가. 비상장법인인 OOO(주)은 2005.10.11. 협회등록법인인 OOOOO(주)과 「상법」 제360조의 2의 주식의 포괄적 교환으로 OOO(주)의 비상장주식(이하 “쟁점주식”이라 한다)을 OOOOO(주)의 신주(이하 “신주”라고 한다)와 교환하여 OOOOO(주)의 완전자회사가 되었다.

나. OO지방국세청은 2008년 6월 OOOOO(주)에 대한 법인세 통합조사에서 OOO(주)의 주주들이 주식교환(양도)에 따른 양도소득을 무(과소)신고한 사실을 확인하고 OOO(주)의 주주 134인 중 34인을 실지조사하여 양도소득세 및 증권거래세를 부과하도록 통보하고, 조사대상이 아닌 나머지 주주에 대해서는 조사과정에서 확인한 양도가액과 취득가액을 처분청에 통보하여, 처분청은 2008.8.12. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 83,363,080원과 2005년 10월 귀속 증권거래세 6,055,110원을 경정 고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2008.11.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

⑴ 주식교환에 의하여 비상장주식을 우회 상장하였더라도 양도소득세는 실현된 이익에 대하여만 과세할 수 있고, 비상장주식인 구주의 공정가치 또는 협회등록주식인 신주의 가액을 양도가액으로 보는 경우에도 교환에 의하여 취득한 신주는 매각이 이루어져야 이익이 실현되는 것으로서, 매각되지 않은 상태의 신주는 실현이익이나 양도차익을 산출할 수 없고, 특히 대주주는 보호예수 의무가 있어 장래이익이 불확실함에도 쟁점주식이 양도된 것으로 보아 양도소득세 및 증권거래세를 과세함은 부당하므로 과세처분은 취소되어야 한다.

⑵ 양도소득세 과세대상이라 하더라도 청구인이 2001.11.16. 취득한 쟁점주식 15,000주의 취득가액이 135,000,000원임이 통장거래내역에 의하여 확인되므로 과세표준 및 세액을 경정하여야 한다.

나. 처분청 의견

⑴ 「소득세법」 제88조 제1항에 의하면 ‘양도’는 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것이고, ‘교환’에는 「상법」의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환이 포함된다. OOO(주)이 OOOOO(주)과 주식교환계약을 체결하고 OOO(주)의 주주들이 계약에 따라 각자의 비상장주식을 OOOOO(주)의 신주와 교환한 것은 쟁점주식을 OOOOO(주)에 양도하고 그 대가로 OOOOO(주)의 신주를 받은 것으로서, 양도소득세 과세대상인 ‘양도’로 보아야 한다.

교환에 의하여 취득한 신주는 쟁점주식을 양도한 대가로 받은 것으로서 신주의 처분에 따른 이익실현 여부 또는 대주주의 신주 보호예수에 따른 장래이익의 불확실성은 쟁점주식의 교환이 양도소득세 과세대상인지 여부를 판단하는 데 영향을 미치지 아니한다. 주식교환을 양도로 보아 과세할 경우 양도가액은 교환으로 취득한 주식의 가액으로 결정하여야 하며(국심 2006서3449, 2007.6.21), 조사관서는 양도소득세 조사시 관련법인 간에 체결된 주식교환계약서와 회계법인이 작성한 주식교환·이전비율 평가의견서에 근거하여 양도가액 및 양도차익을 계산하였으므로, 양도차익의 산출이 불가능하여 과세할 수 없다는 청구인의 주장은 이유 없다.

증권거래세는 주권 또는 지분의 양도에 대하여 부과하고 증권거래법상 ‘양도’는 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 유상으로 소유권이 이전되는 것으로서 주식교환에 의한 양도가 포함되는 것이므로 증권거래세의 부과는 정당하다.

⑵ 청구인이 2001.11.16. 취득한 쟁점주식 15,000주의 취득가액은 당초 처분에서 135,000,000원으로 이미 반영되었다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

⑴ 「상법」 제360조의 2에 의한 주식의 포괄적 교환에 의하여 완전자회사의 주주가 비상장주식을 양도하고 완전모회사의 협회등록 주식을 취득하는 경우 양도소득세 및 증권거래세 부과 대상인지 여부

⑵ 쟁점주식의 취득가액이 잘못 계산되었는지 여부

나. 관련 법령

⑴ 소득세법(2005.12.31, 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)

제88조 【양도의 정의】

① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다.(이하생략)

제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

가. 증권거래법에 의한 주권상장법인(이하 “주권상장법인”이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주" 라 한다)가 양도하는 것과 동법에 의한 유가증권시장(이하 “유가증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

나. 증권거래법에 의한 협회등록법인(이하 “협회등록법인”이라 한다)의 주식등으로서 당해 법인의 대주주가 양도하는 것과 동법에 의한 협회중개시장(이하 "협회중개시장" 이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

다. 주권상장법인 또는 협회등록법인이 아닌 법인의 주식등

제96조 【양도가액】

② 제94조 제1항 제3호 및 제4호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 실지거래가액에 의한다.

제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

나. 제94조 제1항 제3호 및 제4호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액

다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것

⑵ 소득세법 시행령(2005.12.31, 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것)

제163조 【양도자산의 필요경비】

⑤ 법 제97조 제1항 제4호에서 "양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것" 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용과 「증권거래세법」에 의하여 납부한 증권거래세

⑶ 증권거래세법

제1조 【과세대상】

주권 또는 지분(이하 “주권등”이라 한다)의 양도에 대하여는 이 법에 의하여 증권거래세를 부과한다. 다만, 주권등의 양도가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 증권거래세를 부과하지 아니한다.

1. 증권거래법에 의한 유가증권시장 및 협회중개시장(이하 “유가증권시장등”이라 한다)과 유사한 시장으로서 외국에 있는 시장(대통령령이 정하는 시장에 한하며, 이하 이 조에서 “외국유가증권시장”이라 한다)에 상장된 주권등을 양도하는 경우

제2조 【정 의】

③ 이 법에서 “양도”라 함은 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 유상으로 소유권이 이전되는 것을 말한다.

⑷ 상법

제360조의 2 【주식의 포괄적 교환에 의한 완전모회사의 설립】

① 회사는 이 관의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환에 의하여 다른 회사의 발행주식의 총수를 소유하는 회사(이하 “완전모회사”라 한다)가 될 수 있다. 이 경우 그 다른 회사를 “완전자회사”라 한다.

② 주식의 포괄적 교환(이하 이 관에서 “주식교환”이라 한다)에 의하여 완전자회사가 되는 회사의 주주가 가지는 그 회사의 주식은 주식을 교환하는 날에 주식교환에 의하여 완전모회사가 되는 회사에 이전하고, 그 완전자회사가 되는 회사의 주주는 그 완전모회사가 되는 회사가 주식교환을 위하여 발행하는 신주의 배정을 받음으로써 그 회사의 주주가 된다.

다. 사실관계 및 판단

⑴ 쟁점⑴에 대하여 본다.

㈎ 비상장법인인 OOO(주)은 2005.7.27. 협회등록법인인 OOOO(주)와 ‘주식 및 경영권 양수도 계약’을 체결하고, OOO(주)의 주주가 보유한 비상장주식 전부를 OOOO(주)의 주주에게 양도하는 대신 OOOO(주)가 발행한 신주를 취득하여 OOO(주)은 OOOO(주)의 완전자회사가 되었고, OOOO(주)는 OOO(주)의 완전모회사가 되면서 OOOO(주)는 OOOOO(주)으로 상호를 변경한 사실이 법인등기부등본 등에 의하여 확인된다.

㈏ 청구인은 쟁점주식의 대가로 취득한 신주가 매각되지 아니하여 이익이 실현되지 아니함에 따라 양도차익을 산출할 수 없고, 특히 대주주는 보호예수를 감안하면 장래이익이 확실하지 아니하므로 과세할 수 없다고 주장하므로 이를 살펴본다.

1) 「소득세법」 제88조 제1항은 ‘양도’를 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 사실상 유상으로 이전되는 것으로 규정하고 있고, 「소득세법」 제94조 제1항 제3호는 주권상장법인 또는 협회등록법인이 아닌 법인의 주식 등의 양도로 인하여 발생한 소득을 양도소득으로 보도록 하였으며, 또한 「상법」 제360조의 2 내지 제360조의 14의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환시 완전자회사의 주주가 소유하고 있는 비상장주식을 양도하고 완전모회사가 발행하는 상장주식 또는 협회등록 주식을 취득하는 경우는 ‘교환’에 해당되어 양도소득세가 과세되는 것으로서, 쟁점주식을 OOOOO(주) 주주에게 양도하고 그 대가로 신주를 교부받았으므로 쟁점주식은 양도소득세의 과세대상에 해당된다. 한편, 신주의 이익실현 여부나 보호예수에 의한 장래이익의 불확실성은 과세대상 여부의 판단에 영향을 미치지 아니한다.

2) ‘교환’으로 인하여 양도하는 자산의 양도가액은 교환 당시 그 양도자산의 기준시가 또는 실지거래가액에 의하여 계산하는 것으로서, 쟁점주식 및 신주는 법인 간에 체결된 주식교환계약서 및 OO회계법인이 2005.7.26. 「증권거래법 시행규칙」 제36조의 12 등의 규정에 따라 작성한 주식교환·이전비율 평가의견서에 근거하여 양도가액 및 양도차익의 계산이 가능하므로 쟁점주식은 양도소득세의 계산이 가능하다.

3) 「증권거래세법」 제1조는 주권 또는 지분의 양도에 대하여 증권거래세를 부과하도록 규정하였고, 제2조는 ‘양도’를 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 유상으로 이전되는 것으로 규정하였던 바, 주식의 포괄적 교환에 의하여 양도된 쟁점주식은 증권거래세 과세대상에 해당된다.

㈐ 따라서, 처분청이 청구인에게 양도소득세 및 증권거래세를 과세한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

⑵ 쟁점⑵에 대하여 본다.

청구인이 2001.11.16. 취득한 쟁점주식 15,000주의 취득가액은 OOO(주)의 OO은행계좌(216-094557-13-001)에 의하여 청구인이 주장하는 135,000,000원으로 확인되나, 처분청이 당초 이를 반영하여 과세한 사실이 양도소득세 결정결의서에 의하여 확인되므로 이 부분 청구인의 주장은 이유 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.