가. 청구법인은 1995.1.5. 개업하여 농·수·축산용 기자재 제작업을 영위하고 있는 업체로, 주로 고압세척기를 조립하여 판매하고 있다.

나. 처분청은 2018.3.5.〜2018.4.13. 기간 동안 청구법인의 2012～2016사업연도에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 대표이사인 OOO가 소액거래 및 세금계산서 발급을 필요로 하지 아니하는 개인거래에 대하여 배우자 명의의 OOO를 이용하여 합계 OOO원을 입금받는 방법으로 수입금액을 신고누락한 것으로 보아 아래 ＜표1＞과 같이 2018.4.13. 청구법인에게 OOO원을 각 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.7.9. 이의신청을 거쳐 2018.12.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 이의신청기간 동안 매출누락으로 확인된 금액 중 영세율 거래에 대한 소명자료를 제출하였으나, 처분청은 동 거래품목을 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제105조 제1항 제5호에서 열거하고 있는 영세율 대상품목인 ‘축산업용 기자재’가 아닌 ‘축산업용 기자재 부품’에 해당한다고 보아 영세율 적용을 배제하였으나, 「부가가치세법」 제14조는 ‘주된 재화의 공급에 부수되어 공급되는 것으로서 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 재화의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화와 용역의 공급은 주된 재화의 공급에 포함되는 것으로 본다고 규정하고 있다. 즉, 처분청이 ‘축산업용 기자재 부품’이라고 보고 영세율 적용을 배제한 재화는 주된 재화인 ‘축산업용 기자재’가 제대로 작동되도록 하기 위하여 반드시 필요한 것으로서 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 재화인 ‘축산업용 기자재’의 공급에 부수하여 공급되는 재화에 해당하므로 처분청이 ‘축산업용 기자재 부품’이라고 본 부분에 대하여 주된 재화인 ‘축산업용 기자재’의 공급에 포함되는 것으로 보아야 한다.

또한, 조특법 제105조 제1항 제5호 라목에서 대통령령이 정하는 ‘축산업용 기자재’에 대하여 영세율을 적용하는 취지는 축산 인력의 부족을 보완하고 축산업의 생산성 향상에 기여하기 위한 것이고, 이러한 취지에 비추어 보면 실제 농민이 축산업용 기자재를 사용하기 위하여 공급된 재화에 영세율을 적용한다고 보아야 하며 공급 방식이 완제품 형태가 아니라 하여 달리 볼 이유는 없다고 할 것이다. 따라서 처분청이 ‘축산업용 기자재’를 ‘축산업용 기자재 부품’이라 하여 다르게 보아 영세율 적용을 배제하고 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.

(2) 청구법인은 이 건 세무조사 기간 중 제시하지 못한 ‘거래처별 매출매입현황’ 자료를 이의신청기간 중 추가로 제시하며 매출누락과 관련한 영세율 거래를 추가로 소명하였으나, 처분청은 동 자료를 검토하지 아니하고 매출누락과 관련한 영세율 거래를 과세거래로 보아 청구법인에게 부가가치세를 과다하게 부과처분하였다. 처분청이 위 자료를 면밀하게 검토하고 그 결과에 따라 청구법인에게 부가가치세를 과세한 것이라면 어떠한 법령과 사실관계에 근거하여 청구법인이 추가로 제출한 영세율 거래를 과세 거래로 판단하였는지에 대하여 처분청은 답변하여야 할 것이다.

처분청은 이 건 매출누락액 중 농민 등에게 공급하여 영세율을 적용하여야 하는 부분에 대하여 전화번호 등만 기재되어 있어 조특법 제105조 제1항 제5호에서 규정하는 ‘대통령령으로 정하는 농민’ 등에게 공급한 것인지 여부를 확인할 수 없다고 보아 영세율 적용을 배제하였으나, 처분청은 청구법인이 제시한 구체적인 농민 등의 인적사항자료 즉, 성명, 주소, 전화번호 등에 대하여 최소한의 확인 및 어떠한 조사도 이행하지 않고 아무런 근거도 없이 영세율 적용을 부인하였다. 처분청은 청구법인이 제시한 농민 등의 인적사항자료를 확인 및 조사하였다면 어떠한 법령과 사실관계에 근거하여 영세율 적용을 부인하였는지 답변하여야 할 것이다.

또한, 청구법인으로서는 현장에서 농민 등에게 재화를 공급하고 있고, 재화의 특성상 농민 등 외의 자가 이를 공급받는 경우는 전혀 없다. 이런 상황에서 청구법인으로서 할 수 있는 최대한의 입증을 다하였으므로 이후의 입증책임은 그 입증에 대한 검토가 용이한 처분청에게 있음에도 이에 대한 입증책임을 해태한 처분청의 이 건 처분은 위법하다. 따라서 처분청이 농민 등에게 공급되었는지 여부를 확인할 수 없다고 보아 영세율 적용을 배제하고 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 처분청은 당초 조사시 청구법인에게 영세율 첨부서류 및 증빙서류 일체를 제출하면 영세율 적용이 확인되는 부분에 대하여 영세율을 적용하여 줄 것을 제안하였으나, 청구법인은 관련 서류가 없다며 제시하지 아니하다가 이후 이의신청시 ‘거래처별 매출매입 현황’이라는 자료를 제시하였고, 처분청은 그 외 거래명세서 및 납품확인서 등이 전혀 없는 상황임에도 최대한 법정사유를 만족하는 농업용 기자재 공급에 대하여는 영세율을 적용받도록 검토하였으며, 축산분뇨 제거기 및 그와 동시에 거래된 부품에 대하여는 직권으로 영세율을 적용하여 경정하였으나, 일부의 부품만 거래된 부분에 대해서는 관련 예규 등에 의하여 영세율을 적용하지 아니하였다. 청구법인은 주된 재화의 공급에 부수되는 재화의 공급은 주된 재화의 공급에 포함된다고 주장하나, 축산분뇨제거기를 공급하면서 필수적으로 함께 공급되어야 하는 부품에 대해서는 이미 경정하였고, 부품만을 판매한 경우에는 영세율 대상이 되는 법정기자재에 해당하지 아니하여 영세율을 적용하지 아니한 것이므로 이 건 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 매출누락액 중 일부는 조특법 제105조 제1항 제5호에서 규정하는 ‘대통령령으로 정하는 농민’에게 공급하였다고 주장하며 주민등록번호나 사업자등록번호 없이 공급받은 자의 전화번호만 기재된 자료를 제시하며 처분청이 성명, 주소, 전화번호 등에 대하여 최소한의 확인 및 어떠한 조사도 이행하지 아니한 채 영세율 적용을 부인하였다고 주장하나, 이는 영세율을 적용받으려는 청구법인이 영세율 신고시 필요한 첨부서류 및 농민의 인적사항을 함께 제출하여야 하는 것이고, 이를 미이행하는 경우 영세율과세표준 신고불성실가산세가 적용되는 것이다. 처분청은 청구법인에게 가산세 부과의 사유가 있음에도 최대한 청구법인의 입장에서 OOO원에 대하여 영세율을 적용하여 직권으로 감액하였고, 처분청이 조사기간이 종료된 시점에서 일일이 전화하여 공급받은 자가 농민임을 확인한다는 것 자체가 현실적으로 불가능하며, 청구법인 스스로 농민임을 입증하여 영세율을 적용받는 것이 타당한 것으로 보인다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 조특법 제105조 제1항 제5호에 열거된 ‘축산업용 기자재’에 대한 부품만 별도로 공급하는 경우 부가가치세 영세율을 적용할 수 있는지 여부

② 처분청이 쟁점계좌 입금자들이 조특법 제105조 제1항 제5호의 ‘대통령령으로 정하는 농민’에 해당하는지 여부에 대하여 조사하지 아니하고 영세율 적용을 배제한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법

제14조[부수 재화 및 부수 용역의 공급] ① 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수되어 공급되는 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급은 주된 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

1. 해당 대가가 주된 재화 또는 용역의 공급에 대한 대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역

2. 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역

(2) 조세특례제한법

제105조[부가가치세 영세율의 적용] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영(零)의 세율을 적용한다. 이 경우 제3호 및 제3호의2는 2018년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용하고, 제5호 및 제6호는 2020년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용한다.

5. 대통령령으로 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급(국가 및 지방자치단체와 「농업협동조합법」, 「엽연초생산협동조합법」 또는 「산림조합법」에 따라 설립된 각 조합 및 이들의 중앙회와 「농업협동조합법」에 따라 설립된 농협경제지주회사 및 그 자회사를 통하여 공급하는 것을 포함한다)하는 농업용·축산업용 또는 임업용 기자재로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

라. 축산 인력의 부족을 보완하고 축산업의 생산성 향상에 기여할 수 있는 축산업용 기자재로서 대통령령으로 정하는 것(이하 생략)

(3) 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정

제2조[영세율 적용대상 농어민 등의 범위] ① 「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제105조 제1항 제5호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 농민"이란 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 "한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다) 상의 농업 중 작물재배업·축산업 또는 작물재배 및 축산복합농업에 종사하는 자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "농민"이라 한다)를 말한다. 다만, 한국표준산업분류상 시설작물재배업 중 기획재정부령으로 정하는 업종에 종사하는 자를 제외한다.

1. 개인(「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조 제1항에 따라 농어업경영정보를 등록한 자만 해당한다)

2. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따라 설립된 영농조합법인과 농업회사법인. 다만, 법 제105조 제1항 제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 공급받아 직접 사용하거나 소비하는 경우만 해당한다.

3. 축산업을 주업으로 하는 법인으로서 당해 사업연도 개시일을 기준으로 당해 법인의 총발행주식 또는 총출자지분의 3분의 2 이상을 다음 각 목의 1에 해당하는 자가 출자하고 있는 법인. 이 경우 사업연도 중에 출자지분의 변경으로 다음 각목의 1에 해당하는 자의 출자지분이 총발행주식 또는 총출자지분의 3분의 2 이상이 되는 경우에는 당해 출자지분 변경일을 기준으로 한다.

가. 「농업·농촌 및 식품산업 기본법」 제3조 제2호에 따른 농업인

나. 당해 법인의 임원 또는 직원으로서 상시 근무하고 있는 자

4. 「농업협동조합법」에 따른 조합 및 중앙회(같은 법에 따라 설립된 농협경제지주회사 및 그 자회사를 포함한다). 다만, 가축용 사료를 공급받거나 농작업대행 또는 임대용으로 제3조 제3항에 따른 농업기계를 공급받는 경우만 해당한다.

5. 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 농민에게 위탁하여 가축을 사육(이하 이 호에서 "위탁사육"이라 한다)하거나 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 농민과 계약을 체결하여 가축 및 사료를 공급하여 가축을 사육(이하 이 호에서 "계약사육"이라 한다)하는 축산업을 주업으로 하는 법인으로서 농림축산식품부장관이 고시하는 계열화사업자. 다만, 계열화사업자가 위탁사육 또는 계약사육에 사용하기 위하여 가축용 사료를 공급받는 경우만 해당한다.

6. 「축산법」에 의하여 농림축산식품부장관이 지정한 비영리가축검정기관. 다만, 가축검정용 사료를 공급받는 경우에 한한다.

7. 「사립학교법」에 따른 학교법인. 다만, 사립학교의 축산실습농장에 가축용 사료를 공급받는 경우만 해당한다.

8. 「초· 교육법시행령제90조&public_ilja=&public_no=&dem_no=2019서0390&dem_ilja=20190601&chk2=1" target="_blank">중등교육법 시행령」 제90조 제1항 제10호에 따른 산업계(농업계에 한정한다)의 수요에 직접 연계된 맞춤형 교육과정을 운영하는 고등학교(제7호에 따른 학교법인에서 운영하는 고등학교는 제외한다. 이하 제9호에서 같다). 다만, 해당 고등학교의 축산실습농장에 가축용 사료를 공급받는 경우만 해당한다.

9. 「초· 교육법시행령제91조&public_ilja=&public_no=&dem_no=2019서0390&dem_ilja=20190601&chk2=1" target="_blank">중등교육법 시행령」 제91조 제1항에 따른 특정분야(농업분야에 한정한다)의 인재양성을 목적으로 하는 교육 또는 체험위주의 교육을 전문적으로 실시하는 고등학교. 다만, 해당 고등학교의 축산실습농장에 가축용 사료를 공급받는 경우만 해당한다.

제3조[영세율 적용대상 농·축산·임·어업용기자재의 범위] ④ 법 제105조 제1항 제5호 라목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 별표2의 축산업용 기자재를 말한다.

[별표2] 영세율이 적용되는 축산업용 기자재(제3조 제4항 관련)

37. 축산분뇨제거기

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 청구법인은 대표이사인 OOO의 배우자 명의의 쟁점계좌를 이용하여 아래 ＜표2＞와 같이 합계 OOO원을 입금받는 방법을 통하여 매출액을 신고누락한 것으로 보아 이 건 처분을 하였다.

(2) 청구법인은 이 건 이의신청시 고압세척기 등을 구매하였다고 주장하는 농민 등이 작성한 확인서, 쟁점계좌 입금자들의 주민등록번호, 사업자등록번호, 전화번호 등 인적사항을 부기한 자료 등을 제시하였다.

(3) 처분청은 청구법인이 이의신청시 제시한 자료 등을 근거로 아래 ＜표3＞과 같이 당초 산정한 매출누락액 OOO원 중 OOO원을 차감하여 OOO을 각각 감액한 것으로 나타난다.

(4) 「조세특례제한법」 제105조 제1항 제1호 라목 및 「농․축산․임․어업용기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세적용 등에 관한 특례규정」 제3조 제4항 [별표2]에서 ‘축산인력의 부족을 보완하고 축산업의 생산성 향상에 기여할 수 있는 축산업용 기자재로서 영의 세율을 적용하는 재화로 축산분뇨제거기(제37호)’를 규정하고 있는데, 청구법인이 판매한 고압세척기가 이에 해당한다는 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(5) 청구법인은 처분청이 산정한 매출누락액 OOO원은 축산업용 기자재의 부품에 대한 것으로, 이는 주된 재화의 공급에 부수되어 공급되는 것이므로 영세율을 적용하여야 하고, 청구법인이 제시한 농민 등의 인적사항자료에 대하여 어떠한 조사도 이행하지 아니한 채 영세율 적용을 배제한 이 건 처분은 부당하다는 주장이다.

(6) 한편, 처분청은 청구법인이 고압세척기를 공급하면서 필수적으로 함께 공급한 부품에 대해여는 이미 영세율을 적용하였고, 부품만을 별도로 판매한 경우는 영세율 대상이 되는 법정기자재에 해당하지 아니하여 영세율을 적용하지 아니하였으며, 청구법인이 이의신청시 제시한 입금자 등의 인적사항 등을 근거로 주민등록사항 및 친인척 조회 등을 실시하여 농민임이 확인되는 OOO원에 대하여는 직권으로 경정하였으므로 이 건 처분은 정당하다는 의견을 제시하고 있다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 영세율 적용대상으로 인정하지 아니한 매출누락액은 전액 축산업용 기자재 및 부품에 대한 것으로, 일부 부품이 별도로 판매되었다 하더라도 이는 주된 재화의 공급에 부수되어 공급되는 것이므로 전체에 대하여 영세율을 적용하여야 한다고 주장하나,

조세법률주의의 원칙상 과세요건은 물론 비과세 또는 조세 특례규정의 해석도 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 특례요건 규정은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하다 할 것인바, 「조세특례제한법」 제105조 제1항 제5호는 ‘대통령령으로 정하는 농민’에게 공급한 축산업용 기자재에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 하여 영의 세율을 적용한다고 하면서 「농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정」 제2조는 ‘대통령령으로 정하는 농민’을, 제3조 [별표2]는 ‘축산업용 기자재’를 각각 열거하고 있는데, 청구법인이 제시한 입금자의 전화번호 등만으로는 동 입금자가 대통령령으로 정하는 농민에 해당하는지 여부를 객관적으로 확인할 수 없고, 위 [별표2]에는 축산업용 기자재에 대한 부품만을 별도로 공급하는 경우에 대하여는 규정되어 있지 아니할 뿐 아니라 동 부품이 ‘대통령령으로 정하는 농민’에게 판매되었는지 여부도 불분명하여 영세율을 적용하기 어려운 점,

처분청은 청구법인이 이의신청시 추가로 제시한 자료 등을 근거로 본품과 부품이 동시에 또는 인접한 날에 판매된 경우는 모두 영세율을 적용하였고, 부품만 별도로 판매한 경우에 한하여 영세율을 인정하지 아니한 것으로 나타나며, 청구법인이 판매하는 고압세척기는 적은 양의 물을 수압 펌프를 이용하여 순간적으로 고압의 물을 토출시킬 수 있는 장비로 모터(펌프), 호스, 노즐 및 건으로 구성되고, 주로 축사의 세척에 이용되나 자동차, 건물 외벽, 베란다 및 화장실 청소 등 다양한 목적으로 이용될 수 있는 범용성이 있는 것이라서 부품만 별도로 판매된 경우는 본품의 필수적 구성품으로서 농민에게 판매되었다고 단정할 수 없는 점, 그 밖에 이 건 부품이 영세율 적용대상인 축산용 기자재에 부수하여 공급된 것으로 볼 만한 객관적 증빙이 부족한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 제시된 농민 등의 인적사항자료에 대하여 어떠한 조사도 이행하지 아니한 채 영세율 적용을 배제한 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 부가가치세를 부과함에 있어 공급가액에 대한 입증책임은 과세관청에 있다 하겠으나, 영세율이 적용되는 재화에 해당한다는 사유는 납부 내지 환급세액 결정에 예외적으로 영향을 미치는 특별한 사유에 속하므로 그에 대한 입증책임 또는 증명의 필요는 납부세액을 다투는 납세의무자에게 있다고 봄이 타당할 것인바, 처분청은 청구법인이 당초 조사시 제시하지 아니하다가 이의신청에 이르러 제시한 입금자들의 인적사항 등을 근거로 주민등록사항 및 친인척 조회 등을 통하여 농민으로 확인되는 경우에 대하여는 영세율을 적용하여 법인세 및 부가가치세 등을 감액한 것으로 나타나는 반면, 청구법인은 입금자들에 대한 구체적인 자료 없이 성명 또는 전화번호 등만 제시하며 처분청 스스로 농민인지 여부를 확인하여 영세율을 적용하여 줄 것을 요구하고 있는바, 청구법인이 제시한 자료만으로는 이 건 고압세척기가 대통령령으로 정하는 농민에게 공급되었는지 전혀 알 수 없으므로 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.