가. 청구인은 2019.10.15. OOO호(이하 “쟁점거주주택”이라 한다)를 양도하고, 2019.10.22. 청구인 소유의 OOO(이하 “쟁점장기임대주택”이라 한다)를 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조의 장기일반민간임대주택으로 등록한 후 쟁점장기임대주택을 주택 수에서 제외하여 2019.12.30. 처분청에 관련 양도소득세를 신고․납부하였다.

나. 이후 청구인은 2020.2.6. 처분청에 쟁점거주주택이 「소득세법 시행령」제155조의 1세대 1주택 비과세 특례가 적용되는 주택에 해당하므로 1세대 1주택 비과세 규정을 적용해 달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 쟁점장기임대주택이 「소득세법 시행령」제155조 제20항 제2호에서 규정하고 있는 장기임대주택의 요건을 갖추지 못하였다고 보아 2020.11.16. 청구인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2020.12.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 아래 내용과 같이 쟁점거주주택 양도일 이전에 소관 지방자치단체에 쟁점장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조의 장기일반민간임대주택으로 하여 임대사업자 등록을 신청하였으므로, 쟁점장기임대주택이 「소득세법 시행령」제155조 제20항 제2호에서 규정하고 있는 장기임대주택의 요건을 갖추지 못하였다고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다.

청구인은 소관 지방자치단체에 쟁점거주주택 양도일인 2019.10.15. 이전인 2019.10.11. 주거용으로 임대 중인 쟁점장기임대주택의 임대사업자등록 신청서를 접수하여 임대사업자등록증을 발급받고자 하였으나, 임대사업자 등록증이 즉시 발급되지 아니하고 양도일 이후인 2019.10.22. 등록증이 발급되었다. 청구인의 어머니 OOO(74세)이 청구인을 대리하여 소관 지방자치단체에 임대사업자 등록증을 신청하였는데, 만약 등록증 발급을 독촉하였으면 당시에는 통상 접수 당일에도 등록이 가능한 업무이며 접수 당일 등록증이 발급된 사례도 있어 충분히 쟁점거주주택의 양도일 이전에 등록증이 발급될 수 있었다.

청구인의 어머니가 청구인을 대리하여 업무를 처리하는 과정에서 실수로 쟁점거주주택의 양도일 이후에 임대사업자 등록증을 발급받았으나, 유사사례인 임대사업자 취득주택의 취득세 감면에 대한 조세심판원의 심판에서는 “등록기일 이전에 임대사업자 등록신청하였으나 등록기일 이후에 등록증이 발급된 사안에서 감면대상인 임대사업자로 보아야 한다”고 판단(조심 2019지1644, 2019.7.2., 참조)하고 있다.

양도소득세 비과세 규정과 취득세 감면규정은 법령이 다르기는 하지만 세목만 달리할 뿐 세법을 해석함에 있어 국세와 지방세를 달리 해석해야 할 근거도 없고, 「소득세법」관련 규정의 “양도일 현재 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여” 라는 규정 내용과 「지방소득세특례법」규정의 “임대용 부동산 취득일로부터 60일 이내에 해당 임대용부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우”는 결국 “양도일 현재” 와 “취득일로부터 60일 이내”에 등록해야 한다는 뜻으로, 임대사업자 등록의 효력에 관한 법령규정을 해석하여 판단하는 것은 「지방세특례제한법」과 「소득세법」을 달리할 이유가 없다.

나. 처분청 의견

「소득세법 시행령」제155조 제20항 제2호에서는 장기임대주택과 그 밖의 1주택을 소유하고 있는 1세대가 1세대 1주택 비과세요건을 충족하려면 장기임대주택과 관련하여 양도일 현재 「소득세법」제168조에 따라 사업자등록을 하고, 「민간임대주택특별법」제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것을 요건으로 규정하고 있으나, 청구인은 쟁점거주주택 양도일 현재 「민간임대주택특별법」에 따른 임대등록 요건을 충족하지 못하였다.

청구인은 비록 쟁점거주주택 양도일 전 쟁점장기임대주택을 「민간임대주택특별법」에 따른 장기일반민간임대주택으로 등록을 완료하지 못하였으나 소관 지방자치단체에 장기일반민간임대주택 등록을 신청하였으므로 쟁점거주주택에 1세대 1주택 비과세특례를 적용하여야 한다고 주장하나, 조세법률주의 원칙 상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확정해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372판결), 처분청이 쟁점거주주택이 1세대 1주택 비과세 특례대상에 해당되지 않는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점거주주택이 1세대 1주택 비과세 특례대상 인지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 확인된다.

(가) 쟁점거주주택의 부동산등기부등본에 의하면, 청구인은 2007.5.18. OOO로부터 쟁점거주주택의 소유권을 이전받아 12년 이상 보유한 후, 2019.10.15. OOO에 소유권을 이전한 것으로 나타난다.

(나) 청구인의 주민등록초본에 의하면, 청구인은 2007.4.20. 쟁점거주주택에 전입하여 2011.11.21. 전출한 것으로 나타난다.

(다) 쟁점장기임대주택의 부동산등기부등본에 의하면, 청구인은 쟁점장기임대주택 중 OOO를 2013.3.25. 매수, OOO를 2011.12.8. 매수, OOO를 2016.1.29. 매수한 것으로 확인된다.

(라) 청구인은 쟁점거주주택 양도시 쟁점장기임대주택을 주택 수에서 제외함으로써 다주택자 중과세 대상이 아닌 것으로 하고 쟁점거주주택의 양도소득에 일반세율을 적용하여 2019.12.30. 처분청에 2019년 귀속 양도소득세 OOO을 신고ㆍ납부하였다가, 2020.2.6. 처분청에 쟁점거주주택이 「소득세법 시행령」제155조의 1세대 1주택 비과세 특례가 적용되는 주택에 해당하므로 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하여 기납부한 양도소득세 중OOO의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

(마) 처분청의 경정청구 처리결과 통지공문에 의하면, ‘1세대 1주택 특례’는 양도일 현재 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것을 요건으로 하고 있고, ‘1세대 3주택에 해당하는 주택의 범위’의 중과제외주택은 양도일 현재 장기일반민간임대주택으로 한정하고 있어 사실관계 검토 결과, 요건 미비로 청구인의 경정청구를 거부한다는 내용이 나타난다.

(바) 처분청이 청구인에게 발급한 사업자등록증에 의하면, 청구인은 사업종목을 주택임대업으로 하여 쟁점거주주택의 양도일(2019.10.15.) 이전인 2019.10.12. 개업한 것으로 기재되어 있으나, 소관 지방자치단체장인 서초구청장이 쟁점장기임대주택과 관련하여 청구인에게 발급한 임대사업자등록증에는 최초등록일이 쟁점거주주택의 양도일(2019.10.15.) 이후인 2019.10.22.로 기재되어 있다.

(사) OOO구청에서 발급한 쟁점장기임대주택 관련 임대사업자 등록신청 접수증에 의하면, 청구인의 임대사업자 등록신청 민원 접수일은 2019.10.11.이고 처리완료 예정일은 2019.10.25.로 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점거주주택 양도일 이전에 소관 지방자치단체에 쟁점장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조의 장기일반민간임대주택으로 하여 임대사업자 등록을 신청하였으므로, 쟁점장기임대주택이 「소득세법 시행령」제155조 제20항 제2호에서 규정하고 있는 장기임대주택의 요건을 갖추지 못하였다고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 조세법률주의 원칙 상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확정해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372판결, 참조), 「소득세법 시행령」제155조 제20항은 양도일 현재 같은 법 시행령 제167조의3 제1항 제2호에 따른 장기임대주택 요건을 갖춘 주택을 임대하고 있는 거주자가 2년 이상 보유 및 거주한 주택을 양도하는 경우 장기임대주택은 주택으로 보지 아니하고 거주주택을 1주택으로 보아 양도소득세를 비과세한다는 규정으로, 이에 해당하는 장기임대주택은 양도일 현재 사업자등록 뿐만 아니라 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것을 요건으로 규정하고 있으나 청구인은 쟁점거주주택 양도일 현재 쟁점장기임대주택을 「민간임대주택특별법」에 따른 장기일반민간임대주택으로 등록을 완료하지 못하였다. 따라서 처분청에서 쟁점장기임대주택이 「소득세법 시행령」제155조 제20항 제2호에서 규정하고 있는 장기임대주택의 요건을 갖추지 못하였다고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 소득세법

제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

(2) 소득세법 시행령

제154조【1세대1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다.

제155조【1세대1주택의 특례】???? 제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 다음 각 호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 “거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 거주주택 : 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록 및 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자의 등록을 한 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택 : 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것

제167조의3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】① 법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다).

가. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않고 임대보증금 또는 임대료(이하 이 조에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택(임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조 제4항의 전환 규정을 준용한다). 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록 등을 한 주택으로 한정한다.

(3) 민간임대주택에 관한 특별법

제5조【임대사업자의 등록】① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장·특별자치도지사·시장·군수 또는 구청장에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택