 제1항에 따라 종합부동산세를 신고하는 경우 OO재단 등은 대상주택 또는 대상토지를 소유하지 아니한 것으로 보아 종합부동산세를 신고하여야 한다. (2007.12.31. 신설)

④ 제1항에 따른 종합부동산세액의 계산 및 신고ㆍ납부 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2007.12.31. 신설)

(4) 부칙(2007.12.31. 법률 제8827호)

제1조 【시행일】이 법은 2008년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략)

제2조 【일반적 적용례】⑧ 이 법 중 재산세 및종합부동산세에 관한 개정규정은이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인의 연도별 종합부동산세 신고 및 처분내역은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 2005년 ~ 2007년 종합부동산세 신고내역

(단위 : 원)

(2) 국세청통합전산망에 의하면 청구인은 2007.1.15. 경정청구를 제기하여 2005년 종합부동산세 토지의 과세표준을 ‘0’으로 하여 2005년 종합부동산세 납부세액이 25,790,900원으로 감액되고, 2006년 종합부동산세 토지의 과세표준을 ‘0’으로 하여 2006년 종합부동산세 납부세액이 7,362,410원으로 감액된 사실이 나타난다.

(3)청구인이 2008.7.28. 제기한 2005년 ~ 2007년 종합부동산세 경정청구내역은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 2005년 ~ 2007년 종합부동산세 경정청구 내역

(단위 : 원)

(4) OOOOO에서 발행한 “2007년도 간추린 개정세법”에서, 「조세특례제한법」제104조의13을 신설하여 종전에는 OO O OOOO에 대한 종합부동산세 과세시 등기상 명의자인 OOOO 및 OOOOO로 합산하여 누진과세하던 것을 실질과세원칙을 적용하여 부동산의 사실상 소유자인 OOOO·OOOOOOO로 과세토록 규정하고 있음이 나타나며, 실질 소유관계와 달리 통합관리되고 있는 OO·종교단체의 특성을 고려하여 실질과세 원칙에 따라 과세함으로써 OO·종교단체의 보유세부담 경감하기 위한 것으로 개정이유를 밝히고 있고, 적용시기에 대하여는 2008.1.1. 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용되는 것으로 기재되어 있는 것으로 나타난다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2007.12.31. 신설된 「조세특례제한법」제104조의13【OO O OOOO에 대한 종합부동산세 과세특례】규정은 종합부동산세를 3년간 시행한 결과 발생한 모순을 시정한 것에 불과하므로 종합부동산세의 입법목적과 조세의 합목적성에 따라 재단명의로 명의신탁한 부동산을 실질 납세의무자로 하여 청구법인이 신고한 종합부동산세를 환급하여야 한다고 주장하나,2007.12.31. 신설되어 OO·종교단체에 대하여 OOOO·개별종교 단체별로 종합부동산세를 과세토록 한 「조세특례제한법」제104조의13의 적용시기가 2008.1.1. 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용되는 것으로 부칙에서 규정하고 있어 동 규정은 이를 장래에 향하여 효력을 가지는 것으로 봄이 상당한바, 청구법인이 2007.12.31. 「조세특례제한법」제104조의13 규정이 신설되기 이전에 납세의무가 성립하여 청구법인이 신고·납부한 2005년 ~ 2007년 종합부동산세에 대하여 OOOO 소유로 과세하여 기 신고한 종합부동산세를 환급하여야 한다는 청구법인의 주장은 이를 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.