청구인은 OO특별시 강서구 OOO동 OOOOO 대지 404.1㎡ 건물 122.97㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 1995.3.22 청구외 OOO과 공동으로 취득하여 1996.5.15 양도한 후 실지거래가액 (취득가액 : 230,500,000원, 양도가액 : 211,500,000원)에 의하여 자산양도차익예정신고를 하였다.

처분청은 청구인이 신고한 실지거래가액을 부인하고 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하고 1999.1.3 청구인에게 1996년 귀속 양도소득세 12,413,570원을 결정고시하였다.

청구인은 이에 불복하여 1999.2.25 심사청구를 거쳐 1999.7.9 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

(1) 청구인은 OO교회(이하 “청구외교회”라 한다)의 교회부지마련을 위해 교인들이 납부한 헌금 등으로 쟁점부동산을 취득하였으나, 청구외교회가 임차하여 사용중이던 OO특별시 강서구 OO동 OOOOOO 및 같은동 OOOOOO 대지 및 건물(이하 “쟁점외부동산”이라 한다)이 경매개시됨에 따라 청구외교회가 경매에 참가하여 1995.10.20 낙찰받고, 쟁점부동산을 담보로 청구외 OO화재해상보험주식회사로부터 대출받아 잔금을 지급하였으나, 동 대출금 및 이자상환의 부담으로 부득이 쟁점부동산을 매입가격보다 저렴한 가액으로 양도하여 실제 양도차익이 없음에도 불구하고, 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

(2) 쟁점부동산은 실제 청구외교회의 소유이나 동 교회가 종교단체등록 전에 쟁점부동산을 취득하여 부득이 청구인 명의로 소유권등기한 것이므로, 양도소득세 납세의무자로 청구외교회이다.

나. 국세청장 의견

(1) 청구인은 쟁점부동산을 교회신축을 위하여 취득하였다고 주장하나, 쟁점부동산의 토지거래허가신청서에는 토지이용목적을 다가구주택의 신축으로 되어 있어 교회를 신축하기 위하여 취득하였다는 청구주장은 신뢰할 수 없고, 쟁점부동산의 취득계약서에는 매수인이 청구인, 청구외 OOO 및 OOO 등 3인으로 되어 있으나, 소유권이전등기와 양도시 매매계약서에는 청구인과 OOO 등 2인으로 도어 있어 동 매매계약서의 진위여부도 확인할 수 없으므로, 처분청이 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

(2) 청구인은 쟁점부동산의 실지소유자는 청구인이 아니라 청구외교회라고 주장하고 있으나, 쟁점부동산의 취득자금을 청구외교회가 지급하였다는 객관적이고 구체적인 증빙을 제시하고 있지 못하므로, 등기부등본상 명의자인 청구인에게 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 청구인이 쟁점부동산을 양도하고 신고한 실지거래가액을 인정할 수 있는지

(2) 쟁점부동산의 실지소유자를 누구로 볼 것인지 여부를 가리는데 있다.

나. 쟁점(1)에 대하여 본다.

(1) 관련법령

소득세법(1995.12.29 법률 제5031호로 개정된 것) 제96조에서 “양도가액은 다음 각호의 금액으로 한다”고 규정하고, 제1호에서 “제94조 제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다”고 규정하고 있다.

소득세법 제97조 제1항에서 “거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다”고 규정하고, 제1호 취득가액 가목에서 “제94조 제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등으로 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다”고 규정하고 있다.

소득세법 제100조 제1항에서 “양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여야 하고, 어느 하나를 기준시가에 의하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우로서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나만의 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하여야 하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액에 의하여야 한다”고 규정하고 있다.

소득세법시행령 제166조 제1항에서 『법 제100조 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 제3항 각호 및 제157조 제5항에 규정된 자산을 양도하는 경우 또는 제4항 각호의 1(제3호의 경우에는 상속 또는 증여받은 자산의 경우에 한한다)의 경우를 말한다』고 규정하고, 같은조 제4항에서 『법 제96조 제1호 단서 및 법 제97조 제1호 가목 단서에서 “당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다』고 규정하고 있으며, 제3호에서 “양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우”라고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단

청구인은 쟁점부동산을 1995.3.22 청구외 OOO과 공동으로 취득하여 1996.5.15 양도한 후 청구인지분의 양도에 대한 양도차익을 실지거래가액(취득가액 : 230,500,000원, 양도가액 : 211,500,000원)에 의하여 예정신고하였고, 처분청은 청구인이 신고한 실지거래가액을 부인하고 기준시가(취득가액 : 257,379,400원, 양도가액 : 288,309,250원)로 양도차익을 산정하여 청구인에게 1996년 귀속 양도소득세 12,413,570원은 과세한 사실이 처분청의 과세자료에 의하여 확인된다.

이에 대하여 청구인은 청구외교회의 교회부지마련을 위해 교인들이 납부한 헌금 등을 재원으로 230,500,000원에 쟁점부동산을 취득하였으나, 청구외교회가 임차하여 사용중이던 쟁점외부동산이 경매개시되어 1995.10.20 청구외교회가 이를 경락받고 금융기관으로부터 대출받아 대금을 지급하였으나, 대출금의 원금 및 이자상환의 부담으로 부득이 쟁점부동산을 매입가격보다 저렴한 211,500,000원에 양도하였다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인은 쟁점부동산의 토지거래허가신청서 토지이용목적을 다가구주택 신축으로 기재하였고, 강서구청장은 동 이용계획과 일치되게 사용하는 것을 조건으로 토지거래를 허가(문서번호, 토관58312-263, 1995.3.2)하였는 바, 처분청은 토지거래허가서상의 이용목적과 청구인이 주장하는 취득목적이 일치하지 아니하여 청구주장이 신빙성이 없는 것으로 보았으나, 청구인이 제시하는 쟁점부동산의 OOO동 복합건물 사업계획서에 의하면 지하 1층은 교회집회소, 1층은 주차장 및 사무실로, 2층부터 4층까지 주택을 신축하여 사용하려고 하였던 점에 비추어 토지거래허가서상의 토지이용목적과 청구인이 주장하는 취득목적이 상이하여 청구주장을 인정하기 어렵다는 처분청의 판단은 이러한 사실관계를 잘못 이해한데서 비롯된 것으로 보인다.

(나) 처분청은 쟁점부동산의 취득계약서에 매수인이 청구인 및 청구외 OOO과 OOO 등 3인으로 되어 있음에도, 소유권이전등기 및 양도시의 매매계약서에는 청구인과 OOO의 명의로만 되어 있어 취득시의 매매계약서를 신빙성이 없는 것으로 보았으나, 쟁점부동산 취득(1995.3.22) 당시 청구외교회는 종교단체로 등록되기 전이어서 청구외교회의 성도인 청구인과 청구외 OOO의 공동명의로 소유권이전하게 되었다고 주장하면서 청구외교회의 성도명단과 청구외교회가 1995.11.2 강서구청장에게 종교단체로 등록한 사실을 입증할 종교단체등록증명서(대표자 : OOO)를 제시하고 있다.

(다) 1994.11.1 OO특별시 강서구 OOO동 OOOOO에 소재하는 OO공인중개사의 OOO이 중개한 쟁점부동산의 취득시 매매계약서에 의하면 매매대금이 461,000,000원으로 되어 있는 바, 청구외교회의 금전출납기록부에 의하면 계약금 100,000,000원을 1994.10.6, 1차 중도금 100,000,000원을 1994.11.2, 2차 중도금 200,000,000원을 1994.12.9, 잔금 40,000,000원을 1995.2.22 및 21,000,000원을 1995.3.4에 지급한 것으로 되어 있고, 동 금전출납기록상의 대금지급일자에 쟁점부동산의 양도자인 청구외 OOO으로부터 수취한 영수증 5매 및 OOO의 인감증명서를 첨부한 사실확인서를 제시하고 있어 청구인 주장하는 취득가액은 신빙성이 있는 것으로 보인다.

(라) 청구인은 청구외교회에서 쟁점부동산에 건물신축계획을 추진하던 중 동 교회가 임차하여 사용중이던 쟁점외부동산이 임의경매개시(사건번호 95타경17240 부동산임의경매)되어 청구외교회에서 경매에 참가하여 1995.10.20 청구외교회의 성도인 청구외 OOO과 OOO 및 청구외교회의 대표자인 OOO의 명의로 361,010,000원에 경락받았고, 경락대금 중 일부인 170,000,000원을 청구외교회에서 쟁점부동산을 담보로 OO화재보험주식회사로부터 청구외 OO산업주식회사 명의로 대출받아 경락대금을 지급하였다고 주장하면서, 이러한 사실을 입증하기 위하여 동 대출금의 실질적인 차입자가 청구외교회이라는 취지의 OO산업주식회사의 사실확인서를 제시하고 있다.

(마) 처분청은 쟁점부동산 양도 당시 인근부동산의 부동산거래 가격이 평당 400만원부터 450만원 정도로 형성되었다는 인근부동산중개업소의 탐문조사내용을 제시하면서, 기준시가로 평가한 가액이 576,618,500원인 쟁점부동산을 평당 346만원 수준인 423,000,000원에 양도하였다는 청구주장을 신빙성이 없는 것으로 보았다. 그러나, 청구외교회에서 쟁점부동산을 경락대금을 지급하기 위하여 대출받은 대출금의 원금과 이자부담으로 금전적압박을 받게 되어 취득가액보다 낮은 가액으로 급히 매각할 수밖에 없었던 사유는 인정된다.

(바) 쟁점부동산을 중개한 OO랜드(OO특별시 종로구 OO동 OOOOO)에서 작성한 양도매매계약서에 의하면 매매대금을 423,000,000원으로 하고, 특약사항으로 쟁점부동산에 대한 융자금 170,000,000원에 대한 처리는 1995.5.15 상호협의하기로 하되 동 융자금에 대한 1995.5.15 이후의 이자액은 매수인인 OOO이 부담하는 것으로 약정되어 있다.

(사) 청구인은 쟁점부동산의 양도대금 423,000,000원 중 쟁점부동산을 담보로 대출받은 170,000,000원은 매수인인 OOO이 인수하고, 1996.4.16 수령한 쟁점부동산 계약금 30,000,000원은 1996.4.17 청구외교회의 성도 OOO 명의의 주식회사 OO은행 예금통장(계좌번호 : OOOOOOOOOOOOO)에 25,000,000원을 입금하였고, 4,000,000원은 쟁점부동산에 대한 임대보증금을 반환하기 위하여 지급하였으며 1,000,000원을 OO랜드에 대한 중개수수료로 지급하였다고 주장하면서 임대보증금 반환영수증과 OO랜드의 대표자 OOO이 발행한 영수증을 제시하고 있고, 나머지 잔금 223,000,000원은 청구외교회 명의의 주식회사 OO은행의 예금통장(계좌번호 OOOOOOOOOOOOOOO)에 입금된 사실이 확인되는 바, 청구인이 주장하는 쟁점부동산의 양도가액은 신빙성이 있는 것으로 보인다.

(아) 쟁점부동산을 청구인과 공동명의로 취득하여 양도한 청구외 OOO은 1997.3.8 경상남도 진주시 OO동 OOOOOOOO로 거주이전하였고, 처분청은 OOO에 대한 쟁점부동산의 양도자료를 1997.9.4 진주세무서에 자료통보하였는데, 진주세무서에서는 청구외 OOO이 신고한 실지거래가액을 신고시인하여 과세미달로 처리한 사실이 OOO이 쟁점부동산의 양도자료에 대한 결정결의서에 의하여 확인된다.

사실이 이러하다면, 청구인이 주장하는 쟁점부동산의 실지거래가액이 신빙성이 있는 것으로 보임에도 불구하고, 이를 부인하고 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

한편, 쟁점부동산의 실질적인 양도차익이 없다는 청구주장이 받아들여져 쟁점부동산의 실질적인 소유자가 청구외교회라는 청구주장은 심리실익이 없으므로 심리를 생략한다.

다. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.